2.1 Il n'est pas contesté que les parties ont conclu un contrat d'entreprise (art. 363 CO), que l'ouvrage livré était défectueux et que les intimés ont procédé, en temps utile, à la vérification et à l'avis des défauts (art. 367 CO). Il n'y a pas lieu de revenir sur ces questions.

2.2 En cas de livraison d'un ouvrage défectueux, le maître a le choix, aux conditions de l'art. 368 CO, d'exiger soit la réfection de l'ouvrage, soit l'annulation du contrat, soit la réduction du prix; le maître est lié par son choix, qui procède de l'exercice d'un droit formateur. S'il demande la réfection de l'ouvrage et obtient satisfaction, il ne saurait exercer l'action rédhibitoire ou minutoire (ATF 109 II 40 consid. 6a p. 41 s.). Le maître de l'ouvrage ne peut pas, en lieu et place des droits alternatifs qui lui sont octroyés par l'art. 368 CO, soutenir qu'il y a mauvaise exécution du contrat et se prévaloir des art. 97 ss CO (ATF 117 II 550 consid. 4b/cc p. 553). Le droit formateur ne peut être exercé que par celui auquel il appartient; le juge ne peut en principe pas suppléer une volonté qui n'a pas été manifestée (ATF 135 III 441 consid. 3.3 p. 444). La cour cantonale a manqué de rigueur dans son raisonnement en évoquant l'éventualité d'une action en diminution du prix, pour observer que les maîtres de l'ouvrage pourraient, par cette voie, obtenir le paiement des frais de réfection, puisque ceux-ci sont présumés correspondre à la moins-value (cf. à ce propos: ATF 116 II 305 consid. 4a p. 313 s.; ATF 111 II 162 consid. 3c p. 164). En effet, les maîtres de l'ouvrage n'ont jamais manifesté la volonté d'exercer une action en réduction du prix.

Il résulte des constatations cantonales - qui lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF) - que les maîtres de l'ouvrage ont opté en l'espèce pour une réparation de l'ouvrage par l'entrepreneur (art. 368 al. 2 CO). En adressant à l'entrepreneur cette manifestation de volonté, ils ont exercé un droit formateur et ils ont fait naître une obligation de faire à la charge de l'entrepreneur. Le choix effectué entre les diverses voies offertes par l'art. 368 CO est en principe irrévocable (ATF 109 II 40 consid. 6a).

2.3 Malgré deux demandes successives, l'entrepreneur s'est refusé à exécuter les travaux de réparation demandés alors même que la réfection était possible sans dépenses excessives (art. 368 al. 2 CO; ATF 111 II 173 consid. 5).

Les dispositions spéciales sur la garantie des défauts en matière de contrat d'entreprise ne régissent pas l'hypothèse où l'entrepreneur se refuse à exécuter son obligation de réparer l'ouvrage. Il faut donc se référer aux principes généraux en cas d'inexécution d'une obligation dans un contrat bilatéral (art. 102 ss CO).

Dès lors que l'entrepreneur se refusait obstinément, sans espoir de changement, à exécuter sa prestation, il n'était pas nécessaire de lui fixer formellement un délai pour s'exécuter (art. 108 ch. 1 CO). Les maîtres de l'ouvrage, en tant que créanciers de l'obligation de faire, pouvaient procéder directement selon l'art. 107 al. 2 CO.

2.4 D'après l'art. 107 al. 2 CO, le créancier peut persister à demander la prestation due, ainsi que des dommages-intérêts pour cause de retard (première hypothèse); il peut cependant, s'il en fait la déclaration immédiate, renoncer à exercer ce droit et réclamer des dommages-intérêts (positifs) pour cause d'inexécution (deuxième hypothèse); il peut aussi se départir du contrat (troisième hypothèse), ce qui revient à supprimer le rapport juridique avec effet rétroactif.

Il convient maintenant d'appliquer cette règle juridique au cas particulier où le maître de l'ouvrage a exercé son droit formateur à une réparation de l'ouvrage et qu'il y a inexécution de l'obligation de réfection incombant à l'entrepreneur. Si le maître de l'ouvrage choisit la résolution (troisième hypothèse), l'exercice de son droit formateur est annihilé avec effet rétroactif et la jurisprudence admet qu'il se retrouve placé dans la situation qui était la sienne avant l'exercice du droit formateur, de sorte qu'il peut à nouveau opter entre les voies ouvertes par l'art. 368 CO et résilier le contrat d'entreprise ou demander une diminution du prix (ATF 109 II 40 consid. 6a p. 42). En l'espèce, les maîtres de l'ouvrage n'ont pas choisi l'une de ces voies.

Le maître de l'ouvrage peut aussi (c'est la première hypothèse de l'art. 107 al. 2 CO) continuer à solliciter de l'entrepreneur la réparation de l'ouvrage. Si ce dernier s'y refuse, il est en droit de demander l'exécution des travaux par un tiers aux frais de l'entrepreneur (art. 98 al. 1 CO), celui-ci devant, le cas échéant, procéder à l'avance des frais (ATF 128 III 416 consid. 4.2.2). La jurisprudence a également admis, en appliquant par analogie l'art. 366 al. 2 CO, que le maître de l'ouvrage pouvait faire exécuter les travaux par un tiers sans autorisation préalable du juge (ATF 126 III 230 consid. 7a p. 232/233). En l'espèce, les maîtres de l'ouvrage n'ont pas demandé l'exécution des travaux de réfection par un autre entrepreneur.

Il reste la deuxième faculté prévue à l'art. 107 al. 2 CO: le maître de l'ouvrage peut renoncer à son droit à une réparation de la part de l'entrepreneur et exiger de ce dernier des dommages-intérêts (positifs) pour inexécution de son obligation de faire (ATF 126 III 230 consid. 7a/bb p. 235 s.; ATF 96 II 351 consid. 2c p. 354; PIERRE ENGEL, Contrats de droit suisse, 2^e éd. 2000, p. 452; PETER GAUCH, Le contrat d'entreprise, adaptation française par Benoît Carron, 1999, n° 1831 s. p. 509/510; THEODOR BÜHLER, Commentaire zurichois, 3^e éd. 1998, n° 149 ad art. 368 CO; FRANÇOIS CHAIX, in Commentaire romand, Code des obligations, vol. I, 2003, n° 51 ad art. 368 CO; BERNARD CORBOZ, Contrat d'entreprise III, les défauts de l'ouvrage, FJS 460 p. 16). Il faut alors fixer des dommages-intérêts compensatoires correspondant à la contre-valeur de la prestation gratuite que l'entrepreneur aurait dû fournir en exécutant son obligation de réparer l'ouvrage (cf. ATF 96 II 351 consid. 2c p. 354). C'est manifestement la voie que les intimés ont choisie en déposant leur demande en justice.

2.5 Contrairement à ce qu'évoque la recourante, les intimés n'ont donc pas mélangé ou confondu les droits du maître en cas de défaut de l'ouvrage. Ils ont opté pour la réfection gratuite de l'ouvrage par l'entrepreneur et, n'ayant pas pu obtenir cette prestation, ils ont demandé des dommages-intérêts compensatoires pour inexécution de l'obligation de faire.

La recourante ne peut, sans violer le principe de la bonne foi (art. 2 al. 2 CC), faire valoir que les intimés auraient tardé à renoncer à la réfection pour demander des dommages-intérêts pour cause d'inexécution. En effet, la recourante ne prétend pas avoir envisagé de réparer l'ouvrage et elle ne saurait reprocher à sa partie adverse d'avoir longuement espéré (notamment en prenant des conclusions subsidiaires) recevoir la prestation à laquelle elle avait droit .

Comme on l'a vu, il s'agit de dommages-intérêts compensatoires, destinés à remplacer par une somme d'argent la prestation en nature que l'entrepreneur aurait dû fournir. Il ne s'agit donc pas de rembourser des frais et l'argument selon lequel les intimés n'ont assumé à ce jour aucuns frais de réparation est dépourvu de pertinence. Il ne s'agit pas non plus de dommages-intérêts ayant pour fonction de réparer un dommage consécutif au défaut (cf. art. 368 al. 1 et al. 2 in fine CO), à savoir un préjudice qui est causé par le défaut lui-même et ne peut pas être réparé par les trois voies principales ouvertes par l'art. 368 CO (p. ex. si les infiltrations d'eau causées par un défaut endommagent les meubles appartenant au maître de l'ouvrage; cf. ATF 107 II 438 s.).

2.6 Les frais de réparation ont été évalués par l'expert à 36'000 fr., ce qui relève du fait et n'est pas contesté.

Il s'y ajoute un montant de 4'000 fr. pour des frais de relogement, de déménagement et d'entreposage des meubles. Ce montant, qui ressortit aussi au fait, n'est pas non plus remis en cause. La contre-valeur de l'obligation de réfection incombant à l'entrepreneur comprend tous les frais accessoires nécessaires pour exécuter les travaux de réfection proprement dits (ATF 111 II 173 consid. 5 p. 174; GAUCH, op. cit., n^os 1718 p. 481, 1725 p. 483 et 1860 p. 515). De tels frais sont en conséquence assimilés aux frais de réparation et c'est à juste titre qu'ils ont été ajoutés par la cour cantonale.

Il restait à déduire le solde dû sur la facture de l'entrepreneur, ce qui n'est pas contesté.

Ainsi, l'arrêt attaqué ne viole en rien le droit fédéral et le recours doit être rejeté.