2.1 La recourante, à la suite de la cour cantonale, discute longuement de savoir si l'intimée est entrée en possession de la marchandise (art. 919 ss CC).

Il faut cependant observer que la recourante n'exerce pas une action réelle, à l'instar d'une revendication fondée sur la propriété (art. 641 al. 2 CC) ou la possession antérieure (art. 934 ss CC), mais bien une action contractuelle tendant à l'octroi de dommages-intérêts pour inexécution d'une obligation (art. 97 al. 1 CO).

Il faut ainsi tout d'abord déterminer si les parties ont conclu un contrat et, dans l'affirmative, quel en est le contenu. Cette question amène à rechercher quelles ont été les obligations qui ont pu être convenues entre les parties.

Un transfert de possession peut constituer l'exécution d'une obligation, mais il ne faut pas confondre le stade de l'exécution et celui de la conclusion. Pour dire s'il y a eu un contrat et quel en est l'objet, il y a lieu de rechercher les engagements qui ont été pris.

2.2 Comme les deux parties ont leur siège en Suisse et qu'elles n'ont pas fait élection en faveur d'un droit étranger, leurs relations contractuelles ne présentent aucun caractère international et le droit suisse est applicable sans qu'il y ait lieu - contrairement à ce qu'a pensé la cour cantonale - d'appliquer la loi fédérale du 18 décembre 1987 sur le droit international privé (LDIP; RS 291).

2.3 La cour cantonale a considéré que le rapport contractuel allégué devrait plutôt être qualifié de contrat d'entrepôt au sens de l'art. 482 CO.

Pour qu'il y ait contrat d'entrepôt, l'entrepositaire doit offrir publiquement de recevoir des marchandises en dépôt (art. 482 al. 1 CO). L'offre publique est un élément caractéristique pour la qualification (THOMAS KOLLER, in Basler Kommentar, Obligationenrecht, vol. I, 5^e éd. 2011, n° 5 ad art. 482 CO). L'offre publique peut résulter du but social de l'entrepositaire ou de n'importe quelle autre annonce publiée (RICHARD BARBEY, in Commentaire romand, Code des obligations, vol. I, 2^e éd. 2012, n° 4 ad art. 482 CO).

En l'espèce, il ne ressort nullement des constatations cantonales - qui lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF) - que l'intimée aurait annoncé publiquement qu'elle disposait d'entrepôts pour stocker des marchandises ou que cela ressortirait de son but social. En l'absence d'une offre publique, la qualification de contrat d'entrepôt - contrairement à l'opinion de la cour cantonale - doit être écartée.

2.4 La recourante soutient que les parties ont conclu un contrat de dépôt au sens des art. 472 ss CO.

Le contrat de dépôt se caractérise par trois obligations prises par le dépositaire: recevoir une chose mobilière, la garder en lieu sûr et ensuite la restituer. Les deux premières obligations sont prévues à l'art. 472 al. 1 CO et la troisième résulte des art. 475 à 477 CO (cf. KOLLER, op. cit., n^os 1 et 2 ad art. 472 CO; BARBEY, op. cit., n° 1 ad art. 472 CO). L'obligation de restituer revêt un caractère essentiel pour qualifier le contrat (ATF 126 III 192 consid. 2c p. 196). Le contrat de dépôt ne requiert aucune forme spéciale; il peut être conclu expressément ou par actes concluants (ATF 126 III 192 ibidem).

2.5 L'idée de la cour cantonale de se concentrer sur la première obligation (recevoir une chose mobilière) est malheureuse.

En effet, une société de surveillance - comme c'est le cas de l'intimée selon son but social - est couramment chargée par mandat (art. 394 al. 1 CO) de réceptionner de la marchandise, d'en contrôler la quantité et la qualité et de veiller à ce qu'elle soit stockée correctement et en lieu sûr. La réception de la marchandise ne permet pas à elle seule de distinguer entre un mandat et un dépôt. Il ne peut y avoir de dépôt que si le dépositaire a pris les trois obligations caractéristiques de ce contrat, en particulier l'obligation de restituer qui est essentielle.

Il faut donc se demander, pour qu'un dépôt soit envisageable, si l'intimée a adressé à la recourante une manifestation de volonté qui, telle qu'elle doit être interprétée selon le principe de la confiance, permet de conclure qu'elle s'est engagée à restituer elle-même le reste du blé qui se trouvait dans des entrepôts à W.

2.6 La recourante soutient que les obligations caractéristiques d'un dépositaire ressortent du contrat intitulé "supervision and storage contract", qui constitue un "collateral management agreement".

Comme on l'a vu, le contrat de dépôt n'est soumis à aucune exigence de forme. Les parties peuvent cependant convenir de le soumettre à une forme spéciale et de n'être liées que lorsque cette forme est accomplie (art. 16 al. 1 CO).

Convenir d'une forme spéciale selon l'art. 16 al. 1 CO ne requiert aucune forme particulière et l'accord peut résulter d'actes concluants; ainsi, lorsqu'une partie envoie à l'autre des exemplaires d'un projet de contrat écrit pour qu'elle les signe, on doit présumer qu'elle n'entendait s'engager que dans la forme écrite (arrêt 4C.1/2000 du 27 mars 2000 consid. 3a; cf. également: GAUCH ET AL., Präjudizienbuch OR, 8^e éd. 2012, n° 3 ad art. 16 CO; INGEBORG SCHWENZER, in Basler Kommentar, op. cit., n° 5 ad art. 16 CO; JULIA XOUDIS, in Commentaire romand, op. cit., n° 8 ad art. 16 CO).

En l'espèce, il ressort des constatations cantonales que la recourante avait conçu un contrat qui devait être signé par trois parties (X., Y. et A.); elle a envoyé son projet à A. pour que cette société le signe, mais elle n'a jamais obtenu cette signature, de sorte qu'en définitive personne n'a signé ce document. La recourante ne prétend pas que ces faits auraient été établis arbitrairement et on ne voit pas pourquoi ils le seraient. Le Tribunal fédéral est en conséquence lié par cet état de fait (art. 105 al. 1 LTF). Il convient d'en inférer juridiquement que la recourante a manifesté, par actes concluants, la volonté de n'être liée qu'en la forme écrite, sans qu'il y ait trace d'une renonciation ultérieure (cf. ATF 105 II 75 consid. 1 p. 78). Qu'elle ait insisté, le 2 mars 1999, pour obtenir la signature de A., le confirme. Ainsi, il convient d'admettre que la forme écrite a été réservée; dès lors qu'elle n'a pas été observée, le contrat envisagé n'est pas venu à chef, de sorte que la recourante ne peut tirer aucun argument de son texte.

2.7 La recourante pense aussi pouvoir déduire les obligations d'un dépositaire de l'existence du "warehouse receipt" émis le 2 mars 1999 par Y.

Contrairement à ce que suggère la recourante, ce document n'est en tout cas pas un reçu lié à un prêt sur gage (cf. art. 909 CC).

Il est vrai, si un contrat de dépôt a été conclu, que la remise d'un reçu peut servir de moyen de preuve pour établir la réception de la chose par le dépositaire, car il constitue alors un document assimilable à une quittance au sens de l'art. 88 CO (Barbey, op. cit., n° 14 ad art. 472 CO). La quittance, envisagée par l'art. 88 CO, atteste la réception d'une prestation déterminée et constitue un moyen de preuve, qui n'exclut cependant pas la preuve contraire (INGEBORG SCHWENZER, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, 6^e éd. 2012, p. 512 s., n^os 76.03 et 76.06; DENIS LOERTSCHER, in Commentaire romand, op. cit., n^os 1 et 8 ad art. 88 CO; URS LEU, in Basler Kommentar, op. cit., n^os 1 et 7 ad art. 88 CO).

L'erreur de raisonnement consiste à nouveau à se placer au stade d'un acte d'exécution, et non pas au stade de la conclusion du prétendu contrat. Le document peut parfaitement signifier que l'intimée, chargée d'un mandat de surveillance, atteste avoir contrôlé la quantité de blé et son bon état "apparent". On ne peut pas en déduire - en tout cas clairement - que l'intimée se serait engagée, par ce document, à restituer elle-même le blé à la recourante.

Certes, ce document se réfère à un "collateral management agreement" (CMA). Il ressort cependant bien des échanges entre les parties, relatés en détail par la cour cantonale, qu'elles envisageaient à l'origine la conclusion d'un tel contrat. C'est la raison pour laquelle la recourante a rédigé son projet intitulé "supervision and storage contract" (SSC), qui constitue un CMA. Cependant, la recourante avait bien vu que la conclusion d'un tel contrat supposait un engagement de A., qui semblait, par l'entremise de B., avoir la maîtrise effective des entrepôts. Or A. n'a jamais accepté de signer le contrat et de s'engager. Du même coup, l'intimée, face à A. et B., n'a jamais obtenu la maîtrise exclusive de la marchandise enfermée dans les entrepôts. Dans ces conditions, on ne conçoit pas qu'elle se serait engagée - ce qui constitue l'essence d'un CMA - à restituer elle-même la marchandise à la recourante.

En tout cas, le fardeau de la preuve incombait à la recourante, en tant que partie demanderesse (art. 8 CC). Elle n'est toutefois pas parvenue à prouver des faits permettant de constater que l'intimée se serait engagée envers elle à lui restituer elle-même la marchandise. Un accord sur une obligation de restitution n'ayant pas été établi, la conclusion d'un contrat de dépôt est exclue.

La recourante ne prétend pas que l'intimée aurait mal exécuté son mandat de surveillance, si bien qu'il n'y a pas à examiner la question sous cet angle.