A.- Am 31. Mai 1994 um 23.20 Uhr missachtete B. als Lenker eines Personenwagens an der Limmat/Fabrikstrasse in Zürich (stadteinwärts) ein Lichtsignal, welches seit 26 Sekunden auf rot stand. Die Widerhandlung wurde durch ein automatisches Verkehrsüberwachungsgerät festgestellt und fotografisch dokumentiert. Die Stadtpolizei Zürich teilte B. in der Folge mit, die festgestellte Übertretung lasse sich nicht mehr im Ordnungsbussenverfahren erledigen, und verzeigte ihn.

B.- Das Polizeirichteramt der Stadt Zürich büsste B. am 12. Juli 1994 wegen "Nichtbeachten eines Lichtsignals (Rotlicht); erhöht abstrakte Verkehrsgefährdung" in Anwendung von Art. 90 Ziff. 1 SVG (SR 741.01) mit Fr. 200.-- und auferlegte ihm die Kosten.

C.- Auf Einsprache von B. hin kam der Einzelrichter des Bezirkes Zürich am 12. Januar 1995 zum Schluss, mit der Missachtung des Rotlichtes sei keine erhöhte abstrakte Gefährdung verbunden gewesen, weshalb B. Anspruch auf Ausfällung einer Ordnungsbusse habe, und zwar in Höhe von Fr. 80.--. Er habe mit seinem Verhalten jedoch die Untersuchung betreffend schwere Verkehrsregelverletzung bzw. betreffend erhöhte abstrakte Gefährdung schuldhaft und kausal verursacht, weshalb er sämtliche Kosten des Verwaltungs- und Gerichtsverfahrens zu tragen habe und ihm keine Prozessentschädigung zustehe.

D.- Das Obergericht des Kantons Zürich wies eine von B. dagegen erhobene kantonale Nichtigkeitsbeschwerde am 16. August 1995 ab.

E.- B. führt eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde mit dem Antrag, den Beschluss des Obergerichtes aufzuheben und die Sache zur Neuentscheidung an dieses zurückzuweisen.

Das Bundesgericht weist die Beschwerde ab

1. a) Übertretungen der Strassenverkehrsvorschriften des Bundes können nach dem Ordnungsbussengesetz (OBG; SR 741.03) in einem vereinfachten Verfahren mit Ordnungsbussen bis zu Fr. 100.-- geahndet werden (Ordnungsbussenverfahren; Art. 1 Abs. 1 OBG). Das Ordnungsbussenverfahren ist, wenn seine Voraussetzungen gegeben sind, obligatorisch anzuwenden. Die Fälle, in denen eine dem Ordnungsbussenrecht unterstehende Übertretung ausnahmsweise im ordentlichen Verfahren zu ahnden ist, werden durch Gesetz und Verordnung abschliessend geregelt (BGE 105 IV 136 E. 1-3). Das Ordnungsbussenverfahren ist unter anderem ausgeschlossen bei Widerhandlungen, durch die der Täter Personen gefährdet oder verletzt oder Sachschaden verursacht hat (Art. 2 lit. a OBG). Im Ordnungsbussenverfahren dürfen keine Kosten erhoben werden (Art. 6 Abs. 1 Satz 3 OBG, Art. 6 der Verordnung über Ordnungsbussen im Strassenverkehr [OBV; SR 741.031]). Das Bundesgericht hat auf Beschwerde einer Staatsanwaltschaft angenommen, die Anwendung von Art. 6 Abs. 1 OBG sei bundesrechtskonform in einem Fall, wo zu Unrecht das ordentliche Verfahren eingeleitet, dann jedoch eine Ordnungsbusse verhängt wurde (BGE 105 IV 136). Der Beschwerdeführer macht sinngemäss geltend, entsprechend verletze im vorliegenden Fall die Kostenauflage Bundesrecht.

b) Einzelrichter und Vorinstanz sind demgegenüber der Ansicht, es sei zu unterscheiden zwischen dem Anspruch auf eine Ordnungsbusse und dem Anspruch auf das Ordnungsbussenverfahren. Der Anspruch auf Ordnungsbusse sei materiellrechtlicher Natur. Aus Art. 11 Abs. 1 OBG, wonach eine Ordnungsbusse auch im ordentlichen Strafverfahren ausgefällt werden kann, folge nicht zwingend, dass diesfalls auch die für das Ordnungsbussenverfahren vorgesehene Kostenfreiheit gelte. Die Vorinstanz verweist etwa auf den Fall eines Übertretungstäters, der aus reiner Obstruktion oder sonst ohne triftige Gründe das Ordnungsbussenverfahren ablehnt, dann aber im ordentlichen Verfahren doch in eine Ordnungsbusse verfällt wird. Ebensowenig sei das Prinzip der Kostenfreiheit anzuwenden, wenn die Polizeiorgane in Anwendung von Art. 10 Abs. 3 OBG von einer Ordnungsbusse abgesehen und den Täter verzeigt hätten in der Annahme, dass dieser wegen mehrfacher Wiederholung der Widerhandlung einer strengeren Strafe bedarf. Nach dem Verursacherprinzip sei es zulässig, in solchen Fällen dem Täter die Kosten zu auferlegen.

Im vorliegenden Fall sei die Annahme der Polizei berechtigt gewesen, das Ordnungsbussenverfahren sei ausgeschlossen, weil der Beschwerdeführer das Lichtsignal, das bereits 26 Sekunden auf rot gestanden sei, an einer unübersichtlichen Verzweigung missachtet habe.

c) Das angefochtene Urteil verletzt kein Bundesrecht. Die Frage, ob und inwieweit einem Beschuldigten Kosten auferlegt werden dürfen, ist in erster Linie eine Frage des kantonalen Verfahrensrechts. Zu prüfen ist, inwieweit sich aus dem Bundesrecht (Art. 6 Abs. 1 Satz 3 OBG, Art. 6 OBV) etwas Abweichendes ergibt. Das bundesrechtliche Prinzip der Kostenfreiheit bezieht sich offensichtlich auf das Ordnungsbussenverfahren. Dies ergibt sich zum einen aus dem Wortlaut von Art. 6 OBV, zum anderen aus der systematischen Stellung des Prinzips der Kostenfreiheit im Ordnungsbussengesetz. Art. 6 OBG bezieht sich auf das Ordnungsbussenverfahren und nicht auf den in Art. 11 OBG erwähnten Sonderfall, wonach eine Ordnungsbusse auch im ordentlichen Strafverfahren ausgefällt werden kann. Aus BGE 105 IV 136 kann nichts Abweichendes hergeleitet werden. Aus diesem Entscheid ergibt sich nur, dass das Prinzip der Kostenfreiheit gemäss Art. 6 Abs. 1 OBG anzuwenden ist, wenn ohne sachlichen Grund das ordentliche Verfahren eingeleitet wurde. Im hier zu beurteilenden Fall waren die Polizeiorgane nicht nur berechtigt, sondern sogar verpflichtet zu überprüfen, ob der Beschwerdeführer sich nicht einer schweren Verkehrsregelverletzung im Sinne von Art. 90 Ziff. 2 SVG schuldig gemacht hat, und sie durften und mussten aufgrund der ersten Verdachtsmomente davon ausgehen, dass eine Personengefährdung gegeben sein könnte, welche das Ordnungsbussenverfahren ausschliesst (Art. 2 lit. a OBG). Das Ordnungsbussenverfahren ist bereits bei erhöhter abstrakter Gefährdung von Personen ausgeschlossen (BGE 114 IV 63). Das Missachten des Rotlichts erfüllt in der Regel den qualifizierten Tatbestand von Art. 90 Ziff. 2 SVG (vgl. BGE BGE 118 IV 84); der qualifizierte Tatbestand ist insoweit nur ausnahmsweise aus subjektiven Gründen zu verneinen (vgl. BGE 118 IV 285 E. 4). Insbesondere dann, wenn der Automobilist wie der Beschwerdeführer 26 Sekunden nach Beginn der Rotlichtphase über eine Kreuzung fährt, können die Polizeiorgane aus sachlich vertretbaren Gründen davon ausgehen, dass das Ordnungsbussenverfahren aufgrund von Art. 2 lit. a OBG nicht zur Anwendung kommt. Deshalb steht es im Einklang mit dem Bundesrecht, wenn das ordentliche Verfahren durchgeführt wird. Entsprechend beurteilt sich die Kostenfrage nach dem für das ordentliche Verfahren massgeblichen kantonalen Recht und nicht nach Art. 6 Abs. 1 OBG. Dies gilt auch dann, wenn der Richter in Anwendung von Art. 11 Abs. 1 OBG im ordentlichen Strafverfahren eine Ordnungsbusse ausfällt, wozu er nach dem Wortlaut dieser Bestimmung berechtigt, aber nicht verpflichtet ist. Soweit in BGE 106 IV 205 E. 3 in fine die Auffassung vertreten worden sein sollte, eine im ordentlichen Verfahren ausgesprochene Ordnungsbusse müsse stets, auch unter den Umständen des heute zu beurteilenden Falles, kostenfrei sein, könnte daran nicht festgehalten werden.

2. (Kostenfolgen).