4. Sur le fond, le litige porte sur le droit de la recourante à une partie de la prestation de sortie acquise par son ex-époux pendant leur mariage.

4.1 L'art. 122 al. 1 CC dispose que lorsque l'un des époux au moins est affilié à une institution de prévoyance professionnelle et qu'aucun cas de prévoyance n'est survenu, chaque époux a droit à la moitié de la prestation de sortie de son conjoint calculée pour la durée du mariage selon les dispositions de la loi du 17 décembre 1993 sur le libre passage (LFLP; RS 831.42).

4.2 Aux termes de l'art. 22 LFLP (applicable en l'espèce dans sa nouvelle teneur selon la novelle du 26 juin 1998, en vigueur depuis le 1^er janvier 2000), en cas de divorce, les prestations de sortie acquises durant le mariage sont partagées conformément aux art. 122, 123, 141 et 142 du code civil; les art. 3 à 5 s'appliquent par analogie au montant à transférer (al. 1). Pour chaque conjoint, la prestation de sortie à partager correspond à la différence entre la prestation de sortie, augmentée des avoirs de libre passage existant éventuellement au moment du divorce, et la prestation de sortie, augmentée des avoirs de libre passage existant éventuellement au moment de la conclusion du mariage (cf. art. 24). Pour ce calcul, on ajoute à la prestation de sortie et à l'avoir de libre passage existant au moment de la conclusion du mariage les intérêts dus au moment du divorce. Les paiements en espèces effectués durant le mariage ne sont pas pris en compte (al. 2).

5.1 La recourante reproche aux premiers juges une violation de l'art. 142 al. 2 CC, en ce qu'ils auraient manqué de déterminer d'office le montant précis des avoirs de prévoyance revenant à chacun des époux. Elle soutient que pendant le mariage son ex-conjoint était affilié pour la prévoyance professionnelle plus étendue auprès d'une autre institution que la Caisse de retraite X. et que la juridiction cantonale aurait dû instruire ce point, puis tenir compte dans son calcul de la prestation de sortie accumulée auprès de cette seconde institution de prévoyance.

5.2 Sous chiffre 7 du dispositif du jugement de divorce du 25 septembre 2003, le Tribunal de première instance a ordonné le partage par moitié entre B. et A. de leurs prestations de sortie LPP accumulées pendant la durée de leur mariage, respectivement déposées auprès de Prasa Hewitt (reprise par Hewitt SA) et auprès de La Bâloise.

En exécution du partage prévu dans le jugement de divorce, le Tribunal cantonal des assurances sociales a pris des renseignements auprès de Hewitt SA et La Bâloise pour établir le montant respectif des prestations de sortie à partager. Il a par ailleurs interpellé les parties sur l'existence éventuelle d'un lien d'affiliation auprès d'une autre institution de prévoyance que celles mentionnées dans le jugement de divorce. Tandis que A. a répondu qu'elle n'avait cotisé qu'auprès de La Bâloise, B. a indiqué qu'il n'entendait pas répondre, selon ses propres termes, "pour la simple raison qu'après avoir pris contact avec le service du personnel de mon employeur, il m'a été conseillé de ne rien faire puisque vous semblez avoir les informations nécessaires pour le partage ordonné par le jugement de divorce" (courrier du 16 septembre 2005). Se fondant sur les renseignements recueillis, le Tribunal a invité Hewitt SA (recte la Caisse de retraite des employés de X. et des sociétés du Groupe) à transférer, du compte de l'intimé, la somme de 104'091 fr. 60 à La Bâloise, en faveur de la recourante, ainsi que les intérêts compensatoires déterminés au sens des considérants, calculés dès le 29 novembre 2003.

5.3 Le grief tiré de la violation de l'art. 142 al. 2 CC invoqué par la recourante soulève la question de savoir qui, du juge du divorce ou des assurances sociales, est compétent pour examiner auprès de quelle(s) institution(s) de prévoyance les conjoints se sont constitués des avoirs de prévoyance susceptibles d'être partagés en vertu de l'art. 122 al. 1 CC, une fois le jugement de divorce entré en force.

5.3.1 Dans un arrêt B 108/04 du 3 avril 2006, le Tribunal fédéral des assurances a retenu qu'il n'appartenait pas au juge des assurances sociales de modifier un jugement de divorce (entré en force) sur les points visés par l'art. 142 al. 2 CC. Lorsque l'un des époux, constatant après coup qu'il n'y avait pas eu transfert d'une prestation de sortie acquise pendant le mariage par son ex-conjoint auprès d'une précédente institution de prévoyance (non mentionnée dans le dispositif du jugement de divorce) et déposée sur un compte bloqué, demandait que le partage (par moitié) porte également sur cette prestation, il devait s'adresser au juge du divorce en requérant un complètement ou une modification de son jugement.

Dans un arrêt subséquent B 118/05 du 9 mai 2006, le Tribunal fédéral des assurances a en revanche considéré que dans le cas où il existait de sérieux indices que l'ex-conjoint avait bénéficié d'une prestation de libre passage qui n'avait pas été prise en compte dans le partage ordonné dans le jugement de divorce - dont le dispositif ordonnait le partage par moitié des avoirs de prévoyance professionnelle que les époux avaient accumulés pendant le mariage -, le juge des assurances sociales était tenu, dans la procédure de partage dont il était saisi d'office, d'instruire ce point.

5.3.2 Conformément à l'art. 142 al. 1 CC, en l'absence de convention, le juge (du divorce) fixe les proportions dans lesquelles les prestations de sortie doivent être partagées. Selon l'al. 2 de cette disposition, aussitôt après l'entrée en force de la décision relative au partage, le juge transfère d'office l'affaire au juge compétent en vertu de la loi du 17 décembre 1993 sur le libre passage (LFLP; RS 831.42). Aux termes de l'art. 142 al. 3 CC, il doit en particulier lui communiquer la décision relative au partage (ch. 1), la date du mariage et celle du divorce (ch. 2), les institutions de prévoyance professionnelle auprès desquelles les conjoints ont probablement des avoirs (ch. 3), le montant des avoirs déclarés par ces institutions (ch. 4).

5.3.3 A défaut d'accord entre les conjoints (ou de ratification de leur convention par le juge), le système prévu par le législateur pour le partage des prestations de sortie en cas de divorce au sens des art. 122 al. 1 et 142 CC implique l'intervention et la compétence successives du juge de divorce et du juge des assurances sociales.

Il appartient tout d'abord au juge du divorce de régler le sort de la prévoyance professionnelle des époux. Il lui incombe d'examiner si les conjoints disposent d'un droit à une prestation de sortie à l'égard d'une institution de prévoyance, l'application de l'art. 122 al. 1 CC présupposant qu'un époux (au moins) dispose d'un tel droit (ATF 130 III 297 consid. 3.3 p. 299). Si tel est le cas, il doit fixer les proportions dans lesquelles les prestations de sortie doivent être partagées (art. 142 al. 1 CC). Il n'a en revanche pas le pouvoir de déterminer quel montant exact doit être transféré par l'institution de prévoyance de l'un des conjoints puisque le jugement de divorce ne peut pas définir de manière obligatoire la situation juridique entre les conjoints et l'institution de prévoyance, celle-ci n'étant pas partie à la procédure de divorce (ATF 128 V 41 consid. 2c p. 46).

Une fois le jugement de divorce (ou la décision relative au partage) entré en force, le juge civil transmet d'office l'affaire au juge des assurances sociales et lui communique, outre sa décision sur la clé de répartition des prestations de prévoyance, les dates de la conclusion et de la dissolution du mariage, les documents qui permettent de déterminer auprès de quelles institutions de prévoyance les conjoints ont, apparemment, des avoirs et quel en est leur montant présumé. L'exécution du partage des prestations de sortie est ensuite du ressort du juge des assurances sociales (art. 25a al. 1 LFLP). Celui-ci doit examiner les aspects nécessaires pour le partage des prestations de sortie, telle l'étendue des prestations de sortie dont peuvent se prévaloir les conjoints à l'égard des institutions de prévoyance professionnelle, calculer le montant à partager et décider quelle institution de prévoyance devra verser celui-ci. Tandis que les proportions dans lesquelles les prestations de sortie doivent être partagées (art. 142 al. 1 et al. 3 ch. 1 CC) lient le juge des assurances sociales (voir aussi l'art. 25a al. 1 LFLP), les informations sur les institutions de prévoyance susceptibles de détenir des avoirs de prévoyance et les montants approximatifs de ceux-ci n'ont en revanche pas de caractère contraignant pour le juge (Message du Conseil fédéral du 15 novembre 1995 concernant la révision du code civil suisse, FF 1996 I 1 ss, p. 114; cf. aussi SUTTER/ FREIBURGHAUS, Kommentar zum neuen Scheidungsrecht, n. 76 ad art. 122/141-142 CC, p. 225; SCHNEIDER/BRUCHEZ, La prévoyance professionnelle et le divorce, in: Le nouveau droit du divorce, Lausanne 2000, p. 251; BAUMANN/LAUTERBURG, in: Schwenzer [édit.], Praxiskommentar Scheidungsrecht, Bâle 2000, n. 21 ad art. 142 CC). Dans la mesure où l'arrêt B 108/04 du 3 avril 2006 - qui se réfère à cet égard à un arrêt portant sur la situation dans laquelle le juge du divorce (suisse ou étranger) ne s'était pas prononcé sur le partage des prestations (arrêt B 45/00 du 2 février 2004, résumé dans RSAS 2004 p. 464) - pourrait laisser croire le contraire, il ne peut être suivi.

5.3.4 Il résulte du système prévu par le législateur à l'art. 142 CC en relation avec l'art. 122 al. 1 CC et l'art. 25a LFLP que si le juge du divorce est seul compétent pour fixer les proportions dans lesquelles les prestations de sortie des conjoints doivent être partagées, il appartient au juge des assurances sociales d'établir les prétentions dont peuvent se prévaloir ceux-ci à l'encontre des institutions de prévoyance. Cela implique de déterminer précisément les rapports de prévoyance en cause et, partant les institutions de prévoyance concernées, ainsi que le montant des avoirs de prévoyance soumis au partage ordonné par le juge du divorce. Par conséquent, l'examen préalable du juge civil du droit des ex-conjoints à des prestations de sortie ne limite pas la compétence du juge des assurances sociales de déterminer auprès de quelles institutions de prévoyance les ex-époux se sont constitués des avoirs de prévoyance. S'il dispose de sérieux indices que l'un ou l'autre des conjoints a droit à des expectatives de prévoyance qui n'ont pas été prises en compte par le juge du divorce lorsque celui-ci a fixé la clé de répartition du partage au sens de l'art. 122 CC, le juge administratif doit instruire ce point. Il exécutera ensuite le partage prévu avec, cas échéant, des prestations plus importantes que celles prises en considération dans la procédure de divorce. La solution retenue dans l'arrêt B 118/05 du 9 mai 2006 précité, qui s'écarte de celle prévue dans l'arrêt B 108/04 du 3 avril 2006 précité, doit donc être confirmée.

5.4 En l'espèce, la juridiction cantonale a certes interpellé les ex-conjoints sur l'existence d'autres rapports de prévoyance que ceux pris en compte par le juge du divorce. L'ex-époux n'a cependant pas répondu de manière claire à cette question, évitant de confirmer ou nier être affilié à une autre institution de prévoyance que la Caisse de retraite des employés de X. et des sociétés du Groupe. Compte tenu de cette réponse évasive et de la position professionnelle de B. - dont l'employeur affilie apparemment une certaine catégorie de ses employés également auprès de la Fondation de prévoyance complémentaire de X. et des sociétés du groupe -, il incombait aux premiers juges de se renseigner plus précisément auprès de l'intimé ou de son employeur sur ce point.

Il convient dès lors de renvoyer la cause à la juridiction cantonale pour qu'elle complète l'instruction et statue à nouveau.