Taux d'intérêt
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Comme la recourante présente à son bilan des capitaux étrangers portant charge d'intérêts, le prêt qu'elle a accordé à son actionnaire a correctement été classé par l'Administration fiscale dans la catégorie des avances "financées au moyen de capitaux étrangers" (chiffre 1.2 de la lettre-circulaire 2009). En conséquence, le taux d'intérêt déterminant pour l'existence d'une prestation appréciable en argent se calcule par référence aux intérêts payés par la recourante elle-même ("propre charges"), à quoi s'ajoute un pourcentage de 1/4 % [recte:1/2 %],le prêt accordé étant inférieur à 10 millions de francs. Le taux d'intérêt déterminant ainsi calculé s'élevant à 3,941 % en l'espèce, la différence entre ce dernier taux et le taux effectivement appliqué par la recourante (2,5 %) est dès lors constitutive, selon la Cour de justice, d'une prestation appréciable en argent.
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BGE 140 II 88 (92):
3.2 La recourante soutient qu'il faut appliquer de façon nuancée la lettre-circulaire 2009 dans les cas qu'elle qualifie d'"intermédiaires" qui concernent des sociétés qui, comme elle, sont débitrices d'intérêts sur des capitaux étrangers et qui présentent par ailleurs des fonds propres suffisants pour financer un prêt à un actionnaire. Elle relève que ses dettes sont de nature hypothécaire et que le bénéfice qu'elle a réalisé en 2009 lui a permis de payer l'entier de la charge d'intérêt y afférente. Elle en déduit que le taux d'intérêt de 2,5 % prévu par la lettre-circulaire 2009 pour les avances financées au moyen des fonds propres doit s'appliquer dans son cas, nonobstant l'existence de capitaux étrangers à son bilan. Elle ajoute que si elle avait placé les fonds prêtés à son actionnaire auprès d'un établissement bancaire dans les mêmes conditions, soit, selon ses allégations, à vue et retirables en totalité en tout temps, ce placement n'aurait été rémunéré qu'à un taux d'intérêt de 0,25 %, de sorte que la comptabilisation d'un intérêt de 2,5 % l'avait enrichie, ce qui démontre également l'inexistence d'une prestation appréciable en argent.
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Impôt fédéral direct
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4.2 La mise en oeuvre du principe de pleine concurrence suppose l'identification de la valeur vénale du bien transféré ou du service rendu. Lorsqu'il existe un marché libre, les prix de celui-ci sont déterminants et permettent une comparaison effective avec les prix appliqués entre sociétés associées (arrêt 2A.588/2006 du 19 avril 2007 consid. 4.2 et les références citées; BRÜLISAUER/POLTERA, in Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, vol. I/2a, 2e éd. 2008, n° 102 ad art. 58 DBG; ROBERT DANON, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2008, n° 110 ad art. 57-58 LIFD; RETO HEUBERGER, Die verdeckte Gewinnausschüttung aus Sicht des Aktienrechts und des Gewinnsteuerrechts, 2001, p. 194). S'il n'existe pas de marché libre permettant une comparaison effective, il convient alors de procéder selon la méthode de la comparaison avec une transaction comparable (ou méthode du prix comparable), qui consiste à procéder à une comparaison avec le prix appliqué entre tiers dans une transaction présentant les mêmes caractéristiques (BRÜLISAUER/POLTERA, op. cit., n° 103 ad art. 58 DBG; RETO HEUBERGER, op. cit., p. 195; ROBERT DANON, op. cit., n° 111 ad art. 57-58 LIFD), soit en tenant compte de l'ensemble des circonstances déterminantes (ATF 138 II 57 consid. 2.2 p. 60 et les références citées, traduit in RDAF 2012 II p. 299). A défaut de transaction comparable, la détermination du prix de pleine concurrence s'effectue alors selon d'autres méthodes, telles que la méthode du coût majoré ("cost plus") ou celle du prix de revente (ROBERT DANON, op. cit., n° 112 ad art. 57-58 LIFD; RETO HEUBERGER, op. cit., p. 195), qui font partie, à côté de la méthode de la transaction comparable, des méthodes traditionnelles fondées sur les BGE 140 II 88 (94):
transactions selon la classification opérée par l'OCDE en matière de prix de transfert (OCDE, Principes applicables en matière de prix de transfert à l'intention des entreprises multinationales et des administrations fiscales, 2010, § 2.12 ss). La méthode du coût majoré consiste en particulier à déterminer les coûts supportés par la société qui fournit la prestation, à quoi s'ajoute une marge appropriée de manière à obtenir un bénéfice approprié compte tenu des fonctions exercées et des conditions du marché (OCDE, op. cit., § 2.39 ss).
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5. Lorsqu'une société anonyme accorde un prêt à son actionnaire, ce prêt ne respecte pas le principe de pleine concurrence (indépendamment de la problématique du prêt simulé, cf. à cet égard notamment ATF 138 II 57 consid. 3 p. 60 ss, traduit in RDAF 2012 II p. 299; PETER LOCHER, in Kommentar zum DBG, vol. II, 2004, n° 114 ad art. 58 DBG; BRÜLISAUER/POLTERA, op. cit., n° 171 ad art. 58 DBG) si le taux d'intérêt appliqué est inférieur au taux du marché ou s'il est accordé sans intérêt. La prestation appréciable en argent se mesure alors par la différence entre le taux d'intérêt conforme au principe de pleine concurrence et le taux effectivement appliqué (ATF 138 II 545 consid. 3.2; arrêts 2C_788/2010 du 18 mai 2011 consid. 4.4; 2C_557/2010 du 4 novembre 2010 consid. 3.2.1, in RF 66/2011 p. 62, commenté par ADRIANO MARANTELLI, in Archives 80 p. 522; arrêts du Tribunal fédéral du 8 octobre 1965 consid. 1, in Archives 35 p. 209; du 30 novembre 1956 consid. 1e, in Archives 26 p. 89; du 8 décembre 1950, in Archives 19 p. 403; décision genevoise du 2 avril 1957 consid. 2, in Archives 26 p. 137).
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BGE 140 II 88 (95):
En matière de prêts accordés aux actionnaires ou associés, le chiffre 1 distingue deux hypothèses. Si le prêt est financé au moyen de fonds propres et si aucun intérêt n'est dû sur du capital étranger, le taux d'intérêt minimum s'élève à 2,5 % (chiffre 1.1). En revanche, si le prêt est financé au moyen de capitaux étrangers, le taux d'intérêt minimum se calcule par référence à la charge d'intérêt due sur ces capitaux étrangers par la société prêteuse, à quoi s'ajoute un pourcentage de 0,5 % ou de 0,25 %, selon que le prêt est inférieur (ou égal) ou supérieur à 10 millions de francs, le taux devant dans tous les cas s'élever à au moins 2,5 % (chiffre 1.2).
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En l'espèce, l'autorité attaquée a appliqué le chiffre 1.2 de la lettre-circulaire 2009 au prêt accordé par la recourante à son actionnaire. Il s'agit donc de déterminer si ce chiffre est conforme à la notion de prestation appréciable en argent et, dans l'affirmative, si c'est à juste titre que l'autorité attaquée a appliqué ce chiffre dans le cas d'espèce.
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6.1 Le Tribunal fédéral s'est prononcé à quelques reprises sur les taux d'intérêts de prêts entre sociétés et actionnaires ou leurs proches. Dans un arrêt ancien, qui concernait un prêt qu'une société avait accordé sans intérêt à son actionnaire principal, il a considéré que le taux d'intérêt de 4 % retenu par l'Administration fédérale des contributions comme le taux d'intérêt que la société aurait dû appliquer au prêt était convenable, car proche du taux d'intérêt exigé des banques suisses pour des crédits accordés sans garantie durant la période considérée (Archives 19 p. 403). Dans un autre arrêt ancien, qui concernait également un prêt qu'une société avait accordé sans intérêt à son actionnaire principal, il a confirmé le taux d'intérêt de 5 % retenu par l'Administration fédérale des contributions comme taux d'intérêt qui aurait dû être appliqué par la société prêteuse, en précisant qu'il s'agissait là d'un taux "normal", qui était prévu notamment à l'art. 73 du Code suisse des obligations (Archives 26 p. 137 consid. 3). Plus récemment, le Tribunal fédéral a confirmé la méthode appliquée par l'Administration fédérale des contributions pour fixer le taux d'intérêt conforme au principe de pleine concurrence dans le cas d'un prêt accordé en dollars américains par une société à sa société grand-mère américaine, qui avait consisté à comparer les taux d'intérêt effectivement appliqués avec les taux moyens des obligations américaines durant les périodes considérées, cette comparaison étant justifiée, selon le Tribunal fédéral, dès lors que les prêts entre sociétés associées doivent être qualifiés de prêts à long terme d'un point de vue fiscal (arrêt 2A.355/2004 du 20 juin 2005 consid. 3.3 et 3.4, in RF 60/2005 p. 963, commenté par PETER GURTNER, Archives 76 p. 53).
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Le Tribunal fédéral a ainsi tendance à appliquer dans sa jurisprudence la méthode de la comparaison avec une transaction comparable (cf. consid. 4.2) pour déterminer le taux d'intérêt qui aurait été appliqué à un prêt entre tiers indépendants. Cette méthode est également celle qui est préconisée par l'OCDE lorsque la problématique du prix de transfert concerne un prêt d'argent, au motif qu'elle est aisée à mettre en oeuvre dans ce contexte (OCDE, op. cit., § 1.9; BGE 140 II 88 (97):
voir également Secrétariat de l'OCDE, Méthodes de détermination des prix de transfert, juillet 2010, § 7).
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6.2 La détermination du taux d'intérêt d'un prêt conforme au principe de pleine concurrence dépend de multiples facteurs, dont, notamment, le montant et la durée du prêt (cf. à cet égard l'arrêt 2A.355/2004 du 20 juin 2005 consid. 3.3, in RF 60/2005 p. 963), sa nature, son objet (crédit commercial, prêt à objet général, crédit immobilier, etc.), la garantie dont le prêt est assorti ou non et la surface financière de l'emprunteur. La situation financière de la société prêteuse et la source du financement du prêt sont également des éléments qui doivent être pris en considération. Dans sa jurisprudence, le Tribunal fédéral ne s'est toutefois pas intéressé à la question de la situation financière de la société prêteuse ni à celle du financement du prêt pour déterminer le taux d'intérêt conforme au principe de pleine concurrence. Pourtant, ces éléments sont importants, dès lors qu'une société qui est elle-même endettée n'a en principe pas de raison économique de prêter des fonds à son actionnaire ou à son associé plutôt que d'affecter ces fonds au remboursement de sa dette, à moins que cette opération ne s'avère bénéficiaire. Or, le chiffre 1.2 de la lettre-circulaire 2009 permet précisément de vérifier que l'opération permet à la société de dégager une marge bénéficiaire, puisque le taux d'intérêt minimum du prêt accordé à l'actionnaire ou à l'associé doit être supérieur de 0,25 % ou de 0,5 % au taux d'intérêt payé par la société sur ses propres charges d'intérêt.
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En outre, le chiffre 1.2 de la lettre-circulaire 2009 propose une règle simplificatrice aisément praticable, tant à l'attention des BGE 140 II 88 (98):
contribuables, qui peuvent la suivre et exclure ainsi tout risque de reprise fiscale, qu'à celle des administrations fiscales, qui sont confrontées à une administration de masse. Dès lors, c'est à tort que la recourante soutient qu'il conviendrait de tenir compte des circonstances particulières de chaque cas d'espèce dans l'application de la lettre-circulaire 2009 (notamment de la nature de la dette souscrite par la société prêteuse, de son ratio de fonds propres ou de sa capacité de rendement), afin de permettre à une société endettée d'appliquer néanmoins le taux fixe prévu pour les prêts financés par des fonds propres au chiffre 1.1 de la lettre-circulaire 2009, une telle prise en compte de chaque cas particulier allant à l'encontre du but de simplification poursuivi par ces directives.
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6.4 Le Tribunal fédéral a considéré, dans un arrêt du 25 novembre 1983 (in Archives 53 p. 84; in RDAF 1985 p. 127) qui se référait à l' ATF 107 Ib 325 du 11 décembre 1981 (arrêt dit "Bellatrix"), que le taux d'intérêt déterminant pour un prêt accordé par un actionnaire à sa société fille ne pouvait pas être fixé en fonction de l'exigence d'un rendement minimal. Il a ainsi jugé que le chiffre 2.2 de la directive de l'Administration fédérale des contributions qui était applicable à la période fiscale en cause (éditée sous la forme d'une notice sur les taux d'intérêts déterminants pour le calcul des prestations appréciables en argent annexée à la Circulaire du 6 août 1971 et publiée in Archives 40 p. 195) n'était pas décisif pour apprécier l'existence et la mesure d'une prestation appréciable en argent, dès lors qu'il prévoyait qu'en cas de crédit d'exploitation accordé par un actionnaire à une société holding ou de gérance de fortune, le taux d'intérêt dû en contrepartie de ce crédit devait correspondre au maximum au taux moyen du rendement des investissements de la société holding ou de gérance de fortune, moins 0,25 % à 0,5 %, de manière à ce que l'opération permette de dégager une marge bénéficiaire (cf. également JACQUES-ANDRÉ REYMOND, Dividendes cachés et rendement minimum des sociétés anonymes, Société anonyme suisse 1983 p. 14 s., 17; MARKUS RUDOLF NEUHAUS, Die Besteuerung des Aktienertrages, 1988, p. 125 s., 135 s.).
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Ces deux arrêts ont consacré dans la jurisprudence du Tribunal fédéral la conception de la prestation appréciable en argent selon le principe du bénéfice effectivement réalisé ou "Ist-Besteuerung", applicable tant en matière d'impôts directs que d'impôt anticipé (cf. PETER LOCHER, op. cit., n° 103 ad art. 58 DBG). Cette conception est venue remplacer dans la jurisprudence la conception antérieure de BGE 140 II 88 (99):
la notion de prestation appréciable en argent, fondée sur le système dit du rendement hypothétique ou "Soll-Besteuerung" (cf. arrêt du 26 mars 1976, in Archives 45 p. 417), qui consistait à vérifier que la contre-prestation reçue par la société lui permettait de couvrir ses charges courantes et de réaliser un bénéfice approprié (sur le passage du système du "Soll-Besteuerung" au système du "Ist-Besteuerung", voir notamment PETER LOCHER, op. cit., n° 103 ad art. 58 DBG; BRÜLISAUER/POLTERA, op. cit., n° 101 ad art. 58 DBG; ROBERT DANON, op. cit., n° 110 ad art. 57-58 LIFD; MARKUS RUDOLF NEUHAUS, op. cit., p. 125 s.; RETO HEUBERGER, op. cit., p. 193; MICHAEL BUCHSER, Steueraspekte geldwerter Leistungen: unter Einbezug der Fifty-Fifty-Praxis, 2004, p. 162 s.; THOMAS GEHRIG, Der Tatbestand der verdeckten Gewinnausschüttung an einen nahestehenden Dritten, 1998, p. 86 s.).
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Le chiffre 1.2 de la lettre-circulaire 2009 ne va pas à l'encontre de la conception de la prestation appréciable en argent selon le principe du bénéfice effectivement réalisé dans la mesure où la société qui accorde un prêt à son actionnaire ou à un proche financé par des fonds étrangers a toujours la possibilité de prouver que le taux d'intérêt effectivement exigé de cet actionnaire ou de ce proche respecte le principe de pleine concurrence même s'il ne conduit pas à la réalisation de la marge bénéficiaire minimale prévue par ce chiffre. En outre, le mode de détermination du taux d'intérêt minimum retenu au chiffre 1.2 de la lettre-circulaire 2009 présente des analogies avec la méthode du coût majoré, qui est une méthode reconnue pour la détermination des prix de transfert (cf. supra consid. 4.2). En pareilles circonstances, il se justifie de prévoir, comme le fait le chiffre 1.2 de la lettre-circulaire 2009, que la société prêteuse réalise bien une marge bénéficiaire dans l'opération qui consiste à financer un prêt à l'actionnaire par un emprunt.
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Il découle de ce qui précède que le chiffre 1.2 de la lettre-circulaire 2009 propose une solution appropriée pour déterminer le taux d'intérêt conforme au principe de pleine concurrence.
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6.5 En l'espèce, la recourante présentait à son bilan 2009 des emprunts hypothécaires pour un montant total de 1'450'000 fr., qui ont occasionné une charge d'intérêt représentant un taux global de 3,441 % durant l'exercice 2009. Le taux d'intérêt minimum applicable au prêt qu'elle a accordé à son actionnaire se calcule donc en application du chiffre 1.2 de la lettre-circulaire et s'élève, s'agissant d'un prêt ne dépassant pas 10 millions de francs, à 3,941 % (3,441 % BGE 140 II 88 (100):
+ 0,5 %), ainsi que l'a correctement constaté l'instance attaquée. Ce mode de calcul ne permet pas d'envisager une réduction proportionnelle du montant de la reprise en fonction du taux d'endettement de la société, comme le demande subsidiairement la recourante.
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7. Les taux d'intérêt déterminants fixés par l'Administration fédérale des contributions ne constituent que des "safe harbour rules". En conséquence, l'irrespect de ces taux ne crée qu'une présomption réfragable d'existence de prestation appréciable en argent, qui renverse toutefois le fardeau de la preuve en défaveur de la société contribuable, cette dernière devant démontrer que la prestation octroyée est néanmoins conforme au principe de pleine concurrence (arrêt 2C_557/2010 du 4 novembre 2010 consid. 3.2.3, in RF 66/2011 p. 62; BRÜLISAUER/POLTERA, op. cit., n° 104 ad art. 58 DBG; ROBERT DANON, op. cit., n° 114 et 155 ad art. 57-58 LIFD; ZWEIFEL/HUNZIKER, Steuerverfahrensrecht, Beweislast, Drittvergleich, "dealing at arm's length", Art. 29 Abs. 2 BV, Art. 58 DBG, Archives 77 p. 657 ss, 684).
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7.1.2 En l'espèce, la recourante n'a pas démontré que le taux d'intérêt de 2,5 % qu'elle a réclamé de son actionnaire en 2009 était conforme au principe de pleine concurrence. Elle s'est limitée à BGE 140 II 88 (101):
avancer que si elle avait laissé les fonds prêtés sur un compte bancaire, l'intérêt qu'elle en aurait retiré aurait été inférieur à 2,5 %, de sorte qu'elle a été enrichie et non pas appauvrie en accordant un prêt à son actionnaire. Elle perd toutefois de vue que l'octroi d'un prêt à un actionnaire n'est pas une situation comparable à un simple placement de fonds sur un compte bancaire, qui peuvent être retirés en tout temps (cf. arrêt 2A.355/2004 consid. 3.3) et que ce qui est déterminant est de démontrer qu'elle aurait exigé le même taux d'intérêt à un tiers dans des circonstances économiques identiques. Par ailleurs, la recourante n'a pas non plus démontré que des circonstances spécifiques l'auraient quasiment contrainte à réaliser une perte sur l'opération, en raison, par exemple, de limitations contractuelles quant à la possibilité d'amortir son emprunt. Elle a au contraire indiqué, dans son mémoire de recours, qu'elle procédait régulièrement à des remboursement de ses dettes et qu'elle avait même effectué un amortissement de 500'000 fr. en 2009 après négociation avec l'établissement bancaire prêteur.
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Droit cantonal
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Il peut ainsi être renvoyé s'agissant de l'impôt cantonal et communal à la motivation développée en matière d'impôt fédéral direct. BGE 140 II 88 (102):
Le recours doit par conséquent être rejeté, dans la mesure où il est recevable, en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal.
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