A. Par jugement du 29 juin 2015, le Tribunal de police de l'arrondissement de La Côte a reconnu X. coupable d'appropriation illégitime (art. 137 CP), de dommages à la propriété (art. 144 CP), de tentative de contrainte (art. 181 CP), d'infraction par négligence à la loi fédérale du 24 janvier 1991 sur la protection des eaux (LEaux; RS 814.20), de contravention à la loi vaudoise du 4 décembre 1985 sur l'aménagement du territoire et les constructions (LATC; RSV 700.11), de contravention à la loi fédérale du 7 octobre 1983 sur la protection de l'environnement (LPE; RS 814.01), de contravention à la loi forestière vaudoise du 8 mai 2012 (LVLFO; RSV 921.01), de contravention à la loi fédérale du 1^er juillet 1966 sur les épizooties (LFE; RS 916.40) et de contravention à la loi fédérale du 15 décembre 2000 sur les médicaments et dispositifs médicaux (LPTh; RS 812.21). Le Tribunal a condamné l'intéressé à une peine pécuniaire de 80 jours-amende à 1'000 fr. et à une amende de 30'000 fr., peine convertible en 30 jours de peine privative de liberté de substitution, sanction partiellement complémentaire à la peine prononcée le 13 mars 2014 par le Ministère public de l'arrondissement de Lausanne. Le sursis accordé le 13 mars 2014 a été révoqué et l'exécution de la peine prononcée ordonnée. Pour finir, le Tribunal a condamné l'intéressé à payer au canton de Vaud la somme de 20'000 fr. à titre de créance compensatrice.

B. Par jugement du 17 novembre 2015, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté aussi bien l'appel de X. que l'appel joint formé par le Ministère public.

C. X. interjette un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre ce jugement dont il demande la réforme. Il conclut à sa condamnation uniquement pour les chefs d'accusation de contraventions à la LATC, à la LVLFO, à la LFE et à la LPTh, à sa libération de tous les autres chefs d'accusation retenus dans le jugement attaqué, à sa condamnation à une peine pécuniaire de 15 jours-amende à 100 fr. et à une amende de 1'000 fr., au renoncement à la révocation du sursis accordé le 13 mars 2014 et à la libération de toute créance compensatrice à l'égard de l'Etat de Vaud. Il requiert par ailleurs l'octroi de l'effet suspensif.

Invités à se déterminer sur la question de la valeur retenue à titre de jour-amende, la Cour d'appel pénale et le Ministère public ont en substance conclu à la confirmation du jugement attaqué sur ce point. Le recourant a déposé des observations complémentaires.

Le Tribunal fédéral a partiellement admis le recours.

2. En premier lieu, le recourant conteste, pour des motifs identiques, sa condamnation pour infraction par négligence à la LEaux et pour contravention à la LPE.

2.1 Le recourant ne remet pas en cause le fait que du purin provenant du domaine agricole qu'il exploite s'est écoulé dans les eaux de la rivière "C.", polluant le cours d'eau et entraînant la mort de nombreux poissons, crevettes et insectes (art. 70 al. 1 let. a LEaux), et que des déchets ont été incinérés en plein air dans l'enceinte d'un autre de ses domaines, alors qu'ils auraient dû être évacués via les filières officielles (art. 61 let. f LPE). Il considère néanmoins qu'aucun reproche ne peut lui être adressé personnellement et, partant, critique sa condamnation en application de l'art. 6 al. 2 de la loi fédérale du 22 mars 1974 sur le droit pénal administratif (DPA; RS 313.0). La juridiction cantonale n'aurait pas démontré que des obligations résultant de sa position de garant avaient été fautivement violées.

2.2.1 Conformément à l'art. 6 DPA, applicable par analogie aux actes punissables en vertu de la LEaux et de la LPE (art. 73 LEaux et 62 al. 1 LPE), lorsqu'une infraction est commise dans la gestion d'une personne morale, d'une société en nom collectif ou en commandite, d'une entreprise individuelle ou d'une collectivité sans personnalité juridique ou de quelque autre manière dans l'exercice d'une activité pour un tiers, les dispositions pénales sont applicables aux personnes physiques qui ont commis l'acte (al. 1). Le chef d'entreprise, l'employeur, le mandant ou le représenté qui, intentionnellement ou par négligence et en violation d'une obligation juridique, omet de prévenir une infraction commise par le subordonné, le mandataire ou le représentant ou d'en supprimer les effets, tombe sous le coup des dispositions pénales applicables à l'auteur ayant agi intentionnellement ou par négligence (al. 2). Lorsque le chef d'entreprise, l'employeur, le mandant ou le représenté est une personne morale, une société en nom collectif ou en commandite, une entreprise individuelle ou une collectivité sans personnalité juridique, l'al. 2 s'applique aux organes et à leurs membres, aux associés gérants, dirigeants effectifs ou liquidateurs fautifs (al. 3).

2.2.2 La violation d'une obligation juridique au sens de l'art. 6 al. 2 DPA suppose une position de garant, soit l'existence d'une obligation juridique spécifique d'empêcher le comportement en cause en exerçant une surveillance, en donnant des instructions et en intervenant au besoin. Dans la mesure où, dans la règle, c'est au chef d'entreprise que s'adressent les normes de droit administratif, il faut admettre qu'il est juridiquement tenu d'en garantir l'application, respectivement d'en empêcher la violation (arrêt 6B_189/2009 du 20 mai 2009 consid. 3.2.3 et les références).

2.3.1 Selon les constatations du jugement de première instance, auxquelles renvoie le jugement attaqué, le recourant a toujours été très impliqué dans la gestion de son domaine et est plutôt interventionniste. C'est d'ailleurs le recourant qui, de son propre aveu, avait ordonné que le réduit annexe à la fosse à purin soit aménagé en pièce pour la traite des vaches destinées à la consommation de viande. Il a fait installer un tuyau reliant ce local à la fosse à purin, dans l'idée d'y faire évacuer le lait. Au moment de la réalisation de ce projet, il n'a pas tenu compte du fait que la fosse à purin pouvait être relativement haute et que le purin pouvait déborder dans l'autre sens par le tuyau reliant les deux espaces et s'évacuer par le collecteur d'eaux claires qui se trouvait dans le réduit en cours d'aménagement. Or, lorsque le recourant a donné l'instruction à l'un de ses employés de brasser la fosse à purin, la masse de purin est montée et s'est déversée dans le réduit par le tuyau litigieux, puis s'est écoulée dans le collecteur d'eaux claires et enfin dans la rivière. Si le recourant n'a pas agi de manière intentionnelle, il a omis de veiller à ce que ses employés prennent toutes les précautions qui s'imposaient lors de la manipulation de la fosse à purin. Au moment d'ordonner le brassage, il aurait dû demander aux employés de veiller à ce que le purin ne déborde pas et ne vienne pas souiller l'entrée de ce tuyau dont il connaissait l'existence, puisqu'il en avait conçu le plan. Il aurait également dû instruire ses employés sur le fait qu'il fallait prêter une attention particulière à la grille d'évacuation vers les eaux claires dans le réduit en cours d'aménagement.

2.3.2 S'agissant de l'incinération illicite de déchets, il a été considéré que le fait que des déchets étaient régulièrement incinérés sur le domaine ne pouvait échapper au recourant, compte tenu de sa présence régulière et de son implication dans la gestion de celui-ci. Or il n'a rien fait pour interdire cette façon de faire et veiller de manière scrupuleuse à ce que les déchets soient évacués via les filières officielles.

2.4 Le recourant ne remet pas en question les faits constatés par les autorités cantonales, mais allègue qu'il ne lui incombait aucun devoir juridique particulier. Or l'art. 6 al. 1 LEaux, selon lequel il est interdit d'introduire directement ou indirectement dans une eau des substances de nature à la polluer, et l'art. 30c al. 2 LPE, selon lequel il est interdit d'incinérer les déchets ailleurs que dans une installation (à l'exception des déchets naturels, provenant des forêts, des champs et des jardins, si leur incinération n'entraîne pas d'immissions excessives), interdisent de façon claire et non équivoque des comportements susceptibles de porter atteinte à l'environnement. C'est au recourant qu'il incombait, en sa qualité de chef d'entreprise, de veiller à ce que les dispositions précitées soient respectées. Son omission - non contestée - de prendre des mesures et de donner des instructions adéquates à son personnel suffit ainsi à engager sa responsabilité pénale. Le grief est mal fondé.

(...)

5. Le recourant conteste ensuite la valeur retenue à titre de jour-amende.

5.1 La juridiction précédente a estimé que le montant de 1'000 fr. avait été calculé par la juridiction de première instance sur des bases correctes, soit un revenu de 440'000 fr. par an et une fortune imposable de 5'136'000 francs. Les frais de logement n'avaient pas à être pris en compte, tandis que les frais professionnels et les charges d'assurance-maladie avaient été inclus dans le calcul par le biais des déductions fiscales. Dans tous les cas, le montant des revenus excédait encore de plusieurs dizaines de milliers de francs le revenu annuel de 365'000 fr. correspondant à un montant de 1'000 fr. retenu pour le jour-amende.

5.2 Le recourant reproche à la juridiction précédente de n'avoir pas tenu compte dans le cadre de la détermination du montant du jour-amende du montant de ses impôts (au moins 180'000 fr.), du fait qu'il avait encore trois enfants majeurs à charge ainsi que de ses autres frais (logement, assurances, frais d'acquisition du revenu, minimum d'existence). A son avis, le revenu net déterminant pour la fixation du montant du jour-amende ne s'élevait pas à plus de 50'000 francs.

5.3.1 Selon l'art. 34 al. 2, 2^e phrase, CP, le juge fixe le montant du jour-amende selon la situation personnelle et économique de l'auteur au moment du jugement, notamment en tenant compte de son revenu et de sa fortune, de son mode de vie, de ses obligations d'assistance, en particulier familiales, et du minimum vital.

5.3.2 Le montant du jour-amende doit être fixé en partant du revenu que l'auteur réalise en moyenne quotidiennement, quelle qu'en soit la source, car c'est la capacité économique réelle de fournir une prestation qui est déterminante. Constituent des revenus, outre ceux d'une activité lucrative dépendante ou indépendante, notamment les revenus d'une exploitation industrielle, agricole ou forestière, ainsi que les revenus de la fortune (loyers et fermages, intérêts du capital, dividendes, etc.), les contributions d'entretien de droit public ou privé, les prestations d'aide sociale ainsi que les revenus en nature. Ce qui est dû en vertu de la loi ou ce dont l'auteur ne jouit pas économiquement doit en être soustrait. Il en va ainsi des impôts courants, des cotisations à l'assurance-maladie et accidents obligatoire, ou encore des frais nécessaires d'acquisition du revenu, respectivement pour les indépendants, des frais justifiés par l'usage de la branche. Le principe du revenu net exige que seul le disponible excédant les frais d'acquisition du revenu soit pris en considération, dans les limites de l'abus de droit. L'évaluation du revenu net peut, dans la règle, être effectuée sur la base des données de la déclaration d'impôt (cf. art. 34 al. 3 CP). La notion pénale de revenu au sens de l'art. 34 al. 2 CP ne se confond cependant pas avec celle du droit fiscal, ce qui peut notamment avoir une incidence pour les indépendants, les propriétaires d'habitations ou les bénéficiaires de bourses. Si les revenus fluctuent fortement, il est nécessaire de se référer à une moyenne représentative des dernières années, sans que cela remette en cause le principe selon lequel la situation déterminante est celle existant au moment où statue le juge du fait. Cette règle ne signifie en effet rien d'autre que le tribunal doit établir de manière aussi exacte et actuelle que possible la capacité économique de l'intéressé, en tenant compte si possible de la période durant laquelle la peine pécuniaire devra être payée. Il s'ensuit que les augmentations ou les diminutions attendues du revenu doivent être prises en considération. Elles ne doivent toutefois l'être que si elles sont concrètes et imminentes (ATF 134 IV 60 consid. 6.1 p. 68; arrêt 6B_845/2009 du 11 janvier 2010 consid. 1.1.2, in SJ 2010 I p. 205).

5.3.3 La loi mentionne encore la fortune comme critère d'évaluation. Il s'agit de la substance même du patrimoine, les fruits de ce dernier constituant déjà des revenus. La mesure dans laquelle l'étendue de la fortune influence la fixation du jour-amende résulte du sens et du but de la peine pécuniaire. Celui qui subvient à ses besoins par ses revenus courants, doit s'acquitter de la peine pécuniaire au moyen de ces derniers et se laisser ainsi restreindre dans son train de vie habituel, qu'il s'agisse de revenus du travail, de la fortune ou de rentes. Qu'il y ait ou non de la fortune ne justifie de la sorte respectivement ni augmentation ni diminution de la quotité du jour-amende. La peine pécuniaire tend en effet avant tout à toucher l'auteur dans ses revenus et non dans les sources de ces derniers. On ne voit pas non plus que l'auteur, qui par ses propres moyens ou en ayant par le passé renoncé à consommer a accumulé de la fortune, doive être moins bien traité que celui qui, dans le même temps, a consommé ses revenus. La peine pécuniaire ne peut tendre à la confiscation totale ou partielle de la fortune. Cette dernière ne doit donc être prise en compte qu'à titre subsidiaire pour fixer la quotité du jour-amende, lorsque la situation patrimoniale, particulière, contraste avec un revenu comparativement faible. En d'autres termes, elle demeure significative lorsque l'auteur vit de toute façon de la substance même de sa fortune. Cette dernière constitue un élément pertinent dans la mesure où l'auteur en tire sa subsistance quotidienne (ATF 134 IV 60 consid. 6.2 p. 69; voir également arrêt 6B_83/2010 du 8 juillet 2010 consid. 5.1.3 in fine et 5.2).

5.3.4 La loi mentionne aussi spécialement d'éventuelles obligations d'assistance, familiales en particulier. La raison en est que les membres de la famille ne doivent, autant que possible, pas être affectés par la restriction apportée au train de vie. Le revenu net doit être amputé des montants dus à titre d'entretien ou d'assistance, pour autant que le condamné s'en acquitte effectivement. Le tribunal peut, dans une large mesure, se référer aux principes du droit de la famille en ce qui concerne le calcul de ces montants. D'autres charges financières ne peuvent être prises en compte que dans le cadre de la situation personnelle. Des engagements plus importants de l'auteur, préexistants et indépendants des faits (p. ex. des paiements par acomptes pour des biens de consommation), n'entrent en principe pas en ligne de compte. Si tout type d'engagement financier devait être déduit, l'auteur obéré ou tenu de s'acquitter d'acomptes ou par un leasing se verrait mieux traité que celui qui n'a pas de telles charges. En règle générale, les intérêts hypothécaires et les frais de logement ne peuvent pas être déduits. Il n'y a pas lieu non plus de prendre en considération les obligations qui sont la conséquence directe ou indirecte des faits (dommages-intérêts, tort moral, frais judiciaires, etc.). Si l'auteur a reconnu le dommage et qu'il s'acquitte déjà avant le jugement de sommes en mains du lésé, cette circonstance doit être prise en compte dans le cadre du repentir et de la réparation du dommage pour fixer le nombre des jours-amende (art. 48 let. d CP) ainsi que dans le pronostic pour l'octroi du sursis à la peine pécuniaire (art. 42 al. 1 à 3 CP). Il est exclu d'en tenir compte cumulativement lors de la fixation du montant des jours-amende. Des charges financières extraordinaires peuvent en revanche conduire à une réduction lorsqu'elles correspondent à des besoins financiers accrus résultant de la situation de l'auteur et indépendants de sa volonté (ATF 134 IV 60 consid. 6.4 p. 70; arrêt 6B_845/2009 du 11 janvier 2010 consid. 1.1.4, in SJ 2010 I p. 205).

5.4 En l'occurrence, le recourant démontre à satisfaction de droit que la juridiction précédente n'a, au moment de fixer le montant du jour-amende, pas soustrait des revenus réalisés les impôts courants dus. Contrairement à ce que soutiennent la juridiction précédente et le Ministère public, il ne se justifie pas de tenir compte de la fortune du recourant; les conditions fixées par la jurisprudence pour qu'elle soit prise en considération ne sont manifestement pas remplies, dès lors qu'il n'est pas établi que le recourant vit de la substance même de sa fortune. De même n'y a-t-il pas lieu d'examiner la prise en considération d'autres charges financières, faute pour le recourant d'établir le caractère erroné de la motivation du jugement attaqué à leur propos. Quant à l'allégation selon laquelle ses trois enfants seraient encore à sa charge, le grief, invoqué pour la première fois devant le Tribunal fédéral, est nouveau et, partant, irrecevable.

5.5 Le vice peut être corrigé directement, sans renvoi à l'autorité précédente (art. 107 al. 2 LTF). Il ressort du dossier que la charge fiscale découlant d'un revenu net de 440'000 fr. s'élève à env. 210'000 francs. Dans ces conditions, il apparaît adéquat de fixer la valeur du jour-amende à 630 francs. (...)