Aus dem Tatbestand:

A.- 1. Dr med. vet. Stöckli war von 1952 bis 1958 Kantonstierarzt von Luzern. In dieser Eigenschaft oblag ihm unter anderem die Leitung der kantonalen Tierseuchenpolizei und insbesondere der Verfahren zur Ausmerzung der Rindertuberkulose und des Rinderabortus Bang.

Diese Verfahren umfassten die Untersuchung der Viehbestände, die Schätzung der dabei festgestellten kranken Tiere und die Schlachtung bzw. Einstellung der Reagenten in nicht sanierten Beständen.

An die Ausmerzverfahren schloss sich jeweils das Entschädigungsverfahren an, das für alle zur Schlachtung gebrachten oder als Nutzreagenten ausgeschiedenen Tiere einheitlich geordnet war. Den Eigentümern solcher Tiere wurde eine Entschädigungssumme ausgerichtet, die sich aus dem Verwertungserlös sowie aus dem Bundes- und dem Kantonsbeitrag zusammensetzte. Der Einfachheit halber zahlte die Genossenschaft für Schlachtviehverwertung (GSV), die sich gegenüber dem Kanton Luzern vertraglich zur Übernahme aller Schlachtreagenten verpflichtet hatte, dem Tiereigentümer gestützt auf das sog. Abrechnungsverbal die Entschädigungssumme direkt aus und bezog ihrerseits von der Viehentschädigungskasse bzw. der Staatskasse auf Grund einer Zahlungsanweisung des Kantonstierarztes den Kantons- und Bundesbeitrag.

Bei mangelhafter Anwendung der Vorschriften über die Tierseuchenpolizei und bei schweren Verstössen gegen diese Bestimmungen waren die Bundesbeiträge von Bundesrechts wegen zu kürzen oder überhaupt zu streichen (Art. 25 Abs. 2 des BG vom 13. Juni 1917 betreffend die Bekämpfung von Tierseuchen [TSG], Art. 27 der Vollziehungsverordnung vom 22. Dezember 1950 zum BG über die Bekämpfung der Rindertuberkulose [RTubG], Art. 7 des BRB vom 23. Dezember 1953/9. November 1956 über die Bekämpfung des Rinderabortus Bang, Art. 19 der Verfügung des Eidg. Volkswirtschaftsdepartementes [EVD] vom 10. April 1951 über die Bekämpfung der Rindertuberkulose). Die Voraussetzungen für die Streichung der Beiträge wurden von den Bundesbehörden insbesondere bei verspäteter Schlachtung der Tiere, mangelnder oder verspäteter Ablieferung der Sektionsbefunde, Fehlen der Banguntersuchungsbefunde und bei Nichtführung der Kontrolle über die Nutzreagenten für gegeben erachtet.

In Anlehnung an entsprechende kantonale Vorschriften hatte sich die GSV zusammen mit dem Schweiz. Schlachtviehproduzentenverband (SPV) gegenüber dem Kanton Luzern am 9. Juli 1954 vertraglich verpflichtet, unter Vorbehalt höherer Gewalt, für den Ausfall von Entschädigungen aufzukommen, der wegen nicht termingemässer Schlachtung von Reagenten oder nicht fristgerechter Ablieferung von Sektionsbefunden entstehen könnte. Anderseits hatte der Kantonstierarzt fehlende Sektionsbefunde der Fleischschauer acht Tage nach dem vorgeschriebenen Schlachtungstermin der GSV zu melden, damit diese den Einzug der fehlenden Befunde innert Frist besorgen konnte.

2. Im Zusammenhang mit den genannten Ausmerzaktionen liess sich Stöckli, von dessen Entscheid jeweils die Ausrichtung der Bundes- und Kantonsbeiträge abhing, eine Reihe von Unregelmässigkeiten zuschulden kommen. So unterliess er es, ein Verzeichnis über die in seinem Gebiete befindlichen Reagenten zu führen, nicht innert Frist eingegangene Sektionsbefunde der GSV zu melden, bei verspäteter Schlachtung die Auszahlung von Ausmerzbeiträgen zu verhindern, schon bezahlte Beiträge zurückzufordern und allenfalls die GSV haftbar zu machen, für die Vollständigkeit wichtiger Belege, bei deren Fehlen die öffentlichen Beiträge gekürzt oder gestrichen werden konnten, besorgt zu sein und bei Differenzen zwischen Sektionsbefunden und Abrechnungsverbalen, namentlich hinsichtlich der Trächtigkeit der Tiere, Nachforschungen anzustellen und ungerechtfertigte Auszahlungen von Subventionen zu verhindern oder zurückzufordern. Überdies fälschte er in grosser Zahl verschiedene Belege, indem er das Signum des mit der Korrektur von Abrechnungsverbalen betrauten Experten selber hinsetzte, mit diesem Schriftzeichen Rasuren oder Korrekturen des Experten verdeckte, um Abrechnungsverbale mit den abweichenden Sektionsbefunden in Übereinstimmung zu bringen, eine Revision der Schatzungen zu vermeiden und damit zu verschleiern, dass zu hohe Entschädigungssummen ausbezahlt worden waren. Schliesslich brachte er in Fällen verspäteter Schlachtung oder verspäteter Einreichung von Belegen auf den entsprechenden Formularen Eingangsstempel mit falschen Daten an.

B.- Am 17. Juli 1962 verurteilte das Obergericht des Kantons Luzern Stöckli wegen fortgesetzter ungetreuer Geschäftsführung (Art. 159 Abs. 1 StGB), fortgesetzter Urkundenfälschung (Art. 317 Abs. 1 StGB) und fortgesetzter Widerhandlung gegen Art. 15 der Verfügung des EVD vom 10. April 1951/30. Dezember 1955 über die Bekämpfung der Rindertuberkulose zu zwei Jahren Gefängnis. Ferner entsetzte es ihn des Amtes, erklärte ihn auf fünf Jahre als nicht wählbar zu einem Amte (Art. 51 StGB) und überband ihm die Verfahrenskosten.

C.- Stöckli ficht dieses Urteil mit der Nichtigkeitsbeschwerde an.

1. Der Beschwerdeführer macht zunächst geltend, seine allfälligen Verfehlungen wären einzig nach den Strafbestimmungen der Spezialgesetzgebung über die Tierseuchenbekämpfung und nicht nach dem gemeinen Strafrecht zu beurteilen gewesen. Das StGB finde nur Anwendung, soweit andere Bundesgesetze nicht selbst Strafnormen aufstellten. Der der allgemeinen Doktrin und der Praxis entsprechende Grundsatz, wonach die lex specialis der lex generalis vorgehe, müsse insbesondere dann gelten, wenn die Sonderregelung milder sei als die gemeinrechtliche Ordnung. Dieser Auffassung kann in solch allgemeiner Form nicht beigepflichtet werden.

Das Bundesgericht hat die Frage nach dem Verhältnis von Sonderbestimmungen zu gemeinrechtlichen Strafnormen nie allgemein, sondern stets nur für den Einzelfall entschieden, indem es jeweils prüfte, ob die betreffende Spezialbestimmung das strafbare Verhalten hinsichtlich aller seiner Merkmale erfasse und die Tat in vollem Umfang abgelte. Traf dies zu, dann wurde nach dem Grundsatz "lex specialis derogat legi generali" verfahren und ausschliesslich die besondere Norm angewendet (s. BGE 82 IV 136, BGE 83 IV 127, BGE 85 IV 176). Dagegen wurde jeweils Idealkonkurrenz angenommen, wenn sich der besondere Tatbestand mit demjenigen des StGB nicht deckte, für die gleichzeitige Anwendung beider Bestimmungen Raum blieb und der Kumulation nicht eine besondere Kollisionsnorm des Spezialgesetzes entgegenstand (BGE 72 IV 16; BGE 78 IV 92; BGE 80 IV 39; BGE 81 IV 112, 161, 246; BGE 83 IV 139; BGE 86 IV 92; BGE 87 IV 97, in welchem Falle auf Grund einer besonderen Kollisionsnorm des Nebenstrafgesetzes ausschliesslich gemeines Strafrecht angewendet wurde). Daraus aber erhellt, dass jedenfalls nach der Rechtsprechung des Bundesgerichtes, von der abzugehen kein Anlass besteht, nicht die Rede davon sein kann, dass immer dann, wenn ein Spezialgesetz Strafbestimmungen aufstellt, die Anwendung gemeinrechtlicher Strafnormen von vorneherein ausgeschlossen sei. Vielmehr ist, wie dargetan, im Einzelfalle zu prüfen, wie es sich damit verhält.

2. Im vorliegenden Falle ist das Obergericht nach eingehender Prüfung der Rechtsfrage zum Ergebnis gelangt, dass abgesehen von den Widerhandlungen gegen Art. 15 der Verfügung des EVD vom 10. April 1951 keine der dem Beschwerdeführer zur Last gelegten Verfehlungen von der einschlägigen Spezialgesetzgebung erfasst werde und dass die nach Art. 159 und 317 StGB geahndeten Handlungen nach der Tierseuchengesetzgebung überhaupt nicht strafbar seien. Tatsächlich finden sich in den zahlreichen Erlassen zur Tierseuchenpolizei - mit der oben erwähnten Ausnahme - keine mit Strafsanktionen verbundenen Bestimmungen, die sich mit den Pflichten des Kantonstierarztes und den Massnahmen befassen, die dieser vorzukehren hat, um die ungerechtfertigte Auszahlung von Subventionen zu verhindern, und auch der Beschwerdeführer ist nicht in der Lage, solche Sondervorschriften namhaft zu machen. Die Voristanz hat daher mit Recht angenommen, dass im Verhalten Stöcklis, soweit es von ihr dem gemeinen Strafrecht unterstellt wurde, kein Verstoss gegen ein bestimmtes Gebot oder Verbot der Sondergesetzgebung liege.

3. Der Beschwerdeführer hält das für belanglos, weil die Tierseuchenpolizei in der Sondergesetzgebung eine umfassende und erschöpfende Regelung erfahren habe, so dass die ihm vorgeworfenen Verfehlungen, die mit seiner Tätigkeit als Kantonstierarzt be i der Bekämpfung der Tierseuchen zusammenhingen, wenn überhaupt, so nur nach den Strafbestimmungen der Art. 40 ff. TSG, Art. 9 RTubG und Art. 8 des BRB über die Bekämpfung des Rinderabortus Bang geahndet werden könnten.

Richtig ist, dass der Gesetzgeber die Tierseuchenpolizei durch verschiedene Spezialerlasse umfassend geordnet und insbesondere eingehende Vorschriften über die Bekämpfung bereits vorhandener Seuchenherde, die Verhinderung ihrer Ausbreitung und die Einschleppung neuer Seuchen aufgestellt hat. Damit ist jedoch nicht gesagt, dass diese Ordnung auch strafrechtlich in dem Sinne eine abschliessende Regelung gefunden habe, dass für die Anwendung des StGB auf Handlungen, die keine seuchenpolizeilichen Tatbestände betreffen, sondern bloss im Zusammenhang mit Massnahmen zur Bekämpfung von Tierseuchen begangen wurden, nicht Raum bliebe. Ein Blick auf die Strafbestimmungen des Tierseuchengesetzes (Art. 40-46) und der Vollziehungsverordnung (Art. 269-271), auf die sich die übrigen Erlasse, insbesondere das Bundesgesetz über die Bekämpfung der Rindertuberkulose (Art. 9) und der Bundesratsbeschluss über die Bekämpfung des Rinderabortus Bang (Art. 8) berufen, zeigt, dass die Missachtung nur ganz bestimmter, artikelweise genannter Gebote oder Verbote unter Strafe gestellt wurde, die ihrerseits ausschliesslich seuchenpolizeilicher Natur sind und der praktischen Bekämpfung von Tierseuchen dienen sollen. Vorschriften über die Beitragsleistung von Bund und Kantonen an die Kosten der Seuchenbekämpfung (Art. 21-28 TSG, Art. 262-268 der Vollziehungsverordnung) oder Bestimmungen über den Aufgaben- und Pflichtenkreis der Kantonstierärzte (Art. 22-27 der Vollziehungsverordnung zum TSG) sind denn auch nirgends unter den mit Strafsanktionen ausgestatteten Artikeln zu finden. Diese gesetzliche Ordnung lässt erkennen, dass der Gesetzgeber lediglich die im einzelnen aufgeführten, der eigentlichen Bekämpfung von Tierseuchen (Verhinderung der Ausbreitung und Verschleppung) dienenden Anordnungen, deren Missachtung eine Gefahr für gesunde Viehbestände bedeutete, mit Strafsanktionen ausstatten wollte. Dass damit gleichzeitig die Anwendung des gemeinen Strafrechtes auf andere, in den Spezialerlassen nicht geregelte Straftatbestände für den Fall habe ausgeschlossen werden wollen, dass diese im Zusammenhang mit Massnahmen der Tierseuchenbekämpfung gesetzt werden, ist nicht anzunehmen; dies umso weniger, als auch die Materialien zur Tierseuchengesetzgebung die Tendenz erkennen lassen, einzig diejenigen Widerhandlungen, durch welche die Bekämpfung der Tierseuchen in ihrem Erfolg unmittelbar gefährdet oder beeinträchtigt würde, unter Strafe zu stellen, und von einer weitergehenden Regelung oder einem Ausschluss des gemeinen Strafrechtes weder in den Botschaften des Bundesrates noch in den parlamentarischen Beratungen je die Rede war (s. die bundesrätlichen Botschaften zum TSG und RTubG in BBl 1915 I S. 353 und 1949 II S. 568, sowie die Beratungen des NatR in StenBull 1916 S. 220/2 und 1949 S. 872 und des StR in StenBull 1916 S. 212 und 1950 S. 43).

Soweit daher die dem Beschwerdeführer zur Last gelegten Verfehlungen keinen der in der Tierseuchengesetzgebung umschriebenen Straftatbestände erfüllen, stellt sich die Frage einer Konkurrenz mit dem StGB überhaupt nicht und es steht somit der Anwendung des gemeinen Strafrechtes (Art. 159 und 317 StGB) nichts entgegen, mögen die betreffenden Handlungen von Stöckli auch in seiner Eigenschaft als Kantonstierarzt und bei Durchführung tierseuchenpolizeilicher Massnahmen begangen worden sein.

4. Der Beschwerdeführer ficht seine Verurteilung nach Art. 159 StGB weiter mit der Begründung an, er sei nicht Geschäftsführer des Staates gewesen, da ihm keine Verfügung über Staatsvermögen anvertraut worden sei und er für solches Vermögen auch nicht tatsächlich zu sorgen gehabt habe.

Wie die Vorinstanz zum objektiven Tatbestand feststellt, oblag dem Beschwerdeführer im Rahmen der ihm vom Tierseuchengesetz übertragenen Amtspflichten die umfassende Leitung der Bekämpfung der Rindertuberkulose und des Rinderabortus Bang, sowie die Fürsorge für die Gelder der Viehentschädigungskasse, aus der die staatlichen Beiträge an die Ausmerzaktionen geleistet wurden. Stöckli nahm bei der Gewährung dieser Subventionen die Schlüsselstellung ein, indem er allein befugt war, nach den gesetzlichen Bestimmungen Auszahlungen aus der genannten Kasse zu verfügen. Die Ausrichtung der Subventionen hing von ihm ab, und er erteilte denn auch der Viehentschädigungskasse bzw. dem Personal der Staatskasse, die den betreffenden Fonds verwaltete, gestützt auf die Rückvergütungsansprüche der GSV die Zahlungsanweisungen, worauf die Kantons- und Bundesbeiträge ohne weiteres ausgerichtet wurden. Eine Prüfung der Rechtmässigkeit der genannten Anweisungen war dem Kassenpersonal weder überbunden noch möglich.

Nach diesen für den Kassationshof verbindlichen tatsächlichen Annahmen unterliegt keinem Zweifel, dass Stöckli den Tatbestand des Art. 159 StGB - die Unterstellung der eingeklagten Verfehlungen unter Art. 314 StGB wurde vom Obergericht mit zutreffenden Gründen verneint (BGE 81 IV 228) - objektiv erfüllt hat. Denn wem, wie dem Beschwerdeführer, kraft seiner hohen amtlichen Stellung die ausschliessliche Befugnis zusteht, über Gelder einer bestimmten öffentlichen Kasse zu verfügen, dem ist jedenfalls dann, wenn es sich hiebei nicht um bloss unbedeutende Werte handelt, die Geschäftsführung über Vermögen im Sinne von Art. 159 StGB übertragen, unbekümmert darum, ob er die betreffende Kasse persönlich führt oder durch andere Beamte führen lässt und ob er für den Staat Rechtsgeschäfte tätigt oder nicht. Nach Art. 159 StGB genügt, dass der Entscheid über die Verwendung der betreffenden Gelder ihm zusteht und dass er auf Grund seiner amtlichen Stellung mindestens zur tatsächlichen Fürsorge für den durch die betreffende Kasse vertretenen Teil des Staatsvermögens verpflichtet ist (BGE 81 IV 276, BGE 86 IV 12), was beim Beschwerdeführer festgestelltermassen zutraf. Dadurch, dass Stöckli Subventionen, die nach den gesetzlichen Bestimmungen nicht oder nicht in der festgesetzten Höhe hätten ausbezahlt werden dürfen, zur Zahlung anwies und zu Unrecht bezogene staatliche Beiträge nicht zurückforderte, hat er demnach jene ihm von Amtes wegen obgelegene Fürsorgepflicht verletzt und den Staat am Vermögen geschädigt.