A.- A. et B. louent chacune un appartement dans un immeuble sis à Fribourg, propriété de la Fondation X. (ci-après: X.). Le bail de A., signé le 29 juillet 1986, a débuté le 1er octobre 1986 avec un loyer de 913 fr. par mois, plus 150 fr. d'acompte mensuel de chauffage et d'eau chaude. Le bail de B., signé le 27 août 1993, a débuté le 1er septembre 1993 avec un loyer de 974 fr. par mois, plus 130 fr. d'acompte mensuel de charges. Ces deux contrats ont été repris par X. lorsqu'elle a acquis ledit immeuble en juillet 1994. Le loyer de A. s'élevait alors à 1130 fr., tandis que celui de B. n'avait pas subi de modifications.

Par avis du 10 novembre 1995, avec effet au 1er avril 1996, X. a informé les locataires qu'elle n'entendait pas modifier le loyer, comme elle aurait pu le faire pour obtenir un rendement équitable par rapport au prix d'achat, mais qu'elle réadaptait, en revanche, sa base de calcul afin de tenir compte du taux hypothécaire, de l'indice des prix à la consommation, ainsi que des charges d'entretien et d'exploitation, ces éléments constituant dorénavant la base des baux. En outre, dans le but d'améliorer la transparence du loyer net, décision avait été prise d'inclure dans le décompte de chauffage et d'eau chaude les charges jusqu'alors comprises dans le loyer net. Ce dernier serait donc diminué proportionnellement aux charges comptabilisées de manière différente, les acomptes provisionnels de chauffage et d'eau chaude étant simultanément adaptés en fonction des nouvelles charges à intégrer dans le décompte. A la suite de cette communication, le loyer net de A. a été ramené de 1130 fr. à l028 fr. et celui de B. de 974 fr. à 889 fr. La bailleresse a enfin prévu d'introduire onze termes de résiliation, fixés à la fin de chaque mois, à l'exception du 31 décembre. Les locataires n'ont pas constesté les éléments de cet avis.

Par lettres de leur mandataire du 16 juin 1997, A. et B. ont exigé une baisse de loyer pour le 1er novembre 1997. Dans ses réponses du 1er juillet 1997, X. les a informées qu'elle leur accordait, dès le 1er novembre 1997, une diminution de loyer de 4,26%, qui correspondait, respectivement, à 44 fr. et 38 fr. par mois. Les locataires ont soumis leurs prétentions en diminution de loyer à la commission de conciliation qui, le 17 novembre 1997, a constaté l'échec de la conciliation.

B.- Le 17 décembre 1997, A. et B. ont ouvert action en diminution de loyer contre X. Pour justifier leurs prétentions, elles se sont prévalues de la baisse du taux hypothécaire de référence survenue entre le printemps 1991, respectivement l'été 1993, et le 16 juin 1997, date de leurs demandes de baisse, et elles ont réclamé une diminution de loyer correspondant à la différence entre l'effet de cette baisse et celui de l'augmentation parallèle de l'indice suisse des prix à la consommation.

La défenderesse a conclu au rejet des demandes de diminution de loyer au motif que la comparaison des taux ne pouvait se faire qu'avec la situation résultant de la dernière modification de loyer non contestée faisant suite à l'envoi de l'avis du 10 novembre 1995, avec effet au 1er avril 1996, notifié au moyen de la formule de hausse de loyer, lequel avis mentionnait expressément les éléments constituant la base du loyer.

Par jugement du 20 août 1998, le Tribunal des baux de l'arrondissement de la Sarine a partiellement admis les actions en diminution de loyer. Le loyer payé par A. a été fixé à 930 fr. par mois dès le 1er octobre 1997 et à 904 fr. par mois dès le 1er novembre 1998; le loyer payé par B. à 804 fr. par mois dès le 1er octobre 1997 et à 781 fr. par mois dès le 1er novembre 1998.

Statuant sur recours des deux demanderesses, la IIe Cour d'appel du Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg a confirmé le jugement de première instance par arrêt du 30 juin 1999. A l'instar du Tribunal des baux, elle a retenu la date du 10 novembre 1995 comme premier point de comparaison pour déterminer la diminution de loyer admissible, motif pris de ce que la bailleresse avait procédé, à cette date, à une nouvelle fixation du loyer que les locataires avaient acceptée tacitement.

C.- Les deux demanderesses interjettent un recours en réforme au Tribunal fédéral. Elles concluent à ce que leurs actions en diminution de loyer soient admises, partant à ce que le loyer soit fixé, pour A., à 868 fr. par mois dès le 1er octobre 1997, puis à 846 fr. par mois dès le 1er novembre 1998, et, pour B., à 742 fr. par mois dès le 1er octobre 1997, puis à 722 fr. par mois dès le 1er novembre 1998.

La défenderesse propose le rejet du recours.

Le Tribunal fédéral admet le recours, annule l'arrêt attaqué et renvoie la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.

2. a) D'après la jurisprudence et la doctrine, une demande de baisse de loyer, au sens de l'art. 270a al. 1 CO, s'apprécie selon la méthode relative, c'est-à-dire au regard de l'évolution du loyer depuis sa dernière fixation (ATF 124 III 67 consid. 3 p. 69; ATF 121 III 163 consid. 2d; LACHAT, Le bail à loyer, p. 272 ss et p. 360/361, ch. 5.4; Commentaire de l'USPI, n. 11 ad art. 270a CO; ZIHLMANN, Das Mietrecht, 2e éd., p. 190).

Il faut entendre par dernière fixation du loyer, en dehors de la détermination du loyer en début de bail, la modification du loyer correspondant à une adaptation à de nouvelles bases de calcul. Une modification du bail qui ne remet pas en cause le montant du loyer, autrement dit qui ne constitue pas une nouvelle fixation du loyer en fonction de bases de calcul modifiées, ne saurait en revanche constituer un point de référence pour juger de l'admissibilité d'une adaptation postérieure (ATF 108 II 135 consid. 2a). Ce qui importe donc, c'est que la dernière fixation de loyer servant de référence pour déterminer la variation des charges, en particulier l'évolution du taux hypothécaire, corresponde à une modification du montant du loyer; en dehors du cas du début du bail, il doit s'agir de la fixation d'un montant nouveau (arrêt du Tribunal fédéral du 5 mars 1985, reproduit in SJ 1985 p. 389).

Seules des augmentations de loyer ou des modifications du contrat au détriment du locataire peuvent être contestées devant l'autorité de conciliation (art. 269d al. 1 et 3 CO, art. 270b CO). Le locataire n'a donc pas la possibilité de contester un acte ne touchant pas au montant de son loyer et ne tombant pas sous le coup de l'art. 269d al. 3 CO, telle la mesure qui consiste à lui notifier une pseudo-majoration de loyer en compensation d'une baisse du taux hypothécaire. On ne saurait non plus l'obliger à demander une diminution de loyer afin de faire constater indirectement par le juge la compensation insuffisante de la baisse du taux hypothécaire par les facteurs de hausse mentionnés dans la formule officielle utilisée par le bailleur.

On peut aussi rappeler, comme l'a fait la cour cantonale, la jurisprudence applicable à l'acceptation tacite d'une diminution de loyer signifiée par le bailleur, qui ne prive pas le locataire du droit d'exiger, le cas échéant, une baisse plus étendue. Cette jurisprudence est fondée sur la considération que, si la réduction de loyer lui est notifiée sur formule officielle, le locataire n'est pas tenu de la contester s'il l'estime insuffisante; en effet, un avis favorable au locataire n'est pas, en tant que tel, soumis à contestation (ATF 124 III 67 consid. 3a).

b) Au regard de ces principes, la cour cantonale a considéré à tort que l'avis de la défenderesse du 10 novembre 1995 et la lettre d'accompagnement valaient nouvelle fixation du loyer, à laquelle les locataires auraient dû s'opposer si elles la jugeaient abusive, et que, faute de contestation, il fallait retenir la date du 10 novembre 1995 comme premier point de comparaison pour les demanderesses.

L'avis du 10 novembre 1995 apparaît, à l'évidence, comme une modification du bail ne remettant pas en cause le montant du loyer; de surcroît, cette modification n'a pas été faite au détriment des locataires. Sur l'avis en question, l'ancien loyer brut est identique au nouveau loyer brut, seul le loyer net ayant été réduit en fonction d'un nouveau système de comptabilisation des charges. L'avis et la lettre d'accompagnement sont si difficilement compréhensibles et ambigus qu'ils ne sauraient être interprétés comme des modifications de loyer. L'avis, établi sur une "formule pour la notification de hausses de loyer" indique, dans sa motivation, "réduction du loyer net proportionnellement aux charges" puis, sous la rubrique "autres prétentions", "amélioration de la transparence du loyer net". La lettre d'accompagnement précise aussi que "les loyers ne subiront pas de modification pour le motif précité" (ce motif étant la possibilité de modifier les loyers pour obtenir un rendement équitable), puis que "le loyer net sera donc diminué proportionnellement aux charges".

La mention, dans l'avis, d'un taux hypothécaire de 5,25% est dénuée de toute portée; dès lors que le montant du loyer n'était pas touché, les locataires n'avaient aucune possibilité ni obligation de contester ce chiffre.

c) L'arrêt attaqué viole donc le droit fédéral dans la mesure où la cour cantonale y retient la date du 10 novembre 1995 comme premier point de comparaison pour calculer la diminution de loyer admissible. Si l'on se réfère au jugement du Tribunal des baux, il semble que le premier point de comparaison pourrait se situer, pour A., en mai 1991, soit à la dernière augmentation de loyer non contestée qui lui a été notifiée et, pour B., à la date de conclusion du bail, en août 1993. Toutefois, il n'est pas possible d'acquérir une certitude à ce sujet sur la base de l'arrêt cantonal. Par conséquent, il y a lieu de renvoyer la cause à la Cour d'appel pour qu'elle statue sur ce point, après avoir complété au besoin ses constatations (art. 64 al. 1 OJ), et qu'elle fixe l'ampleur de la réduction des loyers litigieux, une fois déterminée, pour chacune des demanderesses, la date de dernière fixation de son loyer.