Le 8 décembre 2003, le Dr X., médecin spécialiste titulaire de diplômes FMH en chirurgie plastique reconstructive, esthétique et chirurgie de la main, a posé sa candidature au poste de "professeur/e ordinaire ou adjoint/e de chirurgie plastique et reconstructive au Département de chirurgie", mis au concours par la Faculté de médecine de l'Université de Genève (ci-après: la faculté).

Par courrier du 19 janvier 2004, la faculté l'a informé du fait que la Commission de nomination avait décidé de ne pas proposer son nom au Rectorat de l'Université de Genève (ci-après: le rectorat). Etait annexé à ce courrier, pour information, un document contenant les extraits de la loi sur l'Université et de son règlement d'application relatifs à la procédure de plainte pour violation de la règle de préférence instituée par l'art. 26A de la loi genevoise du 26 mai 1973 sur l'Université (LU/GE; RSG C 1 30).

Le 17 février 2004, X. a déposé une plainte au sens de l'art. 62B du règlement d'application du 10 mai 1986 de la loi sur l'Université (RALU/GE; RSG C 1 30.01). Le 24 février 2004, la faculté lui a fait parvenir une copie du courrier du Président de la Commission de nomination indiquant les motifs pour lesquels sa candidature n'avait pas été retenue. En substance, contrairement aux autres candidats, X. ne pouvait se prévaloir ni de titres académiques, ni d'activités de recherche, ni de publications à politique éditoriale ayant un "impact factor". Le 30 janvier 2004 ont eu lieu les conférences publiques de la Dresse B. et du Dr C., dont les candidatures ont été proposées le 19 février 2004 par la Commission de nomination et le 8 mars 2004 par la faculté.

Le 12 mars 2004, le rectorat a déclaré la plainte de X. irrecevable au motif que son dépôt était prématuré et que son auteur ne disposait pas de la qualité pour se plaindre. X. a recouru contre cette décision devant le Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif). Par courrier du 6 mai 2004, la faculté a informé X. du fait que le rectorat, suivant l'avis de la faculté, avait choisi de ne pas proposer sa candidature mais celle de la Dresse B.; cette dernière a finalement été nommée par arrêté du Conseil d'Etat du 12 mai 2004. Répondant à ce courrier, X. a intégralement confirmé le contenu et les conclusions de sa plainte du 17 février 2004. Le 9 juin 2004, le rectorat lui indiquait une nouvelle fois qu'il ne pouvait entrer en matière, la voie de la plainte pour violation de la règle de préférence n'étant ouverte qu'aux candidats appartenant au sexe sous-représenté. Cette décision a également fait l'objet d'un recours de X. devant le Tribunal administratif. Par arrêt du 21 septembre 2004, ce tribunal a rejeté les recours, considérant que la voie de la plainte au sens de l'art. 62B RALU/GE n'était ouverte qu'aux personnes appartenant au sexe sous-représenté.

Contre cet arrêt, X. a formé un recours de droit administratif au Tribunal fédéral. Ce recours a été admis par arrêt du 19 janvier 2006 (2P.277/2004), au motif que l'ouverture de la voie de la plainte à toutes les personnes qui s'estiment directement touchées par une violation de la règle de préférence, sans distinction fondée sur le sexe, constitue une exigence de la loi fédérale du 24 mars 1995 sur l'égalité entre femmes et hommes (loi sur l'égalité, LEg; RS 151.1) qui l'emporte sur l'autonomie procédurale des cantons. L'arrêt attaqué était donc annulé et il était donné acte à X. qu'il avait été discriminé dans le cadre de la procédure de plainte spécifique à l'Université de Genève. Pour le surplus, la cause était renvoyée au Tribunal administratif pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale, si bien que, par arrêt du 21 mars 2006, l'Université de Genève a été condamnée à verser une indemnité de procédure d'un montant de 3'000 fr. à X.

Le 24 mars 2006, X. a déposé une demande en indemnisation au sens de l'art. 5 LEg devant la Commission de conciliation en matière d'égalité. Il demandait que l'Université de Genève soit condamnée au paiement d'une indemnité de 73'796 fr. 10 sur la base de l'art. 5 al. 2 LEg et de 5'164 fr. 80 à titre de dommages-intérêts. La conciliation ayant échoué, la cause a été transmise au Tribunal administratif, qui a rejeté la demande par arrêt du 6 février 2007. Le Tribunal administratif a considéré que la discrimination constatée par le Tribunal fédéral dans l'arrêt 2P.277/2004 précité ne portait pas sur un refus d'embauche, condition nécessaire pour l'application de l'art. 5 al. 2 LEg. De plus, il ne ressortait pas du dossier que X. avait été victime d'une discrimination lors du choix des candidats, les qualifications de la Dresse B. et du Dr C. correspondant plus aux attentes de la faculté. Enfin, le Tribunal administratif ne s'estimait pas compétent pour statuer sur la prétention en dommages-intérêts.

Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X. a demandé au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt et de renvoyer la cause au Tribunal administratif pour nouvelle décision sur ses prétentions. Subsidiairement, il concluait à la condamnation de l'Université de Genève au paiement des indemnités demandées.

Le Tribunal fédéral a partiellement admis le recours.

5.1 Le recourant reproche au Tribunal administratif d'avoir considéré à tort qu'il n'était pas compétent pour statuer sur l'indemnité demandée à titre de dommages-intérêts. Le Tribunal administratif n'est en effet pas entré en matière sur cette prétention fondée sur l'art. 5 al. 5 LEg. Il a considéré qu'elle était soumise aux règles ordinaires de compétence en matière de responsabilité de l'Etat et des communes et que, dès lors, le recourant aurait dû faire valoir ses prétentions en dommages-intérêts devant le Tribunal de première instance (art. 7 de la loi cantonale sur la responsabilité de l'Etat et des communes [LREC/GE; RSG A 2 40]).

Il convient d'examiner si cette solution est conforme à l'art. 5 LEg et si elle ne constitue pas une application arbitraire de l'art. 56G al. 1 de la loi cantonale sur l'organisation judiciaire (LOJ/GE; RSG E 2 05). Appelé à revoir l'interprétation d'une norme cantonale sous l'angle de l'arbitraire (pour une définition de l'arbitraire, cf. ATF 132 I 13 consid. 5.1 et les références), le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En revanche, si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution - éventuellement plus judicieuse - paraît possible (ATF 117 Ia 97 consid. 5b p. 106, ATF 117 Ia 292 consid. 3a p. 294 et les références).

5.2 Intitulé "droits des travailleurs", l'art. 5 LEg énumère aux alinéas 1 à 4 des droits de diverses natures en faveur de la personne lésée par une discrimination. Aux termes de l'alinéa 5, sont réservés les droits en dommages-intérêts et en réparation du tort moral, de même que les prétentions découlant de dispositions contractuelles plus favorables aux travailleurs. Quant à l'art. 56G al. 1 LOJ/GE, il a la teneur suivante: "le Tribunal administratif siégeant au nombre de 5 juges connaît en instance unique des actions relatives à des prétentions de nature pécuniaire fondées sur le droit public cantonal, de même que sur la loi fédérale du 24 mars 1995 sur l'égalité entre femmes et hommes, qui ne peuvent pas faire l'objet d'une décision au sens de l'article 56A, alinéa 2, de la présente loi, et qui découlent (let. a) des rapports entre l'Etat, les communes, les autres corporations et établissements de droit public et leurs agents publics".

5.3 Il convient en premier lieu de déterminer la portée de la réserve figurant à l'art. 5 al. 5 LEg. Selon la doctrine et les travaux préparatoires, cette réserve vise simplement à "clarifier la situation" en rappelant qu'une discrimination au sens de la loi sur l'égalité représente aussi une atteinte aux droits de la personnalité et que cette atteinte illicite peut donner droit à des dommages-intérêts ainsi qu'à une réparation du tort moral (cf. MARGRITH BIGLER-EGGENBERGER, Commentaire de la loi sur l'égalité, Lausanne 2000, n. 43 ad art. 5 LEg; Message du 24 février 1993 concernant la loi fédérale sur l'égalité entre femmes et hommes, FF 1993 I 1163, p. 1215). Dès lors, même si les conditions de réalisation de ces dernières prétentions sont soumises aux principes généraux du droit de la responsabilité, elles ont le même fondement que tous les autres droits du lésé énoncés à l'art. 5 al. 1 à 4 LEg, à savoir l'acte illicite que constitue la violation de la loi sur l'égalité. Pour autant que les conditions requises soient satisfaites, la personne lésée par une discrimination peut ainsi faire valoir les droits spécifiques de l'art. 5 al. 1 à 4 LEg et, cumulativement, les prétentions en dommages-intérêts et en réparation du tort moral réservées à l'art. 5 al. 5 LEg. Par ailleurs, la loi sur l'égalité exige des cantons qu'ils aménagent des moyens de droit permettant aux personnes et organisations légitimées de se prévaloir efficacement des droits mentionnés à l'art. 5 LEg (arrêts 2P.277/2004 précité, consid. 4.3; 1A.8/2000 du 10 mars 2000, consid. 2c). La personne lésée doit dès lors pouvoir faire valoir toutes ces prétentions dans la procédure ouverte contre la décision discriminatoire (cf. KATHRIN ARIOLI/FELICITAS FURRER ISELI, L'application de la loi sur l'égalité aux rapports de droit public, Bâle 2000, n. 326 p. 137). Cette solution s'impose également du point de vue de l'économie de la procédure.

5.4 En l'occurrence, les prétentions en dommages-intérêts litigieuses concernent les frais de défense engagés par le recourant pour contester le rejet de sa candidature au poste de professeur mis au concours par l'intimée. Des dépens lui ont été octroyés à la suite de la constatation d'une discrimination dans le cadre de la procédure de plainte; le recourant estime toutefois que ces dépens ne couvrent pas les frais engagés avant le dépôt de son recours du 29 mars 2004 devant le Tribunal administratif et il demande par conséquent le remboursement de ces frais à titre de dommages-intérêts. Ces prétentions sont directement liées à la discrimination constatée par le Tribunal fédéral dans l'arrêt 2P.277/2004, ainsi qu'à la discrimination lors du refus d'embauche dont le recourant se plaint encore. Elles devaient donc pouvoir être invoquées dans la même procédure et c'est en violation de l'art. 5 LEg que le Tribunal administratif a renvoyé le recourant à agir devant une autre autorité. De plus, dans la mesure où la prétention en dommages-intérêts est fondée sur une discrimination au sens de la loi fédérale sur l'égalité, la position de l'autorité intimée est sur ce point en contradiction manifeste avec le texte clair de l'art. 56G LOJ/GE, aux termes duquel le Tribunal administratif est compétent pour statuer sur les prétentions de nature pécuniaire fondées sur la loi sur l'égalité. L'arrêt attaqué repose donc également sur une application arbitraire de l'art. 56G al. 1 LOJ/GE. Par conséquent, il y a lieu d'admettre le recours sur ce point et de renvoyer la cause au Tribunal administratif pour qu'il statue sur la demande du recourant tendant au paiement de dommages-intérêts, étant précisé que ce renvoi ne préjuge en rien du sort de la réclamation du recourant.