A.- Die A. AG mit Sitz in X. bezweckt gemäss Handelsregistereintrag den An- und Verkauf sowie die Vermittlung, Verwaltung und Finanzierung von Immobilien. Ihr Vermögen besteht im Wesentlichen aus der Liegenschaft Villa Y. in X., welche in den Bilanzen per 31. Dezember 1996 und 31. Dezember 1997 mit rund ... Franken eingestellt ist. Die A. AG wird durch die B. AG in Z. gehalten. Diese wiederum gehört zu hundert Prozent der ebenfalls in Z. ansässigen C. AG. Eigentümer der C. AG ist D.

Gegenüber der Kantonalen Steuerverwaltung Graubünden (im Folgenden: Kantonale Steuerverwaltung) ersuchte die A. AG am 30. November 1998 um Feststellung, dass sie bei ihrer geplanten Liquidation gemäss Art. 207 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) privilegiert werde. Beabsichtigt sei der Erwerb der Aktien der A. AG durch D. Anschliessend solle die A. AG liquidiert werden mit der Folge des Übergangs der Liegenschaft in X. in das Privateigentum von D. Dem Gesuch waren Gespräche zwischen der A. AG und der Kantonalen Steuerverwaltung vorausgegangen, in welchen sich Letztere auf den Standpunkt gestellt hatte, dass vorliegend eine privilegierte Liquidation nicht in Frage komme.

Mit Verfügung vom 3. Dezember 1998 trat die Kantonale Steuerverwaltung auf das Gesuch ein, wies es aber ab. Auf Einsprache hin bestätigte sie am 17. Dezember 1998 ihren Entscheid; seitens der Gesuchsteller sei beabsichtigt, die erwähnte Villa an Dritte zu verkaufen, weshalb deren vorherige Veräusserung an D. nur eine Zwischenphase darstelle; daher greife die Privilegierung nach Art. 207 DBG, die bei Überführung der Liegenschaft auf den Aktionär vorgesehen sei, nicht.

B.- Die dagegen von der A. AG erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden (im Folgenden: Verwaltungsgericht) am 17. Februar 1999 mit der Begründung gut, die Voraussetzungen einer privilegierten Liquidation seien gegeben. Das Verwaltungsgericht hatte der Eidgenössischen Steuerverwaltung in diesem Verfahren keine Gelegenheit zur Stellungnahme gegeben.

C.- Die Eidgenössische Steuerverwaltung reichte am 12. Mai 1999 beim Bundesgericht Verwaltungsgerichtsbeschwerde ein mit den Begehren, die Entscheide des Verwaltungsgerichts und der Kantonalen Steuerverwaltung seien aufzuheben. Letztere solle erst im ordentlichen Veranlagungsverfahren über das Gesuch vom 30. November 1998 entscheiden.

Das Bundesgericht heisst die Beschwerde gut.

1. b) Die Frist für eine Verwaltungsgerichtsbeschwerde gegen einen (End-)Entscheid beträgt 30 Tage ab Eröffnung (Art. 106 Abs. 1 OG, Art. 146 DBG). Das angefochtene Urteil wurde der Eidgenössischen Steuerverwaltung am 12. April 1999 zugestellt. Diese übergab die Beschwerde der Post zu Händen des Bundesgerichts am 12. Mai 1999, womit die Frist unter Berücksichtigung von Art. 32 Abs. 1 und 3 OG gerade noch eingehalten wäre. Die Beschwerdegegnerin wendet jedoch ein, das Rechtsmittel sei verspätet, weil die Beschwerdefrist für die Eidgenössische Steuerverwaltung bereits mit Eingang des verwaltungsgerichtlichen Urteils bei der Kantonalen Steuerverwaltung - Mitte März 1999 - zu laufen begonnen habe.

Die Auffassung der Beschwerdegegnerin ist abzulehnen. Zwar wird die direkte Bundessteuer für Rechnung des Bundes von den Kantonen erhoben (vgl. Art. 41ter Abs. 5 lit. b der Bundesverfassung vom 29. Mai 1874 [aBV] und Art. 128 Abs. 4 BV). Entsprechend bestimmen Art. 2 und Art. 104 ff. DBG, dass die direkte Bundessteuer von den Kantonen unter Aufsicht des Bundes veranlagt und bezogen wird. Nach Art. 102 Abs. 1 DBG wird die Aufsicht des Bundes über die Steuererhebung (Art. 2 DBG) vom Eidgenössischen Finanzdepartement ausgeübt. Die unmittelbare Aufsicht obliegt gemäss Art. 102 Abs. 2 DBG der Eidgenössischen Steuerverwaltung (PETER AGNER/BEAT JUNG/GOTTHARD STEINMANN, Kommentar zum Gesetz über die direkte Bundessteuer, 1995, N. 6 zu Art. 102 DBG). Diese sorgt laut Art. 102 Abs. 2 DBG für die einheitliche Anwendung des Gesetzes und erlässt die Vorschriften für die richtige und einheitliche Veranlagung und den Bezug der direkten Bundessteuer. Sie kann ihre Aufsicht nach Art. 103 Abs. 1 DBG insbesondere ausüben durch Kontrollen bei den kantonalen Veranlagungs- und Vollzugsbehörden und durch Einsichtnahme in die Steuerakten der Kantone und Gemeinden (lit. a), sie kann sich bei den Verhandlungen der Veranlagungsbehörden vertreten lassen und diesen Anträge stellen (lit. b), sie kann im Einzelfall Untersuchungsmassnahmen anordnen oder nötigenfalls selber durchführen (lit. c), oder sie kann im Einzelfall verlangen, dass die Veranlagung oder der Einspracheentscheid auch ihr eröffnet wird (lit. d). Sie kann ferner Veranlagungs- und Einspracheentscheide bei der kantonalen Rekurskommission oder einer weiteren verwaltungsunabhängigen kantonalen Instanz sowie deren Entscheide mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht anfechten (Art. 141 Abs. 1 und Art. 145 f. DBG sowie Art. 103 OG; vgl. AGNER/JUNG/STEINMANN, a.a.O., N. 4 zu Art. 146 DBG). Sie ist selber jedoch nicht Veranlagungsbehörde für die direkte Bundessteuer. Hieraus ergibt sich, dass die Kantonale Steuerverwaltung - entgegen der Ansicht der Beschwerdegegnerin - nicht Vertreterin der Eidgenössischen Steuerverwaltung vor Ort ist. Daher vermag die Eröffnung des verwaltungsgerichtlichen Urteils bei der Kantonalen Steuerverwaltung als solche noch keine Wirkungen in Bezug auf den Lauf der Rechtsmittelfrist für die Eidgenössische Steuerverwaltung auszulösen. Vielmehr war der Entscheid der Eidgenössischen Steuerverwaltung eigens zu eröffnen. Dies ist am 12. April 1999 geschehen, womit die Beschwerdefrist für die Eidgenössische Steuerverwaltung erst ab diesem Zeitpunkt zu laufen begann. Vorliegend besteht keine Veranlassung, einen früheren Fristbeginn anzunehmen.

3. a) Die Eidgenössische Steuerverwaltung geht davon aus, dass die Kantonale Steuerverwaltung in einer Frage verfügt habe, zu welcher sie lediglich eine Auskunft hätte geben dürfen. Bei dem Gesuch der Beschwerdegegnerin handle "es sich bloss um einen vorsorglich, noch nicht verwirklichten Sachverhalt, worüber somit keine Feststellungsverfügung ergehen könne". Die Kantonale Steuerverwaltung habe daher eine Verfügung erlassen, zu der sie noch gar nicht berechtigt gewesen sei. Damit sei auch das Verwaltungsgericht zu Unrecht auf die Beschwerde eingetreten; die A. AG sei nicht beschwert gewesen, auch habe kein gültiges Anfechtungsobjekt vorgelegen.

b) Vorab ist damit zu klären, ob die Vorinstanzen zu Recht auf das Feststellungsgesuch der Beschwerdegegnerin eingetreten sind und in der Form eines steuerlichen Vorbescheids entschieden haben. Der Vorbescheid unterscheidet sich von der blossen Auskunft dadurch, dass er seinem Inhalt und seiner Art nach eine Feststellungsverfügung darstellt, auf deren Erlass bei Vorliegen bestimmter Voraussetzungen auch ausserhalb eines hängigen Verfahrens ein (erzwingbarer) Anspruch besteht; zudem ist er im Gegensatz zur Auskunft in der Regel anfechtbar (vgl. BGE 86 I 293 E. 3 S. 298 f.; ASA 62 S. 557 E. 1a S. 559; ASA 43 S. 392 E. 2b S. 394; WOLFGANG MAUTE/BEAT HIRT, Wie können Steuerrisiken bei der Vertragsgestaltung abgesichert werden?, Der Schweizer Treuhänder 1992, S. 7 f.; JÜRG ANDREAS BAUR, Auskünfte und Zusagen der Steuerbehörden an Private im schweizerischen Steuerrecht, Diss. Zürich 1979, S. 101 ff.).

c) Anders als bei der Mehrwertsteuer (vgl. Art. 51 Abs. 1 lit. f. der Verordnung vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer, MWSTV; SR 641.201), der Verrechnungssteuer (vgl. Art. 41 des Bundesgesetzes vom 13. Oktober 1965 über die Verrechnungssteuer, VStG; SR 642.21) und den Stempelabgaben (vgl. Art. 38 des Bundesgesetzes vom 27. Juni 1973 über die Stempelabgaben, StG; SR 641.10) ist bei der direkten Bundessteuer eine Feststellungsverfügung über Steuerfolgen eines in Aussicht genommenen Sachverhalts gesetzlich nicht vorgesehen (BGE 121 II 473 E. 2d S. 480; AGNER/JUNG/STEINMANN, a.a.O., N. 12 zu Art. 3). Art. 25 des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (VwVG; SR 172.021), der die Voraussetzungen von Feststellungsverfügungen regelt, ist bezüglich kantonaler Instanzen nicht anwendbar (Art. 1 Abs. 1 und 3 VwVG; BGE 121 II 473 E. 2d S. 480; PETER AGNER/ANGELO DIGERONIMO/HANS-JÜRG NEUHAUS/GOTTHARD STEINMANN, Kommentar zum Gesetz über die direkte Bundessteuer, Ergänzungsband, 2000, N. 7a zu Art. 102; BAUR, a.a.O., S. 67). Auch wenn das Bundesgericht gemäss Art. 97 Abs. 1 OG in Verbindung mit Art. 5 Abs. 1 lit. b VwVG Anordnungen beurteilen kann, die die Feststellung des Bestehens, Nichtbestehens oder Umfanges von Rechten und Pflichten zum Gegenstand haben, so heisst dies nicht, dass die Steuerbehörden damit zum Erlass solcher Verfügungen befugt sind (a.A. ERNST KÄNZIG/URS R. BEHNISCH, Die direkte Bundessteuer, III. Teil, 2. Aufl. 1992, N. 36 zu Art. 88 BdBSt, S. 114).

d) In der Literatur sind mit Bezug auf die Zulässigkeit von Feststellungsverfügungen bei der direkten Bundessteuer für in Aussicht genommene Sachverhalte unterschiedliche Auffassungen zu finden (ablehnend: AGNER/DIGERONIMO/NEUHAUS/STEINMANN, a.a.O., N. 7a zu Art. 102; Baur, a.a.O., S. 79 ff. und 95 ff.; URS GUENG, Zur Tragweite des Feststellungsanspruchs gemäss Art. 25 VwG, SJZ 67/1971 S. 369 ff., insbes. S. 377 f.; WALTER STUDER, Vorbescheide im Steuerrecht, ZBl 63/1962 S. 424; MAX METTLER, Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht in Steuersachen, Diss. Zürich 1950, S. 51 f.; vgl. auch MAUTE/HIRT, a.a.O., S. 8 f.; eher bejahend: KÄNZIG/BEHNISCH, a.a.O., N. 36 zu Art. 88 BdBSt, S. 113 f.; URS R. BEHNISCH/PETER LOCHER, Die steuerrechtliche Rechtsprechung des Bundesgerichts des Jahres 1998, ZBJV 136/2000 S. 343; PETER EISENRING, Vorgängige Auskünfte von Steuerbehörden in der Schweiz, ASA 68 S. 111 f.; MICHAEL W. HILDEBRANDT/KALOYAN STOYANOV, La décision de constatation en droit fiscal fédéral, Der Schweizer Treuhänder 1998 S. 81 ff., insbes. S. 85 ff.; XAVIER OBERSON, Jurisprudence et pratique fiscales récentes dans les services bancaires et financiers, in: Journée 1997 de droit bancaire et financier, 1997, S. 99; PATRICK NÜTZI, Bemerkungen zu BGE 121 II 473 in AJP 1996 S. 624 a.E.; PETER BÖCKLI, Die Transponierungstheorie, ASA 47 S. 56 N. 132).

Teilweise wird die Meinung vertreten, dass der Erlass einer Feststellungsverfügung auch dann nicht gesetzeswidrig sei, wenn der Steuerpflichtige selber keinen Anspruch darauf habe (EISENRING, a.a.O., S. 112). FRANCIS CAGIANUT (Der Vorbescheid im Steuerrecht, in: Problèmes actuels de droit fiscal, Mélanges en l'honneur du Professeur Raoul Oberson, 1995, S. 21 ff., insbes. S. 23 und 26 f.) spricht sich zwar für einen Anspruch auf einen "Vorbescheid im Steuerrecht" aus, wenn ein schutzwürdiges Interesse gegeben ist; unter Vorbescheid versteht er aber letztlich nur eine verbindliche Auskunft, die im Normalfall nicht anfechtbar sei mit Ausnahme derjenigen über die subjektive Steuerpflicht.

Die Verwaltungspraxis steht den Feststellungsansprüchen überwiegend ablehnend gegenüber (vgl. EISENRING, a.a.O., S. 112). Das Bundesgericht hat sich in dieser Frage bisher zurückgehalten (vgl. BGE 121 II 473 E. 2d S. 480; BGE 124 II 383 E. 3g und 4 S. 389 f.). Es hat bislang grundsätzlich nur Feststellungsentscheide zur Abklärung der subjektiven Steuerpflicht und des Veranlagungsortes zugelassen (vgl. Art. 108 DBG; BGE 121 II 473 E. 2d S. 480; BGE 124 II 383 E. 3g und 4 S. 389 f.; BGE 86 I 293 E. 2 S. 297 f.; ASA 43 S. 392 E. 2b S. 394; KÄNZIG/BEHNISCH, a.a.O., N. 8 zu Art. 77 BdBSt, S. 46 f., mit weiteren Hinweisen). In zwei nicht publizierten Entscheiden (vom 19. August 1996 i.S. C. und vom 14. Juli 1994 i.S. B.) führte das Bundesgericht aus, die Veranlagungsbehörden seien nur dann gehalten, einen Vorbescheid zu treffen, wenn der Steuerpflichtige ein schützenswertes Interesse an der zu beurteilenden Frage habe. Ein solches sei nur mit grosser Zurückhaltung anzunehmen; es müsse insbesondere persönlich, konkret und aktuell sei. Auch dürften keine öffentlichen Interessen entgegenstehen. Der Vorbescheid diene nicht dazu, die gewöhnliche Veranlagung zu ersetzen. Unter diesen Umständen sei der Erlass eines Vorbescheides nicht notwendig, wenn die Frage im ordentlichen Veranlagungsverfahren entschieden werden könne.

In BGE 124 II 383 bejahte das Bundesgericht zwar nunmehr einen Anspruch einer Lebensversicherungsgesellschaft auf eine Feststellungsverfügung über die Anerkennung eines Vertragsmodells. Dies betraf indes den Bereich der gebundenen Vorsorgeversicherung (Säule 3a), für welche die Bestimmungen zur beruflichen Vorsorge ein Anerkennungsverfahren ausdrücklich vorsehen. Im Übrigen befand das Bundesgericht, dass die Konsultation über die Steuerfolgen bloss geplanter Geschäfte nicht Aufgabe des Justizverfahrens sei. Darauf würde jedoch eine vorgängige konsultative Beanspruchung der Steuerjustiz hinauslaufen (BGE 124 II 383 E. 3f und g S. 389 f.).

e) Eine zurückhaltende Praxis im Bereich der direkten Bundessteuer mit Bezug auf die Zulässigkeit von gesetzlich nicht geregelten Feststellungsentscheiden erscheint weiterhin geboten. Auch wenn ein praktisches Interesse der Steuerpflichtigen an Auskünften für geplante Tatbestände nicht zu verkennen ist, so soll der Steuerjustiz die Funktion eines Rechtsberaters nicht aufgezwungen werden. Den Steuerpflichtigen steht in der Praxis die Möglichkeit offen, bei den Steuerverwaltungen Rechtsauskünfte zu verlangen. Solche vorgängige Auskünfte haben keinen Verfügungscharakter und können deshalb nicht wie Feststellungsverfügungen durch Rechtsmittel angefochten werden. Trotzdem können sie nach den allgemein anerkannten Grundsätzen von Treu und Glauben und des Vertrauensschutzes Rechtsfolgen gegenüber den Behörden auslösen (vgl. BGE 125 I 267 E. 4c S. 274; BGE 122 II 113 E. 3b/cc S. 123; BGE 119 Ib 229 E. 4a S. 237; BGE 116 Ib 185 E. 3c S. 187; HILDEBRANDT/STOYANOV, a.a.O., S. 81; EISENRING, a.a.O., S. 110 ff.; BEATRICE WEBER-DÜRLER, Vertrauensschutz im öffentlichen Recht, 1983, S. 128 ff. und 197 ff.; BAUR, a.a.O., S. 145 ff.).

f) Im vorliegenden Fall steht nicht eine Frage der subjektiven Steuerpflicht zur Diskussion. Zu prüfen war einzig die Privilegierung einer von der Beschwerdegegnerin geplanten Liquidation. Über diese Frage kann auch im ordentlichen Veranlagungsverfahren befunden werden. Die Steuerpflichtige ist auf dieses zu verweisen, wenn sie sich mit der ablehnenden Auskunft der Steuerverwaltung nicht einverstanden erklären kann oder will. Eine Feststellungsverfügung hätte im vorliegenden Fall nicht ergehen dürfen, nachdem solche bei der direkten Bundessteuer nur restriktiv zulässig sind. Die Veranlagungsbehörde hätte sich diesbezüglich mit der gewöhnlichen Auskunft begnügen müssen und nicht einen Feststellungsentscheid abgeben dürfen. Wurde deshalb zu Unrecht eine Verfügung erlassen, so ist diese aufzuheben.