Sachverhalt:

A.- Die Tanklager Zell AG ist Eigentümerin eines in der Gemeinde Zell (LU) gelegenen Tanklagers von vier Stehtanks mit je 5000 m3 Fassungsvermögen für die Pflichtlagerung flüssiger Brennstoffe. Sie beabsichtigt, dieses Tanklager zu erweitern. Am 30. September 1969 hat das Staatswirtschaftsdepartement des Kantons Luzern ihr die gewässerschutzpolizeiliche Bewilligung für die Errichtung von vier neuen Tanks mit insgesamt 21 900 m3 Nutzinhalt verweigert. Dagegen erhob sie Rekurs beim Regierungsrat. Während des Rekursverfahrens stellte sie dem Staatswirtschaftsdepartement ein Wiedererwägungsgesuch. Noch bevor dieses Gesuch behandelt wurde, änderte sie ihr Projekt und reichte dem Departement Pläne einer "Variante Ila" ein für die Erweiterung der Anlage durch drei Tanks mit insgesamt 27 000 m3 Nutzinhalt. Am 12. März 1971 hiess das Departement das Wiedererwägungsgesuch gut und bewilligte die Erweiterung des Tanklagers "vom bisherigen Nutzinhalt von 20 000 m3 auf 41 900 m3". Zu den nach Einreichung des Gesuchs vorgenommenen Projektänderungen schwieg es sich aus. Der Rekurs der Tanklager Zell AG an den Luzerner Regierungsrat wurde damit gegenstandslos. Gegen die Bewilligung wurde kein Rechtsmittel ergriffen.

Auf Intervention des Eidg. Departementes des Innern (EDI), das die Meinung vertrat, die Erteilung der Bewilligung verstosse gegen Art. 2 Abs. 1 des Bundesgesetzes über den Schutz der Gewässer vom 16. März 1955 (GSchG 1955) und die darauf beruhende Rechtsprechung des Bundesgerichtes, beschloss der Regierungsrat des Kantons Luzern, die Angelegenheit zu überprüfen. Nach Einholung einer Stellungnahme des Bundesrates, in der empfohlen wurde, die im Spiele stehenden Interessen sorgfältig gegeneinander abzuwägen, hob er am 1. Oktober 1973 die vom Staatswirtschaftsdepartement erteilte Bewilligung auf und stellte fest, dass der Tanklager Zell AG die Erweiterung ihres Tanklagers von bisher 20 000 m3 auf 41 900 m3 verweigert werde (Dispositiv Ziffer 1 und 2). Ausserdem wies er das kantonale Gewässerschutzamt an, auf Grund der Vorschriften der inzwischen vom Bundesrat erlassenen Verordnung vom 19. Juni 1972 zum Schutze der Gewässer gegen Verunreinigung durch wassergefährdende Flüssigkeiten zu prüfen, wie die Altanlage der Tanklager Zell AG an die von dieser Verordnung neu aufgestellten Erfordernisse angepasst werden könnte.

B.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 14. November 1973 beantragt die Tanklager Zell AG, Ziff. 1 und 2 des angefochtenen Entscheides des Regierungsrates aufzuheben und ihr die Bewilligung zur Erweiterung der Anlage nach der "Variante Ila" zu erteilen, eventuell unter dem Vorbehalt, dass sie diese Variante dem kantonalen Gewässerschutzamt zur formellen Genehmigung unterbreite.

C.- Der Regierungsrat des Kantons Luzern beantragt, die Beschwerde unter Kostenfolge abzuweisen. Das EDI schliesst sich diesem Antrag an.

1. Der Regierungsrat des Kantons Luzern hat mit dem angefochtenen Entscheid eine formell rechtskräftig gewordene Bewilligung des Staatswirtschaftsdepartements zur Erweiterung eines Tanklagers nachträglich widerrufen. Freilich bezog sich die Bewilligung auf ein Projekt mit einem Tanklagerinhalt von 21 900 m3; die Beschwerdeführerin hat dieses inzwischen offenbar aufgegeben und durch ein anderes Projekt ersetzt. Es erscheint deshalb zweifelhaft, ob überhaupt von einem Widerruf der ursprünglichen Verfügung die Rede sein kann, nachdem die Beschwerdeführerin nicht erklärt, sie begnüge sich mit der Ausführung des vom Staatswirtschaftsdepartement bewilligten Projektes, sondern eventualiter verlangt, dass die Pläne des abgeänderten Projektes dem kantonalen Gewässerschutzamt zur Erteilung der Bewilligung unterbreitet würden. Die Frage kann aber offen bleiben, sofern sich ergibt, dass die Beschwerde auch abzuweisen wäre, wenn sie sich nur auf den Widerruf der ausdrücklich bewilligten Kapazitätserweiterung bezöge.

2. Eine formell rechtskräftige Verwaltungsverfügung kann nicht ohne weiteres aufgehoben werden, wenn sie dem öffentlichen Interesse und geltendem Recht nicht oder nicht mehr entspricht. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts sind vielmehr die für und gegen einen Widerruf sprechenden Interessen in jedem Einzelfall gegeneinander abzuwägen. Geht es, wie im vorliegenden Falle, um den Widerruf einer gewässerschutzpolizeilichen Bewilligung, so erachtet das Bundesgericht das Interesse des Bewilligungsempfängers am Fortbestand der Verfügung in der Regel dann als gewichtiger als die Interessen, die für einen Widerruf sprechen

- wenn der Bewilligungsempfänger durch die Bewilligung ein subjektives Recht erworben hat,

- wenn der frühere Entscheid in einem Verfahren ergangen ist, in dem die öffentlichen Interessen abzuwägen waren,

- wenn der Empfänger von der Bewilligung bereits Gebrauch gemacht hat (BGE 98 I/b 249 Erw. 4 a mit Hinweisen).

Immerhin kann ein besonders gewichtiges öffentliches Interesse auch in diesen Fällen zum Widerruf der Verfügung führen (BGE 88 I 228 Erw. 1).

Das öffentliche Interesse kann den Widerruf der Bewilligung auch erfordern, wenn diese zwar seinerzeit in Übereinstimmung mit der damals geltenden Gesetzgebung ergangen ist, die gesetzlichen Vorschriften aber seither geändert haben (GRISEL, Droit administratif suisse, S. 210 oben). Allerdings ist dann besonders sorgfältig zu prüfen, ob es den Widerruf wirklich erfordert, erst recht, wenn in bestehende Verhältnisse eingegriffen werden muss, die auf Grund der erteilten Bewilligung entstanden sind. Gelegentlich beschränken die Gesetze die Anwendung der neuen Vorschriften auf bestehende, dem neuen Recht nicht mehr entsprechende Verhältnisse insofern, als sie eine Anpassung nur unter bestimmten Bedingungen verlangen, z.B. die Anpassung eines zufolge Wechsels der Gesetzgebung baupolizeiwidrig gewordenen Gebäudes nur für den Fall, dass dieses abbrennt, umgebaut wird u.ä. Beim vorliegenden Sachverhalt fallen die privaten Interessen aber weniger ins Gewicht, weil auf Grund der erteilten Bewilligung noch kein Zustand geschaffen worden ist, der nur unter unverhältnismässig grossen Schwierigkeiten der neuen Rechtslage angepasst werden könnte.

Eine Verfügung kann ausserhalb der Rechtsmittelverfahren von der Instanz, die sie erlassen hat oder auch, sofern dies nicht ausdrücklich ausgeschlossen ist, von einer dieser übergeordneten Instanz widerrufen werden. Die Lehre nimmt - allerdings ohne dem Problem grosse Beachtung zu schenken - im allgemeinen an, der Widerruf sei in beiden Fällen denselben Voraussetzungen unterworfen (vgl. GRISEL, Droit administratif suisse, S. 208; IMBODEN, Schweiz. Verwaltungsrechtsprechung 3.A., Nr. 322, 323, 641; GIACOMETTI, Allgemeine Lehren des rechtsstaatlichen Verwaltungsrechts, S. 402, 434; FLEINER, Institutionen des Deutschen Verwaltungsrechts 8.A., S. 206; MERK, Deutsches Verwaltungsrecht Bd. 1, S. 877 ff.; FORSTHOFF, Lehrbuch des Verwaltungsrechts 8.A. Bd. 1, S. 238 ff.; TUREGG-KRAUS, Lehrbuch des Verwaltungsrechts, 4.A., S. 145 ff.; WOLFF, Verwaltungsrecht I 8.A., S. 384 ff.). Dies sehen einige Kantone ausdrücklich vor (z.B. § 59 Abs. 2 des Organisationsgesetzes von Baselland und Art. 28 Abs. 1 des Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege des Kantons St.Gallen). In anderen Kantonen hat sich im Zusammenhang mit der Behandlung von Aufsichtsbeschwerden gegen formell rechtskräftige Verfügungen eine Praxis gebildet, derzufolge solche Verfügungen von einer Aufsichtsbehörde kraft Aufsichtsrechts nur aufgehoben werden dürfen, wenn klares Recht, wesentliche Verfahrensvorschriften oder öffentliche Interessen offensichtlich missachtet worden sind (vgl. BGE 97 I 10 /11 mit Hinweisen; nicht veröffentlichtes Urteil vom 13. Februar 1974 i.S. Gemeinde Horgen gegen Regierungsrat Zürich). Ob diese Praxis auch im Kanton Luzern besteht und ob sie gegebenenfalls auf den hier zu beurteilenden Widerruf einer formell rechtskräftigen Departementsverfügung durch den Gesamtregierungsrat Anwendung findet, braucht aber nicht abgeklärt zu werden, denn selbst wenn dies zuträfe, ergäbe sich für den vorliegenden Fall kein anderes Resultat als bei Anwendung der allgemeinen Rechtsprechung zum Widerruf von Verwaltungsakten.

3. Bei der Prüfung, ob ein Verwaltungsakt zu widerrufen sei, hat die widerrufende Behörde grundsätzlich von der Rechtslage auszugehen, die im Zeitpunkt des Widerrufes besteht. Darin liegt keine unzulässige Rückwirkung. Da der Regierungsrat im vorliegenden Falle die der Beschwerdeführerin erteilte Bewilligung erst am 1. Oktober 1973 widerrufen hat, ist hier das auf den 1. Juli 1972 in Kraft getretene Gewässerschutzgesetz vom 8. Oktober 1971 massgebend.

a) Art. 24 GSchG zählt die flüssigen Brenn- und Treibstoffe zu den wassergefährdenden Stoffen, für deren Lagerung besondere Schutzmassnahmen erforderlich sind. Dies ist für das Bundesgericht verbindlich, so dass nicht weiter zu prüfen ist, ob die flüssigen Brenn- und Treibstoffe tatsächlich wassergefährdend sind, und erst recht nicht, ob sie zu den gesundheitsschädlichen Stoffen im Sinne von Art. 234 StGB gehören. Nach Art. 25 des Gesetzes erlässt der Bundesrat Bestimmungen u.a. über die zulässigen Standorte der Anlagen zur Lagerung usw. von wassergefährdenden Stoffen. Art. 31 verpflichtet die Kantone, Areale auszuscheiden, die für die künftige Nutzung von Grundwasser von Bedeutung sind; in ihnen dürfen keine Anlagen erstellt werden, die das Grundwasser verunreinigen oder künftige Nutzungs- und Anreicherungsanlagen beeinträchtigen können. Dem in Art. 25 GSchG erteilten Auftrag ist der Bundesrat mit der Verordnung vom 19. Juni 1972 zum Schutze der Gewässer gegen Verunreinigung durch wassergefährdende Flüssigkeiten nachgekommen. Danach haben die Kantone ihr Gebiet in vier, mit S, A, B oder C bezeichnete Zonen einzuteilen. Die Zone A umfasst Gebiete, in denen sich für die Trinkwasserversorgung geeignete Grundwasservorkommen befinden (Art. 10). Hier sind nach Art. 20 Abs. 1 der Verordnung das Erstellen neuer und das Erweitern bestehender Anlagen für flüssige Brenn- und Treibstoffe von mehr als 250 000 l Gesamtnutzinhalt je Schutzbauwerk grundsätzlich untersagt. Ausnahmsweise können solche Anlagen dennoch bewilligt werden, wenn die Region und die Nachbarregionen für die eigene Versorgung und die Pflichtlagerhaltung über keinen andern geeigneten Standort für solche Lageranlagen verfügen (Art. 20 Abs. 2 lit. a). Die Ausnahmebewilligung darf aber nur erteilt werden, sofern die Versorgung der Region und der Nachbarregionen mit Trink- und Brauchwasser auch in Zukunft, und zwar selbst im Katastrophenfall, gewährleistet ist (Art. 20 Abs. 3). Mit anderen Worten darf eine Grosstankanlage, die am vorgesehenen Standort jedenfalls im Katastrophenfalle die Versorgung einer Region mit Trink- und Brauchwasser gefährden könnte, selbst dann nicht errichtet werden, wenn sich für sie in der Region und den Nachbarregionen kein anderer geeigneter Standort finden lässt. Mit dieser Regelung ist der Bundesrat im Rahmen des ihm erteilten Auftrages geblieben, denn schon nach der vom aufgehobenen Gewässerschutzgesetz getroffenen Ordnung hatte die Sicherung der Wasserversorgung vor der Lagerung von Brenn- und Treibstoffen den Vorrang (BGE 84 I 159). Sie ist deshalb zu beachten, ohne dass das Bundesgericht selber abzuwägen hätte, welches Bedürfnis - Sicherung der Wasserversorgung oder Sicherung der Versorgung mit Brenn- und Treibstoffen - den Vorrang verdiente. Die Beschwerdeführerin behauptet übrigens selber nicht, die Verordnung gehe in diesem Punkte über die gesetzliche Ermächtigung hinaus oder verstosse sonstwie gegen das Verfassungsrecht des Bundes. Die Errichtung von Tanklagern über Grundwasservorkommen in Zone A ist somit nach neuem Recht ausgeschlossen, da im Katastrophenfall trotz hochentwickelter Sicherungstechnik eine Grundwasserverunreinigung zu erwarten ist. Die gesetzliche Regelung zeigt, welch grosses Gewicht der Gesetzgeber dem öffentlichen Interesse an der Sicherung der Wasserversorgung beigemessen hat. Dieses öffentliche Interesse, dessen Bedeutung das Bundesgericht schon in der Rechtsprechung zum alten Gewässerschutzgesetz hervorgehoben hat, überwiegt in der Regel auch erheblichste private Interessen. Vergeblich wendet die Beschwerdeführerin ein, wenn man auf eine derartige "mathematische Kausalität" abstellen wolle, dürften überhaupt keine Tanklager mehr errichtet werden, denn im Falle z.B. eines Atomwaffenangriffes müsste wohl damit gerechnet werden, dass auch von Tanklagern, die nicht über Grundwasserströmen errichtet werden, Grundwasserverunreinigungen ausgehen könnten. Ist eine solche Möglichkeit nicht völlig auszuschliessen, so ist doch die Gefahr in diesem Fall erheblich kleiner, und es wäre nicht zu rechtfertigen, dort auf Sicherheitsvorkehren zu verzichten, wo die Gefahr erheblich ist, nur weil eine absolute Sicherheit nicht erreichbar scheint.

b) Der Kanton Luzern ist der ihm auferlegten Verpflichtung, Zonen im Sinne von Art. 10 der Verordnung auszuscheiden, noch nicht nachgekommen. Das kann aber, wie der Regierungsrat zu Recht angenommen hat und von der Beschwerdeführerin nicht bezweifelt wird, nicht dazu führen, dass in der Zwischenzeit das Bauverbot in Gebieten, die an sich der Zone A zuzuteilen sind, nicht zu beachten wäre. Mit eingehender Begründung hat der Regierungsrat sodann dargetan, dass das Bauvorhaben der Beschwerdeführerin in die Zone A zu liegen käme. Die Beschwerdeführerin hat diese Feststellungen nicht als unrichtig angefochten, so dass kein Anlass besteht, auf sie zurückzukommen. Der Regierungsrat hat im weitern gezeigt, dass die geplante Anlage mindestens im Katastrophenfall geeignet ist, die Trink- und Brauchwasserversorgung der Region Lutherntal zu gefährden. Daraus folgt, dass die vorgesehene Erweiterung der Anlage beim derzeitigen Stand der Gesetzgebung rechtswidrig ist und dass jedenfalls eine nach dem 1. Juli 1972 erteilte Bewilligung rechtswidrig gewesen wäre. Es kann dabei offen bleiben, ob die Erteilung der Bewilligung schon nach den Vorschriften des zur Zeit der Erteilung der Bewilligung geltenden Rechtes rechtswidrig gewesen wäre.

c) Widerspricht die Ausführung der bewilligten Anlage dem geltenden Recht, so ist die erteilte Bewilligung nach dem Gesagten zu widerrufen, wenn das öffentliche Interesse dies verlangt und allfällige Rechtssicherheitsinteressen des Bewilligungsempfängers überwiegt. Unter diesem Gesichtspunkt ist gleichgültig, dass es sich beim Projekt der Beschwerdeführerin nicht um eine Neuanlage, sondern um eine blosse Erweiterung der bereits bestehenden grundwassergefährdenden Anlage handelt, denn die Verordnung verbietet zu Recht sowohl die Neuanlage als auch die Erweiterung bestehender wassergefährdender Betriebe. Angesichts der grossen Bedeutung, die der Gesetzgeber der Versorgung der Bevölkerung mit Trink- und Brauchwasser beigemessen hat, ist ein erhebliches Interesse an der Verhinderung der bewilligten Erweiterungsbauten zu bejahen. Es überwiegt auch das allfällige öffentliche Interesse an einer regionsgerechten Versorgung der Bevölkerung mit flüssigen Brenn- und Treibstoffen.