A.- Die Firma X. AG, eine Familien-AG, errichtete mit öffentlicher Urkunde vom 15. November 1967 unter dem Namen "Personalfürsorgestiftung der Firma X. AG" eine Fürsorgestiftung für ihr Personal im Sinne von Art. 80 ff. ZGB mit Sitz in Y. Der Eintrag im Handelsregister erfolgte am 16. Januar 1968 mit dem Vermerk: "Aufsichtsbehörde: Gemeinderat Y.". Mit Beschluss des Regierungsrates des Kantons Thurgau vom 23. Januar 1968 wurde die Stiftung steuerfrei erklärt und der Stiftungsrat unter anderem verpflichtet, dem Finanzdepartement auf Verlangen alle Jahresabschlüsse sowie die sonstigen Belege zur Einsichtnahme vorzulegen. Dieser Beschluss wurde unter anderem dem Gemeinderat Y. "als Aufsichtsbehörde erster Instanz" zugestellt. Dem Stiftungsrat gehörten in letzter Zeit drei Mitglieder der Firmeninhaberfamilie an.

Wegen finanzieller Schwierigkeiten ersuchte die X. AG (im folgenden Stifterfirma genannt) im Jahre 1976 um Nachlassstundung. Es kam ein Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung zustande, der am 30. Juli 1977 vom zuständigen Bezirksgericht bestätigt wurde. Am 11. August 1977 erfuhr das Finanzdepartement des Kantons Thurgau in seiner Eigenschaft als Stiftungsaufsichtsbehörde, dass der Stiftungsrat als Forderung gegenüber der Stifterfirma nur Fr. 178'657.55 geltend gemacht hatte. Auf seine Intervention hin wurde diese Forderung am 21. September 1977 auf Fr. 214'616.80 erhöht und in der 2. Klasse kolloziert.

B.- Am 18. Oktober 1977 legte die Stiftungskontrolle der Steuerverwaltung des Kantons Thurgau dem Stiftungsrat schriftlich den freiwilligen Rücktritt nahe. Der Stiftungsrat reagierte auf dieses Schreiben nicht. Das Finanzdepartement berief darauf mit Verfügung vom 3. Mai 1978 den Stiftungsrat der Personalfürsorgestiftung ab und beauftragte den Gemeinderat Y., in seiner Funktion als örtliches Waisenamt der Stiftung einen Beistand zu bestellen.

Der Stiftungsrat erhob gegen seine Abberufung eine Beschwerde, die am 15. Mai 1979 vom Regierungsrat des Kantons Thurgau abgewiesen wurde.

Mit Beschluss vom 5. Juli 1978 errichtete das Waisenamt Y. für die Stiftung eine Beistandschaft im Sinne von Art. 393 Abs. 4 ZGB und bestellte die thurgauische Kantonalbank zum Beistand.

C.- Mit Eingabe vom 18. Juni 1979 erhebt der Stiftungsrat Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht mit dem Antrag, der Beschluss des Regierungsrates des Kantons Thurgau vom 15. Mai 1979 und die Verfügung des Finanzdepartements vom 3. Mai 1978, durch die er abberufen worden war, seien aufzuheben.

Das Bundesgericht weist die Beschwerde ab, soweit darauf einzutreten ist.

3. a) Nach Art. 84 Abs. 1 ZGB unterstehen Stiftungen der Aufsicht des Gemeinwesens (Bund, Kanton oder Gemeinde), dem sie ihrer Bestimmung nach angehören. Es stellt sich daher die Frage, ob die Gemeinden mit Bezug auf die ihnen angehörenden Stiftungen ein unmittelbar auf Art. 84 Abs. 1 ZGB beruhendes Recht auf Übernahme der Stiftungsaufsicht besitzen oder ob die Kantone frei seien, abweichende Normen zu erlassen und derartige Stiftungen unter die Aufsicht der Bezirksbehörden oder der kantonalen Behörden zu stellen. In der Literatur werden diesbezüglich beide Meinungen vertreten (vgl. RIEMER, N. 28 zu Art. 84 ZGB).

b) Der klare Gesetzeswortlaut von Art. 84 Abs. 1 ZGB scheint gegen die Zulässigkeit abweichenden kantonalen Rechts zu sprechen. Die Gesetzesmaterialien sind indessen nicht eindeutig. Während Eugen Huber in den Eidgenössischen Räten bezüglich der einer Gemeinde angehörenden Stiftungen ohne weiteres von einer Gemeindeaufsicht ausging, wurde dort auch die Meinung vertreten, die Kantone könnten die Aufsicht nach ihrem Belieben organisieren und sie dem Regierungsrat oder einer andern Behörde übertragen (die ausführliche Darstellung findet sich bei RIEMER, N. 29 zu Art. 84 ZGB).

In einem Gutachten vom 13. Januar 1921 gelangte Eugen Huber zum Schluss, es müsse in jedem Fall die soziale Willensrichtung der Stiftung festgestellt und dasjenige Gemeinwesen ausfindig gemacht werden, dem die Funktion eigne, in der gleichen Richtung tätig zu sein wie die Stiftung; diesem Gemeinwesen gehöre die Stiftung ihrer Bestimmung nach an und ihm komme die Aufsicht gemäss Art. 84 ZGB zu (zitiert in VEB 26 Nr. 43). Ähnlich führte das Eidgenössische Departement des Innern in seinem Kreisschreiben vom 17. März 1921 aus, grundsätzlich habe jenes Gemeinwesen die Stiftung zu beaufsichtigen, das in die Lücke springen müsste, wenn die Stiftung nicht bestünde oder ihren Zweck nicht erreichen könnte (BBl 1921 II 309).

Das Bundesamt für Sozialversicherung sowie das Eidgenössische Departement des Innern gingen in ihren Entscheiden vom 17. Dezember 1934 (VEB 8 Nr. 37) bzw. vom 11. März 1952 (VEB 22 Nr. 25) davon aus, dass der Kanton entscheiden könne, welchem Gemeinwesen die Aufsicht über die Fürsorgestiftungen zustehe. Demgegenüber vertrat das gleiche Departement in seinem Entscheid vom 6. Februar 1953 einen etwas abweichenden Standpunkt. Es führte aus, den Kantonen und Gemeinden stehe im Rahmen der von Art. 84 ZGB getroffenen Ordnung nicht nur ein abgeleitetes, sondern ein originäres Aufsichtsrecht zu. Als Kriterium für die Beurteilung der Frage, welchem Gemeinwesen eine Stiftung ihrer Bestimmung nach angehöre, falle in erster Linie die Natur des Stiftungszweckes in Betracht, d.h. dessen Verhältnis zum öffentlichen Recht des Bundes, der Kantone oder Gemeinden. Wo dieser Gesichtspunkt keine feste Handhabe biete, erscheine es im Hinblick auf den föderalistischen Aufbau unseres Staatswesens und das Subsidiaritätsprinzip als sinnvoll, die Aufsicht im Zweifel dem weniger umfassenden Gemeinwesen zu überlassen. Die Tatsache, dass der Kreis der Destinatäre einer Stiftung sich über das Gebiet mehrerer Kantone erstrecke, vermöge für sich allein die Zuständigkeit des Bundes zur Übernahme der Aufsicht nicht zu begründen (VEB 23 Nr. 34). Dieser Entscheid, namentlich die Bemerkung über das originäre Aufsichtsrecht der Gemeinden, scheint eher andeuten zu wollen, dass die Kantone nicht befugt seien, eine von Art. 84 Abs. 1 ZGB abweichende Zuständigkeitsordnung zu schaffen.

c) Das Bundesgericht befasste sich in BGE 56 I 377 mit Stiftungen, die mehreren Gemeinden angehören, wozu insbesondere Personalfürsorgestiftungen zu zählen sind. Es führte in diesem Zusammenhang aus, die Destinatäre dieser Stiftungen rekrutierten sich meist nicht nur aus der Gemeinde, in der das Unternehmen Sitz und Tätigkeitsgebiet habe, sondern aus verschiedenen Gemeinden der Umgebung. Die Aufsicht müsse aber einheitlich ausgeübt werden. Das könne entweder durch eine Gemeinde oder durch den Kanton geschehen. Für beide Möglichkeiten liessen sich gewichtige Gründe anführen. Der Bundesgesetzgeber habe zwischen den beiden Möglichkeiten keine Wahl getroffen. Er habe in Art. 84 ZGB nur die Aufsicht über die einem einzigen Gemeinwesen angehörenden Stiftungen geregelt, aber für den Fall, dass die Stiftungen mehreren Gemeinden angehörten, auf eine Regelung verzichtet. In einem solchen Fall seien die Kantone frei, im Rahmen des Bundesrechts zwischen den genannten beiden Lösungen zu wählen (BGE 56 I 382 /83).

Nach der vom Bundesgericht in diesem Entscheid vertretenen Auffassung sind demnach bei Fürsorgestiftungen, deren Destinatäre in mehreren Gemeinden wohnen, die Kantone frei, innerkantonal das zuständige Aufsichtsorgan zu bestimmen.

d) Es besteht auch heute kein Anlass, von dieser vom Bundesgericht in BGE 56 I 377 geäusserten Ansicht, der sich RIEMER (N. 30 zu Art. 84 ZGB) angeschlossen hat, abzuweichen. Beim Erlass von Art. 84 ZGB waren einerseits Personalfürsorgestiftungen noch wenig bekannt und fielen anderseits Wohn- und Arbeitsort der Arbeitnehmer noch vielfach zusammen. Es kann deshalb angenommen werden, Art. 84 Abs. 1 ZGB habe nur für solche Stiftungen eine Regelung schaffen wollen, welche ihrer Bestimmung nach eindeutig einem einzigen Gemeinwesen angehören, und enthalte bezüglich jener Stiftungen, die ihrer Bestimmung nach sich auf mehrere Gemeinden erstrecken, eine Lücke. Diese ist in dem Sinne auszufüllen, dass es als Sache des kantonalen Rechts betrachtet werden muss, die Stiftungsaufsicht dem Kanton, einem Bezirk oder einer Gemeinde zuzuweisen. Für diese Lösung sprechen auch die Erwägungen des genannten Kreisschreibens des Eidg. Departementes des Innern vom 17. März 1921. Personalfürsorgestiftungen wollen die Destinatäre, d.h. in der Regel die Arbeitnehmer eines bestimmten Unternehmens, vor wirtschaftlicher Not bewahren. Besteht in einem Unternehmen keine solche Stiftung, haben bei einer Notlage der Arbeitnehmer deren Wohnortsgemeinden einzuspringen. Da die Arbeitnehmer eines Betriebs heute meist in verschiedenen Gemeinden wohnen, kann gesagt werden, dass Personalfürsorgestiftungen sich in der Regel auf mehrere Gemeinden erstrecken und insofern ihrer Bestimmung nach verschiedenen Gemeinden angehören. Unter diesen Umständen stellt es jedenfalls keine Verletzung von Art. 84 Abs. 1 ZGB dar, wenn ein Kanton die Aufsicht über seine Personalfürsorgestiftungen generell einer Kantons- oder Bezirksbehörde zuweist und nicht jener Gemeinde, in der die Stifterfirma oder die Stiftung ihren Sitz hat.

Nach dem Ausgeführten kann somit im vorliegenden Fall, entgegen der vom Beschwerdeführer vertretenen Meinung, aus Art. 84 Abs. 1 ZGB nicht abgeleitet werden, die Aufsicht über die Stiftung müsse von Bundesrechts wegen notwendigerweise dem Gemeinderat von Y. zustehen. Die Ausübung des Aufsichtsrechts durch das kantonale Finanzdepartement als erste Instanz stellt demnach keine Verletzung der genannten bundesrechtlichen Bestimmung dar.

5. Es bleibt zu prüfen, ob die Abberufung des Stiftungsrates materiell gerechtfertigt gewesen sei, nachdem eine Bundesrechtsverletzung verneint und ein Verstoss gegen Art. 4 BV durch willkürliche Anwendung kantonalen Rechts nicht ordnungsgemäss geltend gemacht worden ist.

a) Nach Art. 84 Abs. 2 ZGB hat die Aufsichtsbehörde dafür zu sorgen, dass das Stiftungsvermögen seinen Zwecken gemäss verwendet wird. Zur Erfüllung dieser Aufgabe stehen ihr verschiedene präventive und repressive Massnahmen zur Verfügung, letztlich als schwerwiegendsten Eingriff die Abberufung des Stiftungsrates. Diese soll jedoch nur erfolgen, wenn das Verhalten des Stiftungsrates im Hinblick auf eine gesetzes- und stiftungsmässige Tätigkeit der Stiftung nicht mehr tragbar, die Zweckverwendung des Stiftungsvermögens beeinträchtigt oder gefährdet ist und andere, weniger einschneidende Massnahmen keinen Erfolg versprechen. Dass der Stiftungsrat schuldhaft gehandelt habe, ist nicht Voraussetzung für seine Abberufung (RIEMER, N. 55 ff., insbes. N. 98 f. zu Art. 84 ZGB). Bei der Ausübung des Aufsichtsrechts steht der damit beauftragten Behörde ein gewisser Ermessensspielraum zu. Der Grundsatz der Verhältnismässigkeit zwischen Mittel und Zweck ist jedoch zu beachten (RIEMER, N. 37 zu Art. 84 ZGB).

b) Der Regierungsrat begründete im angefochtenen Entscheid die Abberufung des Stiftungsrates vor allem damit, dass zwischen der Stiftung und der sich in Liquidation befindenden Stifterfirma die evidente Gefahr einer Interessenkollision bestehe, weil der Stiftungsrat aus dem Verwaltungsratspräsidenten, einem Verwaltungsrat und einem Prokuristen der Stifterfirma zusammengesetzt sei. Ferner wurde dem Stiftungsrat vorgeworfen, dass er im Nachlassverfahren für die Stiftung nur eine Forderung von Fr. 178'657.55 statt den der Stiftung zustehenden Betrag von Fr. 214'616.80 geltend gemacht habe. Auch sei die Jahresrechnung 1975 erst nach mehrfacher Aufforderung am 9. Mai 1977 zusammen mit der Jahresrechnung 1976 eingereicht worden. Zudem habe der Stiftungsrat seit seiner Abberufung am 3. Mai 1978, von der er wegen fehlerhafter Zustellung keine Kenntnis erhalten habe, nichts mehr getan; ja er habe bis zum 12. März 1979 nicht einmal gemerkt, dass er am 3. Mai 1978 abberufen worden sei.

Es ist im folgenden zu prüfen, ob diese vom Regierungsrat angeführten Umstände für sich allein oder in ihrer Gesamtheit einen hinreichenden Grund für die Abberufung des Stiftungsrates bilden.

c) Der Stiftungsrat bestreitet nicht, dass er sich aus dem Verwaltungsratspräsidenten, einem Verwaltungsrat und einem Prokuristen der Stifterfirma zusammensetzt. Bei dieser Sachlage ist offenkundig und braucht es, entgegen der Meinung des Beschwerdeführers, keiner weiteren Begründung dafür, dass es zwischen der Stiftung und der sich in finanziellen Schwierigkeiten befindenden Stifterfirma, die beide weitgehend durch dieselben Personen vertreten werden, zu Interessenkollisionen kommen kann. Der Umstand, dass sich die Stifterfirma bei der Abberufung des Stiftungsrates bereits in Nachlassliquidation befand, ändert daran nichts, weil der Schuldner bzw. dessen bisheriger Verwaltungsrat auch in diesem Verfahren noch gewisse Aufgaben zu erfüllen hat, welche die Gläubigerinteressen berühren; unter anderem hat er sich namentlich über die eingegebenen Forderungen auszusprechen und der Gläubigerversammlung auf deren Verlangen Aufschlüsse zu erteilen (Art. 301 und 302 Abs. 2 SchKG). Ob die Fünftklassgläubiger leer ausgehen werden und die Mitglieder des Stiftungsrates eine Forderung angemeldet haben oder nicht, ist unerheblich. Einerseits stand das Ergebnis der Liquidation bei der Abberufung des Stiftungsrates noch keineswegs sicher fest und anderseits kann eine Interessenkollision nicht nur zugunsten der Stiftung und deren Destinatäre, sondern auch zu deren Nachteil und zugunsten der Stifterfirma bzw. deren Gläubiger vorliegen.

Die mögliche Interessenkollision konnte nur durch die Abberufung des Stiftungsrates wirkungsvoll ausgeschaltet werden. Die vom Finanzdepartement verfügte Massnahme hält demnach vor dem Gesetz stand. Der Grundsatz der Verhältnismässigkeit ist durch sie nicht verletzt, weil weniger weitgehende Eingriffe das angestrebte Ziel nicht hätten erreichen können.

War die Abberufung des Stiftungsrates allein schon wegen der drohenden Interessenkollision gerechtfertigt und stellt demzufolge die angefochtene Massnahme keine Rechtsverletzung dar, dann ist die vorliegende Beschwerde schon deshalb als unbegründet abzuweisen. Es erübrigt sich damit zu prüfen, ob die weiteren vom Regierungsrat angeführten Gründe für die Abberufung des Stiftungsrates ebenfalls ausgereicht hätten.