1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (BGE 137 III 417 E. 1; BGE 136 II 101 E. 1, BGE 136 II 470 E. 1; BGE 135 III 212 E. 1).

1.1 Wird ein Vergleich, eine Klageanerkennung oder ein Klagerückzug dem Gericht zu Protokoll gegeben, so haben die Parteien das Protokoll zu unterschreiben (Art. 241 Abs. 1 ZPO). Ein Vergleich, eine Klageanerkennung oder ein Klagerückzug hat die Wirkung eines rechtskräftigen Entscheides (Art. 241 Abs. 2 ZPO). Das Gericht schreibt das Verfahren ab (Art. 241 Abs. 3 ZPO).

1.2 Die vorliegende Beschwerde richtet sich gegen einen Abschreibungsbeschluss im Sinne von Art. 241 Abs. 3 ZPO. Dabei handelt es sich um einen rein deklaratorischen Akt, weil bereits der Vergleich als solcher den Prozess unmittelbar beendet (LAURENT KILLIAS, in: Berner Kommentar, Schweizerische Zivilprozessordnung, Bd. II, 2012, N. 28 f. zu Art. 241 ZPO; PAUL OBERHAMMER, in: Basler Kommentar, Schweizerische Zivilprozessordnung, 2010, N. 10 zu Art. 241 ZPO; GEORG NÄGELI, in: ZPO, Oberhammer [Hrsg.], 2010, N. 38 zu Art. 241 ZPO; PASCAL LEUMANN LIEBSTER, in: Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung, Sutter-Somm und andere [Hrsg.], 2010, N. 23 zu Art. 241 ZPO; MARKUS KRIECH, in: Schweizerische Zivilprozessordnung [ZPO], Kommentar, Brunner und andere [Hrsg.], 2011, N. 15 zu Art. 241 ZPO; FRANCESCO TREZZINI, in: Commentario al Codice di diritto processuale civile svizzero [CPC] [...], 2011, N. 2 zu Art. 241 ZPO, S. 1068). Der Abschreibungsbeschluss beurkundet den Prozesserledigungsvorgang im Hinblick auf die Vollstreckung des Vergleichs (vgl. STEPHEN V. BERTI, Einführung in die Schweizerische Zivilprozessordnung, 2010, N. 243; KILLIAS, a.a.O., N. 33 zu Art. 241 ZPO), erfolgt aber abgesehen davon der guten Ordnung halber (Botschaft vom 28. Juni 2006 zur Schweizerischen Zivilprozessordnung, BBl 2006 7221, 7345 zu Art. 237 und 238), d.h. zum Zwecke der Geschäftskontrolle (THOMAS SUTTER-SOMM, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 2. Aufl. 2012, N. 1139). Nach zutreffender Auffassung steht gegen den Abschreibungsbeschluss als solchen kein Rechtsmittel zu Verfügung (so die h.M.: KILLIAS, a.a.O., N. 49 zu Art. 241 ZPO; SUTTER-SOMM, a.a.O., N. 1139; TREZZINI, a.a.O., N. 2 zu Art. 241 ZPO, S. 1068 ["inimpugnabilità"]; OBERHAMMER, a.a.O., N. 7 zu Art. 251 ZPO; KRIECH, a.a.O., N. 16 zu Art. 241 ZPO; a.M. JACQUES HALDY, in: CPC, Code de procédure civile commenté, Bohnet und andere [Hrsg.], 2011, N. 38 zu Art. 241 ZPO). Der Abschreibungsbeschluss bildet mithin kein Anfechtungsobjekt, das mit Berufung oder Beschwerde nach ZPO bzw. - falls er von einer Vorinstanz i.S. von Art. 75 BGG ergangen ist - mit der Beschwerde nach BGG angefochten werden könnte. Lediglich der darin enthaltene Kostenentscheid ist anfechtbar (Art. 110 ZPO).

1.3 Der gerichtliche Vergleich selbst hat zwar die Wirkung eines rechtskräftigen Entscheides (Art. 241 Abs. 2 ZPO), kann aber einzig mit Revision nach ZPO angefochten werden (Art. 328 Abs. 1 lit. c ZPO; Botschaft, a.a.O., S. 7380; Urteil 4A_269/2012 vom 7. Dezember 2012 E. 3.1). In Bezug auf materielle oder prozessuale Mängel des Vergleichs ist die Revision mithin primäres und ausschliessliches Rechtsmittel (KILLIAS, a.a.O., N. 49 zu Art. 241 ZPO; OBERHAMMER, a.a.O., N. 7 f., 12 zu Art. 241 ZPO). Gegen einen Vergleich stehen weder die Berufung und Beschwerde nach ZPO noch die Beschwerde nach BGG offen.

1.4 Die Rügen des Beschwerdeführers betreffen ausschliesslich angebliche (materielle oder prozessuale) Mängel des Vergleichs, welche einzig mit Revision nach Art. 328 Abs. 1 lit. c ZPO geltend gemacht werden können. Der angefochtene Abschreibungsbeschluss ist diesbezüglich kein taugliches Anfechtungsobjekt einer Beschwerde nach BGG. Rügen gegen den Kostenentscheid im Abschreibungsbeschluss bringt der Beschwerdeführer nicht vor. Auf die Beschwerde ist somit mangels tauglichen Anfechtungsobjekts bzw. tauglicher Rügen nicht einzutreten.