Aus dem Sachverhalt:

A.- Die Genossenschaft Migros Bern (nachfolgend Migros) unterhält in der Moosmatte in der Gemeinde Moosseedorf eine Betriebszentrale mit einem Verkaufsgeschäft. Sie beabsichtigt, daneben ein Einkaufszentrum mit rund 12 000 m2 Verkaufsfläche und einer Parkfläche für rund 1200 Motorfahrzeuge zu errichten. Der für das Einkaufszentrum in Aussicht genommene Standort liegt rund 300 m von der Bahnlinie der Solothurn-Zollikofen-Bern-Bahn (SZB) entfernt. Jenseits der Bahnlinie verläuft die Staatsstrasse Bern-Zürich. Als Zufahrt zum Einkaufszentrum soll die neue Industriestrasse dienen, die bereits die Betriebszentrale erschliesst und an deren Kosten die Migros seinerzeit Fr. 1,2 Mio beigetragen hat. Sie zweigt beim Knotenpunkt Moosmatte von der Staatsstrasse Bern-Zürich ab und überquert die Geleiseanlagen der SZB. Der Bahnübergang ist mit einer Strassenlichtsignalanlage gesichert, die der Bahn Priorität einräumt. Das Eidg. Amt für Verkehr (EAV) hat am 17. Dezember 1970 als Eisenbahnaufsichtsbehörde die Pläne der SZB für diesen neuen Übergang genehmigt, sich aber die Anordnung zusätzlicher Sicherungsmassnahmen vorbehalten für den Fall, dass wegen einer allgemeinen Verkehrszunahme oder verkehrsintensiver Überbauung in diesem Gebiete der Knotenpunkt Moosmatte oder andere Niveauübergänge überlastet würden. Die Industriestrasse kann von der Staatsstrasse her über drei weitere Bahnübergänge ("Zybelegässli", "Utiger" und "Nasse Gasse") erreicht werden. Zwei davon sind mit Blinklichtsignalen, der dritte nur mit einem Andreaskreuz gesichert. Die vier die Bahnlinie kreuzenden Strassen stehen im Eigentum der Gemeinde Moosseedorf bzw. des Kantons Bern.

Mit Eingaben vom 19. September und 12. Oktober 1970 beantragte die SZB dem EAV, das Bauvorhaben der Migros dem Plangenehmigungsverfahren nach Art. 18 EBG zu unterstellen, da die damit verbundene Zunahme des Strassenverkehrs den Bahnbetrieb gefährde. Das EAV gab dem Begehren am 7. August 1971 statt und verfügte, über die zur Wahrung der Sicherheit der SZB und ihres Betriebes zu treffenden Massnahmen sei im Eisenbahnplangenehmigungsverfahren zu entscheiden; dieses Verfahren gehe dem gleichzeitig laufenden kantonalen Baubewilligungsverfahren vor. Am 23. August 1971 bestätigte es diese Verfügung gegenüber der Migros. Der Regierungsstatthalter des Amtsbezirkes Fraubrunnen erteilte der Migros indessen am 22. September 1971 die nachgesuchte Baubewilligung. Eine Beschwerde der SZB wies der Regierungsrat des Kantons Bern am 5. April 1972 ab, soweit er darauf eintrat. Er hielt dafür, die bestehenden Niveauübergänge vermöchten der zu erwartenden Verkehrszunahme zu genügen. Sollte sich der Ausbau oder eine Neugestaltung aufdrängen, so sei es Sache der Bahnunternehmung oder der Strasseneigentümer, diese zu beantragen und durchzuführen. Im kantonalen Baubewilligungsverfahren sei die SZB nicht legitimiert, die angeblich mangelhafte Zufahrt zum Migroszentrum zu rügen.

B.- Auf Beschwerde der Migros hin hob das Eidg. Verkehrs- und Energiewirtschaftsdepartement (EVED) am 6. April 1972 die Verfügungen des EAV auf.

C.- Mit der vorliegenden Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragt die SZB, die Verfügungen des Departementes unter Kostenfolge aufzuheben und festzustellen, dass das Bauvorhaben der Migros auf Errichtung eines MMM-Einkaufszentrums in Moosseedorf dem bundesrechtlichen Eisenbahnplangenehmigungsverfahren unterliege. Sie macht Verletzung von Bundesrecht - insbesondere von Art. 18 EBG - einschliesslich Überschreitung und Missbrauch des Ermessens, unrichtige und unvollständige Feststellung des Sachverhaltes sowie Unangemessenheit geltend.

D.- Das EVED und die Migros beantragen Abweisung der Beschwerde.

1. a) Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht ist zulässig gegen Verfügungen im Sinne von Art. 5 VwG (Art. 97 Abs. 1 OG), die von einer der in Art. 98 OG aufgezählten Instanzen stammen und unter keine der Ausnahmebestimmungen von Art. 99-102 OG fallen. Die beiden ersten dieser drei Voraussetzungen sind im vorliegenden Falle offensichtlich erfüllt: der angefochtene Entscheid ist eine Verfügung im Sinne von Art. 5 VwG und stammt von einem Departement des Bundesrates (Art. 98 lit. b OG). Zu prüfen bleibt lediglich, ob er unter eine der Ausnahmebestimmungen fällt. Unzulässig ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde insbesondere gegen Verfügungen über Pläne (Art. 99 lit. c OG) und gegen die Erteilung oder Verweigerung von Bau- oder Betriebsbewilligungen für technische Anlagen oder für Fahrzeuge (Art. 99 lit. e OG). Gegenstand des angefochtenen Entscheides ist nun aber weder die Frage, ob das projektierte Einkaufszentrum errichtet werden darf, noch die Frage, ob die Pläne dazu bestimmten Anforderungen genügen; entschieden wurde darin einzig, ob das Bauvorhaben dem eisenbahnrechtlichen Plangenehmigungsverfahren unterliegt. Somit trifft hier keine der zitierten Bestimmungen zu. Da auch kein anderer Ausschlussgrund vorliegt, ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde zulässig. Die SZB ist unbestrittenermassen zur Beschwerdeführung legitimiert (Art. 103 lit. a OG). Auch ihr Interesse an der Feststellung, dass das Bauvorhaben der Migros dem eisenbahnrechtlichen Plangenehmigungsverfahren unterliegt, ist zu bejahen.

b) Art. 104 lit. c OG lässt die Rüge der Unangemessenheit abgesehen von zwei hier nicht interessierenden Fällen nur zu, wo sie das Bundesrecht ausdrücklich vorsieht (BGE 98 I/b 3). Für den vorliegenden Fall fehlt eine entsprechende bundesrechtliche Bestimmung. Auf die Beschwerde ist deshalb nur soweit einzutreten, als sie die Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung und Missbrauch von Ermessen sowie die unrichtige und unvollständige Sachverhaltsfeststellung zum Gegenstande hat.

3. a) Art. 18 Abs. 1 EBG verlangt die eisenbahnrechtliche Plangenehmigung für Bauvorhaben Dritter, welche dem Bahnbetrieb dienende Grundstücke beanspruchen oder die Sicherheit der Bahn und ihres Betriebes oder den Ausbau von Bahnanlagen beeinträchtigen können. Hier fragt sich unbestrittenermassen einzig, ob das Bauvorhaben der Migros ein Bauvorhaben Dritter im Sinne von Art. 18 Abs. 1 EBG darstellt, das die Sicherheit der Bahn und ihres Betriebes beeinträchtigen kann und aus diesem Grunde dem eisenbahnrechtlichen Plangenehmigungsverfahren unterliegt. Das Bauvorhaben der Migros kann, was von keiner Seite bestritten wird, die SZB und ihren Betrieb höchstens mittelbar, nämlich durch Verursachung einer erheblichen Zunahme des Strassenverkehrs auf den Niveauübergängen, beeinträchtigen. Es wirkt sich nicht unmittelbar auf den Bahnbetrieb aus. Die Beschwerdeführerin erwartet vom eisenbahnrechtlichen Plangenehmigungsverfahren denn auch nicht irgendwelche Änderung an den Bauplänen für das Einkaufszentrum. Hingegen will sie, dass im Zusammenhang mit dem Bau weitere Sicherheitsmassnahmen getroffen werden. Wann ein Bauvorhaben Dritter die Sicherheit der Bahn und ihres Betriebs beeinträchtigen kann, bestimmt das Gesetz nicht näher. Zur Umschreibung der Voraussetzungen des Plangenehmigungsverfahrens verwendet es somit einen unbestimmten Rechtsbegriff, der ausgelegt werden muss. Die Auslegung eines unbestimmten Rechtsbegriffs ist als Beantwortung einer Rechtsfrage von der Ermessensbetätigung zu trennen. Bei der Überprüfung der Anwendung von unbestimmten Rechtsbegriffen auf den Einzelfall legt sich das Bundesgericht ausserdem in der Regel eine gewisse Zurückhaltung auf (vgl. BGE 96 I 373 E. 4).

Hier fragt sich zunächst, ob nicht, wie die Vorinstanz offenbar annimmt, gemäss Art. 18 Abs. 1 EBG nur Bauvorhaben, die den Bahnverkehr direkt zu beeinflussen vermögen, dem Plangenehmigungsverfahren unterliegen. Der Entscheid in dieser Frage ist durch die Vorbehalte in der Plangenehmigungsverfügung des EAV vom 17. Dezember 1970 betreffend den Übergang Moosmatte in keiner Weise präjudiziert. Es bedarf keiner weiteren Erörterungen, dass auch das EVED nicht an die Vorbehalte des ihm untergeordneten EAV gebunden war.

b) Sowohl die Ansicht der Vorinstanz als auch die ihr entgegengesetzte Auffassung der Beschwerdeführerin vertragen sich mit dem Wortlaut von Art. 18 Abs. 1 EBG. Ein Vergleich der deutschen mit der französischen und der italienischen Fassung dieser Bestimmung gibt keinen näheren Aufschluss. Auch aus der Systematik des Gesetzes lässt sich nicht erkennen, welche der beiden Lösungen dem Sinne der fraglichen Vorschrift entspricht. So kann insbesondere weder aus Art. 21 noch aus Art. 19 EBG wesentliches für die Auslegung des zweiten Satzes von Art. 18 Abs. 1 EBG gewonnen werden. Art. 21 EBG richtet sich gegen aktuelle, Art. 18 Abs. 1 EBG gegen virtuelle Beeinträchtigungen der Sicherheit des Bahnbetriebs. Art. 19 EBG erscheint als Ausführungsvorschrift zu Art. 18 und ist demnach von dessen Auslegung abhängig. Auch Art. 24 und 26 Abs. 2 EBG geben keine klaren Hinweise auf den Sinn von Art. 18 Abs. 1 EBG. Wohl regeln diese beiden Vorschriften Fragen im Zusammenhang mit Kreuzungen zwischen Bahn und öffentlicher Strasse. Sie bewahren aber ihren Sinn, gleichgültig welche Auslegung von Art. 18 Abs. 1 EBG als richtig erkannt wird.

c) Für die Auslegung, die die Vorinstanz Art. 18 Abs. 1 EBG gibt, spricht die Entstehungsgeschichte dieser Vorschrift. Allerdings lässt auch sie keinen sicheren Schluss zu.

Art. 21 des ersten Vorentwurfs des EAV vom Mai 1950 lautete:

"Der gleichen Genehmigung bedürfen Abweichungen von genehmigten Plänen, ferner Bauvorhaben Dritter, welche Bahngebiet beanspruchen oder eine technische Verbindung mit Bahnanlagen bewirken."

Der Motivenbericht dazu führt aus:

"Art. 21 Abs. 1 entspricht dem bisherigen Plangenehmigungsrecht mit Betonung der Sicherheit des Bahnbetriebes gegenüber Bauvorhaben Dritter auf Bahngebiet."

Die Einschränkung der Bestimmung auf eine technische Verbindung der Bauvorhaben Dritter mit den Bahnanlagen wurde im Entwurf des Bundesrates fallen gelassen, ohne dass den zur Verfügung stehenden Materialien der Grund dafür entnommen werden kann. Der Bundesrat erklärt in seiner Botschaft (BBl 1956 I 242), dem eisenbahnrechtlichen Plangenehmigungsverfahren unterständen auch Bauvorhaben Dritter, "welche Grundstücke, die dem Bahnbetrieb dienen, beanspruchen, die Sicherheit der Bahnanlagen oder des Bahnbetriebes oder den Ausbau der Bahnanlagen beeinträchtigen könnten". Zur Begründung der Notwendigkeit dieser Bestimmung verweist er auf Erfahrungen und auf Art. 19 (nunmehr Art. 21). Ausserdem zieht er eine Parallele zu Art. 43 des Luftfahrtgesetzes vom 21. Dezember 1948. Zu Art. 19 seines Entwurfs führt er aus, immer häufiger drohe die Sicherheit der Bahnanlagen und ihres Betriebes durch Bau- und andere Arbeiten sowie durch die gewerbliche Betätigung Dritter beeinträchtigt zu werden. Als Beispiele führt er Grabarbeiten in der Nähe der Bahn und die Ausbeutung von Steinbrüchen an.

Den Protokollen über die Beratungen in den Kommissionen der eidg. Räte und die Behandlung der Vorlage in den Räten selbst sind keine wesentlichen weiteren Hinweise zu entnehmen. Wegen des bereits erwähnten engen Zusammenhangs zwischen Art. 18 und Art. 21 EBG kommt jedoch den im Zusammenhang mit Art. 21 (Art. 19 des Entwurfs) erwähnten Beispielen auch für die Auslegung von Art. 18 eine gewisse Bedeutung zu. Diese Beispiele betreffen ausschliesslich Vorkehren Dritter, welche sich direkt auf die Bahnanlagen und den Bahnverkehr auswirken können (Protokolle der Kommission des StR S. 72; NR S. 35; Sten Bull 1957 NR S. 717 ff., StR S. 151 ff.). In die gleiche Richtung deutet der in den Vorarbeiten verschiedentlich anzutreffende Hinweis auf die entsprechenden Bestimmungen des Luftfahrtgesetzes vom 21. Dezember 1948. Nach Art. 43 dieses Gesetzes kann der Bundesrat durch Verordnung vorschreiben, dass Bauten und andere Anlagen in einem bestimmten Umkreis von Flugplätzen oder Flugsicherungseinrichtungen oder in einem bestimmten Abstand von Flugwegen nur errichtet werden dürfen, wenn sie die Sicherheit der Luftfahrt nicht beeinträchtigen und die Pläne zuvor vom Eidg. Luftamt genehmigt worden sind. Diese Bestimmung erlaubt es zwar, auch Bauten zu untersagen, die sich nicht in der Nähe eines Flugplatzes oder von Flugsicherungsanlagen befinden. Aber sie setzt voraus, dass die Flugsicherheit durch die Baute als solche bedroht wird.

d) Art. 18 Abs. 1 EBG ermöglicht, drohende Beeinträchtigungen der Bahn und ihres Betriebs vorbeugend abzuwehren. Die Wahrung der Sicherheit des Bahnverkehrs ist Hauptzweck dieser Bestimmung. Dieser Zweck ist bei der Auslegung gebührend zu berücksichtigen. Er besagt aber aus sich allein nicht, in welchem Umfange Vorhaben Dritter dem Genehmigungsverfahren zu unterwerfen sind, deckt er doch nicht schlechthin alle Mittel, mit denen er erreicht werden kann. Nur aus dem ganzen Zweckzusammenhang des Eisenbahngesetzes ergibt sich der eigentliche Sinn der Vorschrift in Bezug auf den vorliegenden Fall. Der Sicherheit des Bahnverkehrs würde es zwar dienen, auch Bauvorhaben Dritter, welche sich nur mittelbar auf die Bahn und ihren Betrieb auswirken, dem eisenbahnrechtlichen Plangenehmigungsverfahren zu unterwerfen. Vernünftigerweise kann dies aber nicht der Sinn der fraglichen Vorschrift sein, würde doch damit in Anbetracht der Dichte des schweizerischen Eisenbahnnetzes und der grossen Zahl von Niveauübergängen der Entscheid über die Ausführung insbesondere grösserer Bauvorhaben in weiten Teilen der Schweiz der Eisenbahnaufsichtsbehörde übertragen. Nichts lässt den Schluss zu, dass das Eisenbahngesetz der Aufsichtsbehörde diese zentrale Stellung im schweizerischen Bauwesen einräumen will. Das Eisenbahngesetz ist, wie sich schon aus seiner Verfassungsgrundlage (Art. 26 BV) ergibt, kein Instrument der Landesplanung. Damit bestätigt sich aber die Richtigkeit der von der Vorinstanz vertretenen Auffassung, wonach nur Bauvorhaben, die als solche die Bahn und ihren Betrieb beeinträchtigen können, dem eisenbahnrechtlichen Plangenehmigungsverfahren unterliegen. Der Eingriff in die kantonalen Bauvorschriften hält sich damit in verhältnismässig engen Grenzen, ohne dass allerdings deswegen die Sicherheit des Bahnverkehrs vernachlässigt würde. Die Fragen, die sich aus einer Verkehrszunahme auf höhengleichen Kreuzungen öffentlicher Strassen mit Bahnanlagen ergeben, sind nach Art. 24 ff. EBG zu lösen. Danach kann die Bahnunternehmung bei drohender Beeinträchtigung des Bahnverkehrs durch Zunahme des Strassenverkehrs auf Niveauübergängen die Anpassung der betreffenden Übergänge an die neuen Verhältnisse verlangen. Die Kosten der wegen Zunahme des Strassenverkehrs notwendigen Änderung eines Niveauübergangs trägt nach Art. 26 Abs. 2 EBG der Strasseneigentümer. Inwieweit er dafür auf Dritte zurückgreifen kann, braucht hier nicht geprüft zu werden.

Der Bahnunternehmung steht es somit nicht zu, das Verkehrsvolumen auf einer öffentlichen Strasse, die sich höhengleich mit Bahnanlagen kreuzt, auf dem Wege über das eisenbahnrechtliche Plangenehmigungsverfahren für Bauvorhaben Dritter zu beeinflussen, es sei denn, das Bauvorhaben eines Dritten könne selbst unmittelbar die technische Sicherheit des Bahnverkehrs beeinträchtigen. Die Beschwerde erweist sich damit als unbegründet.