Aus dem Tatbestand:

A.- Im Jahre 1933 wurde in Vaduz die Gesellschaft X., ein registriertes Treuunternehmen des liechtensteinischen Rechts, mit einem Treufonds (Grundkapital) von Fr. 100'000.-- gegründet. Sie bezweckt nach den Statuten die Verwaltung des Treufonds und die Besorgung von Treuhandgeschäften aller Art. im Jahre 1935 kaufte sie ein aus Wiesland bestehendes, 8651 m2 messendes Grundstück im Kanton Zürich. Am 5. August 1942 errichtete sie den Fonds Y. als besonders ausgeschiedenen Treufonds, der dieses Grundstück zu verwalten hatte.

In der Folge wurden Teile des Grundstücks, insgesamt 3292 m2, verkauft; zwei Parzellen wechselten die Hand im Jahre 1962, eine dritte im Jahre 1963. Aus den beiden ersten Verkäufen ergab sich für den Verkäufer ein Gewinn von Fr. 343'600.--, aus der dritten Veräusserung ein solcher von Fr. 75'000.--.

B.- Die Einschätzungsbehörde des Kantons Zürich zog den Fonds Y. zur Wehrsteuer für die 11. und 12. Periode heran.

a) 11. Periode (1961/62, Berechnungsjahre 1959/60):

Am 2. März 1964 wurde dem Fonds auf Grund eines von ihm anerkannten Einschätzungsprotokolls vom 14. Januar 1964 eine erste Veranlagung eröffnet, die auf null Franken Einkommen und Fr. 127'000.-- Vermögen (Grundbesitz im Kanton Zürich) lautete.

In einem weiteren Einschätzungsprotokoll vom 15. Januar 1965, das ebenfalls anerkannt wurde, setzte die Behörde in Berücksichtigung der zwei ersten Landverkäufe das steuerbare Vermögen für die Zeit ab 9. April 1962 (mittleres Datum zwischen den beiden Handänderungen) auf Fr. 85'000.-- herab. Dementsprechend wurde dem Fonds am 10. Januar 1967 eine rektifizierte Einschätzung für die Vermögenssteuer eröffnet.

In einem dritten Einschätzungsprotokoll vom 9. Dezember 1966, das nicht anerkannt wurde, erfasste die Behörde zusätzlich, gestützt auf Art. 43 WStB, den bei den Handänderungen des Jahres 1962 erzielten Gewinn von Fr. 343'600.--. Diese Einschätzung wurde dem Fonds ebenfalls am 10. Januar 1967 mitgeteilt.

b) 12. Periode (1963/64, Berechnungsjahre 1961/62):

In einem Veranlagungsprotokoll vom 15. Januar 1965, das der Fonds anerkannte, wurde er für null Franken Einkommen und für die Zeit ab 8. Februar 1963 (angenommenes Datum der 3. Handänderung) mit Fr. 88'000.-- Vermögen eingeschätzt.

In einem weiteren Veranlagungsprotokoll vom 9. Dezember 1966, das er nicht anerkannte, wurde das steuerbare Vermögen für die Zeit bis 8. Februar 1963 auf Fr. 100'000.-- festgesetzt und der beim dritten Landverkauf erzielte Gewinn von Fr. 75'000.-- gemäss Art. 43 WStB erfasst.

Die in den beiden Protokollen vorgesehenen Einschätzungen wurden dem Fonds am 10. Januar 1967 durch zwei Mitteilungen eröffnet; die eine Mitteilung betraf die Vermögenssteuer, die andere die Steuer vom Gewinn.

C.- Der Fonds Y. erhob gegen die ihm am 10. Januar 1967 mitgeteilten Einschätzungen Einsprache. Er beantragte, die angefochtenen Veranlagungen für die 11. Periode seien vollständig aufzuheben; bezüglich der 12. Periode sei die Besteuerung für einen Grundstückgewinn aufzuheben und das steuerpflichtige Vermögen auf Fr. 5'000.-- herabzusetzen. Die Einsprachen wurden abgewiesen. Die Wehrsteuer-Rekurskommission des Kantons Zürich, an welche der Fonds die Einspracheentscheide weiterzog, wies seine Beschwerde am 27. März 1968 ab.

Gegen den die 11. Periode betreffenden Teil dieses Entscheides der Rekurskommission führte der Fonds Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Das Bundesgericht hiess mit Urteil vom 31. Januar 1969 die Beschwerde gut, hob die am 10. Januar 1967 eröffnete Veranlagung für die 11. Periode auf und stellte die Veranlagung vom 2. März 1964 wieder her. Den Erwägungen ist zu entnehmen:

Die kantonale Verwaltung habe die ursprüngliche Veranlagung nach Eintritt der Rechtskraft revidiert. Ob ein solches Vorgehen grundsätzlich zulässig sei, könne offen bleiben; denn der angefochtene Entscheid sei auf jeden Fall deshalb aufzuheben, weil er Art. 43 WStB verletze. Nach dieser Bestimmung könne eine besondere Jahressteuer auf Kapitalgewinnen nur bei Aufhören der Steuerpflicht oder bei Vornahme einer Zwischenveranlagung (Art. 96) erhoben werden. Zu Unrecht nehme die Rekurskommission an, jede Veränderung im Bestande des Grundbesitzes des Beschwerdeführers in der Schweiz bilde einen Grund für die Beendigung der Steuerpflicht. Der Beschwerdeführer habe nur einen Teil dieses Besitzes veräussert; für den Rest sei er nach wie vor steuerpflichtig. Auch die Voraussetzungen einer Zwischenveranlagung seien nicht erfüllt. Sofern die im Jahre 1962 erzielten Gewinne unter die Einkommenssteuer nach Art. 21 Abs. 1 lit. d WStB fielen - was hier nicht entschieden werden müsse -, könnten sie im Rahmen der ordentlichen Steuer der 12. Periode erfasst werden. Ob einer solchen Besteuerung die Rechtskraft der Veranlagung für die 12. Periode entgegenstehe, könne dahingestellt bleiben. Da die gemäss Veranlagung vom 2. März 1964 geforderte Steuer richtig bemessen und bezahlt worden sei, brauche auch nicht geprüft zu werden, ob der Fonds Y. oder aber die Gesellschaft X. als Steuersubjekt zu betrachten sei.

D.- Im Anschluss an dieses Urteil entstand Streit über die darin offen gelassene Frage, ob die Rechtskraft der Veranlagung für die 12. Wehrsteuerperiode dem nachträglichen Einbezug der im Jahre 1962 erzielten Grundstückgewinne in die Berechnung der ordentlichen Steuer für diese Periode im Wege stehe. Die Eidg. Steuerverwaltung verneinte dies unter Berufung auf BGE 85 I 252 E. 7. Die kantonale Wehrsteuerverwaltung vertrat den gegenteiligen Standpunkt. Sie teilte ihre Auffassung der Eidg. Steuerverwaltung in einem Schreiben vom 4. Dezember 1969 mit. Gleichzeitig eröffnete sie dem Fonds Y. Abrechnungen für die 11. und 12. Wehrsteuerperiode. Den Abrechnungen für die 11. Periode legte sie entsprechend dem Urteil des Bundesgerichtes vom 31. Januar 1969 die Veranlagung vom 2. März 1964 zugrunde. In den Abrechnungen für die 12. Periode stellte sie auf den Entscheid der Rekurskommission vom 27. März 1968 ab; die Gewinne des Jahres 1962 rechnete sie darin nicht als Einkommen an.

Die Eidg. Steuerverwaltung erblickte in den die 12. Periode betreffenden Abrechnungen vom 4. Dezember 1969 beschwerdefähige Verfügungen und focht sie durch Beschwerde bei der kantonalen Rekurskommission an. Sie hielt daran fest, dass der Fonds Y. im Rahmen der ordentlichen Veranlagung für die 12. Periode auch noch der Einkommenssteuer für den im Jahre 1962 erzielten Grundstückgewinn von Fr. 343'600.-- zu unterwerfen sei, und beantragte daher, das steuerbare Einkommen für diese Veranlagung auf Fr. 171'800.-- festzusetzen. Ferner verlangte sie die Aufhebung der Veranlagung, durch die der im Jahre 1963 erzielte Grundstückgewinn von 75'000.-- der Sondersteuer nach Art. 43 WStB unterstellt worden war. Sie bemerkte, dieser Gewinn sollte von der ordentlichen Wehrsteuer der 13. Periode erfasst werden.

Die kantonale Rekurskommission entschied am 25. September 1970, dass auf die Beschwerde nicht einzutreten sei. Sie führte aus, der Entscheid, den sie am 27. März 1968 hinsichtlich der 12. Periode getroffen hatte, sei rechtskräftig geworden. Wenn die Eidg. Steuerverwaltung den Eintritt der Rechtskraft hätte verhindern wollen, hätte sie diesen Entscheid seinerzeit beim Bundesgericht anfechten müssen. Das habe sie unterlassen. Der rechtskräftige Entscheid könnte nur in einem Hinterziehungs- oder einem Revisionsverfahren abgeändert werden; dafür fehlten aber hier die Voraussetzungen. Die angefochtenen Abrechnungen vom 4. Dezember 1969 stellten keine beschwerdefähigen Veranlagungsverfügungen, sondern blosse Zahlungseinladungen dar. Sie enthielten denn auch keine Rechtsmittelbelehrung.

E.- Gegen diesen Nichteintretensentscheid erhebt die Eidg. Steuerverwaltung die vorliegende Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Sie beantragt, ihn aufzuheben und die Sache zur materiellen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.

Die kantonalen Behörden und der Fonds Y. schliessen auf Abweisung der Beschwerde.

1. Die kantonalen Behörden betrachten nicht die Gesellschaft X., sondern den von ihr errichteten Fonds Y. als wehrsteuerpflichtig. Dieser Auffassung kann nicht zugestimmt werden. In Betracht kommt hier ausschliesslich die in Art. 3 Ziff. 3 lit. a WStB vorgesehene beschränkte Steuerpflicht von Ausländern (Personen oder Gesellschaften ohne juristische Persönlichkeit), "die Eigentümer oder Nutzniesser von in der Schweiz gelegenen Grundstücken sind". Nach dieser Bestimmung ist steuerpflichtig, wer nach Ausweis des Grundbuches Eigentümer oder Nutzniesser ist. Als Eigentümer des hier in Frage stehenden Grundstücks ist aber im Jahre 1935 die Gesellschaft X., die unbestrittenermassen eine juristische Person des liechtensteinischen Rechts ist, eingetragen worden. Sie ist auch Eigentümerin des Landes geblieben, soweit sie es nicht an Dritte veräussert hat. Niemand behauptet, dass der - erst im Jahre 1942 errichtete - Fonds Y. im Grundbuch jemals als Eigentümer oder Nutzniesser eingetragen worden sei. Wehrsteuerpflichtig ist daher nicht er, sondern die Gesellschaft X.

2. Die Vorinstanz ist auf die bei ihr eingereichte Beschwerde der Eidg. Steuerverwaltung aus zwei Gründen nicht eingetreten. Sie hat ausgeführt, dass auf die Veranlagung für die 12. Wehrsteuerperiode nicht mehr zurückgekommen werden könne, weil ihr Entscheid vom 27. März 1968 in dieser Beziehung rechtskräftig geworden sei. Ausserdem hat sie angenommen, dass die Beschwerde sich nicht gegen beschwerdefähige Verfügungen richte. Diese zweite Begründung ist vorweg zu prüfen.

Das Bundesgericht hatte im Urteil vom 31. Januar 1969 offen gelassen, ob die Rechtskraft der bereits vorgenommenen Veranlagung für die 12. Periode es ausschliesse, nachträglich die vom Steuerpflichtigen im Jahre 1962 erzielten Grundstückgewinne der ordentlichen Einkommenssteuer dieser Periode zu unterwerfen. Darüber musste die kantonale Wehrsteuerverwaltung einen Entscheid treffen. Das hat sie getan, indem sie in den die 12. Periode betreffenden, auf den Entscheid der Rekurskommission vom 27. März 1968 gestützten Abrechnungen vom 4. Dezember 1969 zum Ausdruck gebracht hat, dass nach ihrer Auffassung die Besteuerung jener Gewinne in dieser Periode nicht mehr möglich sei; diese Auffassung hat sie gleichzeitig in einem Schreiben an die Eidg. Steuerverwaltung begründet. In den gleichen Abrechnungen hat sie ferner zu erkennen gegeben, dass nach ihrer Meinung der im Jahre 1963 erzielte Grundstückgewinn der besonderen Jahressteuer im Rahmen der Veranlagung für die 12. Periode unterworfen bleibe und nicht bei der ordentlichen Veranlagung für die 13. Periode zu erfassen sei. Damit hat sie Verfügungen erlassen, in denen sie negative Feststellungen getroffen hat (vgl. Art. 5 Abs. 1 lit. b VwG). Solche Verfügungen müssen aber, gleich wie eigentliche Veranlagungsverfügungen (Art. 107 WStB), von der Eidg. Steuerverwaltung durch Beschwerde bei der kantonalen Rekurskommission angefochten werden können. Allerdings hätte die kantonale Verwaltung auf diese Möglichkeit bei der Eröffnung der Verfügungen hinweisen sollen (Art. 74 WStB). Daraus, dass der Hinweis unterblieben ist, kann jedoch nicht gefolgert werden, dass keine beschwerdefähigen Verfügungen vorliegen. Die Eidg. Steuerverwaltung hat die Beschwerde bei der Rekurskommission binnen der in Art. 107 Abs. 2 WStB vorgesehenen Frist von 60 Tagen eingereicht. Die Auffassung der Rekurskommission, diese Beschwerde sei unzulässig, erweist sich als unbegründet.

3. Infolgedessen ist auch zu untersuchen, ob die formelle Rechtskraft des die Veranlagung für die 12. Periode betreffenden Teils des Entscheides der kantonalen Rekurskommission vom 27. März 1968 den Begehren der Eidg. Steuerverwaltung um Änderung dieser Veranlagung entgegenstehe. Ist die Frage zu bejahen, so durfte die Rekurskommission diese Begehren ohne einlässliche Prüfung ablehnen.

Die Eidg. Steuerverwaltung beruft sich auf BGE 85 I 252 E. 7. In dem dort beurteilten Fall hatte die Veranlagungsbehörde für die 9. Wehrsteuerperiode gleichzeitig zwei Einschätzungen des Steuerpflichtigen getroffen, die eine für die ordentliche Steuer vom Einkommen und Vermögen, die andere für eine besondere Jahressteuer gemäss Art. 43 WStB auf einem Liegenschaftsgewinn, der in der gleichen Berechnungsperiode wie das mit der ordentlichen Steuer erfasste übrige Einkommen erzielt worden war. Der Steuerpflichtige hatte durch Beschwerde bei der kantonalen Rekurskommission einzig die Besteuerung des Liegenschaftsgewinns angefochten. Die Rekurskommission hatte angenommen, dass kein Anlass zur Erhebung einer besonderen Jahressteuer bestehe, und den Liegenschaftsgewinn in die Berechnung der ordentlichen Steuer für Einkommen einbezogen. In der Verwaltungsgerichtsbeschwerde gegen diesen Entscheid hatte der Steuerpflichtige u.a. eingewendet, die von der Veranlagungsbehörde getroffene Einschätzung für die ordentliche Steuer sei rechtskräftig geworden und könne daher nicht mehr geändert werden. Das Bundesgericht hat den Einwand verworfen. Es hat ausgeführt, mit den beiden zur gleichen Zeit erlassenen Verfügungen über die ordentliche Einkommenssteuer einerseits und über die Jahressteuer anderseits habe die Veranlagungsbehörde eine die Besteuerung des gesamten Einkommens ordnende einheitliche Entscheidung gefällt. Die Frage, ob die Bestandteile des Einkommens zusammenzurechnen seien, sei offen geblieben. Mit der Zusammenrechnung habe die Rekurskommission sich nicht über eine rechtskräftige Entscheidung hinweggesetzt.

Im vorliegenden Fall handelt es sich in erster Linie um die Grundstückgewinne, die der Steuerpflichtige im Jahre 1962 erzielt hat. Sie sind zunächst im Zusammenhang mit der ordentlichen Veranlagung für die 11. Periode (Steuerjahre 1961/62) der Sondersteuer nach Art. 43 WStB unterworfen worden, jedoch nach dem Urteil des Bundesgerichts vom 31. Januar 1969 zu Unrecht. Die Frage ist, ob sie nachträglich noch in die ordentliche Veranlagung für die 12. Periode (Berechnungsjahre 1961/62) einbezogen werden dürfen, obwohl der diese Veranlagung betreffende Teil des Entscheides der kantonalen Rekurskommission vom 27. März 1968 nicht an das Bundesgericht weitergezogen worden ist. Hier geht es also im Gegensatz zu dem in BGE 85 I 252 E. 7 behandelten Fall nicht darum, ob bei der Einschätzung für eine und dieselbe Veranlagungsperiode die Bestandteile des in der zugehörigen Berechnungsperiode erzielten Einkommens zusammen oder getrennt zu erfassen seien, sondern darum, ob die Besteuerung eines Kapitalgewinns von einer Veranlagungsperiode in die nächstfolgende verschoben werden könne, wenn für diese spätere Periode bereits eine rechtskräftige Einschätzung vorliegt. Die Zürcher Steuerverwaltung ist der Meinung, der Unterschied sei derart, dass die Ausführungen in BGE 85 I 252 E. 7 im vorliegenden Fall nicht wegleitend sein könnten. Dieser Auffassung kann das Gericht sich nicht anschliessen.

Freilich sind die Veranlagungen für jede einzelne Steuerperiode an sich selbständig; sie können dementsprechend gesondert angefochten werden, auch wenn sie, wie hier die dem Steuerpflichtigen am 10. Januar 1967 mitgeteilten Einschätzungen für die 11. und die 12. Periode, zu gleicher Zeit eröffnet worden sind. Steht jedoch ein Kapitalgewinn in Frage, der möglicherweise der besonderen Jahressteuer unterliegt, möglicherweise aber auch zusammen mit den übrigen Einkünften der ordentlichen Einkommenssteuer zu unterwerfen ist, so ergibt sich insofern eine Komplikation, als die Sondersteuer gemäss Art. 43 WStB auf den in der Berechnungs- und in der Veranlagungsperiode erzielten Kapitalgewinnen erhoben wird. Der Bemessungszeitraum für die Sondersteuer kann demnach unter Umständen vier Jahre umfassen. Die Sonderbesteuerung kann mit der ordentlichen Besteuerung für die eine oder die andere zweier aufeinanderfolgender Veranlagungsperioden verbunden sein, je nachdem die Gewinne, von dem für die Sondersteuer massgebenden Zeitpunkt aus gesehen, in der Berechnungsperiode oder in der Veranlagungsperiode erzielt worden sind. Wird ein Kapitalgewinn von der Steuerbehörde zunächst als Gegenstand der besonderen Jahressteuer betrachtet, so kann er bereits in der Veranlagungsperiode, in der er angefallen ist, mit dieser Steuer erfasst werden. Geschieht dies, ergibt sich indessen nachträglich, dass der Gewinn unter die ordentliche Einkommenssteuer fällt, so kann er erst in der nachfolgenden Veranlagungsperiode besteuert werden. Eine solche Verschiebung muss aber zulässig sein, selbst wenn die sonstigen Steuerfaktoren für die spätere Veranlagungsperiode bereits rechtskräftig festgesetzt worden sind. Die abweichende Auffassung der Zürcher Behörden ist mit dem System des Wehrsteuerbeschlusses nicht vereinbar. Sie hätte zur Folge, dass Kapitalgewinne der Besteuerung ohne zureichenden Grund entgehen könnten, was nicht der Sinn der gesetzlichen Ordnung sein kann. Sie lässt sich auch nicht mit der Überlegung rechtfertigen, dass der Steuerpflichtige sich auf formell rechtskräftig gewordene Veranlagungen soll verlassen können. Der Pflichtige, dem in der früheren Steuerperiode eine Veranlagung für die besondere Jahressteuer eröffnet wird und der diese Einschätzung anficht, muss damit rechnen, dass die Rekursinstanzen den strittigen Gewinn der ordentlichen Einkommenssteuer der folgenden Veranlagungsperiode unterwerfen, auch wenn die übrigen Steuerfaktoren für diese Periode bereits festgelegt worden sind und ihre Festsetzung nicht angefochten ist. Er kann in diesem Fall nicht geltend machen, das Zurückkommen auf die nicht angefochtene ordentliche Einschätzung für die spätere Periode verstosse gegen Treu und Glauben und beeinträchtige die Rechtssicherheit; denn er muss sich entgegenhalten lassen, dass es sich um einen Einkommensfaktor handelt, der nach der Ordnung des Wehrsteuerbeschlusses entweder mit der besonderen Jahressteuer in der früheren Veranlagungsperiode oder mit der ordentlichen Einkommenssteuer in der nächstfolgenden Periode zu erfassen ist. Auch in solchen Fällen kann nicht gesagt werden, dass die Rekursinstanz sich durch Umstellung von der Sondersteuer auf die ordentliche Steuer zu Unrecht über die Rechtskraft einer bereits getroffenen Veranlagung hinwegsetze.

Hier hätte daher die kantonale Rekurskommission das ihr von der Eidg. Steuerverwaltung unterbreitete Begehren, dass die im Jahre 1962 erzielten Grundstückgewinne in die Berechnung der ordentlichen Steuer für die 12. Periode einzubeziehen seien, einlässlich prüfen müssen.

In zweiter Linie hat die Eidg. Steuerverwaltung in der Beschwerde an die Rekurskommission beantragt, dass die in Verbindung mit der ordentlichen Einschätzung für die 12. Periode vorgenommene Veranlagung zur Sondersteuer auf dem im Jahre 1963 erzielten Grundstückgewinn aufzuheben sei, weil dieser Gewinn ebenfalls von der ordentlichen Einkommenssteuer - diesmal in der 13. Periode - erfasst werden solle. Diesem Begehren steht die Rechtskraft, welche allenfalls eine für die 13. Periode bereits getroffene Veranlagung erlangt hat, nach den oben angestellten Überlegungen nicht entgegen. Anderseits kann man sich fragen, ob ihm die Tatsache im Wege stehe, dass der Entscheid der Rekurskommission vom 27. März 1968 auch insoweit rechtskräftig geworden ist, als er die Veranlagung zur Sondersteuer auf dem im Jahre 1963 angefallenen Gewinn betrifft. Angesichts des engen Zusammenhangs zwischen der Sondersteuer und der ordentlichen Einkommenssteuer könnte aber auch diese Frage mit guten Gründen verneint werden. Die Vorinstanz hätte das zweite Begehren der Eidg. Steuerverwaltung, das die Besteuerung des im Jahre 1963 erzielten Gewinns angeht, ebenfalls eingehend prüfen sollen.

Nach der Meinung der Vorinstanz hätte die Eidg. Steuerverwaltung gegen den Entscheid vom 27. März 1968 Beschwerde beim Bundesgericht erheben müssen, wenn sie hätte verhindern wollen, dass die Veranlagung für die 12. Periode rechtskräftig werde. Dazu hatte aber die Eidg. Steuerverwaltung keinen Anlass. Mit dem damaligen Entscheid hat ja die Rekurskommission die steuerliche Erfassung der Grundstückgewinne bestätigt. Ob die Gewinne mit der besonderen Jahressteuer oder mit der ordentlichen Einkommenssteuer erfasst wurden, war vom Standpunkte der Eidg. Steuerverwaltung aus gesehen von untergeordneter Bedeutung. Die Frage war im Verfahren, das zu jenem Entscheid geführt hat, auch gar nicht strittig; dort ging es vielmehr darum, ob die Gewinne überhaupt der Besteuerung unterliegen. Die Annahme der Vorinstanz, dass die Eidg. Steuerverwaltung auf jeden Fall zu spät gehandelt habe, ist unbegründet.

Die Sache ist daher an die kantonale Rekurskommission zur materiellen Beurteilung im Sinne der Erwägungen zurückzuweisen.