Le 17 août 2006, l'Office fédéral des transports a rendu une décision d'approbation des plans, au sens des art. 18 ss de la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF; RS 742.101), pour le deuxième tronçon de la ligne de tramway Cornavin-Meyrin-CERN (ligne TCMC) dans l'agglomération genevoise. En approuvant les plans, l'Office fédéral a rejeté une opposition formée par A., propriétaire d'un centre commercial proche du tracé de ligne de tramway. A. a recouru contre cette décision auprès de la Commission fédérale de recours en matière d'infrastructures et d'environnement (CRINEN). Le 8 novembre 2006, les Transports publics genevois (TPG) - compagnie ayant obtenu une extension de la concession fédérale pour construire et exploiter la ligne de tramway - ont demandé le retrait de l'effet suspensif au recours. Statuant le 12 décembre 2006, la Vice-présidente de la Commission de recours a admis cette requête des TPG.

Agissant par la voie du recours de droit administratif au sens des art. 97 ss OJ (puisque la décision attaquée avait été rendue avant le 1^er janvier 2007 - cf. art. 132 al. 1 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF; RS 173.110]), A. a demandé au Tribunal fédéral d'annuler la décision de la Vice-présidente de la Commission fédérale de recours et de confirmer l'effet suspensif de son recours soumis à ladite Commission. Le Tribunal fédéral a rejeté le recours.

3. Il convient en premier lieu d'examiner la réglementation du droit fédéral en matière d'effet suspensif. Le Tribunal fédéral se prononce d'office à ce sujet, étant lié par les conclusions des parties mais non pas par les motifs qu'elles invoquent (art. 114 al. 1 OJ).

3.1 Les dispositions de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA; RS 172.021) étaient applicables à la procédure de recours devant la Commission fédérale de recours en matière d'infrastructures et d'environnement (CRINEN). La question de l'effet suspensif était alors réglée à l'art. 55 PA. Depuis le 1^er janvier 2007, les procédures pendantes devant cette commission ont été transmises au Tribunal administratif fédéral. A défaut de dispositions spécifiques sur l'effet suspensif dans la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF; RS 173.32), cette question est toujours régie par l'art. 55 PA, en vertu du renvoi général à la PA de l'art. 37 LTAF.

Aux termes de l'art. 55 al. 1 PA, le recours a effet suspensif. Conformément à l'art. 55 al. 2 PA, l'autorité de recours, son président ou le juge instructeur peut retirer l'effet suspensif après le dépôt du recours, sauf si la décision attaquée porte sur une prestation pécuniaire (la rédaction de ce second alinéa de l'art. 55 PA a été revue lors de l'adoption de la LTAF mais les conditions du retrait de l'effet suspensif n'ont pas été modifiées - cf. RO 2006 p. 2223). L'art. 55 al. 5 PA réserve les dispositions d'autres lois fédérales prévoyant qu'un recours n'a pas d'effet suspensif.

Le régime de l'art. 55 PA, où la loi prévoit que le recours a par lui-même effet suspensif, n'est pas celui qui est applicable en cas de recours au Tribunal fédéral. Actuellement, en vertu de l'art. 103 al. 1 LTF, le recours en matière de droit public n'a en règle générale pas d'effet suspensif, mais le juge instructeur peut, d'office ou sur requête d'une partie, statuer différemment à ce sujet (art. 103 al. 3 LTF). Dans la procédure de recours de droit administratif au Tribunal fédéral selon les anciens art. 97 ss OJ (RO 3 p. 521), la loi prévoit également que l'effet suspensif doit le cas échéant être ordonné, sauf si la décision attaquée porte condamnation à une prestation en argent (art. 111 OJ).

3.2 La procédure d'approbation des plans de construction de chemins de fer - applicable notamment à la construction de tramways (art. 2 al. 1 LCdF) - est régie par les art. 18 ss LCdF, chapitre de la loi révisé lors de l'adoption le 18 juin 1999 de la loi fédérale sur la coordination et la simplification des procédures de décision (en vigueur depuis le 1^er janvier 2000 - cf. RO 1999 p. 3071). L'art. 18a LCdF précise que cette procédure est également régie, subsidiairement, par la loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx; RS 711). Le législateur a ainsi, en 1999, regroupé ou combiné les procédures d'approbation des plans et d'expropriation afin que toutes les oppositions, notamment celles en matière d'expropriation, soient traitées lors de l'approbation des plans; l'estimation des prétentions produites par les expropriés fera en revanche l'objet d'une procédure distincte (cf. art. 18h al. 1 et art. 18k al. 1 LCdF; cf. Message relatif à la loi fédérale sur la coordination précitée, FF 1998 p. 2231).

Lors de la révision de 1999, il a été expressément prévu, à l'art. 18h al. 5 LCdF, qu'une décision d'approbation des plans prise par l'Office fédéral des transports pouvait faire l'objet d'un recours à la Commission fédérale de recours (CRINEN). La procédure de recours n'a pas été réglée plus précisément; en particulier, aucune disposition spéciale n'a été prévue pour l'effet suspensif, ce dont on peut déduire une application sans réserve de la réglementation de l'art. 55 al. 1 et 2 PA. L'alinéa 5 de l'art. 18h LCdF a été abrogé avec effet au 1^er janvier 2007, la voie de recours à la CRINEN n'étant plus ouverte depuis que le Tribunal administratif fédéral est compétent en cette matière (RO 2006 p. 2266).

3.3 Le Conseil fédéral, qui doit arrêter les prescriptions d'exécution de la loi sur les chemins de fer (art. 97 LCdF), a adopté le 2 février 2000 - soit peu après l'entrée en vigueur des nouveaux art. 18 ss LCdF - une ordonnance sur la procédure d'approbation des plans des installations ferroviaires (OPAPIF; RS 742.142.1). Cette ordonnance abroge une ancienne ordonnance du 23 décembre 1932 sur les projets de construction de chemins de fer (art. 9 OPAPIF). L'art. 6 OPAPIF (dont le titre est "notification de l'approbation des plans et début de la construction") contient un alinéa 3 dont la teneur est la suivante:

"La construction de l'installation ne peut commencer qu'une fois la décision d'approbation entrée en force." (En allemand: "Mit dem Bau der Anlage darf erst gestützt auf eine rechtskräftige Plangenehmigung begonnen werden".)

Le Tribunal fédéral peut en principe revoir la légalité des ordonnances du Conseil fédéral (ATF 133 V 42 consid. 3.1 p. 44; ATF 131 II 271 consid. 4 p. 275 et les arrêts cités). Précisément, la légalité de l'art. 6 al. 3 OPAPIF est douteuse.

En procédure ordinaire, dans le cadre des art. 18 ss LCdF, la décision d'approbation des plans prise par l'Office fédéral des transports est l'unique décision de l'administration fédérale. Cette décision permet en principe la construction de l'installation ferroviaire, sans qu'il soit nécessaire d'obtenir d'autres autorisations fondées sur le droit fédéral (art. 18 al. 3 LCdF) ou sur le droit cantonal (art. 18 al. 4 LCdF). Dans ce régime légal, une décision d'approbation des plans peut donc être qualifiée d'exécutoire (en allemand: vollstreckbar ) si elle n'est pas attaquée devant l'autorité de recours (CRINEN ou Tribunal administratif fédéral). En cas de recours, la décision peut être exécutoire avant d'être formellement en force (en allemand: rechtskräftig ), si le moyen juridictionnel ordinaire exercé contre elle ou susceptible de l'être n'a pas d'effet suspensif ou en a été privé, par exemple par une décision incidente de retrait de l'effet suspensif fondée sur l'art. 55 al. 2 PA.

En ne permettant pas d'effectuer la construction avant l'entrée en force de la décision d'approbation des plans, l'art. 6 al. 3 OPAPIF, s'il était appliqué strictement, priverait l'entreprise concessionnaire de la possibilité de commencer les travaux, quand bien même la décision serait exécutoire soit à la suite d'un retrait d'effet suspensif sur la base de l'art. 55 al. 2 PA (en cas de recours pendant devant la CRINEN ou le Tribunal administratif fédéral), soit à cause du refus du juge instructeur de prononcer l'effet suspensif (en cas de recours au Tribunal fédéral - cf. art. 111 al. 2 OJ, art. 103 al. 1 LTF). Par ailleurs, cela pourrait également priver de portée concrète une décision du juge de l'expropriation prononçant l'envoi en possession anticipé en application de l'art. 76 LEx. L'art. 18k al. 3 LCdF permet en effet au président de la commission d'estimation d'autoriser l'envoi en possession anticipé "lorsque la décision d'approbation des plans est exécutoire". Cette question est désormais réglée, dans le cadre de la nouvelle procédure combinée de la loi sur les chemins de fer, tandis que l'art. 76 al. 1 LEx ne définit pas clairement le stade de la procédure à partir duquel l'envoi en possession anticipé peut être ordonné (cette mesure peut en principe être requise "en tout temps"). C'est délibérément que le législateur, en adoptant l'art. 18k al. 3 LCdF, a autorisé un envoi en possession anticipé, et partant le début des travaux, à un moment où la décision est certes exécutoire - parce qu'un recours formé contre elle n'a pas ou plus d'effet suspensif - mais pas encore en force (cf. Message du Conseil fédéral relatif à la loi fédérale sur la coordination, FF 1998 p. 2253 et 2267).

Il convient encore de relever qu'avant l'adoption des nouvelles règles sur la procédure d'approbation des plans (art. 18 ss LCdF), l'art. 34 de l'ancienne ordonnance sur les projets de constructions de chemins de fer fixait le moment du début des travaux (RO 1984 p. 1443). La jurisprudence a été amenée à interpréter cette disposition, qui n'était pas claire. Le Tribunal fédéral a notamment considéré que pour ne pas priver l'art. 76 LEx de toute portée, il ne fallait pas subordonner l'envoi en possession anticipé et le début des travaux à l'entrée en force de la décision d'approbation des plans (décision "définitive" ou "rechtskräftig"), comme le texte de l'art. 34 pouvait le laisser penser, mais que ces travaux pouvaient commencer, en cas de recours, après la décision du Département fédéral, alors compétent comme autorité de recours hiérarchique et autorité de surveillance (ATF 115 lb 424 consid. 6 p. 437 ss).

Il résulte de ce qui précède que si le Conseil fédéral avait formulé l'art. 6 al. 3 OPAPIF en ce sens que "la construction de l'installation ne peut commencer qu'une fois la décision d'approbation exécutoire" ("eine vollstreckbare Plangenehmigung" ), cette disposition n'aurait pas été critiquable du point de vue des règles générales de la procédure administrative sur l'effet suspensif des recours (art. 55 PA, art. 103 al. 1 LTF, art. 111 al. 2 OJ), ni du point de vue de la réglementation de l'envoi en possession anticipé (art. 76 LEx, art. 18k al. 3 LCdF). En revanche, en retenant le critère de l'entrée en force, l'auteur de l'ordonnance n'a pas tenu compte du système légal, qui n'exclut pas le début des travaux alors qu'un recours est pendant, moyennant le retrait ou le refus de l'effet suspensif, et qui permet aussi à ce stade l'envoi en possession anticipé. Ce système légal s'appliquant non seulement à la construction des chemins de fer mais également à celle de la plupart des installations régies par le droit fédéral, on ne voit aucun motif de considérer que le Conseil fédéral aurait à ce sujet, en vertu de la clause de l'art. 97 LCdF sur les prescriptions d'exécution, une marge d'appréciation dont il faudrait tenir compte. Au contraire, il n'y a aucun intérêt à différer par principe la réalisation des projets ferroviaires lorsqu'ils font l'objet de décisions d'approbation des plans exécutoires. Il s'ensuit, dans la présente affaire, que l'art. 6 al. 3 OPAPIF - que la recourante n'a au demeurant pas invoqué - n'a pas à être pris en considération et que la décision attaquée ne viole pas le droit fédéral du seul fait qu'elle permet le commencement des travaux avant l'entrée en force de la décision d'approbation des plans.