A.- Franz Ruf und Saul Marias erhielten am 17. Januar 1962 vom Gemeinderat Stallikon die Bewilligung, am Mösliweg in Hinter-Buchenegg zwei Einfamilienhäuser zu bauen. Die Baubewilligung enthielt die Auflage, das Abwasser müsse in eine geschlossene Schmutzwassergrube, welche regelmässig zu entleeren sei, eingeleitet werden. Die Häuser wurden Ende Oktober 1962 bezogen. Am 25. August 1962 - also knapp zwei Monate vor dem Bezug der Häuser - schlossen Ruf und Marias mit Landwirt Mosimann einen Vertrag ab. Darnach hätte dieser die Abwasser übernehmen und in eine Jauchegrube auf seiner Liegenschaft einleiten sollen. Am 9. Oktober 1962 erteilte der Gemeinderat Stallikon dem Mosimann eine Bewilligung zum Bau einer überdeckten Jauchegrube. Doch wurde die Jauchegrube in jenem Winter nicht mehr erstellt. Die Abwasser der beiden Häuser ergossen sich auf das offene Feld und verschmutzten das Ried im Tobel südlich der Bucheneggstrasse.

Am 20. März 1963 griff die Baukommission der Gemeinde ein. Sie verlangte eine Verschiebung der Jauchegrube um 2 m, da sie nach dem ursprünglichen Projekt auf die Hauptleitung der gemeindeeigenen Wasserversorgung zu liegen gekommen wäre. Mosimann weigerte sich. Am 6. Mai 1963 wurde die Bewilligung für den Bau der Jauchegrube vom Gemeinderat widerrufen und die Auflage an Ruf und Marias zum Bau der "Jauchegrube Mosimann" "zurückgestellt", bis die Gemeinde über die Erstellung einer biologischen Kläranlage entschieden habe.

Der Gemeinderat kam am 31. Oktober 1963 auf die Sache zurück und beschloss eine "provisorische Verfügung". Darin wurde eine vorläufige Bewilligung zum Bau einer Kläranlage nach den Plänen der Pro Technik erteilt. Gestützt auf diese Bewilligung liessen die beiden Hauseigentümer einen ungedeckten 3-kammerigen Abwasserfaulraum von etwa 60 m3 erstellen sowie eine Leitung, durch welche die vorgeklärten Wasser in einen eingedolten Zufluss des Lettenbaches geleitet werden.

Am 14. November 1963 ersuchte die Gemeinde Stallikon namens der beiden Hauseigentümer die Baudirektion des Kantons Zürich, diese Ableitung in den Lettenbach dauernd zu bewilligen. Die Direktion der öffentlichen Bauten erteilte am 10. April 1964 aber nur eine bis 30. April 1966 befristete Bewilligung. Sie forderte die beiden Hauseigentümer auf, bis zu diesem Zeitpunkt eine geschlossene wasserdichte Jauchegrube ohne Wasserüberlauf zu erstellen und einen Leerungsdienst einzurichten.

B.- Gegen diese Verfügung rekurrierten Ruf und Marias an den Regierungsrat des Kantons Zürich, wurden aber mit Entscheid vom 24. März 1966 abgewiesen; dagegen erstreckte der Regierungsrat die Frist für den Bau der geschlossenen, wasserdichten Jauchegrube bis zum 31. Oktober 1966. Der Begründung ist zu entnehmen, der Regierungsrat müsse auf Grund der technischen Richtlinien zum Gewässerschutzgesetz auf einer geschlossenen Grube von 120 m3 beharren. Die Gemeinde Stallikon habe zwar am 28. Mai 1964 einen umfassenden Kanalisationsplan eingereicht, der aber vorläufig nicht genehmigt werden könne. In Frage stehe jetzt ein herabgesetztes Projekt, bei dem das Gebiet der Buchenegg abwassertechnisch nicht erschlossen werde. Es werde längere Zeit nicht möglich sein, die Liegenschaften in der Hinter-Buchenegg an das Kanalisationsnetz der Gemeinde anzuschliessen.

C.- Ruf und Marias fochten diesen Entscheid sowohl beim Bundesgericht als beim Zürcher Verwaltungsgericht an. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich ist auf die Beschwerde nicht eingetreten, da die strittigen Fragen ausschliesslich nach Bundesrecht (hier des Gewässerschutzgesetzes) zu beurteilen seien (Entscheid vom 16. Juni 1966).

Mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht beantragen die Beschwerdeführer, es sei der angefochtene Entscheid aufzuheben und ihnen - zeitlich unbefristet - zu erlauben, die vorgeklärten Abwasser in den Lettenbach einzuleiten. Allenfalls sei ihnen zu bewilligen, die bisherige Grube von 60 m3 zu belassen.

Zur Begründung wird geltend gemacht, der Entscheid des Regierungsrates sei gesetzwidrig und unangemessen; es wäre eine nicht zu verantwortende Härte, wenn die Familien der Beschwerdeführer ihre Häuser verlassen müssten. Die Hauseigentümer könnten nicht dafür verantwortlich gemacht werden, dass die Jauchegrube auf dem Grundstück des Mosimann nicht zustande kam. Ein Bauherr müsse sich darauf verlassen können, dass die ursprüngliche Baubewilligung rechtsbeständig bleibe. Die Beschwerdeführer hätten die Vorklärungsanlage in der Erwartung erstellt, dass eine Gemeindekanalisation mit zentraler Kläranlage verwirklicht werde, in die auch ihre Häuser einbezogen worden wären. Ohne ihr Zutun werde dieses Gemeindewerk vorläufig nicht errichtet. Zudem verstosse der Regierungsrat gegen die Rechtsgleichheit; denn Dr. Dinkelacker sei eine Klärgrube von nur 20 m3 bewilligt worden. Hinsichtlich des Eventualantrages erklären die Beschwerdeführer, angesichts der bescheidenen Benützung der beiden Häuser dürften die schon bestehenden Gruben genügen.

D.- Der Regierungsrat beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen. Sollten in der Gemeinde Stallikon noch Klärgruben bestehen, die nicht den Vorschriften des Kantons entsprechen, so werde die Regierung dafür sorgen, dass die Misstände beseitigt werden. Das Bundesgericht folgt diesem Antrag und weist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ab.

1. a) Nach Art. 14 GSchG kann gegen Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die in Anwendung dieses Gesetzes ergehen, die Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht eingereicht werden. Ein solcher Entscheid ist der hier angefochtene. Der Regierungsrat hat die bis zum 31. Oktober 1966 befristete Bewilligung, die mechanisch vorgeklärten Abwasser dem Lettenbach zuzuführen, gestützt auf Art. 3 GSchG nicht verlängert.

b) Mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann geltend gemacht werden, der angefochtene Entscheid verletze Bundesrecht oder sei nicht angemessen (Art. 104 Abs. 1 OG, Art. 14 GSchG). Der Gerichtshof hat auf entsprechende Rüge - wie sie hier erhoben wird - frei zu prüfen, ob die kantonale Behörde das Bundesgesetz zutreffend angewendet und von dem ihr zustehenden Ermessen einen richtigen Gebrauch gemacht habe (BGE 84 I 154, BGE 86 I 193, BGE 91 I 147 b). Das Bundesgericht könnte deshalb, sofern die Rüge materiell begründet ist, die Befristung einer Bewilligung aufheben oder die Bedingungen für die Einleitung von Abwassern in ein öffentliches Gewässer abändern. Auf die Beschwerde, die innert Frist erhoben worden ist, ist daher einzutreten.

2. Nach Art. 3 Abs. 1 GSchG dürfen Abwässer und andere flüssige oder gasförmige Abgänge jeder Art - u.a. aus Wohn- und Unterkunftsstätten - nur mit Bewilligung des Kantons mittelbar oder unmittelbar in Gewässer eingebracht werden. Diese Bestimmung enthält ein Verbot mit Erlaubnisvorbehalt (vgl. Botschaft des Bundesrates zum Entwurf eines Bundesgesetzes über den Schutz der Gewässer gegen Verunreinigung vom 9. Februar 1954; BBl 1954 I S. 338). Nach dem Sinn des Gesetzes soll die Erlaubnis nur zurückhaltend und unter sichernden Bedingungen erteilt werden. Bei bestehenden Ableitungen sind Massnahmen zu treffen, um Gewässerverunreinigungen zu beheben (Art. 3 Abs. 3 GSchG). Für das Einleiten von verunreinigtem Abwasser in die öffentlichen Gewässer und in die Kanäle ist im Kanton Zürich ausser der Bewilligung der Gesundheitsbehörden diejenige der Direktion der öffentlichen Bauten erforderlich (§ 65 des Wasserbaugesetzes vom 15. Dezember 1901, Zürcher Gesetzessammlung Bd. 5 S. 257 ff.).

Geht man hievon aus, so verletzt die Befristung der Bewilligung, die Abwässer in den Lettenbach einzuleiten, das eidgenössische Recht nicht; im Gegenteil, sie entspricht dem vom Gewässerschutzgesetz gewünschten Ausnahmecharakter einer solchen Erlaubnis. Den Akten ist zu entnehmen, dass die kantonalen Behörden die unbefristete Bewilligung aus der Sorge abgelehnt haben, die Zuflüsse der Reppisch möglichst rein zu halten. Richtig ist allerdings, dass die Gemeinde Stallikon am 31. Oktober 1963 der Erstellung eines 60 m3 fassenden Abwasserfaulraumes zustimmte und die Zuführung der vorgeklärten Abwasser in den I-ettenbach erlaubte. Die Bewilligung wurde vom Gemeinderat aber ausdrücklich als vorläufig bezeichnet und konnte dem Entscheid der kantonalen Behörden nicht vorgreifen. Die Erwartung der Beschwerdeführer, dass Gemeindekanalisationen mit einer zentralen Kläranlage errichtet würden und ihre Häuser angeschlossen werden könnten, war durch keine Zusicherung der allein zuständigen Baudirektion untermauert. Wenn die Baudirektion sich hinterher damit einverstanden erklärte, dass die Abwasser bis zum Bau einer geschlossenen, 120 m3 fassenden Schmutzwassergrube dem Lettenbach zugeführt werden dürfen, hat sie der besonderen Lage der Beschwerdeführer genügend Rechnung getragen.