Aus dem Tatbestand:

A.- Die Firma Marx & Co., Hergiswil, welche der Firma Longhi & Christen AG, Stansstad, die Ausführung von Bauarbeiten auf der Parzelle Nr. 566 in Engelberg übertragen hatte, liess auf ihrem ebenfalls in Engelberg gelegenen Grundstück Nr. 1314 zugunsten der genannten Bauunternehmung eine Grundpfandverschreibung in der Höhe von Fr. 35 000.-- er richten, mit folgender Zweckbestimmung:

"Diese Grundpfandverschreibung dient zur grundpfändlichen Sicherstellung eines gewährten Darlehens und aller direkten und indirekten Forderungen, welche die Firma Longhi & Christen, Stansstad, an die Firma Marx & Co., in Engelberg, hat oder inskünftig erlangen wird, gleichgültig auf was immer für einem geschäftlichen Verkehr oder rechtlichen Grundlage diese Forderungen beruhen mögen und ohne Rücksicht darauf, ob das erteilte Darlehen vorübergehend ganz oder teilweise abbezahlt oder sonst zeitweilig nicht beansprucht ist."

Am 24. April 1964 verkaufte die Marx & Co. die Liegenschaft Nr. 566 der longhi & Christen AG. Der Kaufpreis von Fr. 370 000.-- sollte u.a. durch "interne Verrechnung" von Fr. 58 000.-- entrichtet werden. Der Kaufvertrag enthält auch die folgenden Bestimmungen:

"4. Die zu Gunsten der Firma Longhi & Christen AG. im Grundbuch Engelberg, Band Niderberg, Blatt 234, Parz. 1314 eingetragene Grundpfandverschreibung von Fr. 35 000.-- bleibt bestehen und gehört zur internen Verrechnung wie oben und kann nicht vor dem 1. Januar 1965 aufgekündigt werden.

.....

6. Nach Unterzeichnung dieses Kaufvertrages werden alle gegenseitigen Forderungen beider Parteien als saldiert betrachtet, ausgenommen die Grundpfandverschreibung auf Parz. 1314."

B.- Durch Vertrag vom 24. April 1965 veräusserte die Marx & Co. die pfandbelastete Parzelle Nr. 1314 dem Joh. Aregger, Bauunternehmer in Engelberg. Der Kaufpreis von Fr. 50 000.-- sollte geleistet werden durch Barzahlung von Fr. 15 000.-- sowie durch Entrichtung von Fr. 35 000.-- bei Löschung der zugunsten der Longhi & Christen AG eingetragenen Grundpfandverschreibung. Die Verkäuferin unterrichtete den Käufer bei Vertragsschluss u.a. darüber, dass sie im Rahmen einer vor Gericht hängigen Auseinandersetzung (vgl. lit. C hienach) für die Löschung der Grundpfandverschreibung besorgt sein werde.

Aregger überbaute das Grundstück Nr. 1314 und verkaufte es hernach Frau Schmid-Thorson. Gemäss Ziff. III des Kaufvertrages vom 17. November 1965 übernahm die Erwerberin "die Schuld- und Zinspflicht" für die zugunsten der Longhi & Christen AG eingetragene Grundpfandverschreibung von Fr. 35 000.-- "unter Anrechnung an den Kaufpreis von Fr. 270 000.--".

C.- Schon am 30. September 1964 hatte die Marx & Co. der Longhi & Christen schriftlich mitgeteilt, dass sie die Grundpfandverschreibung von Fr. 35 000.-- und den Saldo von Fr. 29 636.70 aus der internen Verrechnung "zur Regulierung per 1. Januar 1965" aufkünde.

Nachdem die Longhi & Christen AG ihre Schuldpflicht bestritten und sich auch der Löschung der Grundpfandverschreibung widersetzt hatte, reichte die Marx & Co. am 10. März 1965 Klage beim Kantonsgericht Obwalden ein. Dieses hiess das Begehren um Löschung gut und wies dasjenige auf Bezahlung einer Geldsumme ab.

Beide Parteien zogen den Entscheid des Kantonsgerichts an das Obergericht des Kantons Obwalden weiter, welches sowohl Appellation als auch Anschlussappellation abwies.

D.- Gegen das Urteil des Obergerichts hat die Longhi & Christen AG beim Bundesgericht ausser einer Berufung auch eine staatsrechtliche Beschwerde eingereicht mit dem Antrag, den angefochtenen Entscheid aufzuheben. Der kantonalen Instanz wird vorgeworfen, sie habe willkürlich die Bewilligung zur Löschung der Grundpfandverschreibung erteilt und zudem auch Art. 59 BV verletzt, weil sie die Forderungsklage der Marx & Co. an die Hand genommen habe.

E.- Die Marx & Co., welche ebenfalls auf dem Wege der Berufung an das Bundesgericht gelangt ist, beantragt Abweisung der staatsrechtlichen Beschwerde.

1. Es liesse sich fragen, ob der Entscheid über die vorliegende staatsrechtliche Beschwerde auszusetzen sei, bis das Urteil über die ebenfalls eingereichte Berufung ergangen ist. Die Frage muss verneint werden. Weist nämlich das Bundesgericht eine Berufung ab, so tritt sein Urteil an die Stelle des bestätigten kantonalen Entscheides und ersetzt ihn. Die staatsrechtliche Beschwerde würde in diesem Falle gegenstandslos, weil gar kein kantonales Urteil mehr besteht, mit dem sich der Staatsgerichtshof befassen könnte (vgl. die nicht veröffentlichten Urteile vom 30. November 1960 i.S. Haupt und vom 24. Juni 1964 i.S. Fischerverein Neptun).

2. Nach Art. 88 OG steht das Recht zur Beschwerdeführung Bürgern (Privaten) und Korporationen bezüglich solcher Rechtsverletzungen zu, die sie durch allgemein verbindliche oder sie persönlich treffende Erlasse oder Verfügungen erlitten haben. Eine Rechtsverletzung im Sinne der erwähnten Bestimmung setzt einen beim Beschwerdeführer eingetretenen rechtlichen Nachteil voraus.

Insoweit, als das Obergericht die Bewilligung zur Löschung der auf dem Grundstück Nr. 1314 zugunsten der Beschwerdeführerin haftenden Grundpfandverschreibung erteilte, ist das Vorliegen eines rechtlichen Nachteils ohne weiteres zu bejahen. Zu prüfen bleibt, ob dasselbe auch gelte mit Bezug auf denjenigen Teil des angefochtenen Entscheides, in welchem die Forderungsklage der Beschwerdegegnerin abgewiesen, der Standpunkt der Beklagten und Beschwerdeführerin somit geschützt wurde. Obwohl diese einwendet, ein örtlich unzuständiges Gericht habe die Klage an die Hand genommen, wäre sie jedenfalls dann in ihrer Rechtsstellung nicht berührt, wenn es im Ergebnis beim angefochtenen Urteil bliebe, d.h. wenn die Berufungsinstanz den kantonalen Entscheid bestätigte. Mit diesem Ausgang kann jedoch deshalb nicht sicher gerechnet werden, weildie Beschwerdegegnerin ebenfalls Berufung einlegte, wodurch die mit dem Streit befasste Zivilabteilung des Bundesgerichts die Möglichkeit erhält, die Klage gutzuheissen und damit den Entscheid des Obergerichts zu Ungunsten der Beschwerdeführerin abzuändern. Dieser darf mithin das berechtigte Interesse an der Aufhebung des angefochtenen Urteils auch bezüglich der Beschwerde nach Art. 59 BV nicht abgesprochen werden (vgl. BGE 86 I 225 /6).

3. Die staatsrechtliche Beschwerde ist grundsätzlich nur zulässig, wenn die behauptete Rechtsverletzung nicht sonstwie durch Klage oder Rechtsmittel beim Bundesgericht gerügt werden kann (Art. 84 Abs. 2 OG). Betrug der Streitwert nach Massgabe der Rechtsbegehren, wie sie vor der letzten kantonalen Instanz noch streitig waren, wenigstens 8000 Franken - was vorliegend zutrifft -, so kann mit der Berufung geltend gemacht werden, das angefochtene kantonale Endurteil beruhe auf einer Verletzung des Bundesrechts (Art. 43 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 46 OG). Soweit dies die von der Beschwerdeführerin erhobenen Rügen beanstanden, können sie deshalb im staatsrechtlichen Verfahren nicht gehört werden.

Nicht einzutreten ist demnach auf die Rüge, das Obergericht schiebe der Beschwerdeführerin willkürlich die Beweislast für den Bestand der Grundpfandschuld zu. Die Verteilung der Beweislast wird vom Bundesrecht geregelt (vgl. Art. 8 ZGB).

Sodann kann auch die Behauptung nicht gehört werden, die kantonale Instanz habe den Art. 826 ZGB, also eine bundesrechtliche Bestimmung, willkürlich ausgelegt.

Unzulässig ist ferner der Vorwurf, es sei willkürlich angenommen worden, die Schuldanerkennung von Frau Schmid-Thorson, der heutigen Eigentümerin des Grundstücks Nr. 1314, habe keine Wirkung zulasten der Beschwerdegegnerin. Welche Rechte die Beschwerdeführerin aus dem Kaufvertrag zwischen Johann Aregger und Frau Schmid für sich ableiten kann, ist eine Frage des Bundeszivilrechts und zwar auch insoweit, als dabei auf die Auslegung rechtsgeschäftlicher Willenserklärungen abzustellen ist (vgl. BIRCHMEIER, Bundesrechtspflege, S. 101).

Aus dem selben Grund ist die ebenfalls in diesem Zusammenhang erhobene Rüge nicht zu hören, das Obergericht sei in willkürlicher Weise davon ausgegangen, dass sich die Beschwerdegegnerin Johann Aregger gegenüber die Führung des Rechtsstreites betreffend Löschung der Grundpfandverschreibung vorbehalten habe. Ob allfällige Schuldpflichten der Beschwerdegegnerin infolge des Kaufvertrages mit Aregger von diesem übernommen wurden und der Erwerber danach allein oder neben der Beschwerdegegnerin verpflichtet war, ist durch Auslegung von Willenserklärungen zu ermitteln und damit gleichfalls eine Frage des Bundesrechts.

4. Die Beschwerdeführerin rügt als willkürlich, dass das Obergericht die Legitimation zur Löschungsklage der Beschwerdegegnerin zuerkannt habe, obwohl diese das belastete Grundstück nach Einleitung des Prozesses veräusserte.

Ob die genannte Veräusserung auf die Aktivlegitimation des Grundpfandschuldners einen Einfluss habe und welcher Art dieser allenfalls sei, ist aber ausschliesslich eine Frage des Bundeszivilrechts und vorliegend mit der Berufung überprüfen zu lassen.

Dagegen entscheidet sich nach kantonalem Prozessrecht, ob der Grundpfandschuldner, der nach Einreichung der Klage auf Löschung das Grundpfand verkaufte, den Rechtsstreit auch dann in eigenem Namen zu Ende führen dürfe, wenn er die Aktivlegitimation nicht mehr besitzen sollte. Die Tatsache, dass das Prozessrecht des Kantons Obwalden nach Einleitung des Verfahrens neue Vorbringen zulässt, schliesst entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin jedenfalls eine im genannten Sinn verstandene Prozessführungsbefugnis nicht aus. Andere Bestimmungen, aus denen sich der Verlust dieses Rechts ergäbe, vermag die Beschwerdeführerin selber nicht zu nennen. Dass die kantonale Instanz der Beschwerdegegnerin die Befugnis belassen hat, den angehobenen Prozess auch nach Veräusserung des pfandbelasteten Grundstücks weiter zu führen, steht ebenfalls im Einklang mit der allgemeinen Lehre (vgl. GULDENER, Schweiz. Zivilprozessrecht, S. 176 und 331) und ist zumindest unter dem beschränkten Gesichtswinkel des Art. 4 BV nicht zu beanstanden.

Ob dem Vorwurf der Willkür auch die vom Obergericht zum selben Punkt gegebene zusätzliche Begründung standhalte, wonach die Beschwerdegegnerin schon wegen ihrer wirtschaftlichen Interessen berechtigt sei, den Prozess im eigenen Namen weiterhin zu führen, braucht unter diesen Umständen nicht geprüft zu werden (vgl. BGE 87 I 375).

5. a) Die Beschwerdeführerin macht geltend, das Obergericht habe in seinem Rechtsöffnungsurteil vom 21. September 1963 das Bestehen einer Schuld der Marx & Co. bejaht; demgegenüber habe es im angefochtenen Entscheid festgestellt, dass die Marx & Co. der Beschwerdeführerin nichts mehr schulde. Darin liege ein Widerspruch, der mit Art. 4 BV nicht zu vereinbaren sei.

Die Rüge ist schon deshalb unbegründet, weil allfällige Feststellungen in einem Rechtsöffnungsentscheid nur für das betreffende Betreibungsverfahren gelten und auch hier lediglich unter dem Vorbehalt gegenteiliger Feststellungen in einem Aberkennungsverfahren. Hinzu aber kommt vorliegend, dass das Obergericht im angefochtenen Entscheid davon ausgeht, die früheren Verpflichtungen der Marx & Co. gegenüber der Beschwerdeführerin seien durch den in der Zwischenzeit abgeschlossenen Kaufvertrag und die darin enthaltene Klausel über die gegenseitige finanzielle Auseinandersetzung untergegangen. In der Tat kann nicht zweifelhaft sein, dass der Kaufvertrag vom 24. April 1964 das Schuldverhältnis zwischen den Parteien auf eine neue Grundlage stellte. Welche Folgen sich daraus ergaben, ist in erster Linie auf Grund des Bundeszivilrechts zu entscheiden. Soweit die kantonale Instanz Beweise zu würdigen hatte, kann keineswegs behauptet werden, sie sei dabei willkürlich verfahren. Die Tatsache, dass eine Schuld der Marx & Co. im Betrage von Fr. 58 000.-- verrechnet wurde, macht es zum mindesten sehr wahrscheinlich, dass die Schuld, von der im Rechtsöffnungsentscheid die Rede war, dadurch getilgt werden konnte.

b) Im weitern bringt die Beschwerdeführerin vor, das Obergericht widerspreche sich auch insofern, als es einerseits annehme, die Schuld der Marx & Co. (der Beschwerdeführerin gegenüber) bestehe nicht mehr, anderseits aber davon ausgehe, dass Johann Aregger der Beschwerdegegnerin einen Restkaufpreis in der Höhe der Grundpfandverschreibung schulde. Dieser innere Widerspruch stelle eine Willkür und eine Rechtsverweigerung dar.

Der Vorwurf ist unverständlich. Die Frage, ob die Beschwerdeführerin von der Marx & Co. noch etwas zu fordern habe, ist allein gestützt auf das zwischen diesen beiden Firmen bestehende Rechtsverhältnis zu beurteilen. Eine allfällige Kaufpreisrestschuld des J. Aregger gegenüber der Beschwerdegegnerin berührt hingegen die Beschwerdeführerin nicht, und zwar auch dann nicht, wenn der erwähnte Kaufpreisrückhalt daraufzurückzuführen sein sollte, dass auf der von Aregger gekauften und weiterveräusserten Liegenschaft eine formelle Grundpfandverschreibung zugunsten der Beschwerdeführerin eingetragen ist.

c) Entgegen der in der Beschwerde vertretenen Auffassung liegt sodann keine Rechtsverweigerung darin, dass das Obergericht nicht den "ganzen Kaufvertrag Aregger/Schmid" zu den Akten genommen hat. Die Beschwerdeführerin vermag nicht darzutun, weshalb dieser von Dritten abgeschlossene Vertrag das Verhältnis zwischen ihr und der Marx & Co. hätte beeinflussen können.

6. Aus den vorstehenden Erwägungen erhellt, dass sich die in der Beschwerde erhobenen Rügen der Verletzung von Art. 4 BV, soweit auf sie im staatsrechtlichen Verfahren überhaupt eingetreten werden kann, als unbegründet erweisen. Die kantonale Instanz durfte demnach die Bewilligung zur Löschung der auf Parzelle Nr. 1314 zugunsten der Beschwerdeführerin haftenden Grundpfandverschreibung erteilen, ohne dadurch gegen die angerufene Verfassungsbestimmung zu verstossen.

7. Die Klage, welche die Beschwerdegegnerin im kantonalen Verfahren eingereicht hat, enthielt ausser dem Begehren um Löschung eines Grundpfandes auch dasjenige auf Bezahlung einer Geldforderung im Betrage von Fr. 29 636.70 nebst Zins zu 5% seit dem 25. Mai 1964. Nach Ansicht der Beschwerdeführerin war das Obergericht nicht zuständig, dieses Begehren zu beurteilen. Weil die kantonale Instanz über die Forderung gleichwohl entschieden habe, liege eine Verletzung von Art. 59 BV vor.

Das Obergericht hält demgegenüber dafür, die beiden Rechtsbegehren seien miteinander sehr eng verknüpft, es gehe in beiden Streitpunkten im wesentlichen um die Auslegung unklarer Bestimmungen des gleichen Vertrages, deren Inhalt aber für beide Begehren massgebend sei. Auf Grund dieses sachlichen Zusammenhangs sowie aus prozessökonomischen Gründen erscheine es als angezeigt und durchaus gerechtfertigt, beide Begehren vom selben Gericht und im selben Verfahren entscheiden zu lassen.

a) Die aufrechtstehende Beschwerdeführerin, deren statutarischer Sitz sich in Stansstad, Kanton Nidwalden, befindet, musste sich auf die im Kanton Obwalden eingereichte Forderungsklage nur einlassen, wenn diese dinglicher Natur war. Für persönliche Ansprachen war die Beschwerdeführerin gemäss Art. 59 BV im Kanton Nidwalden zu belangen.

b) Seiner Fassung nach stellt das umstrittene Begehren eine persönliche Ansprache dar. Dinglichen Charakters könnte es dennoch allenfalls dann sein, wenn es mit einem dinglichen Begehren in rechtlichem Zusammenhang stünde. Dies trifft jedoch nicht zu. Einmal ist das von der Marx & Co. gestellte Begehren auf Bezahlung einer Geldsumme weder eine Widerklage zu einer dinglichen Hauptklage, noch beruht es auf demselben Rechtsgrund wie ein allfälliger anderer dinglicher Anspruch. Entgegen der Auffassung des Obergerichts besteht insbesondere auch kein rechtlicher Zusammenhang mit der - unbestrittenermassen dinglichen - Klage auf Löschung der Grundpfandverschreibung. Indem die Beschwerdegegnerin (als Grundpfandschuldnerin) auf Zusprechung eines Geldbetrages klagt, behauptet sie, bei der Beschwerdeführerin (Grundpfandgläubigerin) ein Guthaben zu besitzen. Um die Löschungsklage beurteilen zu können, braucht indessen der Richter nur zu prüfen, ob dem Pfandgläubiger gegen den Pfandschuldner eine Forderung zustehe, nicht dagegen, ob das Umgekehrte der Fall sei. Die Forderungsklage der Beschwerdegegnerin war mithin auch ihrer Natur nach eine persönliche Ansprache und deshalb vom Richter am Orte des statutarischen Sitzes der Beschwerdeführerin zu beurteilen.

c) Vergeblich versucht das Obergericht, sein Abweichen vom Grundsatz der Garantie des Wohnsitzgerichtsstandes mit Gründen der Prozessökonomie zu rechtfertigen. Solche und andere Zweckmässigkeitserwägungen vermögen, wie das Bundesgericht in ständiger Rechtsprechung erkannt hat, keine Ausnahme von Art. 59 BV zu begründen (BGE 92 I 203 mit Zitaten).

d) Hat das Obergericht nach dem Gesagten Art. 59 BV verletzt, so ist die Beschwerde in diesem Punkte zu schützen. Der angefochtene Entscheid muss deshalb insoweit aufgehoben werden, als die kantonale Instanz die umstrittene Forderungsklage an die Hand nahm.

Demnach erkennt das Bundesgericht:

Die Beschwerde wird dahin teilweise gutgeheissen, dass das Urteil des Obergerichts des Kantons Obwalden vom 18. November 1966 insoweit aufgehoben wird, als es den Forderungs anspruch der Marx & Co. gegen die Longhi & Christen AG im Betrage von Fr. 29 636.70 nebst Zins zu 5% seit dem 25. Mai 1964 betrifft.

Im übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.