A.- Der Beschwerdeführer erbte im Jahre 1939 von seinem Vater eine Liegenschaft. Er betrieb dort fortan eine Bäckerei und Konditorei sowie eine Wirtschaft. Auf den 1. März 1955 verpachtete er die Bäckerei und Konditorei seinem Sohne. Er selbst gab diesen Geschäftszweig auf. Auf den 1. November 1956 verkaufte er die Liegenschaft. Die Wirtschaft betrieb er als Pächter weiter.

Das Haus enthielt ausser den Geschäftsräumlichkeiten zwei Wohnungen; die eine benützte der Beschwerdeführer, und die andere war an seinen Sohn vermietet. Bei der letzten Steuertaxation des Vaters des Beschwerdeführers war die Liegenschaft mit Fr. 59'500.-- bewertet worden. Der Beschwerdeführer führte erst vom 1. Januar 1946 an eine Buchhaltung über seine beiden Betriebe. Die Liegenschaft setzte er darin stets mit Fr. 60'000.-- ein. Bei seiner Veranlagung zur kommunalen Grundstückgewinnsteuer (Verfügung vom 4. März 1957) wurde der Verkehrswert der Liegenschaft im Jahre 1936 auf Fr. 134'500.-- geschätzt. Der Beschwerdeführer verkaufte das Grundstück zum Preise von Fr. 500'000.--.

B.- Die Veranlagungsbehörde schätzte den Beschwerdeführer zur Wehrsteuer 9. Periode (Steuerjahre 1957 und 1958, Berechnungsjahre 1955 und 1956) für eine ordentliche Steuer vom Einkommen (Fr. 8600.--) und Vermögen (Fr. 373'000.--) ein, ferner gesondert für eine Jahressteuer gemäss Art. 43 WStB auf dem bei der Veräusserung der Liegenschaft erzielten Gewinn (gemäss Einspracheentscheid Fr. 430'700.--, nach Abzug des steuerfreien Betrages von Fr. 2000.--).

Der Steuerpflichtige zog die Veranlagung zur Jahressteuer an die kantonale Rekurskommission weiter. Diese wies die Beschwerde ab. In der Annahme, dass kein Anlass zur Erhebung einer besonderen Jahressteuer bestehe, bezog sie den Liegenschaftsgewinn in die Berechnung der ordentlichen Steuer für Einkommen ein. Sie erhöhte daher den Betrag von Fr. 8600.-- um die Hälfte des auf Fr. 427'808.-- bestimmten Liegenschaftsgewinnes und setzte demgemäss das steuerbare Einkommen auf Fr. 222'500.-- fest. Die Vermögenstaxation liess sie unverändert (Entscheid vom 22. April 1959).

C.- Mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird beantragt, den Entscheid der Rekurskommission aufzuheben, zu erkennen, dass ein steuerbarer Kapitalgewinn überhaupt nicht, eventuell nicht in der von der kantonalen Behörde angenommenen Höhe vorliege, und festzustellen, dass der Beschwerdeführer zur Wehrsteuer der 9. Periode für ein Einkommen von Fr. 8600.-- und ein Vermögen von Fr. 373'000.-- bereits rechtskräftig eingeschätzt sei.

Es wird geltend gemacht, der Beschwerdeführer habe die Bäckerei und Konditorei schon am 1. März 1955, mit der Verpachtung an den Sohn, aufgegeben. Im Zeitpunkte des Verkaufes der Liegenschaft sei er nicht mehr buchführungspflichtig gewesen, so dass Art. 21 Abs 1 lit. d WStB nicht anwendbar sei.

Eventuell wäre nur derjenige Teil der Liegenschaft, welcher in diesem Zeitpunkte dem Wirtschaftsbetriebe gedient habe, als Geschäftsvermögen zu betrachten, so dass vom gesamten Verkaufsgewinn nur 12% besteuert werden könnten. Sodann wäre als unterer Vergleichswert nicht der Buchwert, der offensichtlich unrichtig sei, sondern der Gestehungswert einzusetzen, nämlich der Verkehrswert im Jahre 1936 gemäss Veranlagung zur kommunalen Grundstückgewinnsteuer.

Zu Unrecht sei die Rekurskommission in einem Verfahren, das lediglich die Jahressteuer gemäss Art. 43 WStB betroffen habe, auf die ordentliche Veranlagung zurückgekommen. Diese sei längst in Rechtskraft erwachsen.

D.- Die kantonalen Behörden und die eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesgericht folgt diesem Antrag.

1. Der Wehrsteuerbeschluss trifft für die Besteuerung des Einkommens buchführungspflichtiger physischer Personen besondere Anordnungen. Danach bilden Kapitalgewinne aus Veräusserung oder Verwertung sowie verbuchte Vermehrungen des Wertes von Vermögensstücken Bestandteile des Roheinkommens (Art. 21 Abs. 1 lit. d und f), während anderseits Entwertungen und Geschäftsverluste abgezogen werden dürfen (Art. 22 Abs. 1 lit. b und c). Es wird auf den Geschäftserfolg abgestellt, wobei Gewinne und Verluste auf geschäftlichen Investitionen einbezogen werden. Die Sonderregelung nimmt darauf Rücksicht, dass Wertvermehrungen, die im Geschäftsbetrieb entstehen, vielfach zunächst als mehr oder weniger unsicher erscheinen und daher vom Betriebsinhaber im Rahmen seines geschäftlichen Ermessens in Reserve gehalten werden. Die Reserven brauchen vorerst nicht als Einkommen versteuert zu werden. Anderseits ist dafür gesorgt, dass die Mehrwerte schliesslich doch von der Einkommenssteuer erfasst werden, wenn sie verbucht oder realisiert werden (Art. 21 Abs. 1 lit. f und d WStB) und sich so als endgültig erworben erweisen. Sie werden auf jeden Fall, ohne Rücksicht auf die Verbuchung (lit. f), dann der Einkommenssteuer unterworfen, wenn sie als Kapitalgewinne bei der Veräusserung oder Verwertung von Betriebsvermögen in Erscheinung treten (lit. d). Im einen oder anderen Zeitpunkt werden sie entweder in die ordentliche Steuerberechnung (Art. 41 WStB) einbezogen oder, bei Aufhören der Steuerpflicht und bei Vornahme einer Zwischenveranlagung, mit einer besonderen Jahressteuer belegt (Art. 43 WStB).

Art. 21 Abs. 1 lit. d WStB ist weit gefasst. Die Bestimmung erwähnt neben der Veräusserung auch die Verwertung von Vermögensstücken. Lediglich als Beispiele nennt sie Liegenschaftsgewinne, Mehrerlös aus Wertschriften und Liquidationsgewinne bei Aufgabe oder Veräusserung eines Unternehmens; die Aufzählung ist nicht abschliessend. Die Vorschrift erfasst alle Kapitalgewinne, die im Betriebe des buchführungspflichtigen Unternehmens durch Realisierung (Veräusserung oder Verwertung) von Geschäftsvermögen erzielt werden. Eine Realisierung liegt vor, wenn das Vermögensstück, dessen Wert sich vermehrt hat, aus dem Geschäftsvermögen ausgeschieden wird, oder wenn das Unternehmen selbst liquidiert (aufgegeben oder veräussert) wird.

Nach der Rechtsprechung fallen unter Art. 21 Abs 1 lit. d WStB auch Kapitalgewinne, die im Betriebe des buchführungspflichtigen Unternehmens dadurch erzielt werden, dass der Inhaber bei der Aufgabe des Unternehmens Geschäftsvermögen, z.B. eine Liegenschaft, in sein Privatvermögen überführt und damit verwertet (BGE 76 I 208Erw. 1; vgl. auchBGE 79 I 365Erw. 1). Gleich zu behandeln ist der Fall, wo der Inhaber das Unternehmen, für das er bisher zur kaufmännischen Buchführung verpflichtet war, teilweise aufgibt, nur einen beschränkten Betrieb, welcher der Buchführungspflicht nicht mehr unterliegt, aufrecht erhält, die bisher im Geschäft investierte Liegenschaft behält und sie weiterhin für den verkleinerten Betrieb verwendet. Auch bei solcher Umwandlung, welche eine Liquidation darstellt, wird im Betriebe eines buchführungspflichtigen Unternehmens Geschäftsvermögen verwertet. Ein dabei vom Unternehmen erzielter Kapitalgewinn ist nachArt. 21 Abs. 1 lit. d WStB als Einkommen zu besteuern. Wie der bisher buchführungspflichtige Betriebsinhaber die Besteuerung des Mehrwerts nicht in der Weise vermeiden kann, dass er das betreffende Vermögensstück vorerst in sein Privatvermögen überführt und sodann, nach dem Wegfall der Buchführungspflicht, veräussert (BGE 76 I 209f.), so kann er ihr auch nicht dadurch entgehen, dass er den Betrieb zum Teil aufgibt und infolgedessen sich der Buchführungspflicht entledigt, das Vermögensstück aber behält und in dem aufrecht erhaltenen Betriebsteil weiterverwendet.

2. Der Beschwerdeführer war bis zum 1. März 1955 als Inhaber einer Bäckerei und Konditorei und einer Wirtschaft zur Eintragung im Handelsregister und daher auch zur Führung kaufmännischer Bücher verpflichtet (Art. 957, 934 Abs. 1 OR, Art. 52 ff. HRegV). Die Umsätze seiner beiden Betriebe, von denen auf jeden Fall der Wirtschaftsbetrieb seiner Natur nach eintragspflichtig war (BGE 78 I 433), haben zusammen (Art. 56 HRegV) das erforderliche Minimum (bis 1. Januar 1955 Fr. 25'000.--, seither Fr. 50'000.--) überstiegen. Auf den 1. März 1955 hat der Beschwerdeführer die Bäckerei und Konditorei dem Sohne verpachtet. Seit diesem Zeitpunkte hat er im Wirtschaftsgewerbe, das er einzig noch weitergeführt hat, jenes Minimum nicht mehr erreicht, war er also nicht mehr buchführungspflichtig. Er hat einen Betriebszweig aufgegeben mit der Folge, dass die Buchführungspflicht weggefallen ist, hat aber die im bisherigen Unternehmen investierte Liegenschaft zunächst behalten, für den aufrecht erhaltenen Betriebszweig weiterverwendet und erst auf den 1. November 1956 verkauft. So hat er im Betriebe des buchführungspflichtigen Unternehmens, bei dessen Umwandlung (Liquidation), durch Verwertung der Liegenschaft einen in diesem Bestandteil des bisherigen Geschäftsvermögens entstandenen Mehrwert realisiert. Der auf diese Weise erzielte Kapitalgewinn unterliegt, nach den Ausführungen in Erwägung 1 hiervor, gemäss Art. 21 Abs. 1 lit. d WStB der Wehrsteuer für Einkommen.

Die Rechtsprechung erblickt in der Verpachtung eines bisher vom Verpächter geführten Betriebes nur dann eine (endgültige) Geschäftsaufgabe, wenn besondere Umstände eine spätere Rückkehr des Verpächters zur Selbstbewirtschaftung ausschliessen (BGE 82 I 178; Archiv für schweiz. Abgaberecht Bd. 24, S. 281; Bd. 26, S. 443). Läge hier ein solcher Ausnahmefall vor, so wäre der 1. März 1955, an dem das Pachtverhältnis begonnen hat, der für die Besteuerung des Kapitalgewinns massgebende Zeitpunkt. Andernfalls wäre es der 1. November 1956, auf den die Liegenschaft verkauft worden ist; denn es müsste angenommen werden, dass spätestens in diesem Zeitpunkte die Liquidation des buchführungspflichtigen Unternehmens endgültig geworden ist, weil seither der Beschwerdeführer keine Möglichkeit mehr hatte, die Bäckerei und Konditorei zur Selbstbewirtschaftung zurückzunehmen. Bei dieser Betrachtungsweise wäre unerheblich, dass er schon seit dem 1. März 1955 nicht mehr buchführungspflichtig war. Die Aufgabe und die Veräusserung eines Unternehmens sind Akte der Betriebsführung. Sie bringen diese zum Abschluss und gehören notwendig zu ihr. Indessen schliessen sie sich zeitlich nicht immer an die eigentliche Betriebsführung an. Sie erfordern Zeiträume, welche die Ausnützung geschäftlicher Gegebenheiten und Gelegenheiten ermöglichen. Diesen Verhältnissen ist bei der Besteuerung des Kapitalgewinnes Rechnung zu tragen (BGE 82 I 179).

Ist die Liquidation erst am 1. November 1956 endgültig geworden, so ist als Liquidationswert der Liegenschaft der damals erzielte Verkaufspreis von Fr. 500'000.-- in Rechnung zu stellen. Ist dagegen auf den 1. März 1955 abzustellen, so ist als solcher Wert der Preis zu betrachten, den der Beschwerdeführer erhalten hätte, wenn er die Liegenschaft schon in diesem Zeitpunkte verkauft hätte, statt sie zunächst in dem verkleinerten, nicht mehr buchführungspflichtigen Betriebe weiterzuverwenden (vgl.BGE 76 I 210Erw. 2;BGE 79 I 366Erw. 2). Die kantonale und die eidgenössische Steuerverwaltung setzen den Verkehrswert am 1. März 1955 dem im Jahre 1956 erzielten Verkaufspreis gleich. Der Beschwerdeführer behauptet nicht, dass die beiden Werte auseinandergehen. Mangels entgegenstehender Anhaltspunkte ist der Annahme der Verwaltungen zuzustimmen.... Es braucht nicht näher geprüft zu werden, welchem der zwei in Betracht kommenden Zeitpunkte - die beide in die Berechnungsperiode für die Wehrsteuer IX fallen - der Vorzug zu geben ist; denn so oder so ist das Ergebnis praktisch dasselbe.

3. Der realisierte Mehrwert der Liegenschaft unterliegt der Wehrsteuer für Einkommen, wenn und soweit er im Geschäftsvermögen des buchführungspflichtigen Betriebes entstanden ist. Der Beschwerdeführer macht geltend, die Liegenschaft habe nur zum Teil solches Vermögen gebildet. Der Einwand ist unbegründet. Der Beschwerdeführer hat die Liegenschaft zum Betriebe seines buchführungspflichtigen Unternehmens verwendet; in dem Gebäude befanden sich die Räumlichkeiten sowohl der Bäckerei und Konditorei als auch der Wirtschaft. Diese gemischte Unternehmung hat am 28. Februar 1955 noch bestanden. Wäre anzunehmen, dass sie erst am 1. November 1956 endgültig liquidiert worden ist, so hätte sie eben bis dahin weitergedauert; es würde vorausgesetzt, dass nicht nur die Wirtschaft, sondern auch die Bäckerei und Konditorei, ungeachtet ihrer Verpachtung, so lange in der Hand des Beschwerdeführers geblieben sei. Auch die beiden Wohnungen haben den Interessen des buchführungspflichtigen Gesamtbetriebes gedient. Wenn eine Unternehmung ein ihr gehörendes Gebäude, dessen sie für ihren Betrieb bedarf, rationell auswerten will, so wird sie sich unter Umständen veranlasst sehen, darin Wohnungen einzurichten oder bestehen zu lassen; dann gehört die Ausnützung des Mietwertes der Wohnungen zum Geschäftsbetrieb und ist die ganze Liegenschaft Geschäftsvermögen. So verhält es sich hier. Die zwei Wohnungen im Hause des Beschwerdeführers sind im Rahmen des Betriebes des buchführungspflichtigen Unternehmens verwendet worden. Sie waren vom Beschwerdeführer und seinem Sohne belegt, also vom Betriebsinhaber und seiner Familie. Diese Verwendung hat offensichtlich den Geschäftsinteressen entsprochen; denn die Bäckerei und Konditorei und die Wirtschaft wären weniger leicht zu führen gewesen, wenn der Inhaber und seine Angehörigen nicht in unmittelbarer Nähe gewohnt hätten. Aus der Gesamtheit der tatsächlichen Verhältnisse (BGE 70 I 260Erw. 3) muss geschlossen werden, dass die Liegenschaft im ganzen Umfange im buchführungspflichtigen Unternehmen des Beschwerdeführers als Geschäftsvermögen investiert war.

4. Bei der Ermittlung des steuerbaren Kapitalgewinns ist vom Buchwert auszugehen, welcher den bisherigen Einschätzungen zur Einkommenssteuer zugrunde gelegt worden ist (BGE 82 I 114; BGE 83 I 345 Erw. 3). Das ist hier, was die Liegenschaft (ohne Mobiliar und Maschinen) anbelangt, der Betrag von Fr. 60'000.--, den die Rekurskommission in Rechnung stellt. ..

Das Begehren des Beschwerdeführers, anstelle dieses Buchwertes sei der - nach seiner Darstellung weit höhere - Gestehungswert einzusetzen, ist unbegründet. Wohl hat das Bundesgericht in dem vom Beschwerdeführer zitierten Urteil (BGE 83 I 345 Erw. 3) erklärt, dass der Buchwert nicht massgeblich ist, wenn der gebuchte Anfangswert in offensichtlichem Widerspruch zur wirklichen Sachlage steht, namentlich wenn er wesentlich tiefer ist als der Betrag der Kosten, die der Steuerpflichtige hat aufwenden müssen, um das Objekt in das Geschäft einbringen zu können. Hier hat man es jedoch nicht mit einem solchen Falle zu tun. Der Beschwerdeführer hat die Liegenschaft als Alleinerbe des Vaters erhalten; es waren keine Miterben vorhanden, die er hätte abfinden müssen. Er konnte den in seine Bilanz einzusetzenden Anfangswert des Objektes im Rahmen seines geschäftlichen Ermessens bestimmen. Er hat an den Wert angeknüpft, zu dem die Liegenschaft bei der letzten Steuerveranlagung des Vaters angerechnet worden war (Fr. 59'500.--). Diesen Wert (abgesehen von einer geringfügigen Differenz von Fr. 500.--) hat er in der seit 1946 geführten Buchhaltung stets ausgewiesen, und auf dieser Grundlage ist er jeweils zur Wehrsteuer für Einkommen veranlagt worden, was nach dem Wehrsteuerbeschluss, der dem Buchführungspflichtigen bei der Bewertung der Bilanzposten einen gewissen Spielraum einräumt, zulässig war (BGE 76 I 64; BGE 82 I 116). Bei der von ihm seinerzeit gewählten und stets festgehaltenen Bewertung muss er sich nun behaften lassen; er kann nicht hinterher einwenden, sie sei offensichtlich unrichtig gewesen. Würde seinem Begehren stattgegeben, so würde ein Mehrwert, der im Betriebe des buchführungspflichtigen Unternehmens - nach seinen eigenen Buchungen - entstanden und realisiert worden ist, entgegen der gesetzlichen Ordnung nicht vollständig erfasst.

5. ...

6. ...

7. Zu Unrecht erhebt der Beschwerdeführer die Einrede der Rechtskraft. Die "ordentlichen" Einkünfte einerseits und der bei einer Liquidation erzielte Kapitalgewinn anderseits bilden die Grundlage der Besteuerung des gesamten Einkommens; sie sind ein Ganzes, selbst wenn der Kapitalgewinn aus der allgemeinen Einkommensberechnung herausgenommen, nach Art. 43 WStB gesondert besteuert wird (BGE 79 I 366Erw. 2). Die beiden zu gleicher Zeit getroffenen Verfügungen, in denen die Veranlagungsbehörde im vorliegenden Fall einerseits das "ordentliche" Einkommen (und das Vermögen) und anderseits den in der nämlichen Berechnungsperiode realisierten Kapitalgewinn erfasst hat, waren Bestandteile einer die Besteuerung des gesamten Einkommens ordnenden einheitlichen Entscheidung. Mit der einen Verfügung wurde das bei Ausscheidung des Kapitalgewinns sich ergebende steuerbare Einkommen auf Fr. 8600.-- festgelegt und der entsprechenden Teilsteuer unterworfen, mit der anderen der Kapitalgewinn bestimmt und mit einer besonderen Jahressteuer belastet. Die Rekurskommission hat die den Kapitalgewinn betreffende Teilverfügung aufgehoben; sie hat diesen Gewinn - den sie neu berechnet hat - zu den übrigen Einkünften hinzugerechnet und so das gesamte steuerbare Einkommen festgelegt. Von Missachtung der Rechtskraft könnte allenfalls die Rede sein, wenn die Rekursinstanz entschieden hätte, dass das steuerbare Einkommen ohne Einrechnung des Kapitalgewinns mehr oder weniger als Fr. 8600.-- ausmache. Sie hat das jedoch nicht getan, sondern - richtigerweise - erkannt, dass der Kapitalgewinn zusammen mit dem übrigen Einkommen zu besteuern sei. Es ist klar, dass sie sich damit nicht über eine rechtskräftige Entscheidung hinweggesetzt hat. Die Frage, ob die Bestandteile des Einkommens zusammenzurechnen seien, war offensichtlich nicht endgültig erledigt, sondern noch offen, als der angefochtene Entscheid getroffen wurde. Die Rekurskommission konnte auch darüber urteilen, nachdem der Steuerpflichtige den Fall durch Beschwerde an sie weitergezogen hatte.