L'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration cantonale) a fixé les impôts cantonaux et communaux dus par X. pour l'année 2003 dans un bordereau de taxation du 21 février 2005 notifié sous pli simple à son destinataire. La réclamation formée par le contribuable contre ce bordereau a été considérée comme tardive par l'Administration cantonale qui a maintenu sa taxation par décision du 14 avril 2005. Saisie d'un recours contre ce prononcé, la Commission cantonale de recours en matière d'impôts du canton de Genève (ci-après la Commission de recours) l'a rejeté par décision du 7 mai 2007.

Contre cette décision, X. a recouru auprès du Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif).

Par arrêt du 2 octobre 2007, le Tribunal administratif a admis le recours, annulé la décision de la Commission de recours du 7 mai 2007, ainsi que la décision sur réclamation du 14 avril 2005 de l'Administration cantonale, et renvoyé la cause à la Commission de recours pour qu'elle tranche le fond du litige. En substance, les juges ont estimé que, contrairement à l'opinion des autorités précédentes, la réclamation avait été formée en temps utile par le contribuable.

L'Administration cantonale interjette un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral contre l'arrêt précité du 2 octobre 2007. Elle conclut à l'annulation de celui-ci et à la confirmation de sa décision sur réclamation du 14 avril 2005. Elle invoque la violation du droit fédéral et l'arbitraire dans l'interprétation des faits.

Le Tribunal fédéral a admis le recours et confirmé la décision rendue le 7 mai 2007 par la Commission de recours.

1. Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence en vertu de l'art. 29 al. 1 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF; RS 173.110; ci-après: loi sur le Tribunal fédéral); il revoit donc librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (ATF 133 I 185 consid. 2 p. 188 et les arrêts cités).

1.1 Le présent recours a été interjeté par l'Administration cantonale et concerne la taxation fiscale 2003 en matière d'impôts cantonaux et communaux. Le litige revient à déterminer si le Tribunal administratif pouvait retenir que la réclamation contre la taxation fiscale avait été formée par l'intimé dans le délai légal de 30 jours prévu par l'art. 39 de la loi genevoise de procédure fiscale du 4 octobre 2001 (RSG D 3 17). Cette disposition correspond à l'art. 48 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14; ci-après: loi sur l'harmonisation fiscale). La matière est ainsi réglée dans le titre 5 de cette loi et porte sur une période fiscale postérieure au délai accordé par l'art. 72 al. 1 LHID aux cantons pour adapter leur législation. Par conséquent, la recevabilité du recours et le pouvoir d'examen du Tribunal fédéral doivent être examinés non seulement sous l'angle de la loi sur le Tribunal fédéral, mais aussi compte tenu de la loi sur l'harmonisation fiscale et plus particulièrement de son art. 73.

1.2 L'arrêt attaqué est une décision de renvoi, soit une décision incidente qui ne met pas fin à la procédure au sens de l'art. 90 LTF (cf. ATF 133 V 477 consid. 4.2 p. 482). Le recours est néanmoins ouvert, car son admission peut conduire - ce que le Tribunal fédéral examine librement (cf. ATF 133 II 409 consid. 1.2 p. 412) - immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (art. 93 al. 1 let. b LTF).

Pour le surplus, le recours a été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes requises (art. 42 LTF) contre un jugement rendu dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) par l'autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d LTF), de sorte que la voie du recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral est en principe ouverte au sens des art. 82 ss LTF.

1.3 L'art. 73 al. 1 LHID réserve également la voie du recours en matière de droit public contre la décision attaquée. Cette situation s'explique historiquement. En effet, sous l'empire de l'ancienne loi d'organisation judiciaire (OJ; RO 3 p. 521), le recours de droit administratif n'était en principe pas recevable pour se plaindre d'une décision se fondant sur du droit cantonal (cf. ATF 126 II 171 consid. 1a p. 173). Afin de permettre au Tribunal fédéral, dans les domaines visés par la loi sur l'harmonisation fiscale, de revoir avec un plein pouvoir d'examen la compatibilité du droit cantonal et de son application avec les règles fédérales d'harmonisation, le législateur a ouvert la voie du recours de droit administratif en la matière (cf. ULRICH CAVELTI, in Zweifel/Athanas, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und der Gemeinden [StHG], Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, 2^e éd., Bâle 2002, n. 1 ad art. 73 LHID; DANIELLE YERSIN, Harmonisation fiscale: procédure, interprétation et droit transitoire, RDAF 2003 II p. 1 s.). L'art. 73 LHID était ainsi, sous l'ancienne loi d'organisation judiciaire, une clause spéciale dérogeant aux règles de procédure en vigueur (cf. THOMAS MEISTER, Rechtsmittelsystem der Steuerharmonisierung, thèse St-Gall 1994, p. 294), puisque seul un recours de droit public pour violation des droits constitutionnels aurait été normalement envisageable (cf. Message du 25 mai 1983 concernant les lois fédérales sur l'harmonisation directe des cantons et des communes ainsi que sur l'impôt fédéral [ci-après: Message sur l'harmonisation fiscale], FF 1983 III 1, p. 154). Avec l'entrée en vigueur de la loi sur le Tribunal fédéral et l'introduction du recours en matière de droit public, toutes les décisions rendues dans une cause de droit public, peu importe qu'elles soient fondées sur le droit cantonal ou fédéral, peuvent désormais faire l'objet d'un recours en matière de droit public (cf. art. 82 let. a LTF; FRANÇOIS BELLANGER, Le recours en matière de droit public, in Les nouveaux recours fédéraux en droit public, Zurich 2006, p. 43 ss, 47). En conséquence, l'art. 73 al. 1 LHID, qui réserve expressément cette nouvelle voie de droit, n'apparaît plus comme une lex specialis dérogeant aux règles ordinaires de procédure, mais seulement comme une confirmation de ces dernières.

1.4 L'art. 73 al. 2 LHID prévoit que le contribuable, l'administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions ont le droit de recourir. Cette disposition constitue une base légale conférant aux autorités qu'elle désigne la qualité pour recourir conformément à l'art. 89 al. 2 let. d LTF (cf. BERNHARD WALDMANN, in Niggli/Uebersax/Wiprächtiger, Bundesgerichtsgesetz, Bâle 2008, n. 66 ad art. 89 LTF); du moment que la décision attaquée concerne une matière relevant du droit cantonal harmonisé, cette qualité existe, y compris pour les autorités désignées à l'art. 73 al. 2 LHID, indépendamment de la marge d'autonomie cantonale dans le domaine considéré et des griefs soulevés (cf. ATF 134 II 124 consid. 2.3 et 2.6). Partant, il faut admettre que l'Administration cantonale est en droit de déposer un recours en matière de droit public en l'espèce.

1.5 La recourante ne se limite pas à des conclusions cassatoires, mais propose, outre l'annulation de l'arrêt du Tribunal administratif du 2 octobre 2007, la confirmation de sa propre décision sur réclamation du 14 avril 2005.

1.5.1 Aux termes de l'article 73 al. 3 LHID, en cas d'acceptation du recours, le Tribunal fédéral annule la décision attaquée et renvoie l'affaire pour nouvelle décision à l'autorité inférieure. Sur la base de cette disposition, le Tribunal fédéral, sous l'empire de l'ancienne loi d'organisation judiciaire, déclarait irrecevables les conclusions prises dans le cadre d'un recours de droit administratif en matière d'harmonisation fiscale qui n'étaient pas purement cassatoires (cf. ATF 131 II 710 consid. 1.1 p. 713).

Avec l'entrée en vigueur de la loi sur le Tribunal fédéral, le contexte s'est modifié, car la voie du recours en matière de droit public est ouverte contre les décisions cantonales de dernière instance portant sur une matière réglée dans les titre 2 à 5 et 6 chap. 1 LHID, tant en vertu de l'art. 73 al. 1 LHID que des règles ordinaires de procédure (cf. supra consid. 1.2 et 1.3). Or, l'art. 107 al. 2 LTF autorise le Tribunal fédéral à statuer lui-même sur le fond, s'il admet le recours. L'art. 107 al. 2 LTF et l'art. 73 al. 3 LHID posent donc deux règles contradictoires. Pour déterminer celle qui l'emporte, il faut s'interroger sur la portée de l'art. 73 al. 3 LHID en regard du nouveau droit.

1.5.2 Comme déjà rappelé (cf. supra consid. 1.3), le législateur a créé, avec l'art. 73 LHID, une base légale spéciale, afin d'ouvrir à titre exceptionnel la voie du recours de droit administratif contre les décisions rendues en matière de droit cantonal dans les domaines harmonisés par la loi sur l'harmonisation fiscale. Il a toutefois limité, à l'alinéa 3, la cognition du Tribunal fédéral en l'empêchant de trancher lui-même (cf. CAVELTI, op. cit., n. 13 ad art. 73 LHID). Cette réserve témoigne de l'hésitation du législateur fédéral entre la volonté, d'une part, de garantir une réelle harmonisation et, d'autre part, de préserver l'autonomie des cantons (cf. DANIELLE YERSIN, Harmonisation fiscale: la dernière ligne droite, Archives 69 p. 305 ss, 316). Celui-ci a finalement opté pour un recours de droit administratif hybride conservant le caractère cassatoire propre au recours de droit public (cf. ATF 127 II 1 consid. 2c p. 5; ATF 126 II 377 consid. 8b p. 395), à savoir la voie de droit alors normalement prévue contre ce type de décision (cf. Message sur l'harmonisation fiscale, p. 154). En ouvrant de manière générale le recours en matière de droit public et, par voie de conséquence, la règle figurant à l'art. 107 al. 2 LTF à l'ensemble des décisions rendues en application du droit public fédéral ou cantonal, le nouveau droit a fait perdre toute portée à la règle de l'art. 73 al. 3 LHID, qui était de maintenir une certaine autonomie cantonale.

L'art. 73 al. 3 LHID est du reste devenu anachronique dans le système de recours mis en place par la loi sur le Tribunal fédéral, car il fait subsister le caractère cassatoire propre à l'ancien recours de droit public, alors que cette restriction n'existe plus, même dans le recours constitutionnel subsidiaire (cf. art. 117 LTF qui renvoie à l'art. 107 LTF; MICHEL HOTTELIER, Entre tradition et modernité: le recours constitutionnel subsidiaire, in Les nouveaux recours fédéraux en droit public, Zurich 2006, p. 71 ss, 99).

Lors de l'adaptation de l'art. 73 LHID à la LTF, le législateur n'a pas cherché délibérément à s'écarter des nouvelles règles de procédure en maintenant le caractère cassatoire du recours prévu par la loi sur l'harmonisation fiscale. Il n'a procédé à aucune analyse des conséquences de l'introduction du nouveau droit sur cette disposition. C'est dans le cadre d'une simple " adaptation rédactionnelle " que la mention du recours de droit administratif figurant à l'art. 73 al. 1 LHID a été remplacée par celle du recours en matière de droit public (cf. Message du 28 février 2001 concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale, FF 2001 p. 4000, 4239). On ne peut donc y voir la volonté de créer une exception par rapport à l'art. 107 al. 2 LTF. Il semble plutôt que la problématique liée au maintien de l'art. 73 al. 3 LHID dans le contexte du recours en matière de droit public ait tout simplement échappé au législateur. Or, un tel maintien conduirait à la conséquence absurde que, pour les décisions fondées sur le droit public cantonal non harmonisé, le Tribunal fédéral pourrait statuer lui-même en vertu de l'art. 107 al. 2 LTF, alors qu'il en serait empêché par l'art. 73 al. 3 LHID dans les domaines pour lesquels le législateur a précisément voulu permettre un contrôle judiciaire accru en promulguant la loi sur l'harmonisation fiscale.

1.5.3 En conséquence, l'interprétation historique et logique de l'art. 73 al. 3 LHID démontre que cette disposition ne peut se concevoir comme une lex specialis de l'art. 107 al. 2 LTF. Il s'agit bien plutôt du maintien, par une inadvertance du législateur, d'une norme qui avait sa raison d'être sous l'ancienne loi d'organisation judiciaire, mais qui a perdu toute portée avec l'introduction de la loi sur le Tribunal fédéral.

En pareilles circonstances, il convient de privilégier l'application de la lex posterior, soit de l'art. 107 al. 2 LTF, de sorte que, comme pour tout recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral peut, en cas d'admission du recours dans une cause visée par l'art. 73 al. 1 LHID, statuer lui-même sur le fond s'il l'estime opportun.

Les conclusions de la recourante sont donc recevables, même si elles ne sont pas purement cassatoires.

1.5.4 L'art. 73 al. 3 LHID relève de la situation visée par le législateur à l'art. 131 al. 3 LTF, à savoir la survivance d'une disposition matériellement contraire à la loi sur le Tribunal fédéral, qui ne constitue pas une lex specialis, mais qui n'a - par inadvertance - pas été modifiée lors de l'introduction de la loi sur le Tribunal fédéral. Dans cette hypothèse, la loi sur l'harmonisation fiscale peut être adaptée par l'Assemblée fédérale par voie d'ordonnance. Il ne s'agit en effet que d'une mesure cosmétique, puisqu'en vertu de l'adage lex posterior derogat legi priori, l'art. 107 al. 2 LTF est quoi qu'il en soi déjà directement applicable (cf. DENISE BRÜHL-MOSER, in Niggli/Uebersax/Wiprächtiger, Bundesgerichtsgesetz, Bâle 2008, n. 15 ad art. 131 LTF).