1. Les intimées contestent la recevabilité du recours à un double titre: l'exigence d'épuisement préalable des voies de droit cantonales ne serait pas satisfaite; en outre, la décision ne serait pas susceptible de causer un préjudice irréparable.

1.1 De l'avis des intimées, le présent recours est irrecevable dès lors qu'il est dirigé contre une décision de mesures superprovisionnelles à laquelle succédera nécessairement une ordonnance provisionnelle de l'autorité cantonale. Les recourantes soutiennent en revanche que l'ordonnance attaquée, nonobstant son intitulé, est en réalité une ordonnance de mesures provisionnelles qui, comme telle, est susceptible d'être déférée au Tribunal fédéral.

1.1.1 Les mesures superprovisionnelles sont rendues en cas d'urgence particulière; elles se distinguent des mesures provisionnelles (ordinaires) uniquement par le fait qu'elles sont rendues sans que la partie adverse soit entendue préalablement (art. 265 al. 1 CPC). Si le juge rend de telles mesures, il doit ensuite rapidement entendre la partie adverse et statuer sans délai sur la requête de mesures provisionnelles proprement dites (art. 265 al. 2 CPC). Il rend alors une décision sur mesures provisionnelles qui remplace la décision superprovisionnelle. Les mesures provisionnelles restent en principe en vigueur jusqu'à l'entrée en force de la décision au fond; elle peuvent toutefois être modifiées ou révoquées si les circonstances se sont modifiées après leur prononcé, ou s'il s'avère par la suite qu'elles sont injustifiées (art. 268 CPC).

Les mesures provisionnelles rendues par un tribunal de première instance peuvent être déférées à l'autorité cantonale supérieure par la voie de l'appel ou du recours stricto sensu (art. 308 al. 1 let. b et art. 319 let. a CPC); celles rendues par le tribunal supérieur, statuant sur recours ou comme instance cantonale unique, peuvent être portées devant le Tribunal fédéral par la voie du recours en matière civile ou du recours constitutionnel subsidiaire (art. 98 LTF). Les mesures superprovisionnelles ne sont en revanche pas susceptibles de recours, ni auprès de l'autorité cantonale supérieure lorsqu'elles émanent d'une autorité inférieure, ni auprès du Tribunal fédéral. L'exclusion de tout recours au Tribunal fédéral découle de l'obligation d'épuiser les voies de recours cantonales; la procédure provisionnelle doit être poursuivie devant l'autorité saisie afin d'obtenir le remplacement des mesures superprovisionnelles par des mesures provisionnelles. Au demeurant, cette exclusion du recours se justifie aussi par le fait que le requérant parviendra en principe plus rapidement à ses fins en continuant la procédure devant le juge saisi plutôt qu'en déposant un recours auprès d'une nouvelle autorité (ATF 137 III 417).

Lorsqu'un recours dirigé contre des mesures provisionnelles est admis, que la décision attaquée est annulée, et la cause renvoyée au juge précédent pour nouvelle décision, la procédure se trouve ramenée au stade où elle se trouvait juste avant que la décision annulée soit rendue, c'est-à-dire à un stade où les mesures superprovisionnelles sont encore en vigueur. L'annulation de la décision de mesures provisionnelles fait ainsi renaître les mesures superprovisionnelles (arrêt 4A_178/2011 du 28 juin 2011 consid. 4, non publié à l' ATF 137 III 324; apparemment contra LORENZA FERRARI HOFER, Discussions d'arrêts actuels, PJA 2012 p. 281 n^os 24-26).

1.1.2 Le juge à qui la cause est renvoyée doit à nouveau, et sans délai, statuer sur la requête de mesures provisionnelles proprement dites, et donc rendre une nouvelle décision de mesures provisionnelles (ordinaires) terminant en principe la procédure provisionnelle, sous réserve d'éléments nouveaux (art. 268 al. 1 CPC). Il se peut toutefois que le juge ne soit pas en mesure de statuer à bref délai, notamment lorsque, comme en l'espèce, il est tenu de requérir au préalable une expertise technique succincte. Dans une telle hypothèse, il lui appartient le cas échéant de statuer, au vu des éléments dont il dispose à ce stade, sur le maintien, la modification ou la suppression des mesures précédemment ordonnées à titre superprovisionnel, et ce, pour la durée restante de la procédure provisionnelle, jusqu'à ce qu'il ait réuni les éléments nécessaires pour se prononcer en principe définitivement sur les mesures provisionnelles requises (cf. arrêt 4A_178/2011 précité consid. 4).

Une telle décision, qui pourrait être qualifiée d'intermédiaire, a un caractère particulier. Elle intervient après l'audition des parties, mais avant que le juge statue sur la requête de mesures provisionnelles proprement dites et mette ainsi fin à la procédure provisionnelle, sous réserve d'éléments nouveaux. Cette décision intermédiaire ne restera pas en vigueur jusqu'à la décision au fond, mais devra être remplacée par une décision de mesures provisionnelles dès que le juge disposera des éléments nécessaires pour rendre une telle décision, ce qui pourra, selon les circonstances, prendre du temps. Se pose donc la question de savoir si la décision intermédiaire doit être assimilée à une décision de mesures provisionnelles ou à une décision de mesures superprovisionnelles; en dépend l'existence ou non d'une possibilité de recours.

Les mesures superprovisionnelles ont pour trait spécifique d'être rendues avant l'audition de la partie adverse, en cas d'urgence particulière; l'exclusion de toute voie de recours contre de telles mesures est notamment justifiée par le fait qu'elles sont censées avoir une durée très limitée et être remplacées à bref délai par des mesures provisionnelles attaquables. En conséquence, l'on ne saurait assimiler à une telle protection superprovisoire des mesures prononcées après audition des parties, et susceptibles de rester en vigueur durant un laps de temps important. En bref, lorsque le juge statue sur le sort des mesures superprovisionnelles réactivées par l'annulation d'une décision sur mesures provisionnelles et qu'il le fait à titre intermédiaire, pour la durée restante de la procédure provisionnelle, il rend une décision de mesures provisionnelles susceptible de recours.

1.2 De l'avis des intimées, la décision attaquée - de nature incidente - n'est pas susceptible de causer un préjudice irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF, dès lors qu'elle n'est pas vouée à rester en vigueur jusqu'à la décision finale au fond, mais seulement jusqu'à la décision sur mesures provisionnelles, que le juge rendra dès réception du rapport d'expert.

La date à laquelle le juge pourra rendre une nouvelle décision fondée sur l'expertise requise et ainsi clore la procédure provisionnelle est inconnue; selon les circonstances, la procédure peut durer. Même si la décision au fond interviendra à une date plus tardive que la décision sur mesures provisionnelles, on ne discerne pas en quoi il y aurait une différence essentielle dans la nature des durées des deux procédures qui imposerait une interprétation différente de la notion de préjudice irréparable. Pour les motifs exposés par la cour de céans dans son arrêt du 26 juin 2012 (arrêt 4A_36/2012 du 26 juin 2012 consid. 1.3, in sic! 2012 p. 627), il y a lieu d'admettre un risque de préjudice irréparable découlant de la décision attaquée.

(...)

4. Les recourantes reprochent ensuite au juge précédent d'avoir appliqué arbitrairement l'art. 261 al. 1 CPC en admettant que la marque de forme des intimées était vraisemblablement valable. Elles relèvent que la cour de céans a annulé les mesures provisionnelles du 11 novembre 2011 pour arbitraire, au motif que le juge avait tranché en faveur des intimées sans disposer d'éléments de preuve sérieux; en rendant la même décision que dans l'ordonnance annulée, alors que la situation demeurait inchangée et que l'expertise n'avait pas encore été ordonnée, l'autorité cantonale aurait versé dans l'arbitraire. Elle aurait également appliqué de façon arbitraire les règles sur le fardeau de la preuve quant à la validité de la marque.

4.1 A défaut d'éléments nouveaux, et en particulier avant le dépôt de l'expertise exigée par la cour de céans dans son arrêt du 26 juin 2012, le juge précédent ne pouvait pas rendre une nouvelle décision mettant fin à la procédure de mesures provisionnelles. Il ne l'a pas fait. Les recourantes perdent de vue que la décision attaquée est une décision intermédiaire, rendue sur la base des éléments disponibles à ce stade, éléments par définition insuffisants pour rendre une décision provisionnelle en principe définitive. Si l'ordonnance du 11 novembre 2011, favorable aux intimées, a dû être annulée en raison de l'insuffisance des éléments nécessaires pour trancher la requête de mesures provisionnelles proprement dites, cela n'implique pas nécessairement de priver les intimées de toute protection provisoire jusqu'à ce que puisse être rendue une décision réglant en principe définitivement le sort de la requête.

4.2 Celui qui requiert des mesures provisionnelles doit rendre vraisemblable qu'une prétention dont il est titulaire est l'objet d'une atteinte - ou risque de l'être -, et qu'il s'expose de ce fait à un préjudice difficilement réparable (art. 261 al. 1 CPC). Un fait est rendu vraisemblable si le juge, en se basant sur des éléments objectifs, a l'impression que le fait invoqué s'est produit, sans pour autant devoir exclure la possibilité qu'il ait pu se dérouler autrement (ATF 132 III 715 consid. 3.1 p. 720; ATF 130 III 321 consid. 3.3 p. 325); le juge peut en outre se limiter à un examen sommaire des questions de droit (ATF 131 III 473 consid. 2.3 p. 476; ATF 108 II 69 consid. 2a p. 72).

L'enregistrement d'une marque n'intervient que si l'Institut Fédéral de la Propriété Intellectuelle n'a constaté aucun motif de nullité formel ou matériel (art. 30 de la loi fédérale du 28 août 1992 sur la protection des marques et des indications de provenance [LPM; RS 232.11]). Il n'est pas arbitraire d'en déduire que la marque est, de prime abord et à défaut d'autres éléments, vraisemblablement valable (cf. KAMEN TROLLER, Précis du droit suisse des biens immatériels, 2^e éd. 2006, p. 421; EUGEN MARBACH, Markenrecht, SIWR vol. III/1, 2^e éd. 2009, p. 146 n. 475; voir aussi LUCAS DAVID, Die Bindung des Zivilrichters ans verwaltungsrechtliche Präjudiz, sic! 2012 p. 442). L'arrêt de la cour de céans du 26 juin 2012 retient dans ce sens qu'il appartenait aux recourantes de rendre vraisemblable que la marque des intimées ne pouvait pas être protégée (cf. ATF 132 III 83 consid. 3.2).

En l'espèce, le juge précédent a retenu dans la décision attaquée que rien n'entamait en l'état la vraisemblance de la validité de la marque. Les recourantes ne présentent pas de critique spécifique sur ce point et ne démontrent en particulier pas quels éléments ressortant du dossier impliquaient d'admettre la vraisemblance de l'invalidité de la marque.

Les recourantes insistent sur le fait que dans des procédures opposant les intimées à d'autres vendeurs de capsules à café, le juge des mesures provisionnelles n'a pas interdit la commercialisation. Il s'agit là pour partie de faits nouveaux irrecevables. Quoi qu'il en soit, le juge des mesures provisionnelles statue à l'aune de la simple vraisemblance et la cour de céans n'examine sa décision que sous l'angle restreint de l'arbitraire; le fait que des décisions divergentes aient pu être rendues dans des procédures similaires impliquant d'autres parties, au surplus pour des motifs inconnus, n'impliquerait pas que le grief d'arbitraire soit fondé. Quant au grief soulevé à propos du risque de confusion généré par la vente de capsules concurrentes, les recourantes se placent exclusivement sur le terrain de l'inégalité de traitement, sans soutenir ni démontrer - à supposer qu'elles puissent encore le faire à ce stade - que l'admission d'un tel risque relèverait d'une application arbitraire de la LPM.

5. Les recourantes se plaignent encore d'arbitraire dans l'application de l'art. 261 al. 1 let. b CPC. Elles reprochent au juge précédent d'avoir procédé à une appréciation arbitraire des intérêts en présence, en considérant à tort, et en porte-à-faux avec l'arrêt du 26 juin 2012, que la commercialisation des capsules entraînerait un préjudice irréparable pour les intimées, et supérieur au préjudice que les recourantes subiraient en cas d'interdiction de la commercialisation.

Les recourantes partent d'une fausse prémisse: il n'y a pas à opposer les préjudices auxquels les parties sont exposées pour décider s'il y a lieu d'interdire ou non la commercialisation d'un produit par voie de mesures provisionnelles. Encore une fois, ces mesures sont prononcées si la partie requérante rend vraisemblable qu'une prétention dont elle est titulaire est l'objet d'une atteinte ou risque de l'être (art. 261 al. 1 let. a CPC; art. 59 let. d LPM), et que cette atteinte risque de lui causer un préjudice difficilement réparable (art. 261 al. 1 let. b CPC). Il suffit que la partie requérante risque un préjudice difficilement réparable - élément dont les recourantes ne contestent pas en soi la réalisation; il n'est pas nécessaire que ce préjudice soit plus important ou plus vraisemblable que celui qu'encourrait la partie adverse au cas où les mesures requises seraient ordonnées. Au besoin, des sûretés peuvent être ordonnées pour protéger la partie adverse, ce qui a précisément été fait. Pour le surplus, les recourantes ne prétendent pas qu'une mesure moins incisive aurait pu et dû être prononcée. Elles ne critiquent pas le montant des sûretés requises.