Aus dem Tatbestand:

A.- Nach dem auf 1. Januar 1965 in Kraft getretenen thurg. Steuergesetz vom 9. Juli 1964 (StG) sind, wie schon nach dem StG vom 5. September 1950, die "Kirchgemeinden" befugt, zur Deckung ihrer Ausgaben Gemeindesteuern zu erheben (§ 132 StG). Gemeint sind die Gemeinden der evangelischen und der katholischen Landeskirche (§ 56 KV). Die Bestimmungen des StG über die Kirchensteuer lauten (in der Fassung gemäss § 38 Ziff. 3 des Gesetzes vom 20. Januar 1966 über die öffentliche Fürsorge):

"§ 135. Kirchensteuer für natürliche Personen. Steuerpflichtige, die keiner staatlich anerkannten Kirchgemeinde angehören, haben derjenigen Landeskirche, aus der sie oder ihre Vorfahren ausgetreten sind, eine Steuer für die Kosten von Friedhof, Turm, Uhr und Geläute zu entrichten.

§ 136. Kirchensteuern für juristische Personen. Die juristischen Personen haben sowohl den evangelischen wie den katholischen Kirchgemeinden Kirchensteuern zu entrichten.

Massgebend für den Umfang der Steuerpflicht ist das Verhältnis der Niedergelassenen und Aufenthalter der beiden Konfessionen der Munizipalgemeinde, in welcher die juristische Person steuerpflichtig ist."

Nach dem StG sind von der Staatssteuerpflicht u.a. befreit die thurgauischen Kirchgemeinden (§ 13 lit. b) sowie juristische Personen, die sich religiösen Zwecken widmen (§ 13 lit. e), doch bleibt für die letzteren die Gemeindesteuerpflicht für ihr Grundeigentum vorbehalten (§ 134 Abs. 2). Die Steuerbefreiung gemäss § 13 lit. e erfolgt durch Beschluss des Regierungsrates.

B.- Die Beschwerdeführerin, die "Neuapostolische Kirche in der Schweiz", ist ein Verein im Sinne des Art. 60 ZGB, der im Jahre 1910 im Handelsregister von Zürich eingetragen wurde. Das Vereinsgebiet umfasst die ganze Schweiz und gliedert sich in Bezirke und Gemeinden.

In den Jahren 1963/64 erwarb die Beschwerdeführerin in den Gemeinden Frauenfeld, Romanshorn und Steckborn Baulandparzellen, um darauf Kapellen zu erstellen; eine solche steht seit Mai 1968 auf dem Grundstück in Steckborn, während die beiden andern Parzellen noch unüberbaut sind.

Am 12. Juni 1965 ersuchte die Beschwerdeführerin den Regierungsrat des Kantons Thurgau um Befreiung von den ordentlichen Kapital- und Ertragssteuern des Staates und der Gemeinden sowie von den Erbschafts- und Schenkungssteuern. Der Regierungsrat erklärte die Beschwerdeführerin am 19. April 1966 aufgrund von § 13 lit. e StG steuerfrei, behielt aber die Gemeindesteuerpflicht für ihr Grundeigentum gemäss § 134 Abs. 2 StG vor.

Als die Beschwerdeführerin in der Folge von den Gemeindesteuerämtern Frauenfeld und Steckborn Steuerzettel erhielt, mit denen von ihrem Grundeigentum evangelische und katholische Kirchensteuern verlangt wurden, stellte sie bei der kantonalen Steuerverwaltung zuhanden der Kirchenräte der Evangelischen und der Katholischen Landeskirche das Gesuch um Befreiung von allen evangelischen und katholischen Kirchensteuern im Kanton Thurgau.

Die Steuerverwaltung überwies das Gesuch der kantonalen Steuerrekurskommission, die es als Beschwerde gegen die der Beschwerdeführerin zugestellten Steuerrechnungen behandelte und diese Beschwerde am 23. Dezember 1968 abwies.

C. - Gegen diesen Entscheid hat die Neuapostolische Kirche in der Schweiz staatsrechtliche Beschwerde erhoben. Sie beruft sich auf Art. 49 Abs. 6 sowie Art. 4 BV und bringt zur Begründung vor: Art. 49 Abs. 6 BV verbiete es den Religionsgenossenschaften, Kirchensteuern von Nicht-Angehörigen zu erheben. Erst recht habe naturgemäss eine selbständige Kirche wie die Beschwerdeführerin einen Anspruch auf den Schutz des Art. 49 Abs. 6 BV vor der Besteuerung durch eine Landeskirche oder eine andere Kircheninstitution. Die Besteuerung einer Kirche durch eine andere sei ein "religiöser und rechtlicher Widersinn", der keinen Rechtsschutz verdiene, weder gemäss Art. 49 noch gemäss Art. 4 BV.

D. - Die Steuerrekurskommission des Kantons Thurgau beantragt Abweisung der Beschwerde und erklärt, dass die Kirchenräte der evangelischen und der katholischen Landeskirche sich ihren Ausführungen anschliessen und ebenfalls Abweisung der Beschwerde beantragen. Diesen Ausführungen ist zu entnehmen: Nach § 134 Abs. 2 StG seien die Gemeinden berechtigt, auch Steuern von überbauten Grundstücken juristischer Personen zu erheben. Nach konstanter Praxis werde jedoch auf die Besteuerung verzichtet, sobald diese Grundstücke mit einem religiösen Zwecken dienenden Gebäude überbaut seien. So werde denn die Beschwerdeführerin in Steckborn, wo seit Mai 1968 eine Kapelle stehe, von diesem Zeitpunkt an keinerlei Gemeindesteuern mehr zu entrichten haben. Dagegen könne sie nicht verlangen, dass Land zum vorneherein von der Gemeindesteuerpflicht befreit werde, das möglicherweise später einmal überbaut werde. Die streitige Steuer werde von der Beschwerdeführerin, nicht von ihren Mitgliedern erhoben. Auch andere juristische Personen mit religiösem Zweck seien von der Kirchensteuer nicht befreit; so würden seit jeher die Klöster zur Kirchensteuer beider Landeskirchen herangezogen und ebenso alle Freikirchen für Liegenschaften, die nicht unmittelbar kirchlichen Zwecken dienten; sofern sie solche Liegenschaften besässen, die einen zum Teil erheblichen Ertrag abwürfen, wäre auch nicht einzusehen, weshalb eine Besteuerung nicht erfolgen dürfte. Art. 4 und Art. 49 Abs. 6 BV seien nicht verletzt.

Ob es mit Art. 49 Abs. 6 BV vereinbar sei, juristische Personen zu Kultus- oder Kirchensteuern heranzuziehen, gehört seit dem Erlass dieser Bestimmung in der BV von 1874 zu den umstrittensten Fragen des schweizerischen Staats- und Steuerrechts. Das Bundesgericht hat schon im Jahre 1878 entschieden, dass sich juristische Personen nicht auf Art. 49 Abs. 6 BV berufen können, da diese Bestimmung nur ein Ausfluss der in Art. 49 Abs. 1 BV enthaltenen Garantie der Glaubens- und Gewissensfreiheit sei, also eines Freiheitsrechts, das seiner Natur nach nur den physischen Personen zustehen könne (BGE 4 S. 536 ff., 539 und 541). Diese Rechtsprechung, an der das Bundesgericht seither festgehalten hat (BGE 35 I 335und dort angeführte Urteile,BGE 52 I 115, nicht veröffentlichte Urteile vom 24. Mai 1940 i.S. Dr. A. Wander AG und Kons. sowie vom 23. Dezember 1947 i.S. Société coopérative "La Fraternelle" und Kons.) ist in der Rechtslehre zwar von zahlreichen Autoren gebilligt, jedoch überwiegend abgelehnt worden (vgl. die Literaturangaben bei STIRNIMANN, Die Kultussteuerpflicht der juristischen Personen ZBl 59/1958 S. 290/91 und bei ZUPPINGER, Zur Erhebung der Kirchensteuern im Kt. Zürich, Steuer-Revue 1964 S. 491).

Zu einer Ueberprüfung dieser Rechtsprechung besteht heute kein Anlass, da die Beschwerdeführerin sich mit ihr nicht auseinandersetzt und nicht bestreitet, dass juristische Personen zu Kultussteuern herangezogen werden können; als mit Art. 49 Abs. 6 (und Art. 4) BV unvereinbar beanstandet sie lediglich, dass eine juristische Person wie sie, die sich selber religiösen und kirchlichen Zwecken widmet, zur Entrichtung von Kultussteuern an eine andere Religionsgenossenschaft verhalten wird. Das Bundesgericht hat für diesen Fall schon in BGE 4 S. 541 a.E. und dann wieder in den angeführten, nicht veröffentlichten Urteilen i.S. Dr. A. Wander AG (S. 9) und "La Fraternelle" (S. 4) einen ausdrücklichen Vorbehalt gemacht. Die Frage steht nun zur Entscheidung.

Der Heranziehung juristischer Personen zu Kultussteuern ist entgegengehalten worden, dass diese Steuern in letzter Linie doch die an der juristischen Person beteiligten natürlichen Personen treffen. Das Bundesgericht hat demgegenüber auf die rechtliche Selbständigkeit der juristischen Person verwiesen und erklärt, "auch wenn man übrigens darauf abstellen wollte, dass wirtschaftlich das Vermögen der juristischen Personen deren Mitgliedern gehört, so wäre doch zu sagen, dass die letzteren durch die Kirchensteuer in einer Weise indirekt getroffen werden, dass von einer nach Art. 49 Abs. 6 BV unstatthaften Gewissensbeschwerde nicht mehr die Rede sein könnte" (BGE 35 I 336). Diese Ueberlegung mag inbezug auf die juristischen Personen im allgemeinen durchaus vertretbar sein. Mit dem Sinn und Geist des Art. 49 Abs. 6 BV nicht mehr vereinbaren lässt sie sich jedoch, wenn sie auch auf juristische Personen angewendet wird, die selber religiöse und insbesondere kirchliche Zwecke verfolgen, wie es bei den sogenannten Freikirchen der Fall ist. Zwischen den als juristische Personen konstituierten Freikirchen und ihren Mitgliedern und deren religiösem Glauben besteht eine enge Beziehung: die juristische Person ist die Form der Gemeinschaft, zu welcher sich die Anhänger der Freikirche zur Pflege ihres religiösen Lebens zusammengeschlossen haben. Da den Freikirchen im Gegensatz zu den staatlich anerkannten Landeskirchen kein Besteuerungsrecht zusteht, müssen die finanziellen Mittel, welcher sie für ihre Tätigkeit bedürfen, von ihren Mitgliedern und Anhängern aufgebracht werden. Dürften die Landeskirchen die Freikirchen besteuern, so hätte das zur Folge, dass diese für die Bedürfnisse der Freikirchen bestimmten Mittel zur Förderung eines anders gerichteten religiösen Lebens in Anspruch genommen werden (vgl. Urteil der zürch. Oberrekurskommission vom 14. Mai 1948, ZBl 49/1948 S. 341/42). Dadurch würden die Mitglieder und Anhänger der Freikirchen in einer Weise betroffen, die mit der in Art. 49 Abs. 1 BV enthaltenen Garantie der Glaubens- und Gewissensfreiheit und mit der in Abs. 6 zu ihrem Schutz errichteten Schranke der Erhebung von Kultussteuern in einem nicht mehr zu vereinbarenden Widerspruch steht. Es entspricht daher Sinn und Geist des Art. 49 BV, den juristischen Personen, die selber einen religiösen oder kirchlichen Zweck verfolgen, im Gegensatz zu andern juristischen Personen die Berufung auf Art. 49 Abs. 6 BV zu gestatten.

InBGE 35 I 336E. 2 wie auch im angeführten Urteil i.S. "La Fraternelle" hat das Bundesgericht ausgeführt, eine Aenderung der Gerichtspraxis, wonach juristische Personen zu Kultussteuern herangezogen werden dürfen, verbiete sich auch aus dem Gesichtspunkt, dass eine ganze Reihe Kantone sich in ihrer Steuergesetzgebung dieser Praxis angepasst haben. Auch aus diesem Gesichtspunkt, der für die Aufrechterhaltung der heute mehr als 90 Jahre alten Praxis spricht, bestehen indessen gegen die Befreiung der Freikirchen von der Entrichtung von Kultussteuern keine Bedenken. Wenn die Landeskirchen der verschiedenen Kantone und insbesondere die evangelische und die katholische Landeskirche des Kantons Thurgau bei der Aufstellung ihrer Voranschläge die Steuern der juristischen Personen in Rechnung gestellt haben, so kann es doch nicht zweifelhaft sein, dass dabei die von den Freikirchen zu erwartenden Steuern eine ganz untergeordnete Rolle spielten und der Wegfall dieser Steuern nicht geeignet ist, das Budgetgleichgewicht ernsthaft zu erschüttern. Uebrigens sehen mehrere Kantone, welche die juristischen Personen grundsätzlich zur Kirchensteuer heranziehen, ausdrücklich eine Ausnahme vor für juristische Personen, welche konfessionelle, religiöse oder kirchliche Zwecke verfolgen, sei es dass sie diese gänzlich von der Kirchensteuer befreien (§ 1 Abs. 1 des bündn. Gesetzes vom 26. Oktober 1958 über die Erhebung einer Kultussteuer von den juristischen Personen), sei es dass sie bestimmen, diese juristischen Personen hätten die Kirchensteuer nur der Kirchgemeinde zu entrichten, die ihrer Konfession entspricht (§ 150 Abs. 2 zürch. StG vom 8. Juli 1951 und § 6 des bern. Dekretes vom 21. November 1956 über die Kirchensteuern; vgl. ferner die Zusammenstellung bei STIRNIMANN a.a.O. S. 294 ff.).

Der angefochtene Entscheid ist daher wegen Verletzung des Art. 49 Abs. 6 BV aufzuheben. Ob er überdies gegen Art. 4 BV verstösst, wie die Beschwerdeführerin weiter geltend macht, braucht unter diesen Umständen nicht geprüft zu werden.