5. a) Selon l'art. 107 al. 1 RAI, les subventions pour frais d'exploitation sont accordées sur présentation des comptes annuels contrôlés. Les demandes de subventions doivent être présentées à l'office fédéral dans les six mois qui suivent la clôture de l'exercice annuel. Ce délai peut être prolongé sur présentation d'une demande écrite. L'inobservation du délai sans raison plausible entraîne la perte du droit à la subvention.

Pour déterminer la nature du délai fixé par cette norme, il y a lieu d'analyser la disposition qui le prévoit ainsi que les effets qu'elle attache à l'inobservation du délai. Ainsi, le délai dont la loi exclut l'interruption de façon expresse ou implicite est péremptoire (GRISEL, Traité de droit administratif, Neuchâtel 1984, p. 663). D'autre part, même en l'absence du terme de péremption, l'emploi de formules telles que "le droit s'éteint" est considéré comme déterminant (ATF 113 V 68 consid. 1b). Enfin, la finalité du délai joue un rôle: la péremption est à sa place lorsque non seulement des raisons de sécurité juridique, mais aussi des considérations de technique administrative impliquent que des rapports de droit soient définitivement stabilisés après un certain temps, sans que cette durée puisse être allongée par un acte interruptif du créancier (ATF 111 V 137 consid. 3c).

Dans le cas particulier, l'art. 107 al. 1 RAI prévoit expressément que, sauf raison plausible, l'inobservation du délai entraîne la perte du droit à la subvention. Il résulte ainsi déjà du texte que ce délai n'a pas le caractère d'un simple délai d'ordre mais qu'il s'agit d'un délai péremptoire en raison des conséquences attachées à son non-respect. Par ailleurs, selon le but visé par cette disposition, la présentation de la demande de subvention s'inscrit dans le système annuel des comptes et budgets des institutions sociales. Elle ne peut être ainsi laissée à la libre appréciation du requérant qui ne saurait être admis à présenter sa requête longtemps après la clôture des comptes; au contraire, des motifs liés à la simplification de la procédure et à son déroulement régulier, comme la nécessité pour l'Office fédéral des assurances sociales (OFAS) de fixer annuellement tant le principe que le montant des subventions allouées, justifient pleinement l'instauration d'un délai impératif pour la présentation d'une demande de subvention. A cet égard, on peut relever que, appelé à statuer sur le caractère du délai fixé à l'art. 225 al. 4 RAVS, disposition calquée selon la volonté exprimée du Conseil fédéral sur celle de l'art. 107 al. 1 RAI (RCC 1978, p. 157), le Tribunal fédéral des assurances a eu déjà l'occasion d'en retenir le caractère péremptoire (VSI 1999, p. 30 consid. 3; arrêt non publié K. du 28 février 1991).

b) La recourante a présenté à l'OFAS sa demande de subvention 1994 pour son Centre de jour C le 27 février 1997. Il n'est pas contesté qu'elle n'a pas agi dans le délai de six mois après la clôture des comptes et qu'elle n'a ainsi pas respecté le délai arrivant à échéance le 30 juin 1995. De surcroît, il est constant que la recourante n'a pas demandé en temps utile l'octroi d'un délai supplémentaire ni sollicité la restitution du délai. Enfin, la recourante ne prétend pas qu'elle aurait ignoré ce délai de six mois, dont le caractère péremptoire lui avait d'ailleurs été rappelé par l'OFAS dans sa lettre du 28 mars 1995.

c) Reste à examiner si, comme le soutient la recourante, il existe des raisons plausibles propres à justifier le non-respect du délai de six mois. A cet égard, la recourante soutient que l'OFAS l'aurait induite en erreur en l'informant, lors d'une séance du 15 décembre 1994, que l'institution ne recevrait plus de subvention à partir de 1994. Il résulte du procès-verbal de cette séance, tenu par un représentant de la recourante, qu'à propos du Centre de jour C, l'"OFAS considère C comme un service relevant des services sociaux ordinaires... Ce service ne sera donc pas pris en considération par l'OFAS mais par le canton de Fribourg et par les communes". Accusant réception du procès-verbal, l'OFAS a, par lettre du 28 mars 1995, apporté explications complémentaires et rectifications, notamment sur la notion de handicap et les conditions d'un subventionnement. On doit retenir de ces documents et des explications des parties qu'il y avait en réalité divergence de vue sur les conditions d'octroi de la subvention pour le Centre C.

En raison du caractère péremptoire du délai de l'art. 107 al. 1 RAI, par "raison plausible" on doit entendre excuse valable au sens d'un motif de restitution d'un délai échu (ATF 114 V 123). Cela signifie que le requérant doit avoir été empêché sans sa faute d'agir dans le délai et qu'aucun reproche ne peut lui être adressé pour ce retard. En revanche, une restitution de délai ne peut être accordée ensuite d'une simple ignorance de droit qui ne constitue pas un motif suffisant pour la justifier (A. BRACONI, Prescription et péremption dans l'assurance sociale, in: Droit privé et assurances sociales, Fribourg 1990, p. 232 ss). Dans le cas particulier, il est pour le moins douteux que l'existence ou non d'un droit à une prestation puisse constituer une raison valable d'agir ou de ne pas agir. Cette question peut cependant demeurer indécise dès lors que, de toute manière, le dépôt de la requête de subvention, le 27 février 1997, apparaît sans conteste tardif.

d) Selon la recourante, c'est à réception de la décision de l'OFAS du 17 juin 1996, qu'elle se serait rendue compte que le refus de principe d'un subventionnement était lié à la prétendue orientation de C et que cette appréciation comme le motif qui en découlait étaient erronés.

Or, la restitution du délai, principe général du droit, peut intervenir aux conditions de l'art. 24 al. 1 PA et 35 al. 1 OJ: empêchement non fautif de la partie ou de son mandataire; présentation d'une demande de restitution dans les dix jours à partir de la cessation de l'empêchement et accomplissement dans les dix jours de l'acte omis (GRISEL, op.cit., p. 895; ATF 108 V 110 consid. 2c; DTA 1980 p. 65 consid. 2b). Ces règles générales sont applicables lorsque, pour des motifs plausibles, le requérant a été empêché d'agir dans le délai, faute de quoi l'institution de la péremption perdrait de son sens.

Dans le cas d'espèce, un délai de plus de huit mois s'est écoulé depuis le moment où la recourante avait été, selon ses dires, en mesure de présenter sa demande de subvention. Il s'ensuit que la demande du 27 février 1997 est tardive et que le droit aux subventions 1994 pour le Centre C est périmé.