Auszug aus dem Sachverhalt:

A.- Die Ehefrau von X. verkaufte im März 1962 ein Restaurant, das sie bis anhin zusammen mit X. betrieben hatte. Am 17. März 1964 deklarierte sie aus diesem Verkauf einen "steuerpflichtigen Liquidationsgewinn" von Fr. 91'120.--. X. wurde am 30. Dezember 1964 für die Staats- und Gemeindesteuern mit einem steuerbaren Liquidationsgewinn von Fr. 108'840.-- veranlagt. Auf seine Einsprache setzte die zuständige Gemeindesteuerkommission den für die kantonalen Steuern massgebenden Betrag auf Fr. 96'270.-- herab. Ausserdem stellte sie fest, der für die Wehrsteuer massgebende Liquidationsgewinn belaufe sich auf Fr. 109'000.--. Die entsprechende Veranlagung für die Wehrsteuer (Jahressteuer gemäss Art. 43 WStB) wurde X. erst am 10. November 1967 formell eröffnet. Seine Einsprache dagegen wies die Gemeindesteuerkommission ab.

Auf Rekurs des X. erklärte die kantonale Steuerrekurskommission, X. hätte für den fraglichen Liquidationsgewinn nicht der Jahressteuer nach Art. 43 WStB, sondern der ordentlichen Wehrsteuer nach Art. 21 Abs. 1 lit. d WStB unterworfen werden sollen. Unter Aufhebung des angefochtenen Einspracheentscheides bezog sie den nach Abzug des Privatanteils an der veräusserten Liegenschaft auf Fr. 85'270.-- berechneten Liquidationsgewinn nachträglich in die Wehrsteuerveranlagung 1963/64 ein und setzte das steuerbare Einkommen des X. für jene Periode auf Fr. 58'200.-- fest.

Eine Veranlagung zur Wehrsteuer 1963/64, die den im Jahre 1962 erzielten Kapitalgewinn nicht umfasste, war X. am 30. September 1964 eröffnet worden. Er hatte dagegen kein Rechtsmittel ergriffen und die Steuer im Dezember 1964 bezahlt.

B.- Mit der vorliegenden Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragt X., die nachträgliche Änderung der Wehrsteuerveranlagung für die Jahre 1963/64 aufzuheben. Zur Begründung führt er aus, die Veranlagung für die Wehrsteuer 1963/64 sei am 30. Oktober 1964 in Rechtskraft erwachsen; eine nachträgliche Änderung durch Einbezug des zuerst irrtümlich mit einer Jahressteuer gemäss Art. 43 WStB belegten Liquidationsgewinnes in die ordentliche Einkommensbesteuerung sei nach BGE 85 I 252 höchstens dann möglich, wenn die beiden ursprünglichen Veranlagungen zur gleichen Zeit erfolgten und erkennbar auf einer einheitlichen Entscheidung beruhten; dies treffe im vorliegenden Falle nicht zu.

C.- Das kantonale Steueramt, die kantonale Steuer-Rekurskommission und die Eidg. Steuerverwaltung beantragen, die Beschwerde abzuweisen.

Das Bundesgericht weist die Beschwerde ab.

1. Die Besteuerung des bei einer Liquidation erzielten Kapitalgewinnes stellt nach der Ordnung des Wehrsteuerbeschlusses einen integrierenden Bestandteil der Besteuerung des Gesamteinkommens dar. Dies trifft zu, ob nun der Kapitalgewinn mit der besonderen Jahressteuer nach Art. 43 WStB erfasst wird oder zusammen mit den übrigen Einkünften der ordentlichen Einkommenssteuer unterliegt. (BGE 79 I 366/ASA 22 344, BGE 85 I 252 /ASA 28 510). Ficht der Steuerpflichtige die gesonderte Erfassung eines Kapitalgewinnes mit einer Jahressteuer an, so muss er demnach grundsätzlich damit rechnen, dass die Rekursinstanz den Gewinn der ordentlichen Einkommenssteuer der entsprechenden Veranlagungsperiode unterwirft, auch wenn die übrigen Steuerfaktoren für diese Periode bereits festgelegt worden sind und ihre Festsetzung nicht angefochten ist (BGE 97 I 282 E. 3).

2. Auf Rekurs des Beschwerdeführers hin hat im vorliegenden Falle die kantonale Rekurskommission den Kapitalgewinn aus dem Verkauf des Restaurants, statt ihn wie die erste Instanz einer Jahressteuer nach Art. 43 WStB zu unterwerfen, den übrigen Einkünften der Jahre 1961/62 zugerechnet und so das gesamte steuerbare Einkommen für die 12. Wehrsteuerperiode festgelegt. Die ursprüngliche Veranlagung für die ordentliche Einkommenssteuer der 12. Wehrsteuerperiode, die den Kapitalgewinn nicht erfasste, erfuhr eine entsprechende Änderung. Damit musste nach dem bereits Gesagten der Beschwerdeführer grundsätzlich rechnen, obschon er die ursprüngliche Veranlagung nicht angefochten hatte.

Der Beschwerdeführer weist nun allerdings daraufhin, dass ihm die Veranlagung für eine besondere Jahressteuer nach Art. 43 WStB erst am 10. November 1967 eröffnet worden ist, mehr als drei Jahre also nach der Eröffnung der Veranlagung für die ordentliche Steuer vom Einkommen für die 12. Wehrsteuerperiode. Aus BGE 85 I 252 glaubt er entnehmen zu können, dass die Verfügung über die Festsetzung der ordentlichen Wehrsteuer und die Verfügung über die Festsetzung der Jahressteuer auf dem Kapitalgewinn nur dann als Bestandteile einer die Besteuerung des gesamten Einkommens ordnenden einheitlichen Entscheidung gelten, wenn sie gleichzeitig erlassen werden. Mangels Gleichzeitigkeit der beiden Verfügungen im vorliegenden Falle kann nach seiner Ansicht deshalb der Kapitalgewinn nicht mehr in die ordentliche Steuerveranlagung für die 12. Wehrsteuerperiode einbezogen werden.

Diese Argumentation geht jedoch fehl. In BGE 85 I 252 wird lediglich festgestellt, im konkreten Falle seien die beiden Verfügungen zur gleichen Zeit ergangen. Dieser Umstand wird jedoch nicht zur Voraussetzung der Abänderbarkeit der unangefochten gebliebenen, ordentlichen Wehrsteuerveranlagung erhoben. Ob zwischen der Eröffnung der ordentlichen Veranlagung für eine Periode und jener der Veranlagung zu einer Jahressteuer auf dem in der Berechnungsperiode dazu erzielten Kapitalgewinn eine gewisse Zeit verstreicht, ist unter Vorbehalt der vom Beschwerdeführer zu Recht nicht mehr angerufenen Bestimmungen über die Verwirkung des Rechts zur Veranlagung (Art. 98 WStB) und über die Verjährung der Wehrsteuerforderung (Art. 128 WStB) bedeutungslos. Ist die Veranlagung zur Jahressteuer, wie im vorliegenden Falle, fristgerecht eingeleitet worden, so sind die Veranlagungsbehörden für die Durchführung der Veranlagung an keine gesetzlichen Fristen mehr gebunden (KÄNZIG, Wehrsteuer, N. 3 zu Art. 98 WStB). Die Einheitlichkeit der Entscheidung über die Besteuerung des gesamten Einkommens ist auch gewahrt, wenn die Verfügung über die Festsetzung der ordentlichen Wehrsteuer vor jener über die Festsetzung der Jahressteuer auf dem Kapitalgewinn erlassen wird. Auch in diesem Falle bildet natürlich die Besteuerung des Kapitalgewinnes einen integrierenden Bestandteil der Besteuerung des Gesamteinkommens der betreffenden Periode. Bei Anfechtung der Veranlagung zu einer Jahressteuer muss der Steuerpflichtige auch hier damit rechnen, dass die Rekursinstanz den Kapitalgewinn mit dem übrigen Einkommen zusammenrechnet und ihn der ordentlichen Steuer unterwirft. Die Einrede der Rechtskraft der ursprünglichen Veranlagung der ordentlichen Wehrsteuer ist somit auch in diesem Falle unbegründet.