Alors que la teneur de l'art. 442 al. 4 CPP donne explicitement la compétence aux autorités pénales pour ordonner la compensation, le Message, dans sa version française, est contradictoire pour laisser entendre que seule une autorité de recouvrement le serait ("C'est à l'autorité chargée du recouvrement des frais de procédure et non à une autorité pénale au sens des art. 12 et 13 qu'il appartient d'ordonner ou non la compensation" [FF 2006 1318 ch. 2.11.2]). Cette approche ne se retrouve cependant pas dans les versions allemande et
italienne du Message, qui sont plus nuancées ("Dabei kann die Behörde, welche das Inkasso der Verfahrenskosten vornimmt und die nicht eine Strafbehörde im Sinne der Artikel 12 und 13 zu sein braucht, die Verrechnung erklären" [BBl 2006 1334 Ziff. 2.11.2]; "Spetta all'autorità incaricata della riscossione delle spese procedurali, che non deve necessariamente essere un'autorità penale ai sensi degli articoli 12 e 13, stabilire se procedere alla compensazione" [FF 2006 1236 n. 2.11.2]). La majorité de la doctrine ne conteste pas la compétence de l'autorité pénale de prononcer la compensation, relevant qu'elle n'est pas réservée aux tribunaux mais peut aussi incomber aux autorités d'exécution chargées du recouvrement des frais (cf. ANGELA CAVALLO, in Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung [StPO], Donatsch/Hansjakob/Lieber [ed.], 2
e éd. 2014, n° 18 ad art. 442 CPP; JO PITTELOUD, Code de procédure pénale suisse [CPP], 2012, n° 1401 dernier § ad art. 442 CPP p. 922; NIKLAUS SCHMID, Schweizerische Strafprozessordnung [StPO], 2
e éd. 2013, n° 8 ad art. 442 CPP; FRANZ RIKLIN, in Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung [StPO], 2
e éd. 2014, n° 5 ad art. 442 CPP [ce dernier auteur met quant à lui en cause la compétence des autorités de recouvrement]). Seuls quelques auteurs francophones, en référence au Message dans sa version française, signalent une compétence de l'autorité de recouvrement (cf. MOREILLON/PAREIN-REYMOND, CPP, Code de procédure pénale, 2
e éd. 2016, n° 9 ad art. 442 CPP; MICHEL PERRIN, in Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2011, n° 10 ad art. 442 CPP p. 1944). Dans l'arrêt précité publié aux ATF 139 IV 243 consid. 5.2, le Tribunal fédéral avait déjà laissé entendre la faculté pour les autorités pénales de prononcer la compensation, celle-ci étant cependant exclue dans le cas jugé en raison de la nature de l'indemnité (tort moral) sur laquelle elle portait.