A.- S. betreibt ein Ingenieurbüro für Hoch- und Tiefbau sowie Vermessung mit einem auswärtigen Zweigbüro. Ende 1965 stellte er B. für "Projektierung und Bauleitung aller Ingenieurarbeiten auf dem Gebiete des Hoch- und Tiefbaus" an. B. übernahm in der Folge immer weiterreichende Kompetenzen. Insbesondere war er befugt, Aufträge entgegenzunehmen, Honorarverhandlungen zu führen, Aufträge mit von ihm errechneten Angaben über das Honorar in Form von Offerten zu bestätigen und Verträge bzw. Bestätigungen zu unterzeichnen. Wenn er auch die Aufträge vorgängig der Bestätigung oder auch nachträglich noch mit S. besprach, so liess dieser ihm besonders bezüglich der Festlegung des Honorars und in Verhandlungen mit dem Architekten R., der ausschliesslich mit B. verhandelte, freie Hand. S. überprüfte die Honorare nur stichprobeweise und erschien nicht häufig in der Filiale, so dass auch die Überwachung des Personals im Zweigbüro B. zukam.

Am 30. November 1971 wurde B. auf den 1. März 1972 gekündigt, doch verliess er das Geschäft erst im Sommer dieses Jahres.

Als B. in gekündigter Stellung bei S. arbeitete, erhielt die Firma vom Architekten R. die Ingenieurarbeiten für eine Überbauung und für ein Mehrfamilienhaus. In beiden Fällen bestätigte B. den Bauherren die Übernahme des Auftrages durch die Firma S. zu bestimmten Pauschalhonoraren. Im Einvernehmen mit R., der B. eine Starthilfe für die Aufnahme der selbständigen Erwerbstätigkeit geben wollte, führte letzterer ausserhalb der Bürozeit persönlich bestimmte Ingenieurarbeiten aus, welche R. sonst in seinem Büro ausführen liess, wegen Zeitmangels aber B. übertragen und gesondert berechnet wurden.

B. bezog dafür in den beiden Fällen je Fr. 5'000.-, welche Beträge er am 21. bzw. 27. Januar 1972 ausbezahlt erhielt. Am 21. Oktober 1975 wurde gegen B. und R. eine Strafuntersuchung eröffnet.

B.- Am 13. Juli 1979 verurteilte das Obergericht des Kantons Bern B. wegen wiederholter ungetreuer Geschäftsführung zu zwei Monaten Gefängnis und R. wegen Gehilfenschaft dazu zu einem Monat Gefängnis. Es gewährte beiden Verurteilten den bedingten Strafvollzug bei einer Probezeit von zwei Jahren.

C.- B. und R. führen Nichtigkeitsbeschwerde mit dem Antrag, das Urteil des Obergerichts sei aufzuheben und die Sache zur Einstellung des Verfahrens wegen Verjährung, eventuell zur Freisprechung zurückzuweisen.

Der Generalprokurator-Stellvertreter des Kantons Bern beantragt Abweisung der Beschwerde.

1. Die Strafverfolgung wird nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts grundsätzlich mit dem Urteil der letzten kantonalen Instanz beendet (BGE 96 IV 52, BGE 92 IV 172; Ausnahme: BGE 97 IV 157). In diesem Zeitpunkt hört die Verfolgungsverjährung auf und beginnt in der Regel die Vollstreckungsverjährung zu laufen.

a) Die Beschwerdeführer machen geltend, im vorliegenden Fall habe die Verfolgungsverjährung mit der Ausfällung des obergerichtlichen Urteils nicht aufgehört, weil die von ihnen eingereichte Nichtigkeitsbeschwerde gemäss BGE 72 IV 106 und BGE 73 IV 14 den Eintritt der Rechtskraft gehemmt habe. Da nach den Prozessvorschriften des Kantons Bern ein nicht rechtskräftiges Urteil auch nicht vollstreckbar werde, sei die Strafverfolgung mit der Ausfällung des angefochtenen Urteils nicht abgeschlossen worden, sondern weitergelaufen und einige Tage später verjährt.

b) Die Berufung auf die erwähnten früheren Bundesgerichtsentscheide geht fehl. Die in BGE 73 IV 14 und BGE 72 IV 106 vertretene Auffassung, dass die eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde die Rechtskraft des angefochtenen Entscheides hemme, ist in der Literatur einhellig und mit Recht verworfen worden (vgl. PERRIN, Voies de recours et prescription de l'action pénale, ZStR 79/1963, S. 15, und dort angeführtes Schrifttum). Das Bundesgericht hat in der Folge auch nicht daran festgehalten, da grundsätzliche Voraussetzung der Vollstreckbarkeit letztinstanzlicher kantonaler Strafurteile deren Rechtskraft ist. Rechtskräftig aber wird ein letztinstanzlicher, mit keinem ordentlichen kantonalen Rechtsmittel mehr anfechtbarer Entscheid mit dessen Ausfällung, weil die Nichtigkeitsbeschwerde an das Bundesgericht ein ausserordentliches Rechtsmittel ist, das nur eine auf Rechtsfragen beschränkte Überprüfung zulässt (SCHULTZ, AT, Bd. 1 S. 92; WAIBLINGER, ZBJV 1948, S. 429, 1949, S. 435; HAUSER, Kurzlehrbuch des schweizerischen Strafprozessrechts, S. 275; REHBERG, Der Anfechtungsgrund bei der Nichtigkeitsbeschwerde an den Kassationshof des Bundesgerichts, in Hundert Jahre Bundesgericht, S. 353; PERRIN, a.a.O., S. 17). Ein mit der eidgenössischen Nichtigkeitsbeschwerde anfechtbares kantonales Strafurteil ist also notwendig ein rechtskräftiger Entscheid. Mit der Rechtskraft des kantonalen Strafurteils, durch das der Beschuldigte verurteilt wird, erlischt aber der öffentliche Strafanspruch und endet demnach die Verfolgungsverjährung.

Ob mit dem Ende der Verfolgungsverjährung gleichzeitig die Vollstreckungsverjährung beginne, was nach den kantonalen Prozessordnungen meistens der Fall ist, aber nicht immer zutrifft (s. BGE 101 IV 394), ist in diesem Zusammenhang ohne Bedeutung. Das Bundesrecht schreibt nicht vor, dass das kantonale Urteil im Zeitpunkt der Einreichung der Nichtigkeitsbeschwerde auch vollstreckbar sein müsse. Art. 272 Abs. 7 BStP bestimmt bloss, dass die Nichtigkeitsbeschwerde den Vollzug des angefochtenen Entscheides, sofern dieser vollstreckbar ist, nicht hemme (PERRIN, a.a.O., S. 14). Das Ende der Verfolgungsverjährung ist demzufolge nicht von der Vollstreckbarkeit des kantonalen Urteils abhängig; entscheidend ist einzig, dass es in formelle Rechtskraft erwachsen ist. Insoweit ist die in BGE 105 IV 101 angebrachte gegenteilige Bemerkung richtigzustellen.

c) Das Urteil des Obergerichts ist, ungeachtet der Nichtigkeitsbeschwerde der Verurteilten, mit der Ausfällung am 13. Juli 1979 rechtskräftig geworden, was übrigens mit Art. 297 Abs. 3 BE/StrV übereinstimmt. Am gleichen Tag hat die Verfolgungsverjährung ihr Ende genommen. In diesem Zeitpunkt war die absolute Verjährungsfrist von siebeneinhalb Jahren, die am 21. bzw. 27. Juli 1972 begann, noch nicht abgelaufen (Art. 159 Abs. 1 und 72 Ziff. 2 Abs. 2 StGB). Die Strafverfolgung ist somit nicht verjährt.

2. Die Beschwerdeführer machen geltend, die Vorinstanz habe mit der Annahme, B. sei Geschäftsführer gewesen, Art. 159 StGB verletzt. Nach dem angefochtenen Urteil sei B. nämlich bloss befugt gewesen, Aufträge entgegenzunehmen, Honorarverhandlungen zu führen und Verträge über die Honorare zu bestätigen. Dagegen habe er Verträge nicht ohne Vorbehalt unterschreiben dürfen, sondern sie immer seinem Arbeitgeber zur Genehmigung vorlegen müssen. Ohne Abschlusskompetenz habe er aber die für einen Geschäftsführer wesentliche Selbständigkeit nicht besessen. Die Befugnis, kleinere Einkäufe zu tätigen und andere Angestellte zu überwachen, habe ihn im Aussenverhältnis nicht zum Geschäftsführer gemacht.

a) Nach Art. 159 StGB macht sich der ungetreuen Geschäftsführung schuldig, wer jemanden am Vermögen schädigt, für das er infolge einer gesetzlichen oder einer vertraglich übernommenen Pflicht sorgen soll. Danach genügt eine blosse Fürsorgepflicht für fremdes Vermögen nicht, vielmehr muss der Täter auch die Stellung eines Geschäftsführers haben. Als Geschäftsführer im Sinne dieser Bestimmung gilt jedoch entgegen der Meinung der Beschwerdeführer nicht nur, wer Rechtsgeschäfte nach aussen abzuschliessen hat, sondern auch wer bloss tatsächlich oder im Innenverhältnis fremde Vermögensinteressen wahren soll (BGE 100 IV 36, BGE 97 IV 13, BGE 81 IV 278). Auch verlangt Art. 159 StGB nicht, dass die Kompetenz zum Abschluss von Verträgen dem Geschäftsführer allein zustehe (BGE 100 IV 172). Immerhin muss er mit hinreichender Selbständigkeit über das fremde Vermögen oder Teile eines solchen, über Betriebsmittel oder das Personal eines Unternehmens verfügen können (BGE 102 IV 92; BGE 100 IV 36; BGE 95 IV 66). Wer der ständigen Kontrolle eines Vorgesetzten unterliegt, ist in der Regel nicht Geschäftsführer. Auch genügen untergeordnete Verrichtungen den Anforderungen einer Geschäftsführung im Sinne des Gesetzes nicht (BGE 95 IV 65, BGE 86 IV 14).

b) Nach dem angefochtenen Urteil war B. befugt, Aufträge entgegenzunehmen, Honorarverhandlungen zu führen, Aufträge mit von ihm errechneten Angaben über das Honorar in Form einer Offerte zu bestätigen und Verträge bzw.

Bestätigungen derselben zu unterzeichnen. Wenn er auch die Aufträge vorgängig der Bestätigung oder nachträglich noch mit seinem Chef besprochen habe, so habe ihm dieser besonders bezüglich der Festlegung des Honorars und in den Verhandlungen mit R. freie Hand gelassen. S. habe die Honorare nur stichprobeweise überprüft und sei nicht häufig in der Filiale erschienen, so dass B. auch die Überwachung der anderen Angestellten obgelegen habe, die ihn als Chef der Filiale betrachtet hätten. Auch sei er befugt gewesen, kleinere Einkäufe zu tätigen und Lohnauszahlungen vorzunehmen.

Wenn die Vorinstanz gestützt auf diesen verbindlich festgestellten Sachverhalt annahm, B. habe die Stellung eines Geschäftsführers gehabt, so ist das rechtlich nicht zu beanstanden, denn er verfügte über eine recht weitgehende Selbständigkeit in der Erfüllung bedeutender Aufgaben. Jedenfalls lag die für ein Ingenieurbüro wichtige Festsetzung der Honorare praktisch in seiner Hand und konnte er das Büro mit selbständig unterzeichneten und mit Honorarofferten versehenen Auftragsbestätigung vertraglich binden. Zudem oblag ihm, da S. wegen seiner Beschäftigung im Hauptbüro nur etwa einmal in der Woche in der Filiale erschien, auch im Innenverhältnis tatsächlich die Leitung der Filiale. Insgesamt betrachtet erscheinen der eigenverantwortliche Tätigkeitsbereich des B. und die in diesem Rahmen zu betreuenden Vermögensinteressen als durchaus bedeutsam und von Gewicht (s. STRATENWERTH, BT I, S. 266).

3. Die Beschwerdeführer sind der Meinung, eine ungetreue Geschäftsführung liege nicht schon darin, dass B. zwei Aufträge schwarz erledigte, statt sie seinem Arbeitgeber weiterzuleiten. Schwarzarbeit sei eine Verletzung des Arbeitsvertrages; eine solche dürfe nicht ohne weiteres strafrechtlich verfolgt werden.

a) Wenn es grundsätzlich auch zutrifft, dass in der strafrechtlichen Ahndung von Vertragsverletzungen Zurückhaltung geboten ist, so ist anderseits nicht zu verkennen, dass der Tatbestand des Art. 159 StGB ausdrücklich neben der Verletzung einer gesetzlichen auch die Verletzung einer vertraglich übernommenen Fürsorgepflicht für ein Vermögen unter Strafe stellt, sofern der Täter als Geschäftsführer seine Vertragspflicht missachtet und dadurch den Vertragspartner am Vermögen geschädigt hat. Wo alle diese Elemente vorliegen, muss Art. 159 StGB zur Anwendung kommen, selbst wenn es sich um die Verletzung eines Arbeitsvertrages handelt. Ob eine solche gegeben ist, hängt vom vertraglich umschriebenen Inhalt der Vermögensfürsorgepflicht ab, denn der Geschäftsführer macht sich nur strafbar, wenn das schädigende Tun oder Unterlassen seinen vertraglichen Pflichten widerspricht (BGE 80 IV 247). Ist dem Geschäftsführer nach Vertrag nicht nur die Erhaltung des vorhandenen, sondern auch die Mehrung des Vermögens aufgegeben, was bei der Geschäftsführung eines Handelsgeschäftes oder Gewerbebetriebes regelmässig zutrifft, so liegt auch im Nichtabschluss gewinnbringender Geschäfte oder im Abschluss solcher Geschäfte für ein eigenes Konkurrenzunternehmen statt für den Treugeber eine nach Art. 159 StGB erhebliche Pflichtverletzung (BGE 80 IV 248; SCHWANDER, Das schweizerische StGB, S. 363; STRATENWERTH, BT I S. 269/270; VOLLMAR, Die ungetreue Geschäftsführung, Diss. Zürich 1978, S. 74).

b) Im vorliegenden Fall stellt das Obergericht ausdrücklich fest, B. habe gemäss Art. 5 des Dienstvertrages vom 1. Oktober 1965 ohne vorherige Verständigung mit seinem Arbeitgeber keine beruflichen Aufträge auf eigene Rechnung oder auf Rechnung Dritter ausführen dürfen. Damit habe er sich verpflichtet, sich jeglicher Konkurrenz- und Schwarzarbeit zu enthalten. Das wird in der Beschwerde mit Recht nicht bestritten, zumal B. auch von Gesetzes wegen zu solchem Verhalten verpflichtet war (Art. 328 Abs. 1bis aOR/Art. 321a Abs. 3 OR). Indem er im Auftrage von R. in zwei Fällen in der Freizeit umfangreiche Ingenieurarbeiten verrichtete und sich von den Bauherren direkt bezahlen liess, ohne dass sein Arbeitgeber davon wusste, hat er sich diesem gegenüber der Untreue im Sinne des Art. 159 StGB schuldig gemacht, denn innerhalb des Geschäftsführungsbereichs ist es dem Geschäftsführer untersagt, eigene Interessen zu verfolgen; diese sind den Interessen des Geschäftsherrn hintanzustellen (VOLLMAR, a.a.O., S. 82 mit Verweisungen).

4. Schliesslich bestreiten die Beschwerdeführer den Vermögensschaden und den Schädigungsvorsatz. Sie machen namentlich geltend, es sei entgegen den Annahmen der Vorinstanz nicht erwiesen, dass S. die zwei fraglichen Aufträge erhalten hätte, wenn sich B. dafür eingesetzt hätte, und dass der Gewinn der Firma mit grösster Wahrscheinlichkeit erhöht worden wäre, wenn sie die Aufträge hätte ausführen können.

a) Soweit die Beschwerdeführer die Nichtabnahme von Beweisen rügen und die Tatsachenfeststellung der Vorinstanz beanstanden oder von einem andern als dem festgestellten Sachverhalt ausgehen, ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Vorbringen solcher Art sind unzulässig und daher unbeachtlich (Art. 277bis Abs. 1 und 273 Abs. 1 lit. b BStP). Das gilt auch hinsichtlich der Ausführungen, mit denen dargetan werden soll, B. habe sich von R. zur Schwarzarbeit drängen lassen. Seine Behauptung wäre übrigens auch neu, denn die Vorinstanz stellt fest, B. habe selber nicht geltend gemacht, dass die Idee zur Schwarzarbeit allein von R. gekommen sei.

b) Wird der im angefochtenen Urteil festgestellte Sachverhalt zugrunde gelegt, so steht ausser Zweifel, dass B., der zur Vermehrung des Vermögens verpflichtet war, seinen Arbeitgeber dadurch geschädigt hat, dass er Aufträge, die er für ihn hätte erhältlich machen können und sollen, pflichtwidrig persönlich übernahm und sich dafür auch direkt von den Bauherren bezahlen liess. Da diese Aufträge, wenn sie durch die Fa. S. hätten ausgeführt werden können, für diese mit grösster Wahrscheinlichkeit gewinnbringend gewesen wären, besteht der durch die Schwarzarbeit zugefügte Schaden in entgangenem Gewinn (BGE 80 IV 249). Angesichts dieses Vermögensschadens kann dahingestellt bleiben, ob auch die von der Vorinstanz erwähnte Beeinträchtigung des geschäftlichen Ansehens als Schädigung von Vermögensinteressen angesehen werden könne, die nach Art. 159 StGB beachtlich wäre.

c) Nach den Feststellungen der Vorinstanz war es B. nicht bloss klar, dass er in leitender Stellung in der Eigenschaft eines Geschäftsführers handelte und durch die Annahme von Schwarzarbeit einen krassen Treuebruch beging; er nahm auch bewusst in Kauf, dass er dadurch seinen Arbeitgeber schädigte. Damit ist der Schädigungsvorsatz verbindlich erstellt, denn was der Täter weiss, will oder in Kauf nimmt, ist Tatfrage (BGE 100 IV 221). Die Bestreitung tatsächlicher Verhältnisse ist in der Nichtigkeitsbeschwerde unzulässig.

Demnach erkennt das Bundesgericht:

Die Nichtigkeitsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.