Aus dem Tatbestand:

A.- Aus der Gesetzgebung des Kantons Zürich sind folgende, für die Benutzung öffentlicher Gewässer geltenden Bestimmungen hervorzuheben:

a) Gesetz betreffend die Korrektion, den Unterhalt und die Benutzung der Gewässer (Wasserbaugesetz = WBG) vom 15. Dezember 1901:

"IV. Polizeiliche Vorschriften.

§ 64. Jedermann ist berechtigt, innerhalb der Schranken der polizeilichen Ordnung das öffentliche Gewässer zur Schiffahrt, zum Wasserschöpfen, Baden, Tränken, Schwemmen, Waschen usw. zu benutzen; jedoch darf dadurch die Beschaffenheit des Wassers nicht so verändert werden, dass Schaden für das öffentliche Wohl entsteht oder die allgemeine Benutzung in erheblicher Weise beeinträchtigt wird.

V. Vollziehungs- und Strafbestimmungen.

§ 75. Die Oberaufsicht über das gesamte Wasserbauwesen des Kantons steht dem Regierungsrat beziehungsweise der Direktion der öffentlichen Bauten zu."

b) Einführungsgesetz zum Schweiz. ZGB (EG/ZGB) vom 2. April 1911:

"§ 137. Die Anlegung, Abänderung oder Erweiterung, sowie der Betrieb von Wasserbenutzungsanlagen (Kraftwerken, Wiesenbewässerungen und dgl.) an öffentlichen und privaten Gewässern unterliegen der staatlichen Aufsicht.

Für die über den Gemeingebrauch hinausgehende Benützung öffentlicher Gewässer ist eine besondere staatliche Verleihung erforderlich ..."

c) Gesetz betreffend die Fischerei vom 29. März 1885:

"§ 1. Das Recht des Fischfangs in den öffentlichen Gewässern des Kantons Zürich ... steht dem Staate zu ..."

Für die fliessenden Gewässer wird die Bewilligung zum Fischfang durch Verpachtung bestimmter Gewässerstrecken als geschlossene Reviere erteilt (§ 5 lit. b in Verbindung mit § 12 Abs. 3).

B.- Der stadtzürcherische Abschnitt der Limmat von der Badeanstalt unterer Letten flussabwärts bis zur Gemeindegrenze wird in den Monaten März bis September an den Werktagen zwischen 18 und 21 Uhr sowie an den Sonntagvormittagen von mehreren Wasserfahrvereinen zu Übungs- und Wettfahrten mit Pontons und Weidlingen benutzt. Anderseits ist der gleiche Abschnitt in drei Teilstrecken als Fischereirevier verpachtet; die drei Pächter haben insgesamt 42 Fischereikarten ausgegeben an Personen, die den Fischfang als Sport betreiben.

Seit dem Bau des Lettenwerkes um 1950 beklagten sich die Fischer darüber, dass sie durch die Übungsfahrten der Wasserfahrvereine in der Ausübung ihrer Fischereirechte gestört und beeinträchtigt würden. Im Jahre 1952 kam zwischen den verschiedenen Beteiligten eine Vereinbarung zustande, die den Streit hätte beilegen sollen, aber in der Folge nicht eingehalten wurde. Die Fischer ersuchten daher den Regierungsrat, eine ihre Interessen berücksichtigende Regelung zu treffen.

Der Regierungsrat beschloss am 2. April 1959, dass das Befahren der Limmat auf der in Frage stehenden Strecke durch Wasserfahrvereine und andere Private mit Pontons und Weidlingen zu sportlichen Zwecken am Montag, Dienstag, Mittwoch und Freitag zwischen 18 und 21 Uhr sowie am ersten und dritten Sonntag jedes Monats zwischen 6 und 13 Uhr ohne besondere Bewilligung, im übrigen aber nur mit Bewilligung der Direktion der öffentlichen Bauten gestattet sei, wogegen die Durchfahrt mit Pontons und Weidlingen, sofern Ausgangs- und Endpunkt der Fahrt ausserhalb der fraglichen Flussstrecke liegen, keinen zeitlichen Beschränkungen unterliegen. Der Begründung dieses Beschlusses ist zu entnehmen:

a) Seitens der Sportfischer werde geltend gemacht und von den Wasserfahrern nicht bestritten, dass die Fahrübungen mit Pontons und Weidlingen die fragliche Flussstrecke ausschliesslich beanspruchen und auf dieser namentlich das Fischen praktisch verunmöglichen. Dagegen gebe das Befahren des Flusses mit andern Schiffen (wie Kanus, Paddelbooten usw.) zu keinen Klagen Anlass und habe die bloss gelegentliche Durchfahrt mit grösseren Wasserfahrzeugen keine ins Gewicht fallende Behinderung der Sportfischer zur Folge.

b) Das Befahren öffentlicher Gewässer mit Schiffen gehöre grundsätzlich zu den Benutzungsarten, die unter den keiner Bewilligung bedürftigen Gemeingebrauch fallen. Da die kantonale Gesetzgebung den Begriff des Gemeingebrauchs zwar kenne, aber nirgends allgemeingültig umschreibe, sei die Abgrenzung des Gemeingebrauchs vom gesteigerten Gemeingebrauch und dieser Gebrauchsart von der Sondernutzung nach den von Rechtsprechung und Lehre entwickelten Grundsätzen und Kriterien vorzunehmen. Danach erschöpfe sich der Gemeingebrauch in den Benutzungsmöglichkeiten, von denen eine unbestimmte Zahl von Benutzern gleichzeitig Gebrauch machen könne, ohne einander erheblich zu behindern. Diese Auffassung liege auch § 64 WBG zugrunde. Sei aber die erhebliche Behinderung anderer Benutzer der öffentlichen Sache ein entscheidendes Kriterium für die Abgrenzung des einfachen vom gesteigerten Gemeingebrauch, so könne das übungs- und wettkampfmässige Wasserfahren mit Pontons und Weidlingen auf der Limmat nicht mehr als einfacher Gemeingebrauch gelten, da es die gleichzeitige Benutzung des Gewässers durch Dritte, insbesondere zum Fischfang, geradezu ausschliesse. Anderseits stelle es auch keine (konzessionspflichtige) Sondernutzung im Sinne von § 137 EG/ZGB dar. Es sei daher dem gesteigerten Gemeingebrauch zuzurechnen und könne infolgedessen behördlichen Beschränkungen, insbesondere der Bewilligungspflicht unterworfen werden. Die Befugnis zu solchen Anordnungen stehe dem Regierungsrat auch ohne besondere gesetzliche Ermächtigung zu; sie ergebe sich aus dem allgemeinen Aufsichtsrecht des Staates über die dem Gemeingebrauch überlassenen öffentlichen Sachen (vgl.BGE 75 I 15) und aus der dem Regierungsrat zustehenden Oberaufsicht über das gesamte Wasserbauwesen des Kantons (§ 75 des Wasserbaugesetzes).

c) Die Wasserfahrübungen im Sinne eines Polizeiverbots mit Erlaubnisvorbehalt einer umfassenden Bewilligungspflicht zu unterstellen, erscheine wenig sinnvoll. Die Interessenkollision zwischen Fischern und Wasserfahrern lasse sich zweckmässig durch eine Regelung lösen, welche das Wasserfahren zu bestimmten Zeiten ohne besondere Bewilligung zulasse und nur ausserhalb dieser Zeiten von einer solchen abhängig mache.

C.- Gegen diesen Beschluss haben der Kantonalzürcherische Verband der Wasserfahrer und 5 ihm angeschlossenen Wasserfahrvereine (nach Abweisung eines Wiedererwägungsgesuchs) staatsrechtliche Beschwerde erhoben. Sie machen Verletzung der Art. 4 und 24 ter BV geltend.

Das Bundesgericht weist die Beschwerde ab, soweit darauf einzutreten ist.

1/4. - (Prozessuales; Rüge der Verletzung des Art. 24 ter BV).

5. Der angefochtene Entscheid beruht auf der Annahme, dass während der Wasserfahrübungen mit Pontons und Weidlingen auf der fraglichen Flussstrecke das Fischen unmöglich sei. In der Beschwerde wird diese Beeinträchtigung der Fischerei bestritten. Indessen handelt es sich um eine Würdigung tatsächlicher Verhältnisse, die das Bundesgericht bindet, sofern sie nicht willkürlich ist (BGE 67 I 68und 328,BGE 78 I 302,BGE 79 I 122Erw. 1 und BGE 80 I 136 Erw. 3). Die Beschwerdeführer machen aber nicht geltend und versuchen noch weniger darzutun, dass jene Annahme willkürlich sei, weshalb auch das Bundesgericht von ihr auszugehen hat.

6. Inhalt und Umfang der jedermann ohne besondere Bewilligung offenstehenden Benutzung, des sog. Gemeingebrauchs, werden für öffentliche Gewässer in § 64 WBG umschrieben. Dass das Fischen, das in der hier enthaltenen Aufzählung verschiedener Benutzungsarten nicht erwähnt ist, nicht zum Gemeingebrauch gehört, ist unbestritten. Das Recht des Fischfangs in öffentlichen Gewässern steht als Regal dem Staate zu, der es bei fliessenden Gewässern durch Verpachtung bestimmter Gewässerstrecken als Fischereireviere nutzt (§§ 1, 5 und 12 des zürch. Fischereigesetzes). Diese Verpachtung ist rechtlich kein zivilrechtlicher Vertrag, sondern eine öffentlichrechtliche Verleihung oder Konzession, durch welche ein Sondernutzungsrecht des Fischpächters am öffentlichen Gewässer begründet wird (vgl.BGE 63 II 48Erw. 1 und FLEINER, Institutionen S. 379).

Im Gegensatz zum Fischen gehört die Schiffahrt auf den öffentlichen Gewässern grundsätzlich zum Gemeingebrauch. Die Aufzählung in § 64 WBG erwähnt sie ausdrücklich und an erster Stelle. Der Regierungsrat nimmt indessen an, das übungs- und wettkampfmässige Befahren der in Frage stehenden Limmatstrecke mit Pontons und Weidlingen gehe über den Gemeingebrauch hinaus und dürfe als gesteigerter Gemeingebrauch behördlichen Beschränkungen wie der Bewilligungspflicht unterworfen werden. Die Beschwerdeführer bezeichnen diese Betrachtungsweise als willkürlich und machen geltend, ihre Benutzung halte sich im Rahmen des einfachen Gemeingebrauchs und dürfe nicht deshalb als gesteigerter Gemeingebrauch bezeichnet werden, weil sie das Fischen, d.h. die Ausübung eines Sondernutzungsrechts, beeinträchtige.

7. Das Recht auf die nach § 64 WBG zum Gemeingebrauch gehörenden Benutzungsarten ist nicht unbegrenzt. § 64 WBG lässt sie ausdrücklich nur "innerhalb der Schranken der polizeilichen Ordnung" zu, was offenbar dahin zu verstehen ist, dass der Gemeingebrauch aus polizeilichen Gründen, zum Schutze der öffentlichen Ordnung, Ruhe, Sicherheit, Sittlichkeit und Gesundheit beschränkt werden darf. Ferner bestimmt § 64 WBG, dass die Beschaffenheit des Wassers durch die Benutzung nicht so verändert werden darf, dass dadurch Schaden für das öffentliche Wohl entsteht oder die allgemeine Benutzung in erheblicher Weise beeinträchtigt wird. Diese Bestimmung kann ohne Willkür in dem Sinne ausdehnend ausgelegt werden, dass nicht nur eine die Beschaffenheit des Wassers ändernde, sondern jede Benutzung, welche die allgemeine Benutzung in erheblicher Weise beeinträchtigt, über den Gemeingebrauch hinausgehe und zu unterbleiben habe.

Diese sich aus § 64 WBG ergebende Schranke ist jedoch nicht das einzige Kriterium dafür, ob eine Benutzung sich im Rahmen des Gemeingebrauchs hält oder über ihn hinausgeht. Unter Umständen darf auch eine nicht durch ausdrückliche Vorschrift verpönte, aber über die gewöhnliche Benützung hinausgehende Inanspruchnahme einer öffentlichen Sache als gesteigerter Gemeingebrauch betrachtet werden. Wenn der Verkehr einzelner Personen zu Fuss zum Gemeingebrauch an öffentlichen Strassen gehört, so gilt dies nicht ohne weiteres auch für Prozessionen, politische Umzüge, verbandsmässige Marschübungen usw. Solche Veranstaltungen dürfen ohne Willkür als gesteigerter Gemeingebrauch behandelt werden (vgl.BGE 61 I 110,BGE 49 I 148/49). Ähnlich verhält es sich mit dem Verkehr auf öffentlichen Gewässern. Wenn nach § 64 WBG die Schiffahrt jedermann gestattet ist, so fällt darunter zweifellos der gewöhnliche Verkehr mit Schiffen, das durchgehende Befahren von Gewässern, weshalb denn auch, wie im angefochtenen Entscheid (Dispositiv III) ausdrücklich festgehalten wird, das Durchfahren der in Frage stehenden Limmatstrecke keinen Beschränkungen unterliegt. Demgegenüber ist das übungs- und wettkampfmässige Befahren dieser verhältnismässig kurzen Flussstrecke eine so intensive Benutzung, dass sie jedenfalls ohne Willkür als gesteigerter Gemeingebrauch betrachtet und, zumal wenn sie andere rechtmässige Benutzungsarten stört, der Bewilligungspflicht unterstellt werden darf.

In den von den Beschwerdeführern angerufenen UrteilenBGE 77 I 288und BGE 81 I 19 heisst es freilich, eine Benutzung übersteige den Gemeingebrauch, wenn sie den gleichen Gebrauch aller Berechtigten ausschliessen würde. Diese Formulierung erweist sich als zu eng. Eine Benutzung, die intensiver als die gewöhnliche ist, darf auch dann als gesteigerter Gemeingebrauch betrachtet werden, wenn sie zwar den allgemeinen Gebrauch nicht hindert, wohl aber eine Benutzung stört, die einem oder mehreren Privaten als gesteigerter Gemeingebrauch oder Sondernutzung auf Grund einer Bewilligung oder Konzession gestattet ist, wie es bei der rechtmässigen Ausübung der vom Staat als Inhaber des Regals verliehenen Fischereirechte der Fall ist. Dem Regierungsrat kann daher nicht Willkür vorgeworfen werden, wenn er annimmt, das ein gleichzeitiges Fischen auf der fraglichen Limmatstrecke verunmöglichende übungs- und wettkampfmässige Befahren mit Pontons und Weidlingen gehe über den Gemeingebrauch hinaus. Dann ist es aber auch nicht zu beanstanden, wenn er diese Fahrten der Bewilligungspflicht unterstellte und für sie im Hinblick auf die Interessen der Fischer die im angefochtenen Entscheid enthaltene zeitliche Ordnung traf. § 137 EG/ZGB sieht zwar für die über den Gemeingebrauch hinausgehende Benutzung öffentlicher Gewässer nur die Verleihung vor und kennt die polizeiliche Erlaubnis nicht (nicht veröffentl. Urteil des Bundesgerichts vom 3. Oktober 1930 i.S. Stadtgemeinde Zürich c. Regierungsrat des Kantons Zürich Erw. 3). Das schliesst jedoch nicht aus, dass der Regierungsrat sich unter Umständen mit einer. blossen Bewilligung (Polizeierlaubnis) begnügt und Fahrten zu bestimmten Zeiten allgemein, ohne Einholung der Bewilligung, gestattet. Die Befugnis hiezu folgt ohne weiteres aus der dem Regierungsrat in § 75 WBG übertragenen Oberaufsicht über das gesamte Wasserbauwesen in Verbindung mit § 137 EG/ZGB. Sie wäre auch beim Fehlen dieser Bestimmungen anzunehmen angesichts des allgemeinen Aufsichtsrechtes des Staates über die dem Gemeingebrauch überlassenen öffentlichen Sachen (BGE 75 I 15; IMBODEN Schweiz. Verwaltungsrechtssprechung Nr. 19 Bem. III).

8. Der angefochtene Entscheid hält dem Vorwurfe der Willkür übrigens auch dann Stand, wenn man mit der Beschwerde davon ausgeht, die Wasserfahrübungen der Beschwerdeführer gingen über den Gemeingebrauch nicht hinaus.

Es gehört zum Wesen des Gemeingebrauchs, dass das Recht jedes Benützers durch dasjenige der andern Benützer beschränkt ist, denn der Gemeingebrauch an einer öffentlichen Sache kann nicht von allen Berechtigten gleichzeitig und am gleichen Orte ausgeübt werden. Eine vorübergehende Beeinträchtigung (z.B. beim Entladen eines Camions auf der Strasse) ist mit dem Gebrauch vielfach unvermeidlich verbunden und daher nicht zu beanstanden (FORSTHOFF, Lehrbuch des Verwaltungsrechts, 8. Aufl., S. 343). Ferner können die verschiedenen Benützer, ohne ihre Befugnisse zu überschreiten, sich gegenseitig stören. Wenn die Polizei bei solchen Kollisionen regelnd eingreift, so liegt hierin keine unzulässige Behinderung oder Beschränkung des Gemeingebrauchs, sondern eine Regelung desselben, welche seine reibungslose Ausübung durch alle Berechtigten gestattet (vgl. OTTO MAYER, Verwaltungsrecht 3. Aufl. Bd. II S. 84/86). So kann eine verkehrsreiche Strassenkreuzung nicht gleichzeitig in allen Richtungen von Fahrzeugen und Fussgängern überquert werden; es bedarf einer Regelung, welche die Überquerung abwechselnd einzelnen Gruppen von Verkehrsteilnehmern gestattet bzw. verwehrt und damit einen Teil der Berechtigten vorübergehend von der Benützung der Strasse ausschliesst. Solche Kollisionen, die einer polizeilichen Regelung rufen, können sich nicht nur unter den zum Gemeingebrauch an der Strasse Berechtigten ergeben, sondern auch zwischen diesen und denjenigen, welche die Strasse auf Grund einer ihnen erteilten Bewilligung (z.B. zur Veranstaltung eines Umzugs) oder einer Konzession (z.B. zum Einbauen eines Industriegeleises) stärker in Anspruch nehmen. Entsprechendes gilt auch für die Benutzung öffentlicher Gewässer. Wenn eine zulässige Benutzung die gleichzeitige Benutzung durch andere Berechtigte dauernd ausschliesst, so darf die zuständige Behörde eine Regelung treffen, welche die beiden Benutzungen abwechselnd gestattet. So verhält es sich im vorliegenden Falle, wenn mit den Beschwerdeführern davon ausgegangen wird, das übungs- und wettkampfmässige Wasserfahren mit Pontons und Weidlingen gehöre noch zum einfachen Gemeingebrauch. Da es das gleichzeitige Fischen auf der fraglichen Limmatstrecke praktisch verunmöglicht, darf es der Bewilligungspflicht unterstellt und in der Weise zeitlich beschränkt werden, wie es im angefochtenen Entscheid geschehen ist. Diese Massnahme trifft nicht einseitig die Wasserfahrer, sondern ebenso die Fischer, da das Fischen zu den Zeiten, da Wasserfahrübungen durchgeführt werden dürfen, unmöglich ist. Die Beschwerdeführer wenden zu Unrecht ein, dass der Gemeingebrauch der Sondernutzung stets vorgehe und diese sich jenem anzupassen habe. Wenn das Recht zur Sondernutzung einer öffentlichen Sache rechtmässig verliehen worden ist, muss dieses Recht auch ausgeübt werden können und der Gemeingebrauch mit Rücksicht darauf gewisse Beschränkungen auf sich nehmen. Das Bundesgericht hat in einem Streit über die den Strassenanstössern aus der Einlegung eines Industriegeleises in eine Strasse erwachsenden Nachteile ausgeführt, dass der Anstösser kein besseres Recht auf Benützung einer im Gemeingebrauch stehenden Strasse habe als jeder andere Volksgenosse, dass er sich wie dieser Einschränkungen des Gemeingebrauchs gefallen lassen müsse und dass es dabei, wie jedenfalls ohne Willkür angenommen werden könne, nicht darauf ankomme, ob die Einschränkung durch Verleihung eines Sondernutzungsrechtes oder sonstwie herbeigeführt werde (Urteil vom 3. Dezember 1952, i.S. Frei c. Regierungsrat des Kantons St. Gallen, Erw. 3, abgedruckt in ZBl 1953 S. 273 ff. und bei IMBODEN a.a.O. Nr. 54). Es ist daher, beim Fehlen einer gesetzlichen Bestimmung über das Verhältnis der Fischereirechte zum Gemeingebrauch im allgemeinen und zur Schiffahrt insbesondere, zum mindesten nicht willkürlich, die Wasserfahrübungen der Beschwerdeführer selbst dann, wenn sie noch zum Gemeingebrauch gehören sollten, zeitlich zu beschränken, um eine Sondernutzung wie das Fischen zu ermöglichen. Die Zuständigkeit des Regierungsrates ergibt sich wiederum aus der ihm nach § 75 WBG zustehenden Oberaufsicht über das gesamte Wasserbauwesen, die, wie ohne Willkür angenommen werden kann, auch die Befugnis umfasst, Anstände über den Umfang des Gemeingebrauchs (§ 64 WBG) und über dessen Verhältnis zu den andern Benützungsarten zu beurteilen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:

Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.