2. Zur einzig angefochtenen Verlegung der Kosten der vorsorglichen Beweisführung erwog die Vorinstanz, diese seien gestützt auf Art. 107 Abs. 1 lit. f ZPO (SR 272) den Parteien zu je einem Drittel, das heisst zu je Fr. 7'124.05 aufzuerlegen, da sowohl die Gesuchstellerin als auch die Gesuchsgegnerinnen 1 und 2 im Rahmen der vorsorglichen Beweisführung Gutachterfragen gestellt hatten. Das Handelsgericht hielt klärend fest, falls ein Hauptprozess stattfinde, könne das Gericht, welches die Hauptsache entscheide, die Prozesskosten der vorliegenden Beweisführung abweichend verteilen.

3. Die Gesuchsgegnerin 1 (Beschwerdeführerin) wirft der Vorinstanz vor, Art. 107 Abs. 1 lit. f ZPO willkürlich angewandt zu haben, indem sie ihr einen Drittel der Expertisekosten auferlegte, bloss weil sich die Beschwerdeführerin mit dem Gutachten einverstanden erklärt und Zusatzfragen gestellt hat. Der Gutachter halte ausdrücklich fest, dass die Beschwerdeführerin keine Regeln der Baukunde verletzt habe und dass sie nicht für die Mängel in den Nasszellen verantwortlich gemacht werden könne. Aufgrund dieser klaren Ausgangslage sei nicht anzunehmen, dass die Gesuchstellerin (Beschwerdegegnerin 1) gegen die Beschwerdeführerin eine Klage einleiten werde, zumal die Vorinstanz dem Gesuch um Anordnung der vorsorglichen Beweisführung mit der Begründung, es sei für die Beschwerdegegnerin 1 darum gegangen, die Chancen eines Prozesses über die Forderung bezüglich der schadhaften Stellen in den Nasszellen abzuschätzen, entsprochen habe. Unter diesen Umständen werde der Kostenentscheid, soweit er die Beschwerdeführerin belaste, nicht mehr in einem Hauptprozess in der Sache korrigiert werden können, sei doch nicht anzunehmen, dass ein solcher gegen die Beschwerdeführerin eingeleitet werde. Der Kostenentscheid laufe daher darauf hinaus, dass die Beschwerdeführerin für ein Gutachten mitbezahlen müsse, welches lediglich das bestätige, was sie von Anfang an geltend gemacht habe, nämlich dass sie für die aufgetretenen Schäden nicht verantwortlich sei. Die Vorinstanz erkläre denn auch nicht, wie die Beschwerdeführerin die ihr auferlegten Kosten je wieder erhältlich machen könne.

4. Prozesskosten werden grundsätzlich entsprechend dem Erfolg der Parteien im Prozess verlegt, d.h. die unterliegende Partei wird kostenpflichtig (Art. 106 Abs. 1 ZPO). Bei der vorsorglichen Beweisführung gibt es indessen im Normalfall keine unterliegende Seite (JOHANN ZÜRCHER, in: Schweizerische Zivilprozessordnung [ZPO], Kommentar, Brunner und andere [Hrsg.], 2011, N. 20 zu Art. 158 ZPO). Nach Lehre und Rechtsprechung zu den bisherigen kantonalen Regelungen hat bei vorsorglicher Beweisführung vor Einleitung des Hauptprozesses der Gesuchsteller - unter Vorbehalt einer anderen Verteilung im Hauptprozess - die Gerichts- und Beweiskosten der vorsorglichen Beweisführung zu tragen, was auch der Regel von Art. 367 Abs. 2 OR entspricht. Nur wenn die vorsorgliche Beweisführung auf Antrag des Gesuchsgegners auf weitere Tatsachen und/oder Beweismittel ausgedehnt wird, hat er für die daraus entstandenen Prozesskosten aufzukommen (WALTER FELLMANN, in: Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung [ZPO], Sutter-Somm und andere [Hrsg.], 2010, N. 37 f. zu Art. 158 ZPO mit Hinweisen). Blosse Zusatz- oder Erläuterungsfragen, die Bestandteil der vom Gesuchsteller verlangten Beweisführung bilden, lösen keine Kostenpflicht des Gesuchsgegners aus (vgl. LEUCH/MARBACH/KELLERHALS/STERCHI, Die Zivilprozessordnung für den Kanton Bern, 5. Aufl. 2000, N. 2b zu Art. 226 ZPO/BE).

4.1 Dem Gesuch um vorsorgliche Beweisführung wurde entsprochen. Keine Partei hat dessen Abweisung verlangt. Die Vorinstanz hat denn auch bei der Verteilung der Gerichtskosten nicht auf Obsiegen und Unterliegen abgestellt, sondern die Beschwerdegegnerin 1 mit der Begründung, sie habe das Verfahren eingeleitet, dafür kostenpflichtig erklärt. In Bezug auf die Kosten der Beweisführung, d.h. die Kosten des Gutachtens (Art. 95 Abs. 2 lit. c ZPO), entschied die Vorinstanz jedoch nicht analog, sondern erklärte die Gesuchsgegnerinnen gestützt auf Art. 107 Abs. 1 lit. f ZPO für kostenpflichtig, weil sie Zusatzfragen gestellt hatten.

4.2 Nach Art. 107 Abs. 1 ZPO kann das Gericht von den Verteilungsgrundsätzen gemäss Art. 106 ZPO - entsprechend dem Erfolg der Parteien im Prozess - abweichen und die Prozesskosten nach Ermessen verteilen, um besonderen Umständen Rechnung zu tragen. Das Gesetz räumt dem Gericht den Spielraum ein, auf Billigkeitserwägungen zurückzugreifen, wenn im Einzelfall die Belastung der unterlegenen Partei mit Prozesskosten als ungerecht erscheint (RÜEGG, in: Basler Kommentar, Schweizerische Zivilprozessordnung, 2010, N. 1 zu Art. 107 ZPO). Dazu wurden in Art. 107 Abs. 1 lit. a-f ZPO typisierte Fallgruppen geschaffen. So nennt Art. 107 Abs. 1 lit. f ZPO andere besondere Umstände und bildet damit einen Auffangtatbestand. Als Beispiele werden sodann in der Botschaft vom 28. Juni 2006 zur Schweizerischen Zivilprozessordnung (ZPO), BBl 2006 7298 Ziff. 5.8.2 zu Art 105 E-ZPO ein sehr ungleiches finanzielles Kräfteverhältnis zwischen den Parteien (vgl. die Anfechtung eines Generalversammlungsbeschlusses einer AG durch einen Aktionär, wie sie in aArt. 706a Abs. 3 OR geregelt war) aufgeführt sowie das Verhalten der obsiegenden Partei, das entweder zur Klageerhebung Anlass bot (aArt. 756 Abs. 2 OR für die Verantwortlichkeitsklage eines Aktionärs) oder zusätzlichen ungerechtfertigten Verfahrensaufwand verursachte (Beispiel: Obsiegen mit einer Verrechnungseinrede, wenn das Gericht zahlreiche unbegründete Verrechnungsforderungen beurteilen muss, bevor die Klage abgewiesen werden kann). In all diesen Fällen rechtfertigen besondere Umstände eine Abweichung von der üblichen Kostenverteilung nach Obsiegen und Unterliegen mit den gestellten Rechtsbegehren. Daraus lässt sich der Grundsatz ableiten, dass die Anwendung des Auffangtatbestandes einerseits bei erheblicher wirtschaftlicher Disparität der Parteien greifen kann und andererseits gestützt auf die angeführte Bestimmung eine Kostenauflage gegenüber der nicht unterlegenen Partei begründet ist, wenn und soweit diese durch ihr Verhalten ungerechtfertigten Aufwand zu verantworten hat.

4.3 Die Vorinstanz erblickt besondere Umstände im Sinne von Art. 107 Abs. 2 (recte: Abs. 1) lit. f ZPO darin, dass die Beschwerdeführerin und die Gesuchsgegnerin 2 (Beschwerdegegnerin 2) dem Gutachter Ergänzungsfragen stellen liessen. Selbst wenn diese Fragen einen Mehraufwand des Gutachters zur Folge gehabt haben sollten, würde dies indessen für sich genommen nicht rechtfertigen, die Partei, die diese Fragen eingereicht hat, mit den für deren Beantwortung anfallenden Kosten zu belasten. Entgegen der Auffassung der Beschwerdegegnerin 1 darf die Ergänzungsfragen stellende Partei, auch wenn sie mit der Anordnung der vorsorglichen Beweisabnahmen einverstanden war, nicht so behandelt werden, wie wenn sie selbst ein Gesuch um vorsorgliche Beweisführung gestellt hätte. Es ist nämlich Sache des Gerichts, dafür zu sorgen, dass der durch das Gesuch definierte Prozessgegenstand gewahrt bleibt und nicht durch Ergänzungsfragen erweitert wird. Die (mutmassliche) Gegenpartei des (künftigen) Prozesses ist zwar im Verfahren der vorsorglichen Beweisführung anzuhören (Art. 158 Abs. 2 i.V.m. Art. 248 lit. d und Art. 253 ZPO; BBl 2006 7315 Ziff. 5.10.1 zu Art. 155 E-ZPO). Stellt sie bei der Wahrnehmung ihres Gehörsanspruchs jedoch Fragen, die den durch die das Gesuch stellende Partei abgesteckten Rahmen sprengen, hat das Gericht diese als unzulässig zu erklären und dem Gutachter nicht zu unterbreiten (ZÜRCHER, a.a.O., N. 19 zu Art. 158 ZPO; HANS SCHMID, in: ZPO, Schweizerische Zivilprozessordnung, Oberhammer [Hrsg.], 2010, N. 5 zu Art. 158 ZPO in Verbindung mit N. 5 zu Art. 172-174 ZPO und N. 5 f. zu Art. 187 ZPO). Der endgültige Entscheid über die Formulierung der Fragen obliegt stets dem Gericht (SCHMID, a.a.O., N. 4 zu Art. 185 ZPO).

4.4 An diese Regel hat sich die Vorinstanz denn auch gehalten und die von den Parteien gestellten Fragen überprüft, teilweise umformuliert und über deren Zulassung entschieden, bevor sie sie dem Experten unterbreitete, dies in der Erkenntnis, dass der Umfang der vorsorglichen Beweisführung durch den Gesuchsteller bestimmt wird. Daraus ist zu schliessen, dass die Ergänzungsfragen das von der Beschwerdegegnerin 1 bestimmte Beweisthema betrafen, dazu beitrugen, die Aussagekraft des Gutachtens zu erhöhen und damit dem erklärten Interesse der Beschwerdegegnerin 1 dienten, im Hinblick auf eine Klage die Verantwortlichkeit für die Schäden zu klären. Dass die Beschwerdeführerin den Sachverständigen zu Tatsachen hätte befragen lassen wollen, deren Beantwortung lediglich in ihrem eigenen Interesse lag, geht aus dem angefochtenen Entscheid nicht hervor, und die zusätzlich angebotenen Beweismittel (Edition) wurden nicht abgenommen, so dass hiefür auch keine Kosten anfielen. Welche Art. 107 Abs. 1 lit. f ZPO zugrunde liegenden Billigkeitserwägungen geboten hätten, die Beschwerdeführerin zu einem Drittel an den Kosten des von der Beschwerdegegnerin 1 veranlassten Gutachtens zu beteiligen, legt die Vorinstanz nicht dar und ist nicht ersichtlich.

4.5 Eine tragbare Begründung lässt sich auch aus der im angefochtenen Entscheid erwähnten Möglichkeit nicht ableiten, wonach für den Fall, dass ein Hauptprozess stattfinde, "das Gericht, welches die Hauptsache entscheidet, die Prozesskosten der vorliegenden Beweisführung abweichend verteilen" kann. Wie die Beschwerdeführerin zutreffend anführt, liegt es im Belieben der Beschwerdegegnerin 1, ob und gegen wen sie einen ordentlichen Prozess anstrengen will. Entschliesst sie sich dazu und obsiegt sie im Hauptprozess, kann sie die Kosten der vorsorglichen Beweisführung auf die dort unterliegende Partei abwälzen. Die Möglichkeit, den vorsorglichen Kostenentscheid umzustossen, bleibt demgegenüber verschlossen, wenn es gegenüber einer für das Beweisverfahren ins Recht gefassten Partei aufgrund des Beweisergebnisses nicht zu einem Hauptprozess kommt. Diese bliebe ungeachtet der Frage ihrer Verantwortlichkeit für die behaupteten Mängel mit den ihr auferlegten Kosten der vorsorglichen Beweisführung belastet, obwohl sie diese nicht verlangt hat. Von ihr zu verlangen, im Rahmen einer negativen Feststellungsklage selbst einen Hauptprozess anzustrengen, liefe, soweit dies überhaupt denkbar wäre, dem Zweck der zu beurteilenden vorsorglichen Beweisführung, unnötige Prozesse zu verhindern, diametral zuwider.

4.6 Damit erweist sich der Entscheid der Vorinstanz, wegen des blossen Stellens von Ergänzungsfragen, die den von der Beschwerdegegnerin 1 bestimmten Themenkreis nicht überschritten, der Beschwerdeführerin einen Teil der Kosten des Gutachtens aufzuerlegen, sowohl in der Begründung als auch im Ergebnis als stossend. Er läuft dem Regelungsgedanken von Art. 107 Abs. 1 lit. f ZPO, der Billigkeit zum Durchbruch zu verhelfen, stracks zuwider. Willkür ist mithin rechtsgenüglich dargetan.

5. Aus den dargelegten Gründen ist die Beschwerde gutzuheissen und Dispositiv Ziff. 4 des angefochtenen Entscheides aufzuheben, soweit damit die Beschwerdeführerin mit Kosten der Beweisführung belastet wurde. Da die Beschwerdegegnerin 2 kein Rechtsmittel ergriffen hat, bleibt es für sie bei der Kostenverlegung gemäss dem angefochtenen Entscheid. Dispositiv Ziff. 4 ist wie folgt neu zu fassen:

"Die Kosten der Beweisführung in Höhe von Fr. 21'372.10 werden der Gesuchstellerin zu zwei Dritteln und der Gesuchsgegnerin 2 zu einem Drittel auferlegt, unter Verrechnung mit den geleisteten Vorschüssen und Rückzahlung allfälliger Überschüsse."

Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdegegnerin 1, die sich mit dem angefochtenen Entscheid identifiziert hat, als unterliegende Partei für das bundesgerichtliche Verfahren kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und 68 Abs. 2 BGG). Die Beschwerdegegnerin 2 dagegen hat sich am Verfahren vor Bundesgericht nicht beteiligt, weshalb sie weder Kosten zu tragen noch eine Entschädigung zugute hat.