A.- Gefisa SA, à Fribourg, est actionnaire de Lausanne-Palace SA, qui lui a distribué, en 1955 un dividende, sur lequel 45 000 fr. ont été prélevés à titre d'impôt anticipé. En automne 1956, l'Administration fédérale des contributions (en abrégé: l'Administration) avait remboursé 33 000 fr. à Gefisa sur cette somme. La demande de remboursement du solde, 12 000 fr., fut présentée le 26 juillet 1957.

Auparavant déjà, l'Administration avait réclamé à Gefisa le droit de timbre sur les coupons et l'impôt anticipé sur certaines prestations que cette entreprise avait faites, en 1951 et 1952, à ses actionnaires ou à des personnes les touchant de près. Selon la lettre adressée à la contribuable, le 17 mars 1955, les impôts dus sur ces prestations, échus en 1951 et 1952, se montaient à 48 000 fr. Par la suite, l'Administration ayant découvert d'autres prestations imposables, porta le montant des impôts réclamés à 110 700 fr. par décision du 18 mars 1958 et à 105 000 fr. par décision sur réclamation du 31 janvier 1959. Cette dernière décision a été attaquée par la voie du recours de droit administratif.

Vu ces faits, l'Administration décida de compenser les 12 000 fr. qu'elle détenait encore au titre de l'impôt anticipé avec une partie de sa créance d'impôt contre Gefisa pour les prestations accordées par cette société à ses actionnaires ou à des personnes les touchant de près. Elle alléguait que ces impôts étaient échus, que bien que contesté, leur montant dépassait en tout cas les 12 000 fr. dus par la Confédération, laquelle devait du reste sérieusement craindre de ne pouvoir recouvrer autrement sa créance fiscale.

B.- Le 19 novembre 1958, l'Administration rejeta une réclamation formée par Gefisa et déclara qu'elle compensait les 12 000 fr., dont la réclamante demandait le remboursement au titre de l'impôt anticipé avec ses propres créances de droit de timbre sur les coupons et d'impôt anticipé, échues en 1951 et 1952, mais encore litigieuses.

C.- Contre cette décision, Gefisa a formé un recours de droit administratif. Elle conclut à ce qu'il plaise au Tribunal fédéral dire que l'Administration n'est pas fondée à opérer la compensation litigieuse et doit par conséquent rembourser à la recourante la somme de 12 000 fr. retenue à ce titre.

D.- L'Administration conclut au rejet du recours.

1. L'Administration reconnaît devoir encore à la recourante une somme de 12 000 fr. à titre de remboursement de l'impôt anticipé prélevé sur le dividende payé par Lausanne-Palace SA pour l'exercice 1955. Mais elle entend compenser cette dette avec la créance qu'elle prétend avoir contre Gefisa SA pour le droit de timbre et l'impôt anticipé dus sur les prestations faites par cette société, en 1951 et 1952, à ses actionnaires ou à des personnes les touchant de près. L'intimée soutient que sa créance, bien que litigieuse, est en tout cas supérieure à 12 000 fr. et que, s'agissant d'impôts échus en 1951 et 1952, elle est fondée à invoquer la compensation de par l'art. 120 CO. La recourante le conteste: la compensation, dit-elle, est exclue en l'espèce, soit en vertu de l'art. 125 CO, soit en vertu de l'ACF du 1er septembre 1943 instituant un impôt anticipé.

2. Dans son arrêt Menoud, du 20 septembre 1946 (RO 72 I 379), le Tribunal fédéral a jugé qu'en général l'Etat et les communes ont le droit de compenser leur créance contre un particulier, fondée sur le droit public, avec leur dette envers le même particulier. En effet, a-t-il dit, bien qu'elle constitue en pratique une garantie de paiement en faveur du créancier, la compensation ne saurait être exclue, sauf circonstances particulières; si l'art. 125 ch. 3 CO l'interdit aux particuliers pour leurs dettes de droit public à l'égard de l'Etat ou des communes, il est juste de conclure à contrario que ces organismes de droit public peuvent l'invoquer à l'encontre des réclamations que les particuliers forment contre eux. Il faut l'admettre en tout cas lorsque, comme en l'espèce, les créances à compenser non seulement sont de même nature, relevant l'une et l'autre du droit public et plus précisément du droit fiscal, mais encore intéressent d'une part la même personne privée et, d'autre part, la même administration publique.

3. La recourante estime qu'en l'espèce, la compensation serait exclue par l'art. 125 ch. 1 CO, qui vise les créances ayant pour objet soit la restitution, soit la contrevaleur, d'une chose déposée, soustraite sans droit ou retenue par dol. Aucune de ces hypothèses n'est réalisée, car il ne s'agit ni d'une chose déposée, ni d'une chose soustraite sans droit, l'impôt anticipé ayant été prélevé en vertu de la loi. Il ne s'agit pas non plus d'une chose retenue par dol. Sur ce point, la recourante invoque à tort l'arrêt Menoud précité (RO 72 I 380, consid. 4), selon lequel une chose "est retenue par dol dès que le détenteur connaît que le titre juridique qui justifiait la possession est devenu caduc". Il s'agissait dans ce litige, de biens séquestrés pour garantir le paiement d'une amende et des frais consécutifs à une infraction aux prescriptions sur le commerce de l'or. Le séquestre ayant été levé, le Tribunal fédéral jugea illicite la mainmise sur l'objet du séquestre aux fins de le faire servir au recouvrement d'une autre créance. Le cas présent est de tout autre nature: il s'agit d'une somme légalement perçue et tombée dans la fortune de la Confédération; la personne grevée de cette somme n'a qu'une créance en remboursement. Or, s'il est juste de refuser la compensation avec des biens sur lesquels il n'existait qu'un droit de gage ou un séquestre devenus caducs depuis lors, il serait en revanche illogique de refuser la compensation entre deux créances de même espèce, intéressant le même service administratif et qui sont, l'une et l'autre, échues et exigibles.

La recourante ne prétend pas que la compensation serait illicite entre sa créance, incontestée, et celle de la Confédération, qui est litigieuse. Aussi bien, l'art. 120 al. 2 CO permet au débiteur "d'opposer la compensation même si sa créance est contestée". Le débiteur qui invoque la compensation n'a donc pas à prouver son droit. En l'espèce toutefois, l'Administration a longuement exposé, dans ses décisions, les fondements de la prétention élevée contre la recourante. Celle-ci a du reste déclaré, dans la présente procédure, que "seule une expertise peut résoudre le litige", ce qui confirme que la créance n'est pas, à priori, dépourvue de fondement.

4. La recourante allègue encore que la compensation serait exclue en l'espèce par des dispositions de droit public, à savoir celles de l'ACF du 1er septembre 1943, instituant un impôt anticipé. Elle estime que cette forme de contribution ne constitue que le prélèvement par anticipation de certains impôts ordinaires et que la garantie qu'elle fournit à la corporation publique s'étend expressément et uniquement aux impôts directs des cantons et des communes. L'arrêté du 1er septembre 1943, dit-elle, énumère limitativement les impôts sur lesquels l'impôt anticipé peut être imputé, à savoir les impôts cantonaux directs. Elle croit pouvoir en conclure que la compensation n'est pas possible avec d'autres impôts et notamment avec le droit de timbre et avec l'impôt anticipé lui-même.

La recourante fait erreur. Comme l'Administration l'a relevé à juste titre, l'ACF du 1er septembre 1943 ne prévoit qu'en faveur des personnes physiques le droit de demander l'imputation de l'impôt anticipé sur certains impôts cantonaux et communaux fixés limitativement (art. 8 al. 1 et 2 et art. 3 lit. b AIA). Pour les personnes morales en revanche, il n'admet aucune imputation sur les impôts cantonaux et communaux, mais seulement le droit de demander le remboursement à la Confédération (art. 7 al. 1 AIA), droit qui doit être exercé sous forme d'une demande adressée à l'Administration (art. 7bis al. 1 AIA).

Autre chose est de savoir si l'Administration peut compenser l'impôt anticipé qu'elle est tenue de rembourser avec des impôts fédéraux que lui doit la personne morale. Or rien dans la loi n'exclut cette faculté et l'on ne voit aucune raison plausible de l'interdire. Elle ne porte aucune atteinte au but ou à la fonction de l'impôt anticipé, qui est de frapper les fraudeurs et les porteurs étrangers de titres suisses.

L'Administration affirme d'ailleurs "qu'elle a, jusqu'à présent, toujours accepté la compensation que lui opposait une personne morale pour ses dettes en matière de timbre, d'impôt anticipé et d'impôt sur le chiffre d'affaires". En revanche, dit-elle, elle "a elle-même opposé la compensation uniquement pour les droits de timbre et l'impôt anticipé et seulement à titre exceptionnel, en particulier lorsque des difficultés de paiement du contribuable constituaient un danger pour la créance de l'administration, notamment quand le contribuable était en faillite, en poursuite ou qu'il était insolvable".

Cette pratique n'apparaît pas critiquable. Elle ne lèse nullement les droits du contribuable; il se libère de sa dette fiscale par compensation plutôt que par paiement; le résultat est le même pour lui.

La recourante objecte que lorsque les conditions requises pour le remboursement sont remplies, aucune raison ne saurait justifier le refus de paiement. Elle oublie que le paiement n'est pas refusé; la compensation est un mode légal de libération. Il est également faux de prétendre que, par la compensation, l'Administration s'arroge un privilège. Elle ne fait qu'user d'un droit généralement reconnu et que les principes du droit public n'excluent point en l'espèce.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral:

Rejette le recours.