A.

A.a La société en nom collectif X. exploitait une entreprise de construction et de génie civil active principalement dans le canton de Neuchâtel. Les associés de la société étaient F. et G. Le personnel de l'entreprise était assuré pour la prévoyance professionnelle auprès de la Fondation de prévoyance en faveur du personnel cadre de l'entreprise X. (ci-après: la Fondation du personnel cadre) et auprès de la Fondation en faveur du personnel d'exploitation de l'entreprise X. (ci-après: la Fondation du personnel d'exploitation). F. et G. siégeaient dans les conseils de fondation de ces deux institutions de prévoyance, le premier en qualité de président. L'organe de contrôle de ces institutions de prévoyance était la société Y. SA.

A.b A la fin des années 1980, X. a commencé à rencontrer des difficultés financières. Dans ce contexte, la société n'a plus versé régulièrement les cotisations de prévoyance dues aux deux institutions de prévoyance auprès desquelles son personnel était assuré. D'après les rapports de contrôle établis par Y. SA à compter de l'exercice 1991, les montants des créances des institutions de prévoyance auprès de l'employeur ne respectaient pas les normes légales admissibles en matière de placement chez l'employeur. Au 31 décembre 1996, le montant de la dette à l'égard de la Fondation du personnel cadre s'élevait à 4'883'547 fr. 95 sur un total du bilan de 8'021'074 fr. 30, tandis que le montant de la dette à l'égard de la Fondation du personnel d'exploitation s'élevait à 1'947'432 fr. 16 sur un total du bilan de 2'687'874 fr. 81; les liquidités disponibles semblaient par ailleurs insuffisantes pour le règlement des engagements à court terme et des prestations de libre passage.

A.c Propriétaire d'un important parc immobilier dans le canton de Neuchâtel, X. a proposé au début de l'année 1995, dans le but d'éteindre par compensation ses dettes de cotisations, de transférer aux institutions de prévoyance l'un de ses immeubles. Après avoir initialement exprimé son opposition à une telle opération, l'Autorité de surveillance des institutions de prévoyance et des fondations de la République et canton de Neuchâtel (ci-après: l'autorité de surveillance) a donné son accord au transfert de propriété au mois d'avril 1996. L'opération a toutefois échoué en raison du refus signifié par la banque créancière hypothécaire.

A.d Vu la situation préoccupante dans laquelle se trouvaient les institutions de prévoyance, l'autorité de surveillance a, par décision du 25 novembre 1996, relevé les membres des deux conseils de fondation de leurs fonctions et désigné la société Z. SA en qualité de curatrice. Dans le prolongement de cette mesure, les responsables de X., les créanciers bancaires et hypothécaires, la curatrice des institutions de prévoyance, la société Y. SA (en exécution d'un mandat d'assistance technique et de coordination) ainsi que des représentants de la République et canton de Neuchâtel ont élaboré un plan de sauvetage de l'entreprise X. incluant notamment l'assainissement des deux institutions de prévoyance. Dans ses grandes lignes, la solution adoptée comprenait la reprise, avec effet au 1^er janvier 1997, de l'exploitation de l'entreprise de construction (y compris les obligations courantes en matière de prévoyance professionnelle incombant précédemment à X.) par une nouvelle société dénommée X. SA et le transfert aux deux institutions de prévoyance, à titre de paiement des dettes de cotisations, d'un certain nombre d'immeubles appartenant à X.

A.e Le 24 novembre 1997, X., X. SA et la Fondation du personnel cadre ont conclu une convention - dont le contenu avait été préalablement approuvé par l'autorité de surveillance - aux termes de laquelle X. s'engageait notamment à transférer à l'institution de prévoyance des biens immobiliers (garages et terrains à bâtir) pour une valeur de 4'883'547 fr. 95 en compensation de la dette qu'elle avait à son égard. Le même jour, une convention similaire portant sur une valeur de 1'640'072 fr. 16 a été passée avec la Fondation du personnel d'exploitation. Les engagements respectifs des parties ont été complétés par une convention additionnelle conclue le 17 février 1998.

A.f X. a déposé une demande de sursis concordataire le 25 février 1998, qui a abouti à l'homologation d'un concordat par abandon d'actifs le 7 juin 1999. La procédure de liquidation n'est à ce jour pas terminée.

A.g Le 3 novembre 2000, l'autorité de surveillance a déposé auprès du Ministère public de la République et canton de Neuchâtel une dénonciation pénale portant sur la gestion de la Fondation du personnel cadre et de la Fondation du personnel d'exploitation. Une information a été ouverte à l'encontre de F. et de M., ancien directeur financier de X., pour faits de gestion déloyale. Par ordonnance du 7 juin 2004, le Ministère public a prononcé un non-lieu pour motifs de droit et insuffisance de charges.

B.

B.a X. SA a mis un terme avec effet au 31 décembre 1998, respectivement au 31 décembre 2000 aux rapports de prévoyance avec la Fondation du personnel d'exploitation (courriers des 30 septembre et 17 décembre 1998) et la Fondation du personnel cadre (courrier du 8 décembre 2000). Par deux décisions du 12 mars 2001, l'autorité de surveillance a constaté la dissolution des deux institutions de prévoyance, prononcé leur mise en liquidation, relevé Z. SA de son mandat de curatrice et désigné deux liquidateurs. La procédure de liquidation des deux fondations n'est à ce jour pas terminée.

B.b En réponse à une demande des liquidateurs de la Fondation du personnel cadre, le Fonds de garantie LPP a, par décision du 26 juin 2002, accepté de verser la somme de 5'235'000 fr. à titre de garantie des prestations légales et réglementaires en faveur des assurés de l'institution de prévoyance.

C. La Fondation du personnel cadre et la Fondation du personnel d'exploitation ont ouvert devant le Tribunal administratif de la République et canton de Neuchâtel (depuis le 1^er janvier 2011: la Cour de droit public du Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel) des actions en responsabilité contre Z. SA (le 14 février 2006), Y. SA (le 17 février 2006), M. (le 5 mai 2006), la République et canton de Neuchâtel, en qualité d'autorité répondant des actes commis par l'autorité de surveillance (le 14 novembre 2006), et X. (le 8 mai 2007). Le traitement de ces actions a été tacitement ajourné en attendant que la juridiction cantonale se prononce sur l'action introduite dans l'intervalle par le Fonds de garantie LPP.

D. Par mémoire du 5 avril 2006, le Fonds de garantie LPP a ouvert action devant le Tribunal administratif de la République et canton de Neuchâtel contre la République et canton de Neuchâtel, la Banque cantonale neuchâteloise (en qualité de banque hypothécaire et commerciale), Y. SA, X., F., G., X. SA et Z. SA, en concluant à ce que les défendeurs soient condamnés solidairement à lui payer la somme de 5'234'387 fr. 05 avec intérêt de 5 % dès le 26 juin 2002, sous déduction du produit de la liquidation de la Fondation du personnel cadre revenant au Fonds de garantie LPP, ou, à titre subsidiaire, à ce qu'ils soient condamnés solidairement à lui verser un montant équitable à fixer par le Tribunal.

La juridiction cantonale a ordonné le 29 octobre 2010 la jonction des causes et requis la production de divers dossiers et documents, puis refusé le 23 septembre 2011 l'administration de preuves supplémentaires.

Le 5 avril 2012, le Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel a rendu l'arrêt suivant:

E. Le Tribunal fédéral a été saisi de cinq recours en matière de droit public interjetés contre l'arrêt du Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel du 5 avril 2012:

X. en liquidation concordataire a conclu à la réforme du jugement attaqué dans le sens du rejet des conclusions prises par le Fonds de garantie LPP. A titre subsidiaire, elle a demandé l'annulation du jugement et le renvoi de la cause à la juridiction cantonale (cause 9C_400/2012).

X. SA a conclu à la réforme du jugement attaqué dans le sens du rejet de la demande dirigée contre elle par le Fonds de garantie LPP et, en tant que besoin, au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour nouvelle décision sur les dépens (cause 9C_407/2012).

La Banque cantonale neuchâteloise a conclu à la réforme du jugement attaqué dans le sens de l'allocation d'une indemnité de dépens de 316'209 fr. 05 à la charge du Fonds de garantie LPP. A titre subsidiaire, elle a demandé l'annulation du jugement et le renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants (cause 9C_411/2012).

La République et canton de Neuchâtel a conclu à la réforme du jugement attaqué dans le sens du rejet de la demande dirigée contre elle par le Fonds de garantie LPP et au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour nouvelle décision sur les dépens (cause 9C_412/2012).

Y. SA a conclu à la réforme du jugement attaqué dans le sens du rejet de la demande dirigée contre elle par le Fonds de garantie LPP. A titre subsidiaire, elle a demandé l'annulation du jugement et le renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants (cause 9C_422/2012).

F. Le Fonds de garantie LPP a conclu au rejet des recours dans la mesure de leur recevabilité, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales n'a pas déposé d'observations. Les parties recourantes ont renoncé à déposer des observations complémentaires.

2.2 En matière de responsabilité étatique, le recours en matière de droit public n'est recevable que si la valeur litigieuse s'élève au moins à 30'000 fr. (art. 85 al. 1 let. a LTF). En cas de recours contre une décision finale, cette valeur est déterminée par les conclusions - recevables - restées litigieuses devant l'autorité précédente juste avant que celle-ci prononce le jugement (art. 51 al. 1 let. a LTF). Lorsque la valeur litigieuse est inférieure au montant déterminant, le recours en matière de droit public est néanmoins recevable si la contestation soulève une question juridique de principe (art. 85 al. 2 LTF). Le Tribunal fédéral n'a pas encore été amené à se prononcer sur la recevabilité de recours en matière de droit public portant sur des litiges fondés sur les règles de responsabilité des art. 52 et 56a LPP dont la valeur litigieuse est inférieure à 30'000 fr., singulièrement sur la question de savoir si de tels litiges constituent des cas de responsabilité étatique au sens de l'art. 85 al. 1 let. a LTF (sur la notion de "responsabilité étatique", cf. ATF 137 V 51 consid. 4 p. 54; ATF 135 V 98 consid. 5 p. 101; MÉLANIE FRETZ, La responsabilité selon l'art. 52 LAVS: une comparaison avec les art. 78 LPGA et 52 LPP, REAS 2009 p. 249). La question peut demeurer indécise, car les conclusions restées litigieuses sur le fond devant l'autorité précédente juste avant que celle-ci ne prononce le jugement s'élevaient à 5'234'387 fr. 05, de sorte que la valeur litigieuse atteint en tout état de cause le seuil de 30'000 fr. fixé à l'art. 85 al. 1 let. a LTF. (...)

(...)

5. (...)

5.1 D'après l'art. 73 LPP, la procédure en matière de prévoyance professionnelle doit être simple, rapide et, en principe, gratuite. Lorsque le litige porte sur une contestation opposant le Fonds de garantie LPP aux personnes responsables de l'insolvabilité de l'institution de prévoyance ou du collectif d'assurés (art. 73 al. 1 let. d LPP), l'action est ouverte à l'initiative du premier nommé par une écriture qui doit désigner les personnes recherchées, contenir des conclusions ainsi qu'une motivation; c'est elle qui déclenche l'ouverture de la procédure et détermine l'objet du litige et les parties en cause (maxime de disposition; ATF 129 V 450 consid. 3.2 p. 453 et la référence). Dans les limites de l'objet du litige tel qu'il a été déterminé par les conclusions de la demande et les faits invoqués à l'appui de celle-ci, le juge de première instance n'est toutefois pas lié par les prétentions des parties; il peut ainsi adjuger plus ou moins que demandé à condition de respecter leur droit d'être entendues (ATF 135 V 23 consid. 3.1 p. 26; voir également arrêt 4A_487/2007 du 19 juin 2009 consid. 7.1).

5.2 Conformément à l'art. 73 al. 2, 2^e phrase, LPP, la maxime inquisitoire est applicable à la procédure en matière de prévoyance professionnelle. En vertu de ce principe, il appartient au juge d'établir d'office l'ensemble des faits déterminants pour la solution du litige et d'administrer, le cas échéant, les preuves nécessaires. En principe, les parties ne supportent ni le fardeau de l'allégation ni celui de l'administration des preuves. Cette maxime doit cependant être relativisée par son corollaire, soit le devoir de collaborer des parties, lequel comprend l'obligation d'apporter, dans la mesure où cela est raisonnablement exigible, les preuves commandées par la nature du litige et des faits invoqués (ATF 138 V 86 consid. 5.2.3 p. 97; ATF 125 V 193 consid. 2 p. 195). Si le principe inquisitoire dispense les parties de l'obligation de prouver, il ne les libère pas du fardeau de la preuve, dans la mesure où, en cas d'absence de preuve, c'est à la partie qui voulait en déduire un droit d'en supporter les conséquences, sauf si l'impossibilité de prouver un fait peut être imputée à la partie adverse. Cette règle ne s'applique toutefois que s'il se révèle impossible, dans le cadre de la maxime inquisitoire et en application du principe de la libre appréciation des preuves, d'établir un état de fait qui correspond, au degré de la vraisemblance prépondérante, à la réalité (ATF 117 V 261 consid. 3b p. 264 et les références; voir également MEYER/UTTINGER, in LPP et LFLP, Commentaire, Schneider/Geiser/Gächter [éd.], 2010, n° 94 ad art. 73 LPP).

5.3 Dans le domaine des assurances sociales, le juge fonde généralement sa décision sur les faits qui, faute d'être établis de manière irréfutable, apparaissent comme les plus vraisemblables, c'est-à-dire qui présentent un degré de vraisemblance prépondérante. Il ne suffit donc pas qu'un fait puisse être considéré seulement comme une hypothèse possible; la vraisemblance prépondérante suppose que, d'un point de vue objectif, des motifs importants plaident pour l'exactitude d'une allégation, sans que d'autres possibilités ne revêtent une importance significative ou n'entrent raisonnablement en considération (ATF 135 V 39 consid. 6.1 p. 45 et les références; voir également arrêt 9C_717/2009 du 20 octobre 2009 consid. 3.3).

(...)

7. Le Fonds de garantie LPP a, sur la base des art. 56 al. 1 let. b et c et 56a al. 1 LPP, garanti les prestations légales et réglementaires dues par la Fondation du personnel cadre devenue insolvable, puis exercé son droit de recours à l'encontre des personnes qu'il jugeait responsables de l'insolvabilité de l'institution de prévoyance.

7.1 Dans sa teneur initiale en vigueur jusqu'au 31 décembre 1996, l'art. 56 al. 1 let. b LPP (RO 1983 797) confiait le soin au Conseil fédéral d'édicter des prescriptions sur les conditions dont dépendait la prise en charge des prestations légales dues par des institutions de prévoyance devenues insolvables, ainsi que sur le droit de recours contre les organes d'institutions de prévoyance insolvables. Sur la base de cette délégation de compétence, le Conseil fédéral a édicté l'ordonnance du 7 mai 1986 sur l'administration du "fonds de garantie LPP" (OFG 2; RO 1986 867; en vigueur jusqu'au 30 juin 1998, RO 1998 1662). Selon l'art. 11 de cette ordonnance, le Fonds de garantie LPP avait, dans les limites des prestations garanties, un droit de recours contre les personnes responsables de l'insolvabilité de l'institution de prévoyance.

7.2 Afin de consacrer le droit de recours du Fonds de garantie LPP dans une règle de niveau législatif, le législateur a adopté l'art. 56a al. 1 LPP, disposition qui est entrée en vigueur le 1^er janvier 1997 (RO 1996 3067; voir le rapport du 24 août 1995 de la Commission de la sécurité sociale et de la santé publique du Conseil national en réponse à l'initiative parlementaire Rechsteiner, FF 1996 I 528; voir également arrêt du Tribunal fédéral des assurances B 10/05 du 30 mars 2006 consid. 8.2.3.4, in SVR 2006 BVG n° 34 p. 131). En vertu de cette disposition, le Fonds de garantie LPP disposait, à concurrence des prestations garanties, d'un droit de recours contre des personnes responsables de l'insolvabilité de l'institution de prévoyance ou du collectif d'assurés.

7.3 Dans sa teneur applicable depuis le 1^er janvier 2005, l'art. 56a al. 1 LPP prévoit que le Fonds de garantie LPP peut, vis-à-vis des personnes responsables de l'insolvabilité de l'institution de prévoyance ou du collectif d'assurés (depuis le 1^er janvier 2012: de la caisse de pension affiliée [RO 2011 3385]), participer aux prétentions de l'institution au moment du versement des prestations garanties et jusqu'à concurrence de celles-ci. Le Fonds de garantie LPP est désormais subrogé aux droits de l'institution de prévoyance à concurrence des prestations garanties (BEAT CHRISTEN, in LPP et LFLP, Commentaire, Schneider/Geiser/Gächter [éd.], 2010, n° 6 ad art. 56a LPP).

7.4 Le Fonds de garantie LPP a fondé ses prétentions sur des faits qui étaient antérieurs au 31 décembre 2004. Au regard de la réglementation applicable au moment des faits litigieux, le Fonds de garantie LPP n'était pas subrogé aux droits de l'institution de prévoyance, mais disposait d'un droit propre et autonome non seulement contre les organes de celle-ci, mais aussi - à la différence de la responsabilité réglée à l'art. 52 LPP - contre d'autres personnes responsables de l'insolvabilité de l'institution de prévoyance, telles que l'autorité de surveillance ou la société de réassurance (ATF 135 V 163 consid. 5.2 p. 168; ATF 130 V 277 consid. 2.1 p. 280; voir également arrêt précité B 10/05 du 30 mars 2006 consid. 8.1, ainsi qu'ISABELLE VETTER-SCHREIBER, Staatliche Haftung bei mangelhafter BVG-Aufsichtstätigkeit, 1996, p. 254).

8. En tant que norme générale de responsabilité, l'art. 56a al. 1 LPP (dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2004) présuppose la violation fautive d'une obligation (acte illicite); une négligence, même légère, suffit. Il faut également que le lésé ait subi un dommage ainsi que l'existence d'un lien de causalité naturel et adéquat entre le comportement reproché et le dommage (ATF 135 V 373 consid. 2.3 p. 375 et les références).

8.1.1 Le dommage juridiquement reconnu réside dans la diminution involontaire de la fortune nette; il correspond à la différence entre le montant actuel du patrimoine du lésé et le montant qu'aurait ce même patrimoine si l'événement dommageable ne s'était pas produit. Il peut se présenter sous la forme d'une diminution de l'actif, d'une augmentation du passif, d'une non-augmentation de l'actif ou d'une non-diminution du passif (ATF 133 III 462 consid. 4.4.2 p. 471; ATF 132 III 359 consid. 4 p. 366 et les références). Dans le cas particulier, celui-ci consiste dans le montant pris en charge par le Fonds de garantie LPP au titre des prestations qui auraient normalement dû être allouées par l'institution de prévoyance si celle-ci n'était pas devenue insolvable (ATF 135 V 373 consid. 2.3 p. 375 et les références).

8.1.2 Selon une jurisprudence constante, le lésé a également droit, en plus du montant en capital de l'indemnité réparatrice, à l'intérêt compensatoire de ce capital. L'intérêt compensatoire a pour but de placer le lésé dans la situation où il se trouverait si le dommage, respectivement ses conséquences économiques, avaient été réparés au jour de l'acte illicite. Cet intérêt, dont le taux s'élève en principe à 5 % (art. 73 al. 1 CO; ATF 122 III 53 consid. 4b p. 54), est dû dès le moment où les conséquences économiques du fait dommageable se sont produites et court jusqu'au paiement de l'indemnité (ATF 131 III 12 consid. 9.1 p. 22 et les références).

8.1.3 Dire s'il y a eu dommage et quelle en est la quotité est une question de fait qui lie en principe le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 et 2 LTF). C'est en revanche une question de droit (art. 106 al. 1 LTF) de dire si la notion juridique du dommage a été méconnue et de déterminer si l'autorité cantonale s'est fondée sur des principes de calcul admissibles pour le fixer (ATF 132 III 359 consid. 4 p. 366; ATF 130 III 145 consid. 6.2 p. 167 et les références).

8.2 L'illicéité implique une atteinte à un bien juridiquement protégé, qu'il s'agisse de l'atteinte à un droit subjectif absolu (illicéité par le résultat; Erfolgsunrecht) ou de l'atteinte au patrimoine par la violation d'une norme de protection du bien juridiquement atteint (illicéité par le comportement; Verhaltensunrecht). Le patrimoine en soi n'est pas un bien juridique, son atteinte donc pas illicite à elle seule. Les atteintes au patrimoine ne sont par conséquent illicites que si elles découlent d'un comportement proscrit en tant que tel par l'ordre juridique indépendamment de ses effets patrimoniaux (théorie objective de l'illicéité). La condition est que les normes de comportement violées visent la protection contre de telles atteintes. Le comportement exigé par la loi peut consister soit dans une action, soit dans une omission - auquel cas il faut qu'il existât, au moment déterminant, une norme juridique qui sanctionnait explicitement l'omission commise ou qui imposait de prendre en faveur du lésé la mesure omise (position de garant vis-à-vis du lésé). Les devoirs dont la violation est en cause résultent d'abord de la loi; pour les organes au sens de l'art. 52 LPP sont déterminantes en outre les obligations et prescriptions statutaires et réglementaires, ainsi que les directives des autorités de surveillance et les obligations résultant d'un contrat (ATF 135 V 373 consid. 2.4 p. 376 et les références). Savoir si un comportement constitue un acte illicite susceptible d'entraîner la responsabilité est une question de droit que le Tribunal fédéral peut examiner librement. Pour trancher cette question de droit, il faut cependant se fonder sur le contenu du comportement et sur les circonstances, lesquelles relèvent du fait.

8.3 La responsabilité est déjà engagée par un comportement constitutif d'une négligence légère. Commet une telle négligence celui qui, de façon même légère, manque à son devoir de diligence. La diligence requise dans le cas concret correspond à ce qu'un homme consciencieux et raisonnable, appartenant au même cercle que le responsable, tiendrait pour exigible dans des circonstances identiques; pour en juger, il ne faut pas se fonder sur un critère individuel mais sur un critère objectif, qui tienne compte des circonstances concrètes. Déterminer dans le cas concret si un comportement doit être qualifié de négligence relève d'un jugement de valeur et repose largement sur l'appréciation du juge (ATF 128 V 124 consid. 4e p. 132; voir également UELI KIESER, in LPP et LFLP, Commentaire, Schneider/Geiser/Gächter [éd.], 2010, n° 27 ad art. 52 LPP). En pareil cas, le Tribunal fédéral fait preuve de retenue et n'intervient que si le juge a abusé de son pouvoir d'appréciation, en se référant à des critères dénués de pertinence ou en ne tenant pas compte d'éléments essentiels, ou lorsque la décision, dans son résultat, est manifestement inéquitable ou heurte de manière choquante le sentiment de justice (arrêt 5C.18/2006 du 18 octobre 2006 consid. 7.1 in fine et les références, in SJ 2007 I 238).

8.4 Enfin, pour que le dommage doive être réparé, il faut qu'il existe entre l'insolvabilité et le comportement reproché au responsable un lien de causalité naturelle et adéquate.

8.4.1 Un fait est la cause naturelle d'un résultat s'il en constitue l'une des conditions sine qua non. En d'autres termes, il existe un lien de causalité naturelle entre deux événements lorsque, sans le premier, le second ne se serait pas produit, ou du moins pas de la même manière; il n'est pas nécessaire que l'événement considéré soit la cause unique ou immédiate du résultat (ATF 133 III 462 consid. 4.4.2 p. 470 et les références).

8.4.2 Le rapport de causalité est adéquat lorsque le comportement incriminé était propre, d'après le cours ordinaire des choses et l'expérience générale de la vie, à entraîner un résultat du genre de celui qui s'est produit. Pour savoir si un fait est la cause adéquate d'un préjudice, le juge procède à un pronostic rétrospectif objectif: se plaçant au terme de la chaîne des causes, il lui appartient de remonter du dommage dont la réparation est demandée au chef de responsabilité invoqué et de déterminer si, dans le cours normal des choses et selon l'expérience générale de la vie humaine, une telle conséquence demeure dans le champ raisonnable des possibilités objectivement prévisibles (ATF 129 II 312 consid. 3.3 p. 318 et les références). La jurisprudence a précisé que, pour qu'une cause soit adéquate, il n'est pas nécessaire que le résultat se produise régulièrement ou fréquemment. Si un événement est en soi propre à provoquer un effet du genre de celui qui est survenu, même des conséquences singulières, c'est-à-dire extraordinaires, peuvent constituer des conséquences adéquates de cet événement (ATF 119 Ib 334 consid. 5b p. 344). Lorsqu'il s'agit de juger de l'existence d'un lien de causalité adéquate entre une ou des omissions et un dommage, il convient alors de s'interroger sur le cours hypothétique qu'auraient pris les événements si le défendeur avait agi conformément à ses devoirs (ATF 129 III 129 consid. 8 p. 134; ATF 127 III 453 consid. 5d p. 456).

8.4.3 L'existence d'un lien de causalité naturelle entre le fait générateur de responsabilité et le dommage est une question de fait (ATF 130 III 591 consid. 5.3 p. 601). En revanche, la méconnaissance du concept même de la causalité naturelle ainsi que l'existence d'un rapport de causalité adéquate constituent des questions de droit que le Tribunal fédéral examine librement (ATF 123 III 110 consid. 2 p. 111 et les références).

8.5 Si deux ou plusieurs personnes sont tenues de réparer le même dommage, il y a responsabilité plurale. La théorie générale de la pluralité de responsables consacrée par le Tribunal fédéral distingue entre solidarité parfaite et solidarité imparfaite (ATF 115 II 42 consid. 1b p. 45; ATF 104 II 225 consid. 4 p. 229). Dans les cas où plusieurs responsables ont commis une faute commune, le préjudice causé est logiquement imputable à chacun d'eux (solidarité parfaite). Dans les cas où les différents responsables ont agi indépendamment les uns des autres, chacun d'entre eux répond certes de la totalité du préjudice qu'il a personnellement causé, mais pas au-delà (solidarité imparfaite). Si une personne n'a causé qu'une partie du préjudice, elle doit donc répondre de celle-ci, mais non du préjudice dans son entier; il en va du respect des règles de la causalité, en vertu desquelles nul n'est tenu de réparer un préjudice qu'il n'a pas causé. La solidarité n'existe donc que dans la mesure de la responsabilité préalable de chacun (ATF 130 III 362 consid. 5.2 p. 369; ATF 127 III 257 consid. 5a p. 262 et les références citées; voir également FRANZ WERRO, La responsabilité civile, 2^e éd. 2011, p. 457 ch. 1627 ss).

9. (...)

9.1 On ne saurait suivre les recourantes lorsqu'elles soutiennent, en se fondant sur un arrêt rendu le 17 septembre 2009 par la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Fribourg (causes 605 2009-179 et 605 2009-180), que les actions en responsabilité fondées sur l'art. 56a al. 1 LPP (dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2004) seraient subsidiaires à celles fondées sur l'art. 52 LPP. Leur argumentation ne repose sur aucun fondement légal ou jurisprudentiel et méconnaît manifestement le caractère propre et autonome de l'action fondée sur l'art. 56a al. 1 LPP, tel que la jurisprudence l'a consacré (cf. supra consid. 7.4). Malgré les difficultés procédurales engendrées par la juxtaposition d'actions ouvertes par une institution de prévoyance sur la base de l'art. 52 LPP et par le Fonds de garantie LPP sur la base de l'art. 56a al. 1 LPP, il n'y a pas lieu de remettre en cause ce principe.

9.2 Il n'en est pas moins vrai que le dommage effectif subi par le Fonds de garantie LPP était encore incertain au moment où celui-ci a ouvert action. Selon la jurisprudence, lorsque le dommage ne peut pas, vu l'incertitude planant par exemple sur le dividende d'une faillite ou le bénéfice d'une liquidation, être exactement déterminé ou du moins ne peut pas l'être d'une manière suffisamment fiable, le lésé peut néanmoins faire valoir l'entier de son préjudice supposé dans le cadre d'une action en responsabilité, à la condition que le dividende de faillite ou le bénéfice de liquidation soit cédé à l'auteur du dommage. Cette solution, retenue en droit public (ATF 108 Ib 97 consid. 1c p. 100) et en droit civil (ATF 111 II 164 consid. 1b p. 167), puis étendue en matière d'assurances sociales (ATF 113 V 180 consid. 3b p. 183), doit également être reprise dans le cadre du droit de recours du Fonds de garantie LPP contre les personnes responsables de l'insolvabilité d'une institution de prévoyance. Il serait contraire en effet aux intérêts des parties d'ajourner indéfiniment l'exercice de créances en dommages-intérêts, notamment lors de liquidations compliquées. Cette manière de procéder respecte par ailleurs mieux le but des règles en matière de responsabilité. Elle permet de remettre le lésé dans la situation dans laquelle il se serait trouvé s'il n'avait pas été victime du comportement illicite de l'auteur du dommage et, indirectement, d'exclure qu'il se trouve, en raison de l'intrication des procédures, surindemnisé. Il paraît en outre plus équitable que ce soit l'auteur du dommage qui supporte en définitive les conséquences dues à l'incertitude planant sur le résultat définitif de la liquidation (voir également ISABELLE VETTER-SCHREIBER, Staatliche Haftung bei mangelhafter BVG-Aufsichtstätigkeit, 1996, p. 134).

9.3 Il résulte de ce qui précède que le Fonds de garantie LPP était en droit, quand bien même son dommage réel ne pouvait pas, compte tenu des circonstances, être chiffré ou ne pouvait pas l'être avec une précision suffisante, d'ouvrir, moyennant cession du dividende de la liquidation de l'institution de prévoyance en faveur des auteurs du dommage, une action en réparation du dommage pour le montant total de son préjudice supposé. Sous réserve des précisions apportées au présent considérant, la juridiction cantonale n'a par conséquent pas violé le droit fédéral en entrant en matière sur l'action ouverte par le Fonds de garantie LPP.

(...)

Dans ce contexte, la responsabilité de X. et de X. SA était engagée en tant que principales intéressées à l'aboutissement des négociations et aux solutions adoptées à l'issue de celles-ci. Pour sa part, Y. SA avait pris une part active dans cette opération en assumant, ce qui était illicite, la double fonction d'organe de contrôle de la Fondation et de conseiller financier de X., double fonction qui conférait non seulement la faculté - résultant du mandat qu'elle avait reçu de X. - de veiller aux intérêts de celle-ci, mais également une position de force à l'égard de la Fondation et de l'autorité de surveillance. Quant à l'autorité de surveillance, elle avait prêté son concours aux négociations qui avaient abouti à l'adoption des solutions retenues à l'issue de celles-ci et donné son approbation à la convention du 24 novembre 1997.

Contrairement à ce qu'a retenu la juridiction cantonale, cette solution n'était pas inconciliable avec les exigences de l'OPP 2. En vertu de l'art. 60 OPP 2 (dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 mars 2000 [RO 1984 561]), l'institution de prévoyance qui ne remplissait pas les conditions permettant un écart avec les normes en matière de placements ou ne présentait pas une justification suffisante n'était pas tenue de corriger immédiatement la situation, mais pouvait, en fonction de la liberté accordée par l'autorité de surveillance et compte tenu du degré d'urgence, bénéficier d'un délai pour procéder à l'adaptation de ses placements. Eu égard à la situation difficile dans laquelle se trouvait X. et des enjeux économiques et sociaux pour le canton de Neuchâtel, une certaine flexibilité quant aux modalités de la solution qui devait conduire à l'assainissement financier de la Fondation du personnel cadre pouvait être tolérée. Dans ce contexte, la convention du 24 novembre 1997 constituait, malgré le maintien provisoire d'une situation contraire à la réglementation applicable, un compromis acceptable et raisonnable, attendu que la vente des immeubles transférés devait se dérouler dans les plus brefs délais et compte tenu des garanties fournies quant aux prix de transfert des immeubles concernés et en matière de fourniture de liquidités.

Les autorités de surveillance disposaient cependant de moyens préventifs et répressifs, soit par exemple la faculté de donner des instructions à l'institution de prévoyance et d'exiger leur application sous peine de sanctions. Contrairement à ce qui était allégué, il n'était pas possible d'affirmer qu'une attitude plus stricte de la part de l'autorité de surveillance aurait nécessairement provoqué la faillite de X. et donc entraîné un dommage comparable à celui qui était en cause. X. était propriétaire d'un parc immobilier considérable, dont elle ne souhaitait pas se défaire parce que les investissements dans l'immobilier constituaient pour les entreprises de construction des réserves leur permettant de traverser les périodes de crise. Malgré les difficultés dues à l'évolution défavorable du marché de la construction et à des charges hypothécaires trop lourdes, il est probable que X. eût pu, si des mesures d'assainissement des fondations avaient été exigées à temps, prendre des dispositions qu'elle n'aurait sans doute pas souhaitées mais qui eussent permis de diminuer la dette et mettre fin à l'augmentation constante de ses comptes courants. Le comportement de l'autorité de surveillance était ainsi propre à causer la survenance d'un dommage et y a effectivement contribué. Les violations des exigences susmentionnées, lesquelles avaient pour finalité précisément de réduire les risques et de protéger les destinataires des institutions de prévoyance, devaient être qualifiées, à défaut de justification pertinente, d'attitude illicite et fautive.

(...)

Si la Banque cantonale neuchâteloise est un établissement de droit public indépendant de l'Etat doté de la personnalité juridique, qui bénéficie d'une garantie de l'Etat et a pour but de contribuer au développement économique et social du canton, elle offrirait néanmoins, selon la recourante, les services d'une banque universelle, soumise à la surveillance intégrale de l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers (FINMA), et serait gérée selon les principes de l'économie bancaire. En d'autres termes, si la Banque cantonale neuchâteloise est certes un établissement de droit public, elle fonctionnerait en réalité de manière identique à une banque commerciale privée. Dans le cadre du plan de sauvetage de l'entreprise X., la Banque cantonale neuchâteloise serait intervenue en qualité de créancière hypothécaire et, dans une moindre mesure, en qualité de créancière de crédits commerciaux, au même titre que d'autres banques privées. Dans ces circonstances, son intervention ne relèverait pas de l'exercice d'attributions officielles, mais de la défense de ses intérêts patrimoniaux.

En allouant des dépens au Fonds de garantie LPP sur la base de la jurisprudence fédérale, la juridiction cantonale a par ailleurs admis que des dispositions réservées de droit fédéral pouvaient s'appliquer et, partant, que des exceptions au principe selon lequel les organismes chargés de tâches de droit public n'avaient pas droit à des dépens étaient possibles. Toujours selon la recourante, la juridiction cantonale n'aurait cependant pas examiné si le même principe était applicable à la Banque cantonale neuchâteloise. Or, au regard des principes développés par la jurisprudence fédérale, une exception au principe selon lequel des dépens ne doivent pas être alloués à un organisme chargé de tâches de droit public ne serait pas fonction de l'établissement de droit public en question, mais de la nature de l'affaire et du fait que la partie ayant obtenu gain de cause a recouru aux services d'un mandataire qualifié. Dans la mesure où la Banque cantonale neuchâteloise a été actionnée dans une procédure complexe en matière de responsabilité selon l'art. 56a LPP, dans le cadre de laquelle elle s'est vue contrainte de faire appel à un mandataire professionnel pour défendre ses droits et pour laquelle elle a finalement obtenu totalement gain de cause au fond, la juridiction cantonale ne pouvait pas, sans procéder à un examen plus détaillé, lui refuser l'octroi de dépens au seul motif qu'elle est un établissement de droit public.