Die BRAG Tankschiffahrt A.-G. in Basel liess in der Bundesrepublik Deutschland zwei Tankschiffe für den Verkehr auf dem Rhein bauen. Die deutsche Behörde machte die Genehmigung der Ausfuhr davon abhängig, dass eine "Endverbleibsbescheinigung" der zuständigen schweizerischen Amtsstelle beigebracht werde. Normalerweise werden solche Bescheinigungen in der Form von Einfuhrzertifikaten gemäss BRB Nr. 2 über die Überwachung der Einfuhr vom 30. Januar 1951 (AS 1951, 45) ausgestellt. Das dafür übliche Formular kam jedoch hier nicht in Betracht, weil darin von der Einfuhr in das schweizerische Zollgebiet die Rede ist, die von schweizerischen Unternehmungen eingeführten Rheinschiffe aber zolltechnisch im Ausland bleiben und lediglich in das kantonale Schiffsregister eingetragen werden. Die Sektion für Ein- und Ausfuhr des eidg. Volkswirtschaftsdepartements stellte deshalb auf Ersuchen der BRAG, nachdem diese eine entsprechende Verpflichtung unterzeichnet hatte, am 26. Juli 1954 ein besonderes Dokument aus, worin sie unter dem Titel "Erklärung (an Stelle des üblichen blauen Einfuhrzertifikates)" bescheinigte, dass die zwei Tankschiffe in das kantonale Schiffsregister in Basel eingetragen und nicht ohne Zustimmung der Sektion ins Ausland verkauft würden. Dieses Dokument wurde der zuständigen deutschen Behörde zugestellt, worauf sie die Exportgenehmigung erteilte.

Hierauf verlangte die Sektion für Ein- und Ausfuhr von der BRAG gestützt auf Art. 2 des BRB Nr. 3 über die Überwachung der Einfuhr vom 15. Mai 1951 (AS 1951, 463) eine Gebühr von Fr. 1800.-- (1 é des Warenwertes). In der Folge ermässigte sie die Forderung auf Fr. 950.--, nachdem die Handelsabteilung des eidg. Volkswirtschaftsdepartements die Gebührenansätze für Einfuhrzertifikate herabgesetzt hatte. Die Beschwerde der BRAG gegen die Belastung mit einer Gebühr wurde zunächst von der Handelsabteilung und am 30. November 1955 auch vom Volkswirtschaftsdepartement abgewiesen, im wesentlichen mit der Begründung, die Erklärung vom 26. Juli 1954 erfülle die gleiche Funktion wie ein Einfuhrzertifikat und sei deshalb auch hinsichtlich der Gebühr einem solchen gleichzustellen.

Mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragt die BRAG, der Entscheid des Departements und die Gebühr von Fr. 950.-- seien aufzuheben; eventuell sei höchstens eine Kanzleigebühr von Fr. 2.- festzusetzen oder dann die beanstandete Wertgebühr wesentlich zu ermässigen.

Es wird geltend gemacht, die bestrittene Forderung sei rechtswidrig. Man habe es weder mit einer Einfuhrbewilligung noch mit einem Einfuhrzertifikat zu tun. Die für Einfuhrzertifikate geltende Gebührenordnung dürfe hier nicht analog angewendet werden. Zudem entbehre sie der gesetzlichen Grundlage; denn der BB über wirtschaftliche Massnahmen gegenüber dem Ausland vom 14. Oktober 1933 (BS 10, 539), auf dem die BRB Nr. 2 und 3 über die Überwachung der Einfuhr beruhen, gestatte die Erhebung von Gebühren nur für Einfuhrbewilligungen, nicht auch für andere Dokumente.

Die geforderte Gebühr stehe in keinem Verhältnis zu der effektiven Tätigkeit der Verwaltung; sie sei eine verkappte Steuer. Der BRB Nr. 2 habe nur eine Kanzleigebühr von Fr. 2.- vorgesehen. Es sei nicht einzusehen, weshalb nun eine hohe Wertgebühr entrichtet werden müsse. Die Sektion für Ein- und Ausfuhr habe ihr Tätigwerden selbst nur mit einer Kanzleitaxe von Fr. 10.- eingeschätzt, falls deutscherseits auf die "Erklärung" verzichtet würde. Der BRB Nr. 3 gebe der Handelsabteilung die Möglichkeit, die Gebühr herabzusetzen, wenn wichtige Gründe vorlägen; davon hätte hier, wo der vollen Gebühr jede Legalität abgehe, auf jeden Fall Gebrauch gemacht werden müssen.

Der angefochtene Entscheid verstosse auch gegen die internationale Ordnung, welche die Freiheit der Rheinschiffahrt gewährleiste (Mannheimer Akte von 1868, Modus vivendi vom 4. Mai 1936 und revidierte Rheinschifffahrtsakte).

Die BRAG hat gleichzeitig Beschwerde beim Bundesrat erhoben. Im Meinungsaustausch sind Bundesrat und Bundesgericht zur Auffassung gelangt, dass dieses zuständig sei.

Das eidg. Volkswirtschaftsdepartement schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Es führt unter anderm aus, der BRB Nr. 2 bestimme in Art. 2, dass die Verordnung über die Warenein- und -ausfuhr vom 12. Mai 1950 (AS 1950, 403) sinngemäss anzuwenden sei. Art. 7 der Verordnung, wonach für die Erhebung von Gebühren bei der Erteilung von Bewilligungen die besonderen Vorschriften des Bundesrates massgebend sind, gelte daher auch für Einfuhrzertifikate. Die "besondere Vorschrift" sei Art. 3 des BRB Nr. 2 in der durch Art. 2 des BRB Nr. 3 abgeänderten Fassung, welche die Wertgebühr vorsehe. Nach Art. 1 Abs. 2 des BRB Nr. 2 könnten zu dem dort genannten Zweck "insbesondere Einfuhrzertifikate ausgestellt werden"; daraus ergebe sich, dass dafür auch andere Bescheinigungen verabfolgt werden könnten. Somit sei auch für diese die für Einfuhrzertifikate vorgesehene Gebühr zu erheben.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:

1.- Die Beschwerde richtet sich gegen einen Entscheid über eine bundesrechtliche Abgabe. Es wird geltend gemacht, er verletze Bundesrecht. Dafür steht nach Art. 97 Abs. 1 und Art. 104 Abs. 1 OG die Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht offen. Alle erhobenen Rügen fallen in die Zuständigkeit des Bundesgerichts, so dass nach Art. 126 lit. a OG die Beschwerde an den Bundesrat unzulässig ist.

2.- Das Einfuhrzertifikat im Sinne der BRB Nr. 2 und 3 über die Überwachung der Einfuhr vom 30. Januar und 15. Mai 1951 ist eine Bescheinigung der zuständigen schweizerischen Behörde, dass sich der Importinteressent verpflichtet hat, die in Frage stehende Ware unverzüglich in die Schweiz einzuführen und nicht ohne Zustimmung der Behörde wieder auszuführen; es wird erteilt, um die Einfuhr von Waren sicherzustellen, die vom Lieferstaat nur unter der Bedingung zur Ausfuhr freigegeben werden, dass eine Wiederausfuhr aus der Schweiz nicht zugelassen wird. Genau die gleiche Funktion hatte die Erklärung, welche im vorliegenden Fall von der Sektion für Ein- und Ausfuhr am 26. Juli 1954 ausgestellt wurde; sie war die von der deutschen Behörde als Voraussetzung der Exportgenehmigung verlangte "Endverbleibsbescheinigung", als welche sonst das schweizerische Einfuhrzertifikat dient. Das für die Ausstellung dieses Zertifikates übliche Formular konnte hier nur deshalb nicht verwendet werden, weil darin - wie Art. 1 Abs. 2 BRB Nr. 2 vorsieht - die Verpflichtung zur Einfuhr in das schweizerische Zollgebiet bescheinigt wird, die von schweizerischen Firmen eingeführten Rheinschiffe aber zollrechtlich im Ausland bleiben. Für die deutsche Exportgenehmigung war jedoch die Zusicherung der Einfuhr in das schweizerische Zollgebiet nicht erforderlich; die deutsche Behörde begnügte sich mit der Bescheinigung, dass die BRAG sich verpflichtet hatte, die Schiffe im Basler Schiffsregister eintragen zu lassen und nicht ohne Zustimmung der Sektion für Ein- und Ausfuhr ins Ausland zu verkaufen. Für den Zweck, auf den es ankam, war die zollrechtliche Behandlung nicht entscheidend; die Hauptsache war, dass die Schiffe der Verwendung in der bzw. für die Schweiz zugeführt wurden und ihre Ausfuhr aus diesem Lande ausgeschlossen wurde; im Hinblick darauf wurde anstelle der zolltechnischen Einfuhr in die Schweiz die Eintragung im kantonalen Schiffsregister zugesichert. Wird von der nebensächlichen zolltechnischen Seite abgesehen und auf das eigentliche Wesen des Einfuhrzertifikates abgestellt, so kann auch in dieser Zusicherung eine Garantie der Einfuhr und in der hier ausgestellten Bescheinigung eine von der sonst üblichen abweichende Form des Einfuhrzertifikates erblickt werden. Diese Auffassung kommt denn auch in dem Titel "Erklärung (an Stelle des üblichen blauen Einfuhrzertifikates)" zum Ausdruck. Die Behandlung des umstrittenen Dokuments als Einfuhrzertifikat lässt sich auf eine ausdehnende Auslegung dieses Begriffes gründen.

Sie ist aber auch nicht zu beanstanden, wenn angenommen wird, die Bestimmungen über das Einfuhrzertifikat erfassten nur die zolltechnische Einfuhr in die Schweiz. Dann ist der Fall der Rheinschiffe, die ausserhalb des schweizerischen Zollgebietes bleiben, nicht geordnet, aber jene Regelung analog darauf anwendbar. Die Analogie, die Anwendung eines Rechtssatzes auf einen Tatbestand, der nicht geregelt ist, aber unter den jenen Satz bestimmenden Grundgedanken fällt, ist im öffentlichen Recht nicht schlechterdings ausgeschlossen, sondern nur dort, wo ausdrücklich oder kraft anerkannter allgemeiner Grundsätze eine gesetzliche Grundlage erfordert wird wie z.B. nach dem Prinzip "nulla poena sine lege". Hier ist sie statthaft, soweit es um die Tragweite der vom Bundesrat erlassenen Bestimmungen über das Einfuhrzertifikat geht. Ist der vorliegende Fall in ihnen nicht geregelt, so rechtfertigt es sich doch, sie auf ihn analog anzuwenden; denn der Grundgedanke, auf dem sie beruhen, trifft auch für ihn zu, da eine Bescheinigung, wie sie hier ausgestellt wurde, die gleiche Funktion wie das übliche Einfuhrzertifikat hat. Die "Erklärung" der Sektion für Ein- und Ausfuhr vom 26. Juli 1954 ist daher mit Recht - auch bezüglich der Erhebung einer Gebühr - einem Einfuhrzertifikat gleichgestellt worden.

3.- Die Beschwerdeführerin macht indessen geltend, die BRB Nr. 2 und 3, welche für Einfuhrzertifikate Gebühren vorsehen, entbehrten insoweit der gesetzlichen Grundlage. Das Departement ist im angefochtenen Entscheid auf diese Rüge nicht eingetreten, weil es an jene Beschlüsse gebunden sei. Für das Bundesgericht ist nach Art. 113 Abs. 3 und Art. 114 bis Abs. 3 BV wohl der BB über wirtschaftliche Massnahmen gegenüber dem Ausland vom 14. Oktober 1933 massgebend, aber nicht ohne weiteres auch die Ordnung jener auf ihn sich stützenden Bundesratsbeschlüsse; soweit diese einer gesetzlichen Grundlage bedürfen, hat es sie auf deren Vorhandensein zu überprüfen. In seiner Vernehmlassung beruft sich das Departement auf Art. 2 des BRB Nr. 2, wonach die Verordnung über die Warenein- und -ausfuhr vom 12. Mai 1950 sinngemäss anzuwenden ist, und auf Art. 7 dieser Verordnung, der für die Erhebung von Gebühren die besonderen Vorschriften des Bundesrates als massgebend bezeichnet. Weder der BRB noch die ebenfalls vom Bundesrat erlassene Verordnung können jedoch die gesetzliche Grundlage bilden; es fragt sich vielmehr gerade, ob sie ihrerseits eine solche in dem BB vom 14. Oktober 1933 finden, auf den sie sich stützen. Die Handelsabteilung vertritt in ihrem Beschwerdeentscheid, auf den das Departement im übrigen verweist, unter Berufung auf H. MARTI (Das Verordnungsrecht des Bundesrates, S. 108) die Ansicht, es genüge, wenn die Massnahmen, deren Kosten die Gebühr decken soll, im Gesetz vorgesehen sei; einer besonderen gesetzlichen Ermächtigung zur Erhebung einer Gebühr bedürfe es dann nicht. Aber eben darum, ob eine solche Ermächtigung erforderlich sei, geht der Streit.

a) Es ist allgemein anerkannt und auch im vorliegenden Fall nicht bestritten, dass öffentliche Abgaben nur erhoben werden dürfen, wenn eine gesetzliche Grundlage dafür besteht. Der Vorbehalt des Gesetzes gilt nach der im Rechtsstaat herrschenden Auffassung für alle Eingriffe in Freiheit und Eigentum des Bürgers, und einen solchen Eingriff bildet auch die Auferlegung öffentlicher Abgaben. Den Bürger belastende Verwaltungsakte dürfen nicht ohne gesetzliche Grundlage erlassen werden (BGE 65 I 300). Dieser Grundsatz wird namentlich mit Bezug auf Steuern vom Bundesgericht in ständiger Praxis gehandhabt, und zwar nicht nur da, wo er ausdrücklich in kantonalen Verfassungen aufgestellt wird. Er gilt nicht nur für die Steuern, sondern für alle öffentlichen Abgaben, also auch für die Gebühren (BLUMENSTEIN, System des Steuerrechts, S. 1). H. MARTI sagt a.a.O. im Grunde nichts anderes, nimmt aber an, die vollziehende Behörde dürfe zur Deckung der Kosten von Massnahmen, die das Gesetz in ihre Kompetenz legt, im Rahmen einer Ausführungsverordnung Gebühren auch ohne ausdrückliche gesetzliche Ermächtigung festsetzen. Dieser Auffassung kann ohne Bedenken gefolgt werden, soweit bescheidene Gebühren (Kanzleitaxen) in Frage stehen. Dagen muss für die Erhebung von Gebühren, die den Bürger erheblich belasten, eine besondere gesetzliche Grundlage gefordert werden.

b) Hier kommt als gesetzliche Grundlage allein der BB über wirtschaftliche Massnahmen gegenüber dem Ausland vom 14. Oktober 1933 in Betracht. Er ermächtigt in Art. 1 (Fassung gemäss BB vom 22. Juni 1939) den Bundesrat, zur Bekämpfung der Arbeitslosigkeit, zum Schutze der nationalen Produktion, soweit diese in ihren Lebensbedingungen bedroht ist, zur Vermehrung der Vorratshaltung für die Sicherstellung der Landesversorgung mit lebenswichtigen Gütern, sowie zur Förderung des Exportes und im Interesse der schweizerischen Zahlungsbilanz die nötigen Massnahmen zu treffen. Insbesondere kann der Bundesrat nach Art. 2 Abs. 1 ausnahmsweise und vorübergehend die Einfuhr bestimmter von ihm zu bezeichnender Waren beschränken oder von Bewilligungen abhängig erklären, deren Bedingungen er festsetzt. Gemäss Abs. 2 daselbst kann er für die Erteilung der Einfuhrbewilligung, in Berücksichtigung des Preises und des Wertes der Waren, angemessene Gebühren festsetzen. Für andere Massnahmen, die nach Art. 1 angeordnet werden können, sieht der BB vom 14. Oktober 1933 dagegen die Erhebung von Gebühren nicht vor. Eine solche Massnahme ist auch die Ausstellung eines Einfuhrzertifikates.

Das Institut der Einfuhrbewilligung wurde durch den BB über die Beschränkung der Einfuhr vom 23. Dezember 1931 (AS 47, 785) - an dessen Stelle der BB vom 14. Oktober 1933 getreten ist - geschaffen als Mittel zum Schutze der schweizerischen Wirtschaft, die durch die Auswirkungen der Wirtschaftskrise der Dreissigerjahre, insbesondere durch gewisse mit dieser Krise zusammenhängende Massnahmen ausländischer Staaten, bedroht war; es sollte dazu dienen, die Einfuhr bestimmter Waren einzuschränken (Botschaft zum Entwurf eines neuen BB über wirtschaftliche Massnahmen gegenüber dem Ausland, BBl 1956 I S. 941 f.). Später wurde es allerdings auch zur Förderung der Einfuhr verwendet. Durch die Bundesratsbeschlüsse Nr. 1 vom 11. Dezember 1950 über die Überwachung der Einfuhr einerseits und der Ausfuhr anderseits (AS 1950, 1336, 1339) wurden verschiedene Waren, hauptsächliche Rohstoffe, deren Bezug aus dem Ausland auf Schwierigkeiten stiess, zur Sicherstellung der Landesversorgung neu der Ein- und Ausfuhrbewilligungspflicht unterstellt. Einfuhrbewilligungen für solche Waren wurden nur dann, aber auch immer dann erteilt, wenn sich der Importeur gegenüber der Sektion für Ein- und Ausfuhr verpflichtet hatte, die Ware unverzüglich in die Schweiz einzuführen und nicht wiederauszuführen. Die Sektion stellte über diese Verpflichtung ein Zertifikat aus, das der Importeur verwenden konnte, um bei den ausländischen Ausfuhrbehörden die Exportlizenz zu erwirken. In der Folge erwies es sich im Interesse der Landesversorgung als notwendig, die Möglichkeit zu schaffen, dieses Überwachungssystem auf sämtliche aus dem Ausland bezogene Waren auszudehnen. Das geschah durch BRB Nr. 2 vom 30. Januar 1951 über die Überwachung der Einfuhr, der die mit der Überwachung beauftragten Stellen des eidg. Volkswirtschaftsdepartements ermächtigt, Einfuhrzertifikate auch für Waren auszustellen, die nicht auf Grund eines Bundesratsbeschlusses über die Überwachung der Einfuhr der Bewilligungspflicht unterstehen. Auch für solche Waren wird das Zertifikat nur unter der Bedingung abgegeben, dass der Importeur sich verpflichtet hat, die Ware unverzüglich einzuführen und nicht wiederauszuführen. Die Neuordnung bezweckt, der schweizerischen Versorgung alle Waren zu sichern, für die im Ausland Ausfuhrbewilligungen nur erteilt werden, wenn Gewähr dafür besteht, dass die Ware in die Schweiz eingeführt und hier verwendet wird. Sie machte das durch BRB Nr. 1 über die Überwachung der Einfuhr vom 11. Dezember 1950 vorgesehene (behelfsmässige) Bewilligungsverfahren überflüssig, weil nun das Einfuhrzertifikat dessen Funktion erfüllt. Daher wurde dieser Erlass durch Art. 1 des BRB Nr. 3 über die Überwachung der Einfuhr vom 15. Mai 1951 aufgehoben (XLIII. Bericht des Bundesrates über wirtschaftliche Massnahmen gegenüber dem Ausland, BBl 1951 II S. 642 f.). Gleichzeitig wurden die Gebühren für die Einfuhrzertifikate neu geordnet. Nach Art. 2 des letztgenannten BRB wird anstelle der in Art. 3 BRB Nr. 2 vom 30. Januar 1951 festgesetzten Kanzleigebühr von Fr. 2.- eine Gebühr von 1 é des Warenwertes erhoben, es sei denn, dass für die gleiche Sendung auch eine Einfuhrbewilligung (im herkömmlichen Sinne) erforderlich ist und hiefür die tarifmässige Gebühr, nicht bloss eine Kanzleitaxe, bezogen wird. Später wurde die Wertgebühr für das Einfuhrzertifikat durch die Handelsabteilung, auf Grund der Ermächtigung am Schluss des Art. 2 BRB Nr. 3 vom 15. Mai 1951, im Sinne einer Degression herabgesetzt: 1 é wird erhoben bis zum Höchstwerte von Fr. 500 000.--, 1/2é vom Wertanteil über Fr. 500 000.-- bis Fr. 1 000 000.--, 1/4 é vom Wertanteil über Fr. 1 000 000.--. Hierauf beruht die Ermässigung der angefochtenen Gebühr von Fr. 1800.-- auf Fr. 950.--.

Das Einfuhrzertifikat ist zwar wie die Einfuhrbewilligung ein handelspolitisches Abwehrinstrument, unterscheidet sich aber wesentlich von ihr, wie sich aus vorstehenden Ausführungen ergibt. Es stellt keine Bewilligung dar. Seine Ausstellung ist schweizerischerseits, im Unterschied zur Einfuhrbewilligung, nicht Voraussetzung dafür, dass die betreffende Ware eingeführt werden kann. Es braucht der schweizerischen Zollbehörde nicht vorgelegt zu werden, sondern ist dazu bestimmt, vom Importeur zur Erwirkung der Exportlizenz bei der dafür zuständigen ausländischen Behörde verwendet zu werden. Es soll die Einfuhr in die Schweiz sicherstellen, während das Einfuhrbewilligungsverfahren umgekehrt zur Beschränkung der Einfuhr geschaffen wurde. Wohl wurde dieses Verfahren vorübergehend und behelfsmässig auch zur Sicherung der Einfuhr von Mangelwaren angewendet, indem es zur Voraussetzung der Erteilung des vorerst lediglich durch dieVerwaltungspraxis eingeführten Zertifikates gemacht wurde; doch ändert das an der grundlegenden Verschiedenheit der beiden Institute nichts.

Weil der BB vom 14. Oktober 1933 - im Gegensatz zum Entwurf eines neuen BB gleichen Titels (Art. 2 Abs. 3, BBl 1956 I S. 962) - den Bundesrat zur Festsetzung von Gebühren ausdrücklich nur für die Einfuhrbewilligungen ermächtigt, fehlt daher der für die Einfuhrzertifikate im BRB Nr. 3 vom 15. Mai 1951 aufgestellten Gebührenordnung die erforderliche gesetzliche Grundlage, soweit die daraus sich ergebende Belastung über eine blosse Kanzleitaxe hinausgeht, wie sie im BRB Nr. 2 vom 30. Januar 1951 vorgesehen war. Die angefochtene Gebühr ist deshalb insoweit aufzuheben, als sie den Betrag von Fr. 2.- übersteigt.

4.- Infolgedessen erübrigt sich die Prüfung der weiteren Rüge, die beanstandete Gebühr stehe in einem Missverhältnis zur Leistung des Staates.

5.- Aus dem internationalen Rheinstatut kann die Beschwerdeführerin offensichtlich nichts zu ihren Gunsten ableiten. Die dem Modus vivendi vom 4. Mai 1936 (BS 13, 488) - der nur noch zwischen der Schweiz und Grossbritannien in Kraft steht - beigefügte Anlage (revidierte Rheinschiffahrtsakte) befreit nur die "Ausübung der Schifffahrt auf dem Rhein" von Steuern und Abgaben (Art. 6). Ähnlich lautet Art. 3 der - von der Schweiz nicht unterzeichneten - Mannheimer Akte von 1868 (FELLMANN, Staats- und völkerrechtliche Grundlagen der freien Rheinschiffahrt, S. 13). Es liegt auf der Hand, dass die umstrittene Gebühr mit der Ausübung der Rheinschiffahrt nichts zu tun hat. Nach dem Schlussprotokoll zu Art. 6 der revidierten Akte besteht denn auch Einverständnis darüber, dass diese Bestimmung "der Erhebung angemessener Gebühren auf dem Gebiet des Passwesens, der Massnahmen zum Schutze der Gesundheit, der Statistik, der Zollbegleitung zu Lande sowie der Erhebung sonstiger Gebühren ähnlicher Art nicht entgegensteht".

Demnach erkennt das Bundesgericht:

Die Beschwerde wird gutgeheissen und der angefochtene Entscheid aufgehoben. Die beanstandete Gebühr wird aufgehoben, soweit sie eine Kanzleigebühr von Fr. 2.- übersteigt.