A.- 1. Im Schiltwald, der unterhalb Emmen dem linken Ufer der Reuss folgt, betreiben die G. Anliker & Co. AG, Bauunternehmung in Emmenbrücke, und die Schnyder, Plüss & Co. AG, Bauunternehmung in Luzern, je eine Kiesgrube. Das Grundwasser liegt ungefähr 1-2 m unter der Erdoberfläche und bildet, da der Kies bis in eine Tiefe von ungefähr 4-5 m ausgebeutet wurde, in diesen Gruben zwei offene Teiche.

Die Firma Anliker pachtete am 1. März 1957 von der Korporation Rotterswil die Parzelle Nr. 750 Grundbuch Emmen, im Halte von etwa 24'000 m2, auf die Dauer von 10 Jahren. Sie nutzte bis zum Herbst 1963 rund 18'000 m2. Die Firma Schnyder & Plüss erwarb im Frühjahr 1956 das Grundstück Nr. 376 Buchrain im Ausmass von 19'452 m2. Sie baute dort auf einer Fläche von rund 15'000 m2 Kies ab. Am 23. Februar 1962 übte sie an der Nachbarparzelle Nr. 192 im Ausmass von 41'322 m2 ein Kaufrecht aus. Auf dieser Parzelle ist bisher kein Kies geschürft worden.

In beiden Teichen wurden bis im Sommer 1960 grössere Mengen von Bauschutt, Baugrundaushub, Kupferdrähten, elektrischen Isolationsröhren, Asphaltstücken, Gips und sogar Kehricht festgestellt. Im Jahre 1961 liess die Firma Schnyder & Plüss die Zufahrten durch Fahrverbote sperren. Beide Bauunternehmen erwirkten ein amtliches Verbot für das Verunreinigen des Teiches und das Ablagern von Abfällen.

2. Am 28. Dezember 1961 reichte die Eidg. Anstalt für Wasserversorgung, Abwasserreinigung und Gewässerschutz (EAWAG) dem Staatswirtschaftsdepartement des Kantons Luzern das von diesem am 6. Juli 1960 in Auftrag gegebene Gutachten ein. Es empfiehlt, einen Kataster der Kies- und Grundwasservorkommen im luzernischen Reusstal aufzunehmen. Soweit sich Kies im Bereich wesentlicher Grundwasservorkommen finde, sei der Abbau und jede andere Gefährdung des Grundwassers zu verhindern, während andererseits die für eine unbeschränkte Ausbeutung in Frage kommenden Kiesbänke zu bezeichnen seien. Zur Beobachtung der Qualität des Grundwassers seien u.a. besondere Massnahmen erforderlich. Bis zum Abschluss dieser Abklärung sollten auch die bestehenden, in das Grundwasser reichenden Kiesgruben vor Verschmutzung möglichst geschützt werden.

B.- Das Staatswirtschaftsdepartement des Kantons Luzern untersagte am 5. März 1962 den beiden Bauunternehmungen gemäss § 15 des kantonalen Gesetzes über den Gewässerschutz jegliches Auffüllen der Kiesgruben und verpflichtete sie, gestützt auf Art. 4 Abs. 3 des BG über den Schutz der Gewässer (GSchG), die Teiche durch Zäune vor dem Einfüllen von Materialien durch Dritte zu schützen.

C.- Die Betroffenen rekurrierten gegen diese Verfügung an den Regierungsrat des Kantons Luzern. Mit Entscheid vom 1. August 1963 wies der Regierungsrat des Kantons Luzern gestützt auf Art. 2 Abs. 1 und 3, Art. 4 Abs. 1, 2 und 3 GSchG, § 15 des kantonalen Gewässerschutzgesetzes und § 14 der kantonalen Vollziehungsverordnung den Rekurs der Firmen Anliker und Schnyder & Plüss ab. Er ergänzte die Verfügung des Staatswirtschaftsdepartementes dahin, dass die Grundwasserteiche mit einem 2, 5 m hohen Zaun aus Geflechtdraht in mindestens 15 m Abstand vom Ufer (gemessen beim höchsten Wasserstand) zu umgeben seien. Indessen gestattete er dem kantonalen Amt für Gewässerschutz, je nach den örtlichen Verhältnissen geringere Abstände zu bewilligen. Das Verbot, die Teiche ohne Bewilligung wieder aufzufüllen, begründete er mit dem Hinweis, allein die zuständigen Behörden seien in der Lage, mit Hilfe ihrer Sachverständigen zu entscheiden, ob die Wiederauffüllung dem Grundwasser schädlich sei und welche Materialien gegebenenfalls hierfür ohne Gefahr verwendet werden könnten.

D.- Mit rechtzeitig erhobener Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragen die Bauunternehmungen Anliker und Schnyder & Plüss, der Entscheid des Regierungsrates sei aufzuheben. Sie machen zur Hauptsache geltend, die Vorinstanz habe Art. 4 BV verletzt; die Verpflichtung, auf eigene Kosten einen Zaun entlang der Grundwasserteiche zu errichten, sei unangemessen und der Firma Anliker als blosser Pächterin sei es rechtlich gar nicht möglich, der Auflage nachzukommen. Bundesrecht sei auch dadurch verletzt, dass die kantonalen Instanzen trotz der besonderen Verhältnisse keine Ausnahmebewilligung gemäss Art. 4 Abs. 5 GSchG erteilt hätten.

E.- Der Regierungsrat beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen. Er macht geltend, eine Umzäunung sei unentbehrlich, da ein Auffüllen der beiden Teiche mehrere Jahre beanspruchen werde, wenn sie überhaupt zu verantworten sei. Die Kiesgruben der Beschwerdeführerinnen würden gerade durch ihre Abgeschiedenheit zu unbefugtem Ablagern von Abfällen verlocken. Die Zutritts- und Ablagerungsverbote hätten sich als ungenügend erwiesen. Besondere Verhältnisse im Sinne von Art. 4 Abs. 5 GSchG seien nicht gegeben.

F.- Das Eidg. Departement des Innern beantragt ebenfalls, die Verwaltungsgerichtsbeschwerde sei abzuweisen. Es führt aus, nur eine starke Umzäunung könne verhindern, dass Kehricht und andere Abfälle am Ufer oder im Grundwasser abgelegt werden.

1. a) Nach Art. 14 GSchG kann gegen Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die in Anwendung dieses Gesetzes ergehen, die Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht eingereicht werden. Ein solcher Entscheid ist der hier angefochtene. Der Regierungsrat hat die Umzäunung gestützt auf Art. 2 Abs. 1 und Art. 4 Abs. 2 oder 3 GSchG angeordnet.

Gegen das auf § 15 des kantonalen Gewässerschutzgesetzes beruhende Verbot, die Kiesgruben ohne Bewilligung wieder aufzufüllen, haben sich die Betroffenen im vorliegenden Verfahren nicht beschwert; hierüber ist vor den kantonalen Instanzen ein Verfahren hängig.

b) Mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann geltend gemacht werden, der angefochtene Entscheid verletze Bundesrecht oder sei nicht angemessen (Art. 104 Abs. 1 OG, Art. 14 GSchG). Die Beschwerdeführerinnen haben denn auch diese beiden Rügen erhoben. Neben ihnen bleibt indessen kein Raum für den in der gleichen Beschwerde erhobenen Vorwurf, die Vorinstanz habe bei der Anwendung des eidg. Gewässerschutzgesetzes gegen Art. 4 BV verstossen; denn der Gerichtshof hat nicht bloss unter dem beschränkten Gesichtswinkel des Art. 4 BV, sondern frei zu prüfen, ob die kantonale Behörde das Bundesgesetz zutreffend angewendet und von dem ihr zustehenden Ermessen einen richtigen Gebrauch gemacht habe (BGE 84 I 154, BGE 86 I 192).

Die Beschwerdeführerinnen rügen in der gleichen Beschwerde, dass ihnen kein Einblick in das Gutachten der EAWAG gewährt worden sei. Richtig ist zwar, dass die kantonale Verwaltung dieses Gutachten den Beschwerdeführerinnen nicht zugestellt hat. Indessen ist die Unterlassung in diesem Verfahren nicht wesentlich, da sich der Regierungsrat, soweit er die Errichtung des Zaunes verfügte, nicht auf das Gutachten stützte.

2. a) Nach Art. 2 Abs. 1 GSchG sind gegen die Verunreinigung oder andere schädliche Beeinträchtigung der ober- und unterirdischen Gewässer allgemein diejenigen Massnahmen zu ergreifen, die notwendig sind zum Schutze der Gesundheit von Mensch und Tier, zur Verwendung von Grund- und Quellwasser als Trinkwasser und zur Aufbereitung von Wasser aus oberirdischen Gewässern zu Trink- und Brauchwasser. Daneben enthalten Art. 2 Abs. 2, Art. 3 und 4 besondere Vorschriften für einzelne Gefahrenherde (z.B. Abwasser, Lagerung von Stoffen und Kiesgruben). So bestimmt Art. 4 Abs. 3 GSchG, dass bei bereits vorhandenen Kiesgruben die erforderlichen Massnahmen zu treffen sind, um damit verbundene Gewässerverunreinigungen zu beheben. Für die Anordnung von Schutzmassnahmen genügt der Nachweis, dass das Wasser gefährdet sei. Auch auf dem Gebiet des Gewässerschutzes ist Störer nicht nur, wer eine polizeiliche Vorschrift selbst übertritt. Als Störer gilt ebenfalls, wer es in Kauf nimmt, dass andere durch sein an sich nicht rechtswidriges Verhalten zur Übertretung von polizeilichen Vorschriften veranlasst werden (vgl. BGE 87 I 113 /4, BGE 90 I 4 Erw. 1a).

b) Geht man hievon aus, so hält die angefochtene Verfügung stand:

Den Akten ist zu entnehmen, dass das bereits durch den Kiesabbau belastete Grundwasser zusätzlich durch Abfälle gefährdet wird. So hat der Vorsteher des kantonalen Amtes für Gewässerschutz anlässlich der Begehungen vom 9. August 1960, 11. August 1960, 5. April 1961, 16. Mai 1961, 25. Juli 1961 sowie 17. Januar 1962 Abfälle in den Grundwasserteichen oder an deren Ufer angetroffen. Am 14. Mai 1963 meldete der Gemeinderat Ebikon, dass leere Ölfässer aus den Teichen gezogen worden seien. Aus den Berichten des kantonalen Polizeikommandos geht zudem hervor, dass Gemeindearbeiter von Ebikon am 24. Februar 1964 aus dem Grundwasserteich der Firma Schnyder & Plüss drei Abbruchautos, die trotz des Zufahrts- und Verunreinigungsverbotes im Frühjahr 1963 dort heimlich versenkt worden waren, gehoben haben. Da die amtlichen Verbote die Ablagerer von Abfällen nicht abschrecken konnten, haben die Beschwerdeführerinnen dafür einzustehen, dass das durch ihre Kiesausbeutung freigelegte Grundwasser durch weitere Massnahmen vor solchen Verunreinigungen bewahrt wird.

Der Regierungsrat hat zum Schutze des Grundwassers verfügt, dass die beiden Teiche, 15 m vom Ufer entfernt, mit einem 2,5 m hohen Geflechtdraht einzufrieden seien. Dass ein solcher Hag ein, wenn auch nicht vollkommenes, so doch an sich taugliches Schutzmittel darstellt, ist bereits in BGE 86 I 204 /5 erkannt worden. Das Eidg. Departement des Innern hält einen Drahtzaun im vorliegenden Fall für die Abwehr von schädlichen Abfällen als unerlässlich. Da der Abstand von 15 m der ungefähren Wurfweite ab Lastwagen entspricht, ist auch die vorgesehene Entfernung dem angestrebten Ziel angepasst. Ob ausserhalb der abgehagten Fläche weiterhin schädliche Abfälle hingelegt und ob die Teiche später aufgefüllt werden, ist nicht entscheidend. Wesentlich ist, dass die Grundwasserteiche während ihres Bestehens wirksam geschützt werden. Die Auflage, durch einen Zaun weitere Beeinträchtigungen zu verhindern, erscheint daher als dem Zweck des Gesetzes entsprechend.

3. Die betroffenen Baufirmen bestreiten die Angemessenheit der angefochtenen Verfügung und bringen im einzelnen vor:

a) Die horizontale Entfernung zwischen den Teichen und der nächsten Wasserfassung sei so gross und die filtrierende Wirkung der 30-50 m mächtigen Schotterschicht derart, dass die Verunreinigung auf natürlichem Wege behoben werde. Diese Umstände seien nach Art. 2 Abs. 3 GSchG bei der Anordnung von Schutzmassnahmen zu berücksichtigen.

In BGE 86 I 200 /01 Erw. 8 wird zwar festgestellt, dass eine 2 m mächtige Schotterschicht Sickerwasser, wenn es sich mindestens 30 Tage in ihr aufhalte, normalerweise genügend reinige. Diese Aussage bezieht sich aber nur auf Grundwasser, das aus einer Kiesgrube stammt und nicht zusätzlich durch schädliche Stoffe verunreinigt wird (vgl. Erw. 9 S. 203).

Im vorliegenden Fall wird das Grundwasser durch den Abbau des Kieses und zusätzlich durch verderbliche Abfälle beeinträchtigt. Dass die filtrierende Wirkung der Schotterschicht eine doppelte Beeinträchtigung auszugleichen vermöchte, ist nicht nachgewiesen. So entspricht es dem Schutzgedanken des Gesetzes, durch einen Zaun mindestens die Abfälle fernzuhalten und die filtrierende Wirkung des Schotters ganz der natürlichen und der durch den Betrieb der Kiesgrube gegebenen Beeinträchtigung des offenen Grundwassers vorzubehalten. Der Einwand dringt daher nicht durch.

b) Die Beschwerdeführerinnen behaupten weiter, die Auflage, die Teiche zu umzäunen, belaste sie mit Kosten, die in keinem Verhältnis zum angestrebten Erfolg ständen. Auch dieser Einwand ist nicht stichhaltig.

Auf die Kosten der zu treffenden Massnahmen ist nicht Rücksicht zu nehmen, wo es, wie hier, um die Sicherstellung gesunden Trink- und Brauchwassers geht (Art. 2 Abs. 3 GSchG; BGE 86 I 198 Erw. 7 a, BGE 90 I 199). Es kann auch nicht gesagt werden, die Überwälzung dieser Kosten auf die beiden Baufirmen sei unzumutbar. Der von Firma Schnyder & Plüss eingereichte Voranschlag (Fr. 61'000.--) bezieht sich - wie der Regierungsrat mit Recht ausführt - auf einen Zaun, der den Teich und die noch nicht ausgebeutete Parzelle umschliesst; ein Hag, 15 m vom Ufer des jetzigen Teiches entfernt, würde indessen nur etwa 3/5 dieser Länge beanspruchen. Die Auslagen wären daher auf annähernd Fr. 36'000.--, zusätzlich die eigenen Aufwendungen zu veranschlagen. Kosten in dieser Grössenordnung erscheinen jedoch im Hinblick auf die bisher ausgebeuteten Kiesmengen (Anliker = rund 18'000 m2 auf eine Tiefe von 5 m; Schnyder & Plüss - rund 15'000 m2 auf eine Tiefe von 4-5 m) nicht als untragbar.

Richtig ist, dass die Beschwerdeführerinnen nicht mehr in der Lage sind, auf die Errichtung der Kiesgrube zu verzichten. Sie haben indessen nicht dargelegt, dass bei einer um diese Kosten verteuerten Kiesförderung kein angemessener Gewinn mehr bliebe. Unerheblich ist, ob der gewonnene Kies für den eigenen Betrieb oder für den Verkauf bestimmt war und ist.

c) Offensichtlich fehl geht der Einwand, die den Beschwerdeführerinnen auferlegte Umzäunungspflicht sei deshalb nicht angemessen, weil gegen andere Herde der Gewässerverschmutzung nicht ebenso entschieden eingeschritten werde. Eine notwendige Verwaltungsmassnahme kann nicht dadurch abgewehrt werden, dass die Behörde auf Tatbestände hingewiesen wird, wo ein Eingriff nach Meinung der Betroffenen noch dringlicher wäre. Der Regierungsrat hat zudem in der Beschwerdeantwort zugesichert, dass er auch gegen die anderen Gefahrenquellen vorgehen werde.

4. Die Firma Anliker ficht die regierungsrätliche Verfügung noch mit dem Hinweis an, sie habe den Pachtvertrag am 1. März 1957 abgeschlossen, also bevor die Vorschriften über die Ausbeutung rechtskräftig geworden seien. Sie irrt. Das Gewässerschutzgesetz, auf welches sich die angefochtene Verfügung stützt, ist am 1. Januar 1957 in Kraft getreten.

5. Die Firma Anliker bringt weiter vor, die Auflage, den Grundwasserteich einzuzäunen, sei rechtlich nicht durchführbar; denn sie sei nur Pächterin der Liegenschaft. Die Korporation Rotterswil als Eigentümerin könnte sich gegen solche Massnahmen mit den Mitteln des Besitzesschutzes wehren. Auch dieser Einwand kann nicht gehört werden.

Mit dem Recht, Kies auszubeuten, hat die Firma Anliker auch das Recht erworben, das Land abzuschranken. Aus den Akten folgt, dass der Zaun, so wie ihn der Regierungsrat angeordnet hat, zur Hauptsache innerhalb des gepachteten Landes erstellt werden kann. Ergibt sich bei der Einfriedigung, dass der Mindestabstand von 15 m je nach den örtlichen Verhältnissen nicht eingehalten werden kann, so ist der Regierungsrat bereit, der Beschwerdeführerin zu gestatten (vgl. Vernehmlassung S. 8/9), den Hag näher zum Teich zu rücken, wenn er entsprechend höher erstellt wird. Sollte jedoch der Zaun teilweise über das Land Dritter geführt werden müssen und sollte sich die Korporation Rotterswil oder ein anderer Nachbar zur Wehr setzen, so steht es den Behörden des Kantons Luzern zu, auch ihnen gegenüber die Umzäunung zu verfügen; denn nach Art. 2 sowie Art. 4 Abs. 3 GSchG sind erforderliche Massnahmen, ohne Unterschied des Betroffenen, zulässig, um Gewässer vor Verunreinigung zu bewahren.

6. Schliesslich machen die Beschwerdeführerinnen geltend, die kantonalen Behörden wären nach Art. 4 Abs. 5 GSchG gehalten gewesen, eine Sonderbewilligung zu erteilen. Wie das Bundesgericht in BGE 86 I 199 ff. entschieden hat, setzt die erwähnte Gesetzesbestimmung voraus, dass ein besonderer Fall vorliege. An dieser Voraussetzung fehlt es hier.

Die Beschwerde sagt nicht, in welchen Umständen die betroffenen Baufirmen den "besonderen Fall" erblicken. Auch den Akten ist nichts zu entnehmen, was die Anlage ihrer Kiesgruben als besonderen Fall im Sinne von Art. 4 Abs. 5 GSchG erscheinen liesse. Die Vorinstanz durfte somit ohne Gesetzesverletzung oder Überschreitung ihres Ermessens von einer Sonderbewilligung absehen, zumal die Firma Anliker, wie der Regierungsrat in der Vernehmlassung ausführt, für den Betrieb der Kiesgrube nach kantonalem Recht bewilligungspflichtig gewesen wäre, jedoch nie eine Bewilligung eingeholt hat.

Demnach erkennt das Bundesgericht:

Die Beschwerde wird abgewiesen.