3.1 La recourante se plaint d'une violation de l'art. 19 de l'ordonnance du 9 mai 1990 sur le bail à loyer et le bail à ferme d'habitations et de locaux commerciaux (OBLF; RS 221.213.11). L'autorité précédente aurait exigé à tort que l'avis du 26 mai 2008 contienne des calculs pour chaque poste de frais accessoires et permette de comparer les frais inclus dans le loyer net avec les nouveaux frais facturés séparément. Outre que de telles exigences seraient impraticables sur une formule officielle, la Cour d'appel se serait écartée de la loi et de la jurisprudence relatives à la motivation qui doit accompagner une modification unilatérale du bail. La recourante fait observer qu'en cas d'augmentation de loyer, la formule officielle n'a pas à fournir le détail du calcul de rendement ou du calcul "relatif". De l'art. 20 al. 1 OBLF - qui permet au locataire d'exiger des chiffres précis en cas de hausse de loyer fondée sur une augmentation des coûts ou sur une amélioration créant une plus-value -, il faudrait déduire a contrario que des calculs précis n'avaient pas à figurer sur l'avis litigieux. La recourante aurait suffisamment renseigné l'intimé sur le calcul des nouvelles provisions grâce aux pièces produites en première instance cantonale.

3.2.1 En matière de baux d'habitations et de locaux commerciaux, on entend par frais accessoires les dépenses effectives du bailleur pour des prestations en rapport avec l'usage de la chose, telles que frais de chauffage, d'eau chaude et autres frais d'exploitation, ainsi que les contributions publiques qui résultent de l'utilisation de la chose (art. 257b al. 1 CO). De tels frais ne sont à la charge du locataire que si cela a été convenu spécialement (art. 257a al. 2 CO); dans ce cas, les parties peuvent prévoir un système forfaitaire ou un système fondé sur les coûts effectifs, avec versement d'un acompte à valoir sur le décompte final (art. 4 OBLF; DAVID LACHAT, Le bail à loyer, 2008, p. 336 n^os 2.4 et 2.5). A défaut de convention, ces frais sont compris dans le loyer (ATF 121 III 460 consid. 2a/aa).

En cours de contrat, le bailleur peut décider de modifier le régime des frais accessoires, en particulier de facturer séparément au locataire des frais accessoires jusque-là inclus dans le montant du loyer ou de facturer des frais nouvellement survenus. Il doit toutefois procéder conformément à l'art. 269d CO, et le locataire peut contester la modification s'il la juge abusive (art. 270b CO; ATF 121 III 460 consid. 2a/bb et consid. 3; LACHAT, op. cit., p. 336 s. n^os 3.1 et 3.2).

Selon l'art. 269d al. 1 et 2 CO, l'avis de majoration du loyer, avec indication des motifs, doit parvenir au locataire dix jours au moins avant le début du délai de résiliation et être effectué au moyen d'une formule agréée par le canton; la majoration de loyer est nulle lorsqu'elle n'est pas notifiée au moyen de la formule officielle, que les motifs ne sont pas indiqués ou qu'elle est assortie d'une résiliation ou d'une menace de résiliation. Ces règles s'appliquent dans la même mesure à la modification unilatérale au détriment du locataire consistant par exemple à facturer séparément les frais accessoires précédemment inclus dans le loyer (art. 269d al. 3 CO et ATF 121 III 460 consid. 4a).

L'art. 19 OBLF exige que la formule destinée à communiquer au locataire la modification unilatérale du contrat contienne la désignation des prétentions, la date de leur entrée en vigueur, les motifs précis justifiant ces prétentions (al. 1 let. b), ainsi que les conditions légales dans lesquelles le locataire peut contester le bien-fondé de la prétention, la liste des autorités de conciliation existant dans le canton et leur compétence à raison du lieu (al. 1 let. c). Si le motif figure dans une lettre d'accompagnement, le bailleur doit se référer expressément à cette lettre dans la formule officielle (al. 1^bis); un tel mode de procéder était auparavant prohibé par la jurisprudence (cf. ATF 120 II 206 consid. 3b).

Selon la jurisprudence, l'art. 269d CO prescrit une forme écrite qualifiée qui s'étend à la motivation de la modification annoncée. Les renseignements donnés par un autre moyen peuvent préciser ou servir à l'interprétation des motifs mentionnés sur l'avis formel - ou sur l'annexe, conformément à l'art. 19 al. 1^bis OBLF -, mais non les étendre ni remplacer une indication omise. Les motifs doivent être précis; ils doivent permettre au locataire de saisir la portée et la justification de la modification de manière à pouvoir apprécier en pleine connaissance de cause l'opportunité de la contester ou non (ATF 121 III 6 consid. 3a et 460 consid. 4a/bb et cc; ATF 117 II 458 consid. 2a; plus récemment, arrêt 4A_409/2009 du 1^er février 2010 consid. 2.1).

La motivation telle qu'indiquée dans la formule officielle constitue une manifestation de volonté du bailleur (arrêt 4C.245/1999 du 3 janvier 2000 consid. 3a, in mp 2000 p. 27; ATF 118 II 130 consid. 2b). Si le locataire et le bailleur ne sont pas d'accord sur le sens ou la portée de cette communication, il faut l'interpréter selon le principe de la confiance; sont prises en compte les facultés de compréhension du locataire et toutes les circonstances du cas particulier (ATF 121 III 460 consid. 4a/cc; arrêt 4A_409/2009 précité, ibidem).

La motivation de la modification est insuffisante lorsqu'elle n'indique pas à quels frais jusque-là inclus dans le loyer correspondent les frais qui seront désormais facturés séparément; le locataire ne peut se faire une idée de la portée de la modification que s'il a connaissance des montants précédemment dépensés par le bailleur pour les frais qui seront désormais perçus séparément. L'exigence de précision implique non seulement de désigner en détail quels frais accessoires seront à l'avenir facturés directement au locataire, mais aussi de faire apparaître quelle incidence revêt la distraction des frais sur la structure du loyer. On ne saurait renvoyer le locataire à consulter les bases de calcul internes du bailleur, sauf à méconnaître le sens de l'obligation de motiver (arrêt 4C.137/1999 du 23 août 1999 consid. 2b et 2c, in MietRecht Aktuell [MRA] 2000 p. 301). En bref, le locataire doit être en mesure de déterminer si le montant du nouvel acompte correspond à des coûts effectifs, respectivement si le loyer va subir une augmentation (cf. ATF 121 III 460 consid. 4b).

La modification unilatérale qui ne comporte aucune motivation ou qui n'est pas motivée de façon suffisamment précise est nulle (arrêts 4C.330/2002 du 31 janvier 2003 consid. 3.1, in MRA 2003 p. 39; 4C. 245/1999 précité consid. 3a; 4C.137/1999 précité consid. 2d, concernant un cas de nullité partielle; ATF 121 III 6 consid. 3b et 460 consid. 4a/cc).

3.2.2 La doctrine a émis des critiques sur cette jurisprudence qui serait contraire à la lettre de l'art. 269d CO, lequel ne prévoit la nullité que si les motifs ne sont pas indiqués. Une telle pratique créerait des problèmes de sécurité du droit dès lors qu'il serait difficile de déterminer si une motivation est suffisamment précise ou non. Il est aussi objecté que l'art. 19 OBLF, en exigeant l'indication de motifs précis, va plus loin que l'art. 269d CO (RAYMOND BISANG ET AL., Das schweizerische Mietrecht, 3^e éd. 2008, n^os 33 ss ad art. 269d CO; SOMMER/OBERLE, Der Mietzins, 3^e éd. 2007, p. 67; PHILIPPE RICHARD, Les frais accessoires au loyer dans les baux d'habitations et de locaux commerciaux, in 12^e Séminaire sur le droit du bail, 2002, p. 22). Pour certains auteurs, le locataire qui estime la motivation pas assez précise devrait à tout le moins agir dans le délai de contestation de l'art. 270b CO (BISANG ET AL., op. cit., n° 35 ad art. 269d CO; ROGER WEBER, in Basler Kommentar, Obligationenrecht, vol. I, 4^e éd. 2007, n° 7b ad art. 269d CO; critique sur cette proposition, PETER HIGI, Zürcher Kommentar, 4^e éd. 1998, n° 118 ad art. 269d CO).

3.3 En l'occurrence, l'avis litigieux du 26 mai 2008 annonce l'introduction d'une provision annuelle de 1'728 fr. (soit 144 fr. par mois) pour divers frais accessoires, moyennant une réduction proportionnelle du nouveau loyer. Comme le relève l'autorité intimée, l'avis officiel ne comporte aucune indication permettant de comparer les frais accessoires inclus dans le loyer net avec les "nouveaux" frais accessoires que la recourante entend désormais facturer séparément. Le locataire n'a pas d'élément lui permettant d'apprécier dans quelle mesure le montant de la provision correspond aux coûts effectifs qu'il devra assumer; la simple précision selon laquelle le loyer est réduit proportionnellement aux acomptes exigés ne lui permet de tirer aucune conclusion à cet égard. S'il n'est certes pas possible de chiffrer avec exactitude le coût futur des frais liés à l'usage (BISANG ET AL., op. cit., n° 26 ad art. 269d CO), le locataire doit à tout le moins être renseigné sur les coûts qu'ils ont générés jusque-là. L'avis litigieux ne permet pas non plus de savoir si de nouveaux frais sont introduits par rapport à ceux qui étaient inclus dans le loyer. Il importe peu que la recourante ait fourni en cours de procédure cantonale des pièces propres à donner de tels renseignements, respectivement qu'elle ait donné des explications orales et écrites aux locataires avant la notification de la formule officielle. La portée et les motifs de la modification doivent en effet impérativement revêtir la forme écrite qualifiée, cas échéant en faisant usage de la faculté offerte par l'art. 19 al. 1^bis OBLF. La doctrine propose des modèles de formulations relativement brèves qui permettent toutefois au locataire de percevoir la portée d'une modification telle que celle envisagée par la recourante (cf. BISANG ET AL., op. cit., n° 68 ad art. 269d CO, cité par BEAT ROHRER, Nebenkosten, MRA 2008 p. 109; SOMMER/OBERLE, op. cit., p. 89; ces modèles n'envisagent pas l'introduction de frais nouveaux).

En bref, l'avis officiel ne permettait pas à l'intimé d'apprécier si la modification requise par la recourante était économiquement neutre ou si elle impliquait une augmentation de loyer, voire l'introduction de nouveaux coûts. La recourante établit à tort un parallèle avec l'exigence de motivation en cas de hausse de loyer fondée sur une augmentation des coûts ou une amélioration avec plus-value. Dans une telle hypothèse, la comparaison de l'ancien et du nouveau loyer permet sans autre de mesurer la portée de la modification, de sorte qu'il n'est pas nécessaire que l'avis officiel contienne le calcul précis à l'origine de la hausse (cf. art. 20 OBLF). Dans le cas d'espèce, la comparaison des deux loyers n'offre pas une information suffisante puisque le locataire ignore quels frais effectifs l'ancien loyer servait à couvrir.

L'autorité précédente n'a ainsi pas enfreint le droit fédéral en considérant que la modification relative aux frais accessoires était nulle. Indépendamment des débats sur la nature consensuelle ou non de la modification signifiée par le bailleur, il faut admettre que cette faculté consacrée à l'art. 269d CO est étroitement liée au droit de contestation du locataire (cf. BISANG ET AL., op. cit., n° 3 ad art. 269d CO; WEBER, op. cit., n^os 1 et 1a ad art. 269d CO; cf. aussi HIGI, op. cit., n° 153 des remarques préliminaires aux art. 269-270e CO; ATF 124 III 67 consid. 3). Si le locataire renonce à faire valoir le caractère abusif de la modification, il doit le faire en connaissance de cause. Tel ne peut pas être le cas lorsque la portée même de la modification n'est pas discernable. La sanction ne saurait différer de celle prévue pour l'hypothèse où l'étendue de la modification apparaît clairement mais où les motifs qui la justifient ne sont pas précisés.