A. Employé dès 1973 au sein de la société anonyme Y. SA à U., X. y exerçait depuis 1996 conjointement les fonctions de directeur et d'administrateur délégué; il avait signature collective à deux avec A., président et seul autre membre du conseil d'administration. Selon la mise à jour de son contrat de travail datée du 16 avril 1998, il recevait une rétribution mensuelle de 14'200 fr., une prime en fonction des résultats de l'entreprise et une voiture de fonction; le délai de résiliation était fixé à douze mois.

Le 17 juin 2002 ont eu lieu une séance du conseil d'administration puis l'assemblée générale ordinaire de Y. SA. Au cours de cette dernière, X. a été révoqué de sa fonction d'administrateur délégué. Le même jour, son contrat de travail a été résilié avec effet au 30 juin 2003; la lettre de résiliation, écrite au nom de Y. SA à U., porte la signature de A., seul membre restant du conseil d'administration. X. a été libéré avec effet immédiat de l'obligation de travailler.

Le 18 juin 2002, la signature de X. a été radiée au registre de commerce, et trois semaines plus tard, le 10 juillet 2002, A. y a été inscrit en qualité d'administrateur unique avec signature individuelle.

X. a par la suite contesté la régularité de la résiliation du 17 juin 2002. Il soutient que son licenciement ne lui a été communiqué valablement que par l'envoi du certificat de travail du 30 juin 2003.

B. Le 13 mai 2005, X. a saisi le Conseil de prud'hommes jurassien d'une demande en paiement de 267'696 fr. 50 dirigée contre Y. SA. Par jugement du 28 mars 2006, cette autorité a rejeté l'action.

Statuant sur appel de X. - qui reprenait ses conclusions de première instance, avec intérêt à 5 % dès le 1^er juillet 2004 - par arrêt du 5 septembre 2006, la Cour civile du Tribunal cantonal jurassien a débouté celui-ci de toutes ses conclusions et confirmé le jugement attaqué.

C. X. (le demandeur) interjette le présent recours en réforme au Tribunal fédéral. Il conclut principalement à ce que Y. SA soit condamnée à lui verser la somme de 181'028 fr. 50 avec intérêt à 5 % dès le 1^er juillet 2004, montant correspondant au salaire pour la période du 1^er juillet 2002 (recte: 2003) au 30 juin 2004 ainsi qu'au bonus pour l'année 2003, subsidiairement à ce que l'arrêt attaqué soit annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale, chaque fois avec suite de frais et dépens pour toutes les instances.

Y. SA (la défenderesse) conclut à ce que son adverse partie soit déboutée de toutes ses conclusions, sous suite de frais et dépens.

Le Tribunal fédéral a rejeté le recours.

5. Le demandeur objecte en outre que la résiliation n'a pas été prise lors d'une séance formelle du conseil d'administration et ne ressort d'aucun procès-verbal. Il y voit également un motif de nullité (art. 713 al. 3 CO).

Les motifs de nullité des décisions de l'assemblée générale s'appliquent par analogie aux décisions du conseil d'administration (art. 714 CO). Les décisions de l'assemblée générale sont nulles en particulier si elles suppriment ou limitent les droits des actionnaires impérativement garantis par la loi, restreignent les droits de contrôle des actionnaires davantage que ne le permet la loi, négligent les structures de base de la société anonyme ou portent atteinte aux dispositions de protection du capital (art. 706b CO). La portée de la règle pour les décisions du conseil d'administration est discutée, mais il n'est pas contesté que la nullité ne sera admise qu'exceptionnellement, par exemple en cas de violation grave et durable de règles légales impératives et fondamentales (cf. ATF 115 II 468 consid. 3b; BÖCKLI, Schweizer Aktienrecht, 3^e éd., Zurich 2004, § 13 n. 266; WERNLI, Commentaire bâlois, n. 10 ad art. 714 CO; HOMBURGER, Commentaire zurichois, n. 346 ad art. 714 CO).

Une séance formelle du conseil d'administration n'est pas impérativement prescrite; la loi prévoit au contraire la possibilité de prendre des décisions par circulation, c'est-à-dire par approbation écrite donnée à une proposition, lorsqu'aucun membre ne demande la discussion (art. 713 al. 2 CO). Le défaut de séance formelle d'un conseil d'administration composé d'un seul membre ne saurait donc constituer un motif de nullité de la décision prise.

L'ancien droit (art. 715 al. 2 aCO, en vigueur jusqu'au 30 juin 1992) exigeait expressément la tenue d'un procès-verbal lorsque le conseil d'administration était composé d'un seul membre; le Conseil fédéral ayant proposé de biffer cette obligation au motif qu'elle n'était pas nécessaire et ne pouvait pas être imposée en pratique ("ni opportune, ni réalisable"; cf. Message du 23 février 1983, FF 1983 II 757 ss, spéc. p. 947), la disposition spécifique n'a pas été reprise dans la nouvelle loi (cf. art. 713 al. 3 CO). Certains auteurs estiment que l'obligation n'en subsiste pas moins, en particulier à cause de sa fonction de moyen d'information et de preuve dans un procès en responsabilité (cf. MEIER-HAYOZ/FORSTMOSER, Schweizerisches Gesellschaftsrecht, 10^e éd., Berne 2007, § 16 n. 448; BÖCKLI, op. cit., § 13 n. 152; WERNLI, op. cit., n. 29 ad art. 713 CO; HOMBURGER, op. cit., n. 340 s. ad art. 713 CO). La doctrine admet toutefois unanimement que le défaut de procès-verbal n'entraîne pas la nullité des décisions concernées (BÖCKLI, op. cit., § 13 n. 276; RHEIN, Die Nichtigkeit von VR-Beschlüssen, thèse Zurich 2001, p. 246; HOMBURGER, op. cit., n. 385 ad art. 714 CO; FORSTMOSER/MEIER-HAYOZ/NOBEL, Schweizerisches Aktienrecht, Berne 1996, § 31 n. 17 et § 23 n. 120). L'objection du demandeur n'est donc pas pertinente.

6. Le demandeur conteste enfin la validité de la résiliation au motif que A. a agi seul alors qu'il n'avait à l'époque que la signature collective à deux.

A teneur de la loi, un membre du conseil d'administration au moins doit avoir qualité pour représenter la société (art. 718 al. 3 CO). De cette disposition reprise de l'ancien droit (art. 717 al. 1 in fine aCO), dont le but est de garantir que le conseil d'administration soit effectivement en mesure de représenter la société, il découle que dans les cas où le conseil d'administration est composé d'une seule personne, celle-ci a nécessairement, de par la loi, pouvoir de représenter la société, et cela nonobstant une éventuelle inscription divergente au registre du commerce (cf. MEIER-HAYOZ/FORSTMOSER, op. cit., § 16 n. 428; KRNETA, Praxiskommentar Verwaltungsrat, 2^e éd., Berne 2005, n. 1957 ad art. 718 CO; WATTER, Commentaire bâlois, n. 14 ad art. 718 CO; DITESHEIM, La représentation de la société anonyme, thèse Lausanne, Berne 2001, p. 124 ss; GUHL/KOLLER/SCHNYDER/DRUEY, Das schweizerische Obligationenrecht, 9^e éd., Zurich 2000, § 71 n. 23; HOMBURGER, n. 1148 s. ad art. 717 CO; BÜRGI, Commentaire zurichois, n. 11 ad art. 717 aCO).

Le 17 juin 2002, l'assemblée générale de la défenderesse a révoqué le demandeur sans le remplacer, de sorte que A. est resté seul membre du conseil d'administration. A ce titre, il avait dès lors automatiquement le pouvoir d'agir, seul, en tant que conseil d'administration, comme l'a pertinemment retenu l'autorité cantonale; le fait que l'assemblée générale n'ait, le cas échéant, pas expressément décidé d'une modification de la réglementation relative à la signature collective à ce moment-là est sans pertinence. Le conseil d'administration a valablement agi au nom de la défenderesse lorsqu'il a résilié le contrat de travail du demandeur. Cela scelle le sort du recours, sans qu'il soit nécessaire d'examiner la motivation subsidiaire de l'autorité cantonale relative à une éventuelle ratification ultérieure de la résiliation.