4.1 La recourante fait grief à la cour cantonale d'avoir violé les art. 257a al. 2 et 18 CO, ainsi que les art. 38 de la loi fédérale du 4 octobre 1974 encourageant la construction et l'accession à la propriété de logements (LCAP; RS 843) et 25 de l'ordonnance y relative du 30 novembre 1981 (OLCAP; RS 843.1). Se basant essentiellement sur ces deux dernières dispositions, elle soutient que la législation fédérale sur l'encouragement à la construction et à l'accession à la propriété de logements contient, par rapport au droit privé, un régime spécifique quant aux frais accessoires. Faisant valoir qu'en matière de bail à loyer portant sur un logement subventionné le loyer proprement dit ne peut comporter ni les frais liés à l'exploitation de l'immeuble ni ceux liés à son utilisation, elle conclut que ces frais sont à supporter par le locataire selon les coûts effectifs (art. 25 al. 1 OLCAP). Elle prétend ainsi que l'interprétation de la cour cantonale reviendrait à admettre qu'un locataire peut jouir de la possession d'un immeuble et utiliser ses installations sans s'acquitter des charges y relatives et qu'ainsi il s'enrichirait illégitimement. Elle n'arrive toutefois pas à la conclusion - qui serait pourtant l'aboutissement logique de son argumentation - que la protection spécifique du locataire découlant de l'art. 257a al. 2 CO ne s'applique pas aux baux portant sur des logements subventionnés. Elle reconnaît en effet la nécessité de donner au locataire, au moment de s'engager contractuellement, l'occasion de se faire une idée précise de l'importance des frais accessoires qu'il devra supporter en sus du loyer. Pour concilier ce besoin de protection avec le régime spécifique de la LCAP préalablement exposé, elle considère qu'un simple renvoi aux frais accessoires énumérés aux art. 38 LCAP et 25 OLCAP suffit pour réaliser les exigences de l'art. 257a al. 2 CO. La recourante met en exergue un extrait d'une lettre du 27 septembre 2007 de l'Office fédéral du logement qui va dans le sens de son argumentation. Elle considère que les Recommandations 2003 de ce même office soutiennent également cet avis. Enfin, la recourante souligne qu'elle est allée au-delà de l'exigence minimale du renvoi aux dispositions de la LCAP et de l'OLCAP, puisqu'elle a même annexé une copie des art. 38 LCAP et 25 OLCAP au contrat de bail.

4.2 A titre préalable, il convient d'examiner si l'art. 257a al. 2 CO est applicable aux baux de logements subventionnés.

4.2.1 L'arrêt rendu le 2 juillet 1998 par le Tribunal fédéral (ATF 124 III 463) n'a pas tranché cette question. Bien que celui-ci ait mentionné - en rappelant la teneur de l'art. 2 al. 2 de l'ordonnance du 9 mai 1990 sur le bail à loyer et le bail à ferme d'habitations et de locaux commerciaux (OBLF; RS 221.213.11) - que les dispositions matérielles concernant les frais accessoires (art. 257a et 257b CO) s'appliquent également aux loyers contrôlés par les pouvoirs publics, la question qui lui était soumise était celle de l'autorité compétente pour juger la contestation d'une hausse des frais accessoires en matière d'habitations subventionnées. Le Tribunal fédéral a considéré que les dispositions relatives à la contestation des loyers abusifs ne sont pas applicables en ce qui concerne les locaux d'habitations au bénéfice d'une aide des pouvoirs publics et dont le loyer est soumis au contrôle d'une autorité au sens de l'art. 253b al. 3 CO (ATF 124 III 463 consid. 4a p. 465). Jugeant que cette inapplicabilité s'étend également aux frais accessoires, notamment au motif que la distinction entre loyer et frais accessoires revêt, dans ce contexte, un certain "caractère artificiel" (ATF 124 III 463 consid. 4b/dd p. 467), il a nié la compétence des tribunaux civils et conclu que seule une autorité administrative peut également contrôler la hausse des frais accessoires.

4.2.2 La question présentement litigieuse a trait au contrat conclu entre une bailleresse et des locataires. La convention qui lie les parties est un contrat de bail au sens des art. 253 ss CO, ce qu'elles ne contestent pas. Ces dispositions sont donc en principe applicables et les logements subventionnés n'y échappent pas, à moins qu'une disposition spéciale le prévoie. Seule règle du droit du bail prévoyant une exception pour ces logements, l'art. 253b al. 3 CO, dont le texte est clair, indique - ainsi que cela a été exposé dans l'arrêt du 2 juillet 1998 - que les logements subventionnés ne sont pas soumis aux dispositions relatives à la contestation des loyers abusifs (Chapitre II du Titre huitième, art. 269 à 270e CO). L'art. 257a al. 2 CO examiné ici ne faisant pas partie de ces dispositions, il n'est pas visé par la règle d'exception. Il est dès lors également applicable aux logements subventionnés.

L'art. 2 al. 2 OBLF confirme d'ailleurs cette lecture de l'art. 253b al. 3 CO. L'art. 257a CO est en effet compris dans les normes qui sont expressément déclarées applicables aux appartements en faveur desquels des mesures d'encouragement ont été prises par les pouvoirs publics et dont le loyer est soumis au contrôle d'une autorité (cf. art. 253b al. 3 CO) (citant un arrêt du Tribunal cantonal fribourgeois, publié dans la Revue fribourgeoise de jurisprudence [RFJ] 2003 p. 265, ayant examiné la question sur la base de l'art. 2 al. 2 OBLF, la doctrine a confirmé la portée ainsi donnée à l'art. 257a al. 2 CO: LACHAT/BÉGUIN, Das Mietrecht für die Praxis, 8^e éd. 2009, ch. 14/1.7 p. 238; DAVID LACHAT, Le bail à loyer, nouvelle éd. 2008, p. 333; RICHARD PERMANN, Kommentar zum Mietrecht, 2^e éd. 2007, n° 6 ad art. 257a-257b CO).

4.2.3 Le but poursuivi par l'art. 257a al. 2 CO confirme les conclusions tirées du texte clair de l'art. 253b al. 3 CO. L'obligation de convenir spécialement les frais accessoires poursuit un but de protection des locataires (ROGER WEBER, in Basler Kommentar, Obligationenrecht, vol. I, 4^e éd. 2007, n° 10 ad art. 253a-253b CO; RAYMOND BISANG ET AL., Das schweizerische Mietrecht, Kommentar, 3^e éd. 2008, n° 18 ad art. 257-257b CO). Les exigences de clarté et de précision quant à ces frais, déduites de l'art. 257a al. 2 CO par la jurisprudence (cf. infra consid. 4.3.1), confirment ce but. On ne voit pas pour quelles raisons le besoin de protection serait moindre en matière de contrats portant sur des baux subventionnés. Là également, le principe selon lequel les frais accessoires sont à la charge du bailleur (cf. arrêt 4C.24/2002 du 29 avril 2002 consid. 2.1, in Mietrechtspraxis [mp] 2002 p. 163 ss; PETER HIGI, Zürcher Kommentar, 3^e éd. 1994, n° 12 ad art. 257a-257b CO) est applicable. Les art. 38 LCAP et 25 OLCAP ne restreignent pas la faculté du bailleur de mettre les frais accessoires à la charge du locataire. Il est donc nécessaire que ce dernier connaisse, avant de décider à s'engager dans le bail, le nombre et la nature des frais accessoires qui lui seront facturés en plus du loyer. Contrairement à ce que pense la recourante, il importe donc peu de savoir si, au regard de la LCAP et de l'OLCAP, les frais accessoires peuvent être intégrés dans le loyer (l'art. 25 OLCAP paraît l'exclure, mais va toutefois au-delà des exigences figurant à l'art. 38 LCAP).

L'art. 257a al. 2 CO est donc applicable aux locaux d'habitation en faveur desquels des mesures d'encouragement ont été prises par les pouvoirs publics et dont le loyer est soumis au contrôle d'une autorité (cf. art. 253b al. 3 CO). Si le bailleur omet de prévoir dans le contrat de bail la facturation des frais accessoires au locataire de manière conforme aux exigences de l'art. 257a al. 2 CO (cf. infra consid. 4.3.1), il doit les prendre à sa charge en faisant appel au rendement sur ses fonds propres, voire à son patrimoine.

4.3.1 Selon l'art. 257a al. 2 CO, les frais accessoires ne sont à la charge du locataire que si cela a été convenu spécialement. La loi exige donc que les parties en soient convenues d'une manière suffisamment précise, en détaillant les postes effectifs (ATF 121 III 460 consid. 2a/aa et les auteurs cités). En concluant le contrat, le locataire doit comprendre facilement quels sont les postes qui lui seront facturés en plus du loyer (arrêt 4P.323/2006 du 21 mars 2007 consid. 2.1; DAVID LACHAT, op. cit., p. 334). Le renvoi à une annexe standardisée du contrat, comme les "dispositions générales pour baux d'habitation", ne suffit pas pour admettre que les parties ont passé une convention spéciale sur le paiement des frais accessoires. En effet, on ne peut exiger du locataire qu'il se fasse une idée des frais accessoires qu'il aura à payer par une consultation attentive des conditions annexées au contrat. Il a bien plutôt droit à ne se voir facturer que les frais accessoires clairement et précisément décrits dans le contrat (arrêt 4C.24/2002 du 29 avril 2002 consid. 2.4.2, in Mietrechtspraxis [mp] 2002 p. 163 ss). Les frais énumérés dans des conditions générales peuvent toutefois, selon les circonstances, être facturés au locataire, dans la mesure où ils peuvent être considérés comme une concrétisation des frais accessoires déjà attribués au locataire dans le contrat (arrêt 4C.250/2006 du 3 octobre 2006 consid. 1.1).

4.3.2 En l'espèce, les parties ont conclu un contrat écrit qui, hormis l'acompte pour le chauffage et les frais de téléréseau (qui ne font pas l'objet du litige), comporte la rubrique "Acompte frais accessoires", en ne détaillant toutefois aucun des postes visés. Ainsi, les frais énumérés dans les catalogues des art. 38 LCAP et 25 OLCAP ne se limitent pas à concrétiser une énumération des frais accessoires déjà entreprise dans le contrat lui-même. L'exigence de la convention spéciale de l'art. 257a al. 2 CO, telle que définie par la jurisprudence fédérale, n'est donc pas réalisée par le simple renvoi aux art. 38 LCAP et 25 OCAP, peu importe que des copies de ces dispositions aient été annexées au contrat.

4.3.3 La recourante prétend qu'une convention renvoyant à des règles légales ne peut en aucun cas être comparée à un contrat renvoyant à des conditions générales d'affaires qui sont souvent des documents très denses, préformulés par la partie contractuelle forte et risquant de ne pas être compris par les locataires. Selon elle, l'intégration au contrat de deux dispositions légales ne présente en aucun cas les mêmes risques.

L'argumentation ne convainc pas. On ne saurait admettre que les locataires, non juristes, ont pu se faire facilement une idée des frais accessoires à leur charge, en particulier en raison de l'imbrication des trois textes qu'ils devaient consulter (contrat, loi et ordonnance). Le risque de confusion est encore augmenté par le fait que la définition des frais accessoires de la LCAP ne se superpose pas avec celle des art. 257a et 257b CO (ATF 124 III 463 consid. 4b/dd p. 467; PHILIPPE RICHARD, Les frais accessoires, 1998, n. 20 p. 6). Par exemple, la législation publique, contrairement aux dispositions du Code des obligations, vise aussi des coûts liés à l'existence de la chose louée elle-même, comme les impôts (art. 38 al. 2 LCAP). En outre, les frais énumérés aux art. 38 LCAP et 25 OLCAP le sont de manière exemplaire ("en particulier") et ne représentent ainsi que des catalogues possibles de frais accessoires sur la base desquels les locataires ne peuvent se faire une idée précise, au moment de conclure le bail, des frais qui leur seront concrètement facturés.

4.3.4 Pour la convention sur les frais accessoires, l'art. 257a al. 2 CO n'exige pas de forme spéciale. En conséquence, la validité de la convention ne saurait dépendre du respect de la forme écrite (art. 11 al. 1 CO) et celle-ci peut donc en principe être conclue par écrit, oralement ou par actes concluants. Toutefois, si le contrat a été conclu par écrit, il faut considérer que les parties ont également déterminé par écrit quels frais accessoires étaient mis à la charge du locataire (arrêt 4C.224/2006 du 24 octobre 2006 consid. 2.1; LACHAT/BÉGUIN, op. cit., ch. 14/1.7 p. 239 et les références; PHILIPPE RICHARD, op. cit., n. 43 ss p. 14).

En l'espèce, les parties ont conclu un contrat écrit et la cour cantonale a retenu (art. 105 al. 1 LTF) qu'hormis les frais de chauffage et de téléréseau, aucun des autres frais accessoires dont les locataires s'étaient acquittés pendant des années ne figuraient dans le contrat de bail, celui-ci ne contenant que la mention "Acompte frais accessoires". Dès lors, les locataires devaient comprendre, selon la théorie de la confiance, que seuls les frais stipulés pouvaient être mis à leur charge. Le grief de violation de l'art. 18 CO n'est donc pas fondé.